genome.fa.s15178.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015178.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130222, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  270551

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
634--683	21	2.5	19	78	12	55	50	2	18	30	1.58
10089--10219	17	7.4	17	64	10	64	55	2	27	14	1.51
10085--10237	36	4.2	36	98	0	270	54	2	29	13	1.52
10105--10237	19	7.3	19	63	10	80	56	3	28	12	1.50
10457--10524	34	2.0	34	100	0	136	29	0	23	47	1.52
10509--10549	2	20.5	2	100	0	82	0	0	48	51	1.00
21941--22006	34	2.0	34	93	3	116	66	25	3	4	1.25
23084--23135	6	8.7	6	100	0	104	17	34	32	15	1.91
33614--33742	42	3.0	42	85	5	152	24	24	10	39	1.87
38839--38869	16	2.0	16	93	6	55	19	12	0	67	1.22
38835--38891	22	2.6	22	83	8	64	17	14	1	66	1.33
38850--38891	21	2.0	22	90	4	68	16	11	2	69	1.29
43902--43931	16	1.9	16	93	6	53	16	13	0	70	1.18
43898--43947	22	2.3	22	86	6	66	16	12	2	70	1.26
50637--50670	12	2.8	12	95	0	59	52	0	0	47	1.00
50638--50675	18	2.2	18	81	9	53	57	0	0	42	0.98
52419--52494	24	3.2	24	90	0	116	28	23	22	25	1.99
53710--53743	16	2.1	16	88	0	50	47	5	0	47	1.26
54287--54333	25	1.9	24	91	4	76	42	0	0	57	0.98
54296--54348	18	2.9	18	83	11	72	50	0	0	49	1.00
61443--61789	40	8.7	40	80	2	261	26	17	27	29	1.97
61443--61789	79	4.3	77	81	6	275	26	17	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61443--62048	41	15.1	40	78	5	487	26	17	25	30	1.98
61443--62033	121	4.9	118	79	10	450	26	17	25	29	1.98
61677--62033	162	2.2	161	82	7	418	27	18	23	30	1.98
62060--62253	100	1.9	100	83	6	250	18	27	17	36	1.93
62108--62253	49	2.9	49	73	13	136	19	27	16	36	1.93
67965--67999	14	2.6	14	90	4	54	71	0	5	22	1.07
73600--73631	6	5.3	6	100	0	64	34	65	0	0	0.93
74117--74154	15	2.5	15	87	12	51	39	0	2	57	1.12
77169--77233	29	2.2	28	84	10	78	38	1	7	52	1.40
80241--80328	22	4.2	22	72	16	78	6	4	19	69	1.29
80325--80398	23	3.2	22	72	14	60	13	6	10	68	1.37
80325--80410	12	7.2	12	68	12	52	11	6	12	68	1.38
80337--80410	24	3.2	22	71	16	60	12	6	10	70	1.34
80367--80427	24	2.5	24	76	10	61	9	6	18	65	1.43
82801--82848	21	2.2	22	81	7	53	50	4	2	43	1.33
93533--93577	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
101476--101564	22	4.3	20	77	13	76	7	5	17	68	1.34
101585--101658	23	3.2	24	84	3	98	13	6	8	71	1.29
101597--101675	12	6.7	12	75	8	63	10	6	15	68	1.37
101572--101691	23	5.2	22	75	12	82	11	5	14	69	1.34
112757--112824	31	2.2	31	97	0	127	29	11	5	52	1.61
119877--119901	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123828--123859	17	2.0	17	88	11	50	59	3	6	31	1.38
125740--125810	24	3.1	23	80	15	85	56	9	9	23	1.62
125758--125797	20	2.0	20	95	0	71	57	10	10	22	1.61
127752--127802	24	2.1	24	85	7	68	52	9	9	27	1.65
128891--128956	29	2.2	29	84	7	80	24	13	0	62	1.31
129650--129679	11	2.6	12	89	10	53	23	0	0	76	0.78
129676--129725	16	3.1	16	73	23	50	72	4	0	24	1.02
130755--130924	30	5.7	30	82	12	181	41	17	1	38	1.60
130750--130924	61	2.9	61	82	10	216	42	17	2	37	1.62
138140--138247	30	3.6	30	83	0	135	40	19	3	36	1.69
139896--139934	4	9.8	4	100	0	78	51	0	23	25	1.49
142840--142898	21	2.7	22	82	12	68	49	1	1	47	1.21
145036--145086	24	2.1	25	85	10	70	64	0	1	33	1.05
145612--145802	59	3.2	60	83	2	240	25	16	10	47	1.78
157085--157341	129	2.0	129	90	0	406	36	17	15	30	1.91
157126--157372	129	1.9	127	82	6	293	39	17	16	26	1.91
159655--159852	78	2.5	78	90	0	315	51	10	8	30	1.65
160448--160483	19	1.9	18	88	5	54	36	33	5	25	1.79
160692--160734	22	2.0	22	86	9	61	16	13	13	55	1.69
168174--168208	19	1.9	18	88	11	54	45	5	8	40	1.58
168523--168569	20	2.3	20	89	7	69	12	2	2	82	0.84
168531--168569	6	6.2	6	88	5	51	12	0	2	84	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168523--168569	7	7.0	7	81	16	55	12	2	2	82	0.84
168523--168569	13	3.5	13	80	13	60	12	2	2	82	0.84
174511--174535	5	5.0	5	100	0	50	40	20	0	40	1.52
186763--186791	6	4.8	6	100	0	58	51	0	34	13	1.42
197448--197498	16	3.2	15	76	17	50	62	0	0	37	0.95
200829--200888	26	2.3	26	85	2	75	58	3	26	11	1.49
214190--214225	14	2.6	15	83	16	51	52	2	0	44	1.15
214790--214876	22	4.1	21	77	12	79	14	4	11	68	1.34
214912--215005	12	8.0	12	69	13	70	12	2	10	74	1.16
214912--215005	35	2.7	35	85	9	120	12	2	10	74	1.16
214904--215012	23	4.5	23	74	19	80	14	1	11	72	1.20
214917--215026	35	3.2	34	82	11	86	14	1	10	72	1.19
215455--215517	27	2.4	28	84	10	71	61	7	1	28	1.33
215465--215517	27	2.0	27	89	7	74	66	5	1	26	1.25
216030--216065	17	2.1	17	89	5	54	50	0	5	44	1.25
216296--216350	29	1.9	28	85	10	76	30	9	0	60	1.28
217685--217738	23	2.3	23	80	0	63	68	7	1	22	1.24
218278--218323	23	2.0	24	83	12	60	67	2	2	28	1.14
218296--218337	15	2.7	16	88	3	59	71	2	2	23	1.10
221497--221536	20	1.9	22	90	10	66	5	7	20	67	1.34
221497--221535	21	1.9	20	89	5	60	5	7	20	66	1.36
221493--221544	22	2.5	20	84	6	68	5	5	19	69	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221493--221598	52	2.0	52	85	3	142	6	5	17	69	1.30
229399--229438	21	1.9	21	85	10	55	77	2	0	20	0.88
243349--243582	119	2.0	120	84	5	314	27	23	12	36	1.91
252955--252994	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
256081--256113	14	2.2	16	89	10	52	69	0	3	27	1.03
256572--256808	125	1.9	124	89	4	372	21	20	10	47	1.80
257195--257263	20	3.7	20	68	18	58	49	1	11	37	1.48
257197--257264	35	1.9	36	90	3	111	50	1	11	36	1.48
257776--257834	31	2.0	31	86	6	86	37	1	10	50	1.46
257781--257845	29	2.2	31	83	5	80	38	4	12	44	1.63
258188--258229	18	2.3	19	84	12	61	26	2	0	71	0.98
259224--259450	30	7.8	29	83	8	273	34	0	25	38	1.62
260511--260571	27	2.2	28	85	5	79	22	11	31	34	1.90
260617--260806	30	6.4	28	73	11	87	33	4	29	32	1.78
260640--260981	59	5.8	57	80	6	328	32	3	30	33	1.75
260732--260953	29	7.6	29	79	11	211	33	2	28	35	1.72
260645--260995	30	12.0	29	78	9	338	32	3	30	33	1.74
262042--262110	3	22.0	3	74	14	59	36	2	1	59	1.21
262081--262111	16	1.9	16	93	0	53	38	6	0	54	1.26
262851--262939	17	5.1	17	78	10	81	49	2	4	43	1.35
262866--262931	6	11.2	6	74	9	64	53	0	4	42	1.21
262866--262939	17	4.2	18	86	6	91	52	0	4	43	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263766--263806	3	13.7	3	100	0	82	34	0	0	65	0.93
264702--264761	17	3.4	17	76	17	59	66	0	3	30	1.07
264702--264757	20	3.0	18	82	14	69	66	0	3	30	1.09
264998--265039	14	2.7	15	82	10	50	26	9	4	59	1.48
265440--265480	20	1.9	21	85	14	57	53	0	0	46	1.00

Tables:   1

The End!