genome.fa.s15163.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015163.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130207, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  290727

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2398--2427	9	3.4	9	95	4	53	46	10	6	36	1.64
3776--3833	21	2.8	21	76	2	55	65	5	1	27	1.23
5025--5057	13	2.5	13	90	0	57	12	9	42	36	1.74
5572--5762	88	2.2	88	88	1	285	26	19	16	37	1.93
5900--5950	13	3.9	13	76	0	57	29	13	27	29	1.94
9200--9302	43	2.4	44	85	4	129	44	12	5	36	1.67
12101--12199	28	3.5	27	85	8	117	45	1	0	53	1.07
12986--13060	11	6.8	11	70	20	59	52	0	0	48	1.00
12988--13097	20	5.8	20	67	24	60	50	0	0	50	1.00
12998--13053	17	3.2	16	73	22	51	51	0	0	48	1.00
13035--13088	29	2.0	28	89	10	85	46	0	0	53	1.00
13051--13091	21	2.0	20	95	4	73	51	0	0	48	1.00
17282--17328	24	2.0	24	91	0	76	42	12	21	23	1.87
22759--22804	22	2.0	22	83	4	56	47	15	6	30	1.70
28099--28137	16	2.4	17	83	12	55	74	0	0	25	0.82
28089--28136	15	3.1	15	84	3	60	75	0	2	22	0.91
28237--28583	141	2.4	140	85	6	403	51	11	11	25	1.72
28318--28583	141	1.9	141	90	3	428	52	12	12	22	1.73
46700--46753	27	2.0	27	100	0	108	51	18	18	11	1.74
57125--57212	46	1.9	46	83	0	113	25	6	13	54	1.63
63988--64015	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
69148--69205	30	2.0	29	86	10	82	31	25	0	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74591--74633	22	1.9	22	85	4	59	27	16	13	41	1.86
86624--86649	13	2.0	13	100	0	52	7	38	0	53	1.30
87959--88017	28	2.1	27	84	3	73	13	32	25	28	1.94
97536--97585	20	2.5	19	81	12	55	62	0	2	36	1.07
97709--97760	20	2.6	20	90	0	77	42	11	9	36	1.74
101634--101713	39	2.1	39	87	0	115	26	12	18	42	1.86
101607--101767	39	4.1	39	74	4	101	26	18	15	39	1.90
105600--105784	39	4.7	39	81	5	194	22	15	21	40	1.90
108407--108461	9	6.2	9	75	10	51	70	1	0	27	0.97
108414--108470	18	3.2	18	85	7	64	68	1	1	28	1.09
108407--108491	10	9.3	9	69	16	50	64	1	1	32	1.08
108421--108501	27	2.9	25	77	17	72	61	1	1	35	1.12
109235--109285	26	2.0	26	84	7	68	62	1	0	35	1.06
109247--109283	18	2.1	18	90	5	58	64	0	0	35	0.94
110546--110571	3	8.7	3	100	0	52	34	34	30	0	1.58
115150--115194	22	2.0	22	95	0	81	42	11	4	42	1.60
115514--115552	14	2.7	14	88	4	60	38	0	2	58	1.12
116514--116567	28	1.9	28	81	7	65	40	0	3	55	1.17
116543--116588	11	4.4	11	78	15	53	41	0	2	56	1.11
116554--116619	20	3.2	20	81	12	55	30	3	4	62	1.30
116580--116621	22	2.0	22	85	4	59	26	4	7	61	1.42
120719--120749	9	3.4	9	95	0	53	38	0	41	19	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125422--125493	26	2.8	26	78	2	83	29	13	11	45	1.78
126351--126427	6	13.0	6	75	8	77	41	0	2	55	1.13
126351--126445	17	5.4	17	80	7	109	42	2	2	53	1.24
126351--126445	36	2.7	35	83	1	118	42	2	2	53	1.24
127128--127176	24	2.0	24	88	0	71	59	8	2	30	1.38
128325--128479	29	5.4	28	66	15	84	36	25	1	35	1.68
128324--128564	58	4.2	58	78	6	211	37	23	2	36	1.67
128422--128658	30	8.0	30	66	12	96	36	23	2	37	1.69
128532--128661	30	4.4	30	74	14	99	34	25	3	36	1.74
128561--128701	59	2.3	61	80	3	160	34	27	2	34	1.72
128503--128694	89	2.2	89	82	7	221	36	25	3	34	1.72
128573--128812	29	8.4	30	68	21	117	33	28	3	34	1.74
128731--128793	30	2.1	30	85	11	85	38	26	4	30	1.77
130012--130074	18	3.6	17	80	6	65	38	1	3	57	1.24
130045--130094	23	2.1	24	85	10	68	44	2	2	52	1.24
130786--130838	3	17.7	3	80	0	61	62	5	0	32	1.19
130784--130837	24	2.2	24	90	0	81	61	7	0	31	1.24
131182--131207	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
131979--132280	58	5.1	57	76	10	261	32	24	3	39	1.73
131979--132280	29	10.3	29	69	15	167	32	24	3	39	1.73
132202--132293	29	3.1	28	71	21	73	35	26	4	33	1.76
132063--132319	58	4.4	59	74	12	154	31	26	4	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136301--136345	23	1.9	24	90	4	74	26	20	8	44	1.80
136301--136363	23	2.7	23	83	9	67	23	20	9	46	1.80
137179--137524	173	2.0	173	100	0	692	39	19	20	20	1.93
138595--138628	14	2.4	14	90	0	50	50	8	26	14	1.72
138604--138632	14	2.1	14	100	0	58	41	6	31	20	1.79
140477--140537	21	2.9	21	83	13	72	73	1	6	18	1.12
142947--142986	6	6.3	6	83	11	53	80	0	0	20	0.72
142913--142987	32	2.3	33	82	13	84	76	0	2	21	0.92
148574--148633	22	2.8	22	82	7	61	71	1	10	16	1.21
148594--148635	16	2.6	16	77	7	50	73	0	7	19	1.05
151947--151973	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
153495--153535	6	7.2	6	89	10	68	46	0	0	53	1.00
155455--155535	41	2.0	40	85	7	110	33	22	0	44	1.53
155503--155850	29	11.8	29	72	13	192	36	24	1	37	1.63
155495--155849	59	6.0	58	80	6	351	36	24	1	37	1.63
155495--155891	29	13.4	29	70	18	180	36	24	1	37	1.65
155786--155868	31	2.7	30	80	17	98	40	24	1	33	1.63
157450--157515	32	2.1	32	94	0	114	24	16	15	43	1.86
159654--159909	113	2.3	113	87	2	381	41	23	15	20	1.90
163564--163597	17	2.0	17	88	0	50	29	2	17	50	1.61
163900--163946	21	2.2	22	77	11	53	46	8	19	25	1.77
167063--167110	21	2.3	20	86	10	69	47	29	10	12	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167123--167165	11	3.9	11	81	0	50	16	30	27	25	1.97
167160--167227	7	10.0	7	78	12	79	16	17	26	39	1.90
167160--167229	20	3.5	20	92	2	104	15	17	25	41	1.89
167156--167227	27	2.6	28	84	6	103	16	18	26	38	1.91
168278--168328	22	2.3	22	83	9	68	27	1	3	66	1.20
173562--173595	15	2.3	15	89	0	50	47	32	11	8	1.71
173577--173624	21	2.3	21	92	7	80	41	35	10	12	1.77
173638--173690	11	4.8	11	78	0	52	20	26	28	24	1.99
173638--173690	22	2.4	22	87	0	70	20	26	28	24	1.99
174723--174755	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
186602--186641	21	1.9	21	94	0	71	37	20	30	12	1.89
186644--186782	72	1.9	72	91	0	224	38	16	20	25	1.93
187159--187319	78	2.1	78	92	0	268	28	18	13	39	1.88
188117--188175	29	2.0	29	100	0	118	22	33	20	23	1.97
188157--188389	84	3.0	76	80	10	247	23	21	15	38	1.92
188232--188407	84	2.1	84	87	2	246	21	22	16	39	1.92
190796--190846	18	2.8	18	74	14	50	37	3	0	58	1.16
193751--193793	3	14.0	3	95	4	77	65	2	0	32	1.06
200141--200196	27	2.1	27	100	0	112	53	10	7	28	1.62
200138--200188	6	9.2	6	83	12	56	50	13	3	31	1.60
200185--200212	14	2.0	14	100	0	56	71	0	14	14	1.15
208844--208877	17	1.9	18	88	5	52	26	0	26	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
209541--209570	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
210357--210396	20	2.0	20	85	0	53	40	0	7	52	1.30
231854--231906	21	2.7	20	80	8	63	43	9	7	39	1.65
255944--256218	137	2.0	137	100	0	550	40	18	17	23	1.92
260682--261243	185	3.0	185	94	0	1007	39	14	17	29	1.89
262067--262388	124	2.6	124	96	0	581	30	28	8	31	1.87
264167--264417	125	2.0	125	96	0	457	39	12	16	31	1.86
265695--265723	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
276166--276212	21	2.2	21	92	0	76	76	2	6	14	1.08
276919--276995	30	2.7	29	76	9	86	62	3	0	33	1.14

Tables:   1   2