genome.fa.s15157.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015157.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130201, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  303618

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7502--7538	18	2.1	18	100	0	74	29	16	10	43	1.82
12404--12450	21	2.2	21	96	0	85	38	12	21	27	1.90
13258--13318	31	1.9	33	83	12	83	59	4	3	32	1.35
15587--15627	16	2.6	16	85	11	57	36	2	0	60	1.10
15587--15625	17	2.4	16	87	8	53	35	2	0	61	1.10
28979--29100	60	2.0	60	83	7	151	55	14	4	24	1.59
30969--31011	15	2.9	15	82	0	59	27	16	2	53	1.55
32650--32734	30	2.9	30	82	5	102	28	17	22	31	1.97
39413--39450	13	2.7	14	88	8	51	52	0	5	42	1.24
39414--39526	45	2.4	46	86	4	156	51	4	6	38	1.47
51936--52278	169	2.0	169	98	0	668	42	10	12	34	1.77
53025--53096	31	2.3	33	80	7	87	34	16	12	36	1.87
53046--53104	31	1.9	30	82	3	73	35	16	10	37	1.83
57717--57766	13	3.8	13	70	19	50	22	2	14	62	1.42
60076--60122	21	2.4	19	79	10	51	6	14	4	74	1.17
66678--66821	43	3.4	42	80	6	155	38	9	21	30	1.86
70125--70173	21	2.3	21	89	0	71	22	44	20	12	1.84
72169--72356	56	3.3	56	72	15	161	26	30	18	24	1.98
74259--74431	93	1.9	93	81	2	213	33	13	17	35	1.89
78438--78479	22	2.0	20	90	9	66	21	0	45	33	1.52
78491--78671	90	2.0	90	96	0	335	30	31	15	22	1.94
79976--80210	51	4.6	51	87	1	337	31	12	22	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87287--87520	51	4.6	51	87	4	339	31	12	23	31	1.92
87287--87520	100	2.3	102	88	3	355	31	12	23	31	1.92
98659--98765	49	2.2	49	83	4	139	34	10	12	42	1.76
99397--99457	29	2.0	31	90	6	99	22	39	0	37	1.55
101095--101130	17	2.1	18	94	5	65	44	0	0	55	0.99
106693--106776	44	1.9	43	90	2	132	38	2	0	59	1.10
106708--106779	18	4.1	18	77	10	67	36	1	0	62	1.04
106718--106778	9	6.9	9	76	10	63	39	1	0	59	1.08
107394--107434	22	1.9	22	85	5	57	39	0	7	53	1.29
116942--117087	52	2.8	52	85	4	186	38	8	3	49	1.51
128984--129180	99	2.0	98	97	0	367	28	24	16	30	1.96
143616--143650	19	1.9	18	88	11	54	62	2	0	34	1.10
144994--145044	20	2.5	21	93	3	86	47	13	9	29	1.75
148055--148191	31	4.5	31	73	12	124	29	12	7	51	1.66
148055--148241	89	2.1	89	81	5	209	26	14	10	48	1.76
148409--148552	29	4.8	29	68	14	96	48	11	16	23	1.78
148409--148583	61	2.9	61	85	4	212	50	11	14	23	1.75
148781--148965	93	2.0	93	84	1	246	15	20	19	44	1.87
152925--152965	12	3.6	12	77	12	50	0	19	0	80	0.71
152933--152967	9	3.8	9	88	3	52	0	17	0	82	0.66
166235--166304	21	3.2	22	78	11	65	4	4	22	68	1.25
166312--166362	20	2.5	20	90	0	75	9	5	19	64	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172108--172184	27	2.9	27	82	3	93	29	11	20	37	1.88
172184--172286	26	4.0	26	78	5	118	26	18	23	32	1.97
174080--174413	93	3.6	92	81	6	365	48	17	18	16	1.82
175427--175483	3	19.3	3	96	3	107	64	0	0	35	0.93
175637--175703	32	2.1	32	85	0	89	31	17	2	47	1.63
175956--176010	16	3.4	16	90	5	85	36	5	29	29	1.80
176181--176272	26	3.3	26	69	16	76	52	2	0	45	1.13
176304--176345	21	1.9	21	85	9	57	59	0	0	40	0.97
184411--184900	45	11.0	45	82	4	517	29	25	19	25	1.98
184410--184900	221	2.2	222	82	5	589	29	25	19	25	1.98
184413--185019	45	13.8	40	77	10	311	30	24	18	26	1.98
191284--191549	135	2.0	134	85	3	365	47	10	8	34	1.67
195523--195662	60	2.3	59	86	3	190	30	4	26	38	1.76
195525--195659	30	4.5	30	86	0	162	31	4	25	39	1.75
198036--198096	29	2.1	29	96	0	113	16	21	21	40	1.91
200311--200342	3	10.7	3	93	0	55	0	31	0	68	0.90
208917--208957	20	2.0	20	95	0	73	43	17	26	12	1.84
225300--225348	9	5.6	8	79	13	53	83	0	14	2	0.73
225301--225357	25	2.3	25	80	16	66	82	0	15	1	0.75
226264--226466	43	4.6	43	77	10	171	29	23	18	29	1.98
226447--226485	19	2.1	19	90	0	60	23	23	12	41	1.88
226404--226528	62	2.0	62	83	6	155	28	20	15	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226466--226847	43	8.9	43	77	8	348	30	23	17	29	1.97
226361--226571	105	2.0	105	87	3	300	28	21	16	33	1.95
226466--226847	85	4.4	85	79	5	360	30	23	17	29	1.97
227457--227520	32	2.0	32	84	6	85	62	9	0	28	1.26
229012--229081	28	2.4	29	88	6	99	47	2	7	42	1.45
229067--229129	32	2.0	32	87	6	92	42	3	0	53	1.16
229937--230022	37	2.3	37	85	0	109	34	11	4	48	1.60
229974--230083	53	2.1	53	89	0	166	37	8	4	50	1.53
230288--230344	25	2.4	24	80	8	62	61	22	7	8	1.50
235622--235676	27	2.0	27	85	0	74	18	41	7	32	1.78
235743--235860	48	2.5	48	85	2	166	24	27	11	37	1.89
236924--236977	26	2.1	26	100	0	108	22	20	0	57	1.41
236829--237135	160	1.9	160	99	0	605	27	16	3	52	1.61
237084--237189	26	4.1	26	92	3	169	25	20	0	53	1.45
237089--237187	51	1.9	52	93	2	173	25	20	0	54	1.44
237089--237189	27	3.9	27	90	3	154	24	20	0	54	1.45
240181--240237	22	2.4	23	82	8	62	26	10	1	61	1.38
241861--241898	20	1.9	20	84	10	51	34	15	0	50	1.45
246047--246132	44	2.0	44	88	0	127	45	5	2	46	1.40
247390--247419	6	5.2	6	96	4	53	86	0	13	0	0.57
248088--248127	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
253159--253205	20	2.3	20	92	0	76	27	36	8	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262773--263640	433	2.0	433	93	0	1468	26	17	20	34	1.95
265707--265737	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
266092--266125	15	2.2	16	89	5	52	64	0	2	32	1.08
266231--266265	18	1.9	18	88	0	52	45	5	14	34	1.68
267038--267099	26	2.4	26	81	7	74	38	1	1	58	1.18
267525--267572	14	3.5	13	78	18	53	58	6	2	33	1.35
270684--270728	18	2.5	18	92	0	72	22	11	22	44	1.84
274804--274843	20	2.0	20	85	9	55	27	27	27	17	1.98
275797--275879	25	3.3	25	87	0	130	26	19	25	28	1.98
275797--275921	25	5.0	25	81	4	117	28	17	24	29	1.97
275887--275941	26	2.1	26	89	0	83	29	18	21	30	1.97
278074--278227	51	3.1	49	74	15	136	24	18	16	40	1.90
289553--289590	16	2.4	17	86	8	53	10	13	0	76	1.02
290438--290497	18	3.3	18	75	15	61	60	0	10	30	1.30
290421--290489	35	2.0	35	94	0	120	60	0	10	28	1.29
290421--290476	17	3.2	17	71	14	51	60	0	8	30	1.27
290675--290741	15	4.6	14	80	10	64	61	5	13	19	1.52
290688--290743	15	3.7	15	83	4	69	57	5	16	21	1.59
293374--293403	3	10.3	3	92	7	53	0	30	0	70	0.88
293838--293887	18	2.9	18	85	5	68	62	0	8	30	1.24
293815--293965	82	1.9	82	84	6	209	59	1	6	31	1.34

Tables:   1

The End!