genome.fa.s15227.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015227.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130272, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  249131

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837--1302	29	16.0	29	77	9	409	35	28	3	31	1.75
13085--13855	204	3.8	204	86	1	983	37	20	20	20	1.94
14192--14265	17	4.4	17	89	0	112	44	1	1	52	1.17
14199--14267	6	12.0	6	72	25	60	46	1	1	50	1.19
14833--14884	3	17.0	3	82	4	50	55	1	1	40	1.22
14947--14997	3	17.0	3	78	8	50	56	0	5	37	1.23
14947--15023	30	2.5	30	81	6	84	55	0	6	37	1.26
15470--15510	21	2.0	21	95	0	73	12	4	26	56	1.56
15994--16460	30	15.8	29	77	9	408	38	27	2	32	1.70
15994--16460	59	7.9	60	77	7	332	38	27	2	32	1.70
16122--16519	118	3.4	117	79	10	368	36	26	3	33	1.73
23118--23157	5	8.0	5	100	0	80	0	20	40	40	1.52
25622--25659	20	1.9	20	88	0	58	55	2	0	42	1.14
26894--26963	23	3.0	23	80	2	86	41	15	12	30	1.85
29070--29101	15	2.1	15	94	0	55	21	15	15	46	1.83
30586--30623	16	2.4	16	79	16	51	65	0	2	31	1.06
31482--31515	15	2.3	15	89	0	50	73	0	2	23	0.97
39192--39251	24	2.5	25	87	12	90	35	0	1	63	1.05
39192--39257	23	2.8	22	82	11	78	34	0	1	63	1.04
54389--54436	19	2.5	19	83	6	53	60	2	2	35	1.20
54429--54490	19	3.5	16	74	18	52	69	4	1	24	1.17
54692--54724	15	2.1	16	88	11	50	30	6	6	57	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54715--54771	20	2.9	19	69	21	55	29	8	3	57	1.45
54755--54796	18	2.3	19	83	4	59	30	4	2	61	1.29
55033--55106	29	2.5	29	88	4	103	50	14	12	22	1.77
55309--55359	17	2.8	18	82	8	59	31	1	1	64	1.15
62207--62263	28	2.0	28	86	6	80	36	15	8	38	1.79
66786--66867	17	4.8	17	83	0	101	43	2	3	50	1.33
66786--66874	6	15.3	6	68	19	55	44	2	3	49	1.31
66785--66867	34	2.4	34	85	0	112	44	2	3	49	1.32
66838--66882	24	1.9	23	90	4	72	48	0	0	51	1.00
68605--68855	30	8.5	29	75	13	108	39	26	2	31	1.71
68576--68912	59	5.7	59	75	10	228	37	26	3	32	1.73
68656--68859	30	6.9	30	75	11	172	39	29	1	28	1.68
68576--68912	88	3.8	89	79	7	316	37	26	3	32	1.73
69143--69328	96	1.9	96	85	7	254	31	16	14	37	1.89
73504--73531	12	2.3	12	100	0	56	17	42	0	39	1.50
73504--73544	12	3.2	13	81	18	50	21	39	0	39	1.54
94952--95033	31	2.6	32	80	7	96	29	15	12	42	1.83
99347--99386	21	1.9	21	89	0	62	40	15	15	30	1.87
99366--99438	38	1.9	38	88	0	110	28	13	17	39	1.88
101308--101382	30	2.5	30	78	6	80	50	13	12	24	1.75
112539--112610	11	7.3	11	67	27	54	37	1	2	58	1.21
112543--112598	17	3.2	18	85	7	80	39	0	3	57	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112561--112627	29	2.3	29	89	0	98	41	1	1	55	1.18
112578--112610	11	2.9	11	95	4	57	36	3	0	60	1.12
112539--112629	46	2.0	46	85	8	123	41	1	2	54	1.19
112589--112631	18	2.4	18	88	3	61	46	2	0	51	1.13
113342--113409	3	22.0	3	79	11	66	60	1	1	36	1.15
114436--114919	59	8.2	59	83	5	568	35	25	3	35	1.73
114397--115030	30	21.6	29	77	11	508	35	25	4	35	1.76
119741--119766	11	2.4	11	100	0	52	30	0	30	38	1.58
123364--123607	120	2.0	120	92	1	409	35	20	20	23	1.96
123364--123642	120	2.3	120	88	2	355	36	19	20	22	1.95
124046--124116	6	12.3	6	69	19	53	45	1	1	52	1.18
124046--124115	11	6.2	11	74	14	54	44	1	1	52	1.18
124059--124116	17	3.4	17	85	4	71	44	1	1	51	1.21
124076--124118	18	2.4	18	88	3	61	46	2	0	51	1.13
136557--136606	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
136779--136834	21	2.7	21	81	13	71	28	33	8	28	1.87
142011--142053	18	2.5	17	76	3	50	34	0	2	62	1.08
145345--145375	11	2.7	12	90	10	55	51	0	32	16	1.44
145398--145442	23	2.0	22	86	4	63	53	2	0	44	1.13
145429--145471	13	3.2	13	77	6	50	55	0	0	44	0.99
146281--146327	9	5.1	9	82	5	58	80	2	0	17	0.80
146281--146336	19	3.1	17	80	12	58	76	1	0	21	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146286--146336	18	2.8	19	85	11	63	76	1	0	21	0.88
146284--146398	28	3.9	28	76	10	88	63	2	1	32	1.18
146313--146398	30	2.9	28	76	10	82	58	2	2	37	1.24
146311--146382	30	2.4	30	81	6	85	58	1	1	38	1.15
146389--146442	23	2.4	22	85	11	74	64	1	3	29	1.21
146426--146525	38	2.6	40	79	7	100	61	3	6	30	1.35
146399--146521	10	12.4	9	67	22	61	61	2	6	29	1.34
146423--146510	20	4.6	19	77	6	79	62	3	6	27	1.37
146569--146618	20	2.6	20	76	17	52	36	2	2	60	1.20
151176--151208	13	2.6	13	90	4	50	21	0	27	51	1.48
157442--157471	10	2.8	11	90	10	53	66	6	6	20	1.38
158504--158542	20	1.9	21	84	5	53	33	10	2	53	1.48
160406--160449	22	2.2	19	84	12	52	29	20	9	40	1.83
160508--160542	18	1.9	18	88	0	52	48	17	11	22	1.79
163427--163480	25	2.2	24	81	15	67	38	0	0	61	0.96
163430--163480	24	2.2	24	86	10	70	39	0	0	60	0.97
172479--172581	43	2.4	43	85	0	125	46	15	25	12	1.81
177113--177152	21	1.9	21	100	0	80	37	12	10	40	1.77
179998--180073	27	2.7	26	78	13	80	26	14	22	36	1.92
180124--180240	62	1.9	62	87	5	175	32	12	23	31	1.92
185075--185158	17	5.1	16	81	5	87	35	0	8	55	1.30
185076--185158	34	2.5	34	88	2	114	34	0	8	56	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185537--185577	22	1.9	22	85	5	57	68	9	9	12	1.40
185756--185803	25	1.9	25	91	0	78	56	2	10	31	1.45
186829--187081	29	8.7	29	77	11	146	35	23	3	37	1.72
186839--187088	59	4.3	58	76	7	204	35	23	3	38	1.72
186975--187108	28	4.7	28	79	12	139	35	28	3	32	1.75
186862--187109	29	8.6	28	79	9	173	35	24	3	36	1.73
186862--187168	29	10.6	28	77	12	162	35	24	5	34	1.78
186978--187207	29	8.1	28	75	13	143	33	27	7	30	1.84
189599--189627	10	2.9	10	100	0	58	27	20	31	20	1.98
192294--192331	18	2.0	20	85	10	53	65	0	0	34	0.93
192356--192419	20	3.3	18	81	14	65	68	3	0	28	1.04
192382--192429	20	2.3	20	86	10	62	72	2	0	25	0.95
193052--193098	22	2.1	22	84	7	60	44	4	10	40	1.59
194954--194992	17	2.2	18	86	4	53	30	0	17	51	1.46
210423--210613	52	3.7	52	86	4	253	25	11	24	38	1.89
210422--210653	102	2.2	104	84	1	297	26	12	24	36	1.91
211205--211229	11	2.3	11	100	0	50	40	0	48	12	1.40
219111--219343	52	4.5	52	85	1	254	28	13	22	36	1.92
221970--221997	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
227993--228054	30	2.1	30	90	0	97	24	4	16	54	1.61
240417--240551	72	1.9	72	96	0	252	48	8	14	28	1.72
242109--242247	60	2.3	60	81	4	156	56	1	2	40	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243015--243090	6	13.2	6	78	8	86	43	0	2	53	1.14
243016--243090	11	6.5	11	78	7	62	42	0	2	54	1.14
242983--243090	17	6.2	17	86	6	146	41	0	3	54	1.18
243015--243123	17	6.6	17	79	14	86	44	0	2	51	1.22
243081--243123	18	2.4	18	88	3	61	46	2	2	48	1.27
243795--243862	12	5.3	12	76	13	64	51	0	1	47	1.09
243816--243877	15	4.3	15	78	13	58	56	3	1	38	1.25
244948--245404	59	7.8	59	77	6	387	36	29	2	30	1.72
244948--245359	118	3.5	117	82	4	465	38	29	2	29	1.69
244942--245404	29	15.8	30	75	9	341	36	30	2	30	1.72

Tables:   1   2