genome.fa.s15173.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015173.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130217, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  270794

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2341--2380	21	1.9	21	100	0	80	35	5	0	60	1.19
12118--12183	31	2.2	31	83	5	82	15	24	27	33	1.95
12847--12991	27	5.4	28	74	10	97	28	16	8	46	1.77
12841--12986	54	2.7	53	80	8	161	28	16	8	45	1.77
12891--12962	26	2.7	26	80	6	74	26	16	5	51	1.66
14929--14973	19	2.3	20	88	3	65	26	2	4	66	1.22
17136--17161	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27996--28142	55	2.7	55	88	0	213	42	8	8	40	1.64
28268--28308	15	2.5	17	80	11	59	63	0	2	34	1.08
30370--30650	135	2.1	135	96	1	519	34	13	31	20	1.91
37092--37129	19	2.0	19	94	0	67	42	13	5	39	1.66
38819--38874	27	2.1	27	80	12	62	12	16	0	71	1.15
42770--42809	16	2.5	16	88	8	55	35	25	10	30	1.88
43353--43408	29	2.0	27	83	10	69	23	17	5	53	1.64
44869--44917	24	2.0	25	84	11	66	20	4	0	75	0.96
52436--52580	71	2.1	67	85	5	191	40	8	19	31	1.81
60695--60731	5	7.4	5	90	0	56	2	0	21	75	0.92
63636--63721	12	7.3	12	76	10	88	70	17	4	6	1.26
63636--63739	23	4.4	23	80	2	109	70	17	4	7	1.29
63635--63739	35	3.0	34	77	5	111	70	17	4	7	1.28
63643--63739	12	8.2	12	75	4	81	71	15	5	8	1.28
63718--63832	20	5.5	19	73	17	77	66	15	6	10	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63718--63850	44	3.1	42	78	8	135	65	17	7	9	1.45
63718--63851	43	3.1	40	76	12	115	65	17	7	9	1.44
68722--68784	21	2.9	22	78	4	65	66	1	1	30	1.10
68741--68843	27	3.6	28	78	12	102	61	2	3	32	1.29
68752--68859	56	1.9	58	85	11	152	61	2	5	30	1.33
68808--68861	21	2.8	20	83	8	58	57	1	7	33	1.37
69102--69152	19	2.7	20	76	11	54	35	0	1	62	1.06
69099--69152	10	5.7	10	70	12	51	37	0	1	61	1.07
70240--70288	23	2.1	23	88	0	71	65	2	0	32	1.04
70240--70279	7	5.4	7	85	11	53	67	2	0	30	1.04
70245--70276	16	2.0	16	100	0	64	75	0	0	25	0.81
72512--72699	43	4.4	43	87	2	227	29	27	19	23	1.98
72644--72748	54	1.9	55	92	1	176	28	25	20	24	1.99
72602--72793	98	2.0	97	83	5	244	28	26	19	26	1.99
73111--73155	21	2.1	21	87	0	63	0	44	17	37	1.49
73918--74066	41	3.7	41	88	2	151	32	18	28	21	1.96
73954--74066	41	2.8	41	91	1	174	29	19	30	20	1.97
76304--76517	43	5.0	43	83	2	259	22	18	30	28	1.97
77682--77985	41	7.4	41	80	0	320	21	28	18	31	1.97
77952--78007	25	2.3	25	84	3	69	19	26	25	28	1.99
78027--78061	17	2.1	17	94	0	61	14	20	11	54	1.70
81734--81764	6	5.2	6	100	0	62	16	16	0	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82991--83040	26	1.9	26	87	0	73	44	2	8	46	1.44
83407--83480	29	2.4	30	77	8	78	41	17	6	33	1.76
83804--83863	31	1.9	31	86	0	84	46	13	8	31	1.72
97910--97956	20	2.3	20	82	7	60	27	0	6	65	1.16
99624--99714	25	3.4	25	73	14	83	15	6	12	65	1.44
99659--99707	10	4.9	10	74	0	53	20	8	10	61	1.53
99644--99714	30	2.4	30	82	0	88	16	7	11	64	1.46
99674--99786	50	2.3	50	85	3	147	16	11	9	61	1.55
99709--99786	25	3.1	24	70	14	59	15	12	10	61	1.56
99836--99894	10	5.9	10	74	7	57	13	6	10	69	1.35
99851--99912	15	4.2	15	72	2	63	14	6	9	69	1.35
99845--100201	35	10.2	35	70	14	207	13	9	11	64	1.49
99882--99924	20	2.2	20	87	8	61	11	4	13	69	1.33
99679--99903	30	7.6	30	69	13	126	14	8	9	67	1.41
99887--99935	20	2.5	19	80	6	53	10	6	16	67	1.39
99977--100176	20	10.8	19	72	17	138	13	9	12	65	1.48
99922--100249	55	6.1	55	77	9	216	14	10	11	63	1.52
99971--100229	15	16.3	15	72	17	82	13	9	11	65	1.47
100146--100230	30	2.8	30	89	0	125	14	10	11	63	1.52
99997--100260	20	13.7	20	72	15	126	14	10	12	63	1.53
100183--100264	35	2.3	35	77	8	85	17	10	9	62	1.54
106641--106705	22	3.0	22	75	6	53	36	26	10	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107494--107551	20	2.8	20	81	5	62	51	5	6	36	1.51
116186--116238	25	2.1	25	96	0	97	37	18	30	13	1.89
116242--116351	23	4.8	23	87	4	168	43	20	24	10	1.84
116414--116461	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53
122348--122387	18	2.2	19	86	4	55	47	0	2	50	1.14
152262--152291	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
153328--153368	19	2.2	18	86	8	55	41	21	4	31	1.74
158388--158459	30	2.4	31	79	13	78	40	2	2	54	1.29
160571--160642	36	2.0	35	81	2	81	22	2	6	68	1.27
160595--160633	14	2.8	14	84	0	51	23	0	5	71	1.05
164309--164336	14	2.0	14	100	0	56	50	7	7	35	1.57
166198--166306	54	2.0	54	100	0	218	42	7	18	32	1.78
170091--170169	30	2.7	27	77	12	86	36	3	2	56	1.31
171576--171605	15	1.9	16	93	6	53	10	3	0	86	0.67
171569--171605	17	2.2	17	90	0	56	10	2	0	86	0.67
177668--177703	12	3.0	12	100	0	72	8	33	8	50	1.63
197895--197929	18	1.9	18	88	0	52	28	0	11	60	1.32
197966--198004	20	2.0	19	85	5	51	23	0	5	71	1.05
198098--198140	21	2.1	21	91	4	70	25	0	13	60	1.34
198608--198652	23	2.0	21	87	8	63	51	2	8	37	1.46
198841--198890	16	3.2	16	73	21	52	60	6	0	34	1.21
199267--199304	15	2.5	15	95	0	67	21	15	34	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203176--203201	12	2.2	12	100	0	52	19	19	23	38	1.93
203913--203987	4	18.2	4	89	5	114	0	29	0	70	0.87
204614--204694	19	4.2	20	76	9	71	56	2	0	40	1.12
204664--204705	20	2.1	20	90	0	66	50	2	0	47	1.14
207283--207326	14	2.8	16	80	16	56	47	0	0	52	1.00
208553--208602	25	2.0	25	96	0	91	38	28	22	12	1.89
215887--216159	145	1.9	143	90	3	440	32	14	17	35	1.90
215887--216175	144	2.0	145	89	3	440	32	16	16	34	1.91
216259--216298	18	2.2	18	86	0	53	27	0	0	72	0.85
216258--216392	66	2.0	68	77	12	154	31	4	1	62	1.24
216323--216416	19	4.9	19	75	17	95	34	3	3	59	1.29
216350--216435	41	2.1	43	83	12	110	33	4	2	59	1.31
216614--216696	40	2.0	41	84	11	109	38	1	3	56	1.24
216648--216714	29	2.3	30	81	2	82	34	1	1	62	1.13
219571--219600	15	2.0	15	93	0	51	70	10	20	0	1.16
227022--227054	12	2.5	14	90	9	52	75	0	0	24	0.80
230436--230497	30	2.0	30	81	9	70	17	41	20	19	1.90
230730--230790	9	6.8	9	78	0	68	11	21	32	34	1.89
230744--230790	18	2.6	18	93	0	85	10	14	38	36	1.81
230849--230898	24	2.1	24	92	0	82	38	14	34	14	1.85
239269--239311	18	2.4	18	80	7	52	58	0	2	39	1.11
252130--252170	18	2.2	19	83	12	50	7	26	0	65	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253185--253248	29	2.2	29	86	8	85	43	12	10	32	1.77
255607--255662	29	1.9	29	92	0	94	50	10	3	35	1.55
256346--256386	17	2.4	18	80	12	50	70	0	4	24	1.06
262750--262800	24	2.1	24	85	0	66	19	9	13	56	1.65
270386--270426	20	2.0	20	100	0	82	31	4	29	34	1.79
270656--270794	67	2.1	66	90	5	221	51	4	0	44	1.21

Tables:   1

The End!