genome.fa.s15166.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015166.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130210, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  321671

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 105 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
624--726	31	3.4	30	72	20	90	50	10	12	26	1.73
8051--8097	16	3.0	16	75	6	51	74	0	19	6	1.03
12771--12822	20	2.6	20	78	6	52	36	5	9	48	1.60
20625--20871	45	5.5	44	77	6	167	37	16	20	25	1.93
20624--20863	89	2.7	88	80	7	261	38	16	20	25	1.92
20752--20924	45	3.9	44	82	7	156	34	17	20	28	1.95
21454--21506	26	2.0	26	100	0	106	18	0	30	50	1.47
25780--25992	76	2.8	75	81	4	259	23	24	20	31	1.98
25786--25968	36	4.8	38	70	11	115	22	23	21	32	1.98
42652--42682	10	3.0	10	95	4	53	77	3	19	0	0.90
43414--43450	18	2.1	18	100	0	74	37	0	10	51	1.37
46519--46600	22	3.7	22	75	12	78	45	28	0	26	1.54
46516--46588	24	3.2	23	71	11	69	41	28	0	30	1.57
48896--48926	10	3.0	10	95	4	53	77	3	19	0	0.90
49658--49694	18	2.1	18	100	0	74	37	0	10	51	1.37
52763--52844	22	3.7	22	75	12	78	45	28	0	26	1.54
52760--52832	24	3.2	23	71	11	69	41	28	0	30	1.57
53586--53635	2	25.0	2	95	0	91	48	0	0	52	1.00
58029--58132	23	4.7	23	76	9	99	44	33	0	21	1.59
61917--61960	16	2.8	16	86	10	56	50	0	9	40	1.34
76905--76947	17	2.5	17	84	0	50	58	13	11	16	1.64
110590--110885	156	1.9	156	87	1	432	31	20	19	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110576--110921	156	2.2	156	81	3	430	31	21	18	28	1.97
116549--116619	27	2.6	28	77	2	81	40	15	15	28	1.88
117518--117610	22	4.2	22	94	2	152	20	12	49	17	1.79
121252--121305	23	2.3	23	87	0	72	12	24	24	38	1.90
121265--121354	23	3.8	23	86	5	110	21	20	21	37	1.94
121292--121354	23	2.6	25	90	10	112	22	15	20	41	1.90
122205--122245	20	2.0	20	85	4	55	41	7	14	36	1.74
122213--122268	20	2.8	19	81	10	60	39	12	16	32	1.85
123713--123798	34	2.5	34	88	0	127	23	26	22	27	1.99
128207--128349	46	3.1	46	89	1	214	24	17	25	32	1.97
128286--128505	42	5.4	41	75	12	150	25	15	27	32	1.95
128752--129318	99	5.8	98	86	3	694	19	30	14	35	1.92
128842--129318	50	9.6	50	73	7	382	18	30	15	35	1.91
130298--130337	6	7.0	6	83	16	50	0	15	0	85	0.61
130291--130337	15	3.3	15	88	5	71	0	17	0	82	0.66
130274--130337	32	2.1	28	83	11	74	0	18	1	79	0.81
130292--130339	8	5.9	8	85	9	62	0	16	0	83	0.65
130301--130349	23	2.1	23	81	7	55	0	20	0	79	0.73
131242--131282	3	14.7	3	85	14	61	0	26	0	73	0.84
141192--141231	21	2.0	21	90	5	64	62	7	0	30	1.23
141501--141548	23	2.1	23	84	7	62	33	0	4	62	1.14
141704--141774	27	2.7	27	86	6	92	50	2	1	45	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144453--144479	11	2.5	11	100	0	54	0	14	0	85	0.61
144904--145068	51	3.3	51	69	14	135	43	2	9	44	1.50
144987--145024	18	2.1	18	85	9	51	57	0	5	36	1.21
144992--145035	20	2.2	20	84	11	56	50	0	6	43	1.29
144931--145085	48	3.1	49	68	12	136	40	3	10	45	1.54
144909--145119	99	2.1	98	86	4	278	41	3	9	45	1.53
145008--145273	144	1.8	144	88	4	412	38	3	10	47	1.55
145009--145304	144	2.0	144	82	4	346	39	3	10	46	1.55
145864--145905	16	2.6	16	85	7	50	21	7	4	66	1.35
150092--150159	30	2.3	30	82	7	86	50	22	13	14	1.77
151845--151870	8	3.2	8	100	0	52	0	23	0	76	0.78
152596--152697	27	3.7	27	89	1	159	25	16	23	34	1.95
154220--154282	30	2.1	30	82	2	74	39	20	3	36	1.69
155274--155308	17	2.1	17	100	0	70	28	22	5	42	1.76
155926--155976	26	1.9	27	92	4	86	52	1	35	9	1.46
156388--156446	20	3.0	20	85	5	75	45	13	10	30	1.76
158061--158122	31	2.0	31	100	0	124	29	9	12	48	1.73
158779--159368	45	12.9	45	81	3	531	25	16	25	33	1.96
158779--159269	91	5.4	91	82	2	560	24	16	26	32	1.96
159243--159427	95	1.9	96	84	5	250	28	14	22	35	1.93
159243--159427	48	3.9	48	83	6	207	28	14	22	35	1.93
164363--164436	7	11.0	7	72	13	66	18	2	1	77	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164366--164436	20	3.5	20	85	9	92	19	2	1	76	0.99
174967--175006	18	2.3	18	86	4	55	20	17	10	52	1.72
179809--179851	11	3.9	12	88	11	58	69	0	0	30	0.88
179856--179888	13	2.4	14	85	5	50	75	6	0	18	1.00
179918--179976	25	2.3	27	77	19	72	69	10	0	20	1.17
203353--203377	12	2.1	12	100	0	50	36	24	0	40	1.55
203786--203903	24	4.9	24	85	0	155	26	26	16	31	1.96
203786--203903	48	2.5	48	88	0	173	26	26	16	31	1.96
206110--206219	53	2.1	53	96	0	202	38	24	13	23	1.91
213264--213306	24	1.9	24	86	13	65	39	2	16	41	1.61
215002--215055	21	2.6	21	79	5	65	29	25	14	29	1.95
222326--222385	21	2.9	21	78	9	68	31	25	15	28	1.95
227832--227870	16	2.3	17	91	8	62	33	12	20	33	1.91
230792--230878	22	4.0	22	90	3	131	34	22	31	11	1.90
232415--232454	19	2.0	20	85	4	55	45	17	17	20	1.86
237222--237278	30	2.0	29	86	6	80	45	17	0	36	1.49
238238--238272	16	2.1	17	89	5	54	42	5	14	37	1.69
238337--239206	434	2.0	435	95	0	1573	38	11	14	35	1.82
244918--245092	88	2.0	88	100	0	350	27	16	24	32	1.96
253263--253301	14	2.7	14	80	4	51	74	0	25	0	0.82
256932--256973	21	2.0	22	85	4	59	11	19	4	64	1.44
261496--261547	17	3.0	17	75	11	52	76	1	3	17	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261494--261543	11	4.8	11	76	11	52	78	2	4	16	1.00
266263--266331	33	2.1	33	100	0	138	11	23	24	40	1.88
267293--267323	16	1.9	16	100	0	62	38	32	6	22	1.80
270233--270436	106	1.9	107	88	3	311	41	15	13	29	1.85
270721--270760	19	2.2	19	86	4	55	62	2	10	25	1.39
272473--272516	17	2.6	17	82	3	54	47	0	11	40	1.39
276917--276962	24	1.9	24	86	0	65	32	0	50	17	1.47
281957--282005	25	2.0	26	88	8	75	44	0	0	55	0.99
288312--288445	55	2.4	55	89	0	196	29	17	25	27	1.97
289334--289438	52	2.0	52	98	0	201	42	12	9	35	1.75
290970--291040	36	2.0	36	91	0	115	30	21	18	29	1.97
290837--291004	77	2.2	76	83	1	210	30	20	19	29	1.97
290870--291127	113	2.3	111	79	3	282	31	20	19	27	1.97
290998--291154	77	2.0	77	88	0	233	32	19	21	26	1.97
294442--294480	17	2.3	17	86	0	51	53	7	15	23	1.67
301008--301058	18	2.8	18	87	0	75	17	15	31	35	1.92
305521--305716	43	4.6	43	82	3	227	37	11	23	27	1.90

Tables:   1

The End!