genome.fa.s15209.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015209.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130253, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  307560

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3404--3433	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
4510--4651	33	4.4	33	75	5	128	21	29	20	28	1.98
31171--31203	5	6.6	5	92	0	57	0	21	0	78	0.75
51401--51425	9	2.8	9	100	0	50	48	0	0	52	1.00
57224--57367	59	2.4	59	82	3	173	25	12	9	52	1.70
60086--60129	21	2.0	22	83	12	56	50	9	4	36	1.55
61943--62028	41	2.1	42	86	2	120	39	5	6	47	1.55
62307--62363	25	2.3	24	78	3	60	38	10	5	45	1.61
63923--64017	36	2.5	39	75	18	94	58	2	2	36	1.21
73361--73695	165	2.0	165	99	0	661	24	25	8	41	1.82
80359--80473	63	1.9	59	84	8	151	52	14	5	27	1.63
80356--80454	31	3.3	31	67	20	77	52	14	5	28	1.62
102764--102819	30	1.9	29	88	3	78	19	19	8	51	1.73
102763--102826	30	2.2	30	80	2	76	20	18	7	53	1.69
107899--107968	36	1.9	36	91	0	113	22	22	27	27	1.99
109008--109039	16	1.9	17	93	6	57	75	15	6	3	1.14
109706--109748	22	2.0	22	85	0	59	46	0	9	44	1.35
113190--113239	19	2.6	19	78	12	57	40	4	4	52	1.39
113192--113239	20	2.5	18	78	21	53	39	4	4	52	1.40
125352--125430	31	2.5	31	84	11	108	26	15	11	46	1.79
125638--125733	31	3.2	31	71	16	92	44	12	17	25	1.84
125621--125733	60	1.9	60	86	0	163	46	11	16	24	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133193--133218	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
133231--133267	14	2.6	15	83	12	51	2	10	2	83	0.84
133950--133989	19	2.1	19	90	0	62	15	2	22	60	1.47
133982--134021	18	2.2	18	86	8	55	20	0	15	65	1.28
137245--137306	30	2.0	31	87	3	90	48	4	0	46	1.23
139940--140000	31	2.0	30	83	3	77	44	3	1	50	1.28
142590--142644	21	2.8	20	78	15	60	56	0	0	43	0.99
142601--142647	22	2.1	23	84	11	62	61	0	0	38	0.96
142601--142644	21	2.0	22	87	12	65	61	0	0	38	0.96
146984--147235	29	8.7	28	79	10	222	32	2	28	36	1.70
146982--147146	87	1.9	86	92	3	278	30	3	30	35	1.73
146982--147200	87	2.5	87	86	6	277	31	2	29	36	1.72
146994--147267	59	4.7	56	79	12	234	31	3	28	36	1.75
147192--147260	30	2.3	30	82	0	75	34	7	21	36	1.81
146984--147273	87	3.3	85	80	8	219	32	4	28	34	1.76
149046--149115	6	12.0	6	73	22	60	50	2	1	45	1.25
149065--149098	11	2.9	12	86	8	52	52	2	0	44	1.16
149065--149100	17	2.1	17	94	0	63	50	2	0	47	1.15
149046--149115	23	3.0	23	83	10	79	50	2	1	45	1.25
153190--153238	18	2.5	20	75	18	59	57	0	0	42	0.99
157270--157294	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
160760--160819	31	1.9	31	89	0	93	51	11	6	30	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165551--165601	16	3.3	16	69	20	54	49	9	9	31	1.69
165546--165608	30	2.1	30	100	0	126	47	9	9	33	1.68
169836--169886	26	1.9	27	92	4	86	19	15	15	49	1.80
187970--188219	111	2.3	109	84	5	306	21	16	21	40	1.91
188482--188809	157	2.1	157	93	0	557	26	22	14	36	1.92
194006--194041	3	12.0	3	100	0	72	33	0	33	33	1.58
194852--194884	17	1.9	17	93	0	57	60	0	6	33	1.21
196116--196159	20	2.2	20	96	4	81	31	0	9	59	1.29
196423--196467	22	2.0	23	83	8	58	64	0	4	31	1.13
210474--210511	13	2.7	15	80	19	55	65	0	34	0	0.93
213206--213230	8	3.1	8	100	0	50	16	0	0	84	0.63
219486--219512	6	4.5	6	100	0	54	18	18	33	29	1.95
225887--225920	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
248133--248180	24	2.0	24	84	8	62	35	2	2	60	1.20
248145--248194	15	2.9	18	77	22	63	36	0	0	64	0.94
248503--248568	31	2.2	29	83	5	78	50	3	3	43	1.33
248515--248617	54	2.0	51	81	12	120	47	4	2	44	1.39
257987--258421	29	14.9	29	75	8	319	32	29	3	34	1.76
257987--258274	29	9.7	30	81	9	342	32	31	2	33	1.72
257987--258388	59	6.9	58	78	7	329	32	29	3	34	1.76
258637--258829	97	2.0	96	82	10	234	29	19	13	37	1.90
265056--265100	9	4.9	9	83	5	63	48	2	0	48	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265056--265100	19	2.4	18	85	7	63	48	2	0	48	1.13
274544--274570	13	2.1	13	100	0	54	7	37	22	33	1.82
276934--277062	63	2.0	63	95	0	231	33	23	22	20	1.97
282308--282579	137	2.0	137	97	0	517	43	11	9	36	1.73
287065--287099	18	2.1	17	89	10	54	42	0	14	42	1.45
287065--287103	18	2.1	18	85	4	51	43	0	12	43	1.42
288838--288937	36	2.8	36	81	1	119	23	19	7	51	1.71
291635--291675	19	2.2	19	86	4	57	17	19	14	48	1.81
291892--291962	29	2.6	27	84	8	81	54	0	7	38	1.27
291907--291962	29	2.0	28	89	3	85	55	0	8	35	1.31
296906--296949	17	2.6	18	80	20	58	27	0	4	68	1.09
297373--297440	31	2.2	31	78	0	73	42	13	5	38	1.68
300017--300045	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
306012--306049	18	2.1	18	85	9	51	65	5	2	26	1.27
307436--307526	23	4.1	22	80	5	94	46	21	19	12	1.83
307436--307524	46	2.0	44	93	4	151	44	22	20	12	1.84
307456--307560	23	4.5	24	79	9	110	42	21	23	11	1.85
307448--307560	46	2.4	45	82	10	131	43	22	23	11	1.85

Tables:   1

The End!