genome.fa.s15225.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015225.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130269, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  377715

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840--1143	30	10.3	29	79	10	323	34	4	28	32	1.77
816--1162	118	2.9	116	83	5	412	35	4	27	32	1.76
840--1162	59	5.5	59	85	2	371	34	4	27	32	1.77
2151--2201	18	2.7	18	85	14	59	41	0	0	58	0.98
2159--2201	21	2.0	21	90	0	68	44	0	0	55	0.99
2892--2983	17	5.3	17	75	8	87	53	3	1	42	1.24
3406--3916	206	2.5	206	83	1	630	24	21	18	35	1.95
3815--4025	115	1.8	115	85	2	298	23	22	19	33	1.97
14739--14780	20	2.1	20	100	0	84	28	4	14	52	1.62
16850--16968	59	2.0	59	100	0	238	26	36	15	21	1.93
27365--27415	24	2.1	24	85	3	66	56	5	3	33	1.42
28577--28604	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
36251--36445	97	2.0	98	82	5	234	38	13	16	30	1.87
36703--37136	58	7.4	58	81	8	311	40	2	24	32	1.67
36709--37023	117	2.7	117	81	8	322	40	2	24	32	1.68
36851--37141	29	10.0	28	73	13	178	42	1	22	33	1.64
38246--38320	18	4.2	17	73	18	64	36	2	5	56	1.36
38286--38328	3	13.7	3	80	9	50	32	2	2	62	1.20
47533--47614	28	3.0	28	81	12	89	36	1	2	59	1.18
62464--62565	51	2.0	51	92	0	168	43	12	10	33	1.78
64529--64707	54	3.3	53	74	6	164	36	21	11	30	1.89
64531--64707	27	6.6	27	74	6	90	36	20	11	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67508--67550	13	3.0	15	80	19	56	53	0	0	46	1.00
67521--67560	8	5.0	8	84	0	53	47	2	0	50	1.14
67521--67585	24	2.7	25	76	4	71	47	3	0	49	1.17
67518--67551	16	2.1	16	94	0	59	52	0	0	47	1.00
74178--74233	27	2.0	27	83	13	69	55	0	8	35	1.31
78486--78528	11	4.3	9	83	16	50	30	0	2	67	1.03
78486--78525	20	1.9	22	90	10	66	32	0	2	65	1.06
83813--83864	4	13.8	4	84	11	74	76	0	23	0	0.78
83813--83867	11	4.9	11	88	4	83	76	0	23	0	0.79
85963--86002	3	14.0	3	84	10	57	70	27	0	2	1.01
98538--98571	15	2.4	14	90	5	50	32	0	0	67	0.91
100762--100795	4	8.5	4	100	0	68	47	0	0	52	1.00
101594--101618	10	2.5	10	100	0	50	40	0	0	60	0.97
106296--106389	46	2.0	46	95	0	170	39	13	4	42	1.64
106421--106459	5	7.8	5	100	0	78	20	58	0	20	1.39
106418--106473	15	3.8	15	85	2	60	30	50	0	19	1.48
115587--115685	23	4.4	22	87	5	110	42	25	21	11	1.85
118659--118704	22	2.1	21	84	4	56	17	4	0	78	0.91
118671--118727	18	3.1	18	76	16	55	26	1	0	71	0.95
119707--119747	21	2.0	21	85	4	57	43	2	0	53	1.13
121146--121210	26	2.4	26	78	17	69	35	4	12	47	1.62
124833--124886	2	27.0	2	92	0	90	46	0	3	50	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126363--126399	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
127288--127320	15	2.2	15	94	0	57	57	0	3	39	1.14
130378--130412	13	2.7	13	90	0	52	65	5	5	22	1.36
132361--132387	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
132675--132731	28	2.0	28	83	12	73	64	3	5	26	1.30
132999--133080	30	2.7	31	81	9	105	36	13	9	40	1.78
132979--133077	31	3.2	31	77	5	103	35	14	12	38	1.83
135779--135817	6	6.7	6	85	5	53	41	0	0	58	0.98
135768--135813	23	2.0	23	82	0	56	43	4	0	52	1.21
135835--135894	14	4.1	14	70	12	50	58	1	1	38	1.18
138045--138096	26	2.0	26	92	0	86	23	13	13	50	1.77
142125--142244	31	3.9	31	73	16	122	45	11	17	25	1.82
142922--142994	29	2.5	30	82	4	78	45	6	2	45	1.44
146831--147050	109	2.0	108	88	2	325	36	15	29	18	1.92
154731--154772	21	2.0	21	95	0	75	19	11	28	40	1.87
155947--155971	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
171162--171217	28	2.0	27	93	3	94	17	5	12	64	1.45
173882--173933	21	2.5	21	73	14	54	13	23	0	63	1.29
180243--180267	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
181925--181949	4	6.2	4	100	0	50	28	0	24	48	1.52
182119--182171	6	8.8	6	82	0	70	35	3	15	45	1.64
184903--184939	16	2.3	16	85	0	56	27	16	8	48	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191909--191948	10	4.1	10	83	6	55	60	5	0	35	1.19
191892--191984	19	4.9	19	72	12	68	62	3	4	30	1.30
192015--192066	21	2.5	20	79	11	61	57	1	1	38	1.21
192021--192072	21	2.4	23	78	12	65	57	3	1	36	1.28
192580--192633	19	2.9	17	77	17	63	37	5	0	57	1.22
192592--192652	18	3.3	18	79	4	59	34	1	1	62	1.15
192637--192684	24	2.0	25	88	12	73	31	0	2	66	1.03
192642--192694	24	2.2	22	78	15	52	33	1	1	62	1.17
196277--196325	24	2.1	23	85	11	64	46	0	2	51	1.12
196695--196736	22	1.9	22	85	9	59	50	2	7	40	1.43
196910--196950	16	2.6	17	81	14	52	41	4	4	48	1.46
204105--204185	31	2.6	32	86	2	101	39	11	18	30	1.86
204113--204185	32	2.3	31	88	2	101	38	12	19	30	1.88
204746--204801	19	3.0	19	70	12	53	30	1	3	64	1.21
211892--212037	80	1.9	76	85	5	202	25	21	8	45	1.79
212789--212817	13	2.1	14	93	6	51	10	13	6	68	1.37
225323--225387	31	2.1	31	82	2	76	29	7	9	53	1.60
225457--225484	14	2.0	14	100	0	56	28	0	14	57	1.38
228000--228046	23	2.0	23	91	0	76	42	14	19	23	1.88
233011--233049	20	2.0	20	94	0	69	51	25	5	17	1.66
234235--234265	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
238740--238780	8	5.1	8	78	21	50	34	2	0	63	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238787--238833	22	2.1	22	84	4	58	44	0	2	53	1.12
246894--246955	31	2.1	30	84	6	81	45	9	9	35	1.70
246892--246958	29	2.3	27	78	14	71	43	8	10	37	1.71
247503--247536	18	1.9	18	94	5	61	47	5	0	47	1.26
247648--247694	20	2.3	20	78	10	51	31	4	0	63	1.13
251034--251078	15	2.9	15	83	3	63	8	4	4	82	0.94
251035--251087	16	3.3	16	76	5	54	11	3	3	81	0.96
257153--257182	14	2.1	15	93	6	53	6	3	0	90	0.56
261547--261592	18	2.5	18	85	3	56	34	15	15	34	1.89
263192--263230	21	1.9	20	84	5	51	48	2	0	48	1.15
277121--277193	35	2.1	35	92	0	119	30	13	16	39	1.87
281418--281473	28	1.9	30	82	7	71	44	21	7	26	1.78
288367--288407	12	3.6	12	80	9	50	53	2	0	43	1.13
288347--288398	18	2.8	18	82	2	59	51	1	0	46	1.12
292182--292233	15	3.5	15	75	17	54	59	0	1	38	1.08
298870--298978	35	3.1	36	90	2	166	14	22	20	42	1.88
298937--299090	60	2.6	60	89	2	229	23	16	16	44	1.86
299871--299968	30	3.3	30	88	2	117	61	4	6	28	1.38
300737--300797	22	2.8	21	87	5	86	19	8	32	39	1.81
300891--301087	84	2.3	83	93	3	340	49	3	5	42	1.42
301221--301268	12	3.7	12	75	20	51	39	8	0	52	1.32
301230--301264	17	2.1	16	89	5	52	48	8	0	42	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
301221--301277	28	2.0	28	86	0	78	42	10	0	47	1.38
302039--302088	26	2.0	25	84	4	64	34	2	0	64	1.05
302819--303012	61	3.2	60	86	5	266	40	15	18	24	1.90
303055--303205	59	2.5	59	87	5	205	38	15	15	29	1.89
303069--303221	59	2.5	60	86	4	175	35	16	19	28	1.94
304650--304692	16	2.6	17	82	10	54	30	25	2	41	1.68
317094--317171	28	2.7	28	77	15	70	51	2	2	43	1.29
317120--317177	29	2.0	28	83	3	71	51	5	0	43	1.24
319398--319468	32	2.2	32	87	7	99	19	11	11	57	1.63
324590--324635	23	2.0	23	100	0	92	34	8	13	43	1.74

Tables:   1   2