genome.fa.s15228.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015228.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130273, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  217377

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8498--8655	55	2.9	55	82	2	156	27	17	18	36	1.93
8550--8660	28	4.0	28	76	11	102	27	19	18	35	1.95
12754--12810	22	2.6	22	78	13	55	64	5	26	3	1.30
12773--12805	16	2.1	16	94	5	59	69	0	30	0	0.88
13872--13946	35	2.1	35	100	0	150	45	8	21	25	1.79
16508--16544	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
17812--17847	3	12.3	3	94	5	65	0	30	0	69	0.89
28498--28557	21	2.9	21	82	5	68	31	23	15	30	1.95
29229--29500	42	6.4	42	75	7	185	25	25	11	38	1.89
29229--29463	128	1.8	126	81	3	292	25	24	11	38	1.88
29229--29490	128	2.1	126	80	2	283	24	25	12	37	1.90
41578--41651	37	2.0	37	97	0	139	17	21	31	29	1.96
46906--47164	42	6.2	40	76	10	191	27	25	11	35	1.91
46896--47156	128	2.1	124	80	5	283	25	26	12	36	1.91
46943--47207	84	3.1	85	84	3	302	25	26	12	35	1.91
47063--47197	42	3.2	42	75	0	153	22	27	14	35	1.93
48203--48335	32	4.4	31	80	8	148	21	0	29	49	1.49
48203--48342	61	2.3	61	97	0	262	20	0	29	50	1.49
48302--48356	23	2.4	23	84	3	67	27	0	29	43	1.55
48333--48475	62	2.3	63	89	3	209	21	2	27	48	1.64
50094--50166	30	2.4	30	90	0	110	20	2	47	28	1.64
52361--52388	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52750--52840	36	2.5	36	94	0	155	32	7	7	51	1.59
54804--54845	21	2.0	21	90	0	66	33	4	16	45	1.69
57246--57322	37	2.1	37	85	4	102	41	23	9	25	1.84
57745--57786	21	2.0	22	85	4	59	35	19	16	28	1.93
57914--57955	21	2.0	21	90	0	66	33	4	19	42	1.72
58075--58393	161	2.0	159	88	2	478	35	19	13	31	1.91
58613--58642	9	3.3	9	95	0	51	36	0	23	40	1.55
60159--60207	22	2.2	22	92	0	80	59	16	6	18	1.57
60714--60752	17	2.2	18	95	4	71	20	2	5	71	1.17
63478--63514	15	2.7	14	88	12	51	72	0	0	27	0.84
63448--63518	22	3.0	22	82	12	79	66	2	2	28	1.20
63531--63585	23	2.4	22	76	8	56	60	5	9	25	1.49
65233--66189	50	19.2	50	74	6	607	23	22	16	38	1.93
65233--66184	150	6.4	149	74	7	700	23	22	16	38	1.93
71474--71577	51	2.0	51	100	0	208	25	19	21	33	1.97
72704--72870	73	2.3	73	80	4	167	25	17	28	28	1.98
73020--73092	38	1.9	38	82	0	92	36	17	17	27	1.93
75482--75551	22	3.0	22	76	13	70	67	4	2	25	1.23
75487--75557	30	2.4	29	80	4	70	66	4	1	28	1.19
76408--76468	30	2.1	29	81	9	70	45	6	3	44	1.46
77174--77221	23	2.1	23	96	3	89	39	0	4	56	1.19
77748--77796	18	2.6	19	80	6	55	63	4	0	32	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77890--77916	3	9.0	3	100	0	54	0	0	33	66	0.92
78859--78907	22	2.4	20	83	12	64	65	4	2	28	1.22
82532--82595	21	3.0	21	79	4	58	35	23	17	23	1.95
83226--83325	36	2.8	36	87	0	164	23	27	15	35	1.94
88589--88622	17	2.0	17	100	0	68	41	17	5	35	1.74
89618--89666	11	4.5	10	78	16	53	2	16	0	81	0.78
89620--89664	23	2.0	23	86	8	65	2	17	0	80	0.82
90394--90440	24	2.0	24	91	0	76	4	25	8	61	1.43
90739--90783	3	14.7	3	81	4	54	0	37	0	62	0.96
90738--90775	18	2.1	18	95	0	67	0	36	0	63	0.95
117614--117855	49	4.9	48	69	12	134	39	17	23	19	1.92
117647--117909	50	5.3	49	69	14	180	37	17	23	20	1.94
117618--117934	100	3.2	98	84	6	394	39	16	23	20	1.92
117671--117940	50	5.5	50	69	15	177	38	16	25	20	1.92
118635--118669	18	1.9	18	94	0	61	11	45	17	25	1.81
125383--125436	21	2.6	21	84	0	72	33	25	12	27	1.93
126148--126255	25	4.2	25	85	5	128	34	23	18	24	1.96
126114--126228	50	2.3	50	80	10	135	33	22	19	25	1.97
126192--126264	27	2.8	27	93	4	123	36	24	16	21	1.94
134605--134722	58	2.0	58	100	0	236	22	18	13	45	1.84
138460--138486	14	1.9	14	100	0	54	62	14	7	14	1.51
140528--140554	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140764--140828	18	3.4	19	74	18	55	63	1	1	33	1.13
142274--142322	14	3.6	14	73	15	50	8	6	18	67	1.37
142325--142381	20	2.9	20	84	2	71	10	7	19	63	1.49
142376--142502	12	10.9	12	74	6	109	11	4	11	72	1.26
142359--142495	36	3.9	35	79	10	147	11	5	11	70	1.32
142419--142466	21	2.3	20	79	10	53	12	4	10	72	1.24
142382--142503	56	2.2	57	84	1	156	10	4	12	72	1.27
145927--145966	20	2.0	21	85	14	57	45	0	27	27	1.54
151302--151374	17	4.4	17	87	1	103	43	0	2	53	1.15
151307--151374	6	11.8	6	72	20	56	44	0	2	52	1.16
151405--151445	15	2.7	15	92	0	73	46	26	9	17	1.79
152049--152096	18	2.9	17	77	22	57	52	0	0	47	1.00
152051--152097	7	7.1	7	79	13	55	53	0	0	46	1.00
153203--153459	29	8.8	29	74	13	210	33	31	3	32	1.75
153203--153491	59	5.0	57	79	9	284	33	30	3	32	1.76
153203--153491	29	9.9	28	70	17	139	33	30	3	32	1.76
156150--156193	22	2.1	21	87	8	63	27	2	13	56	1.49
159754--159878	52	2.4	52	93	1	207	28	12	21	36	1.91
164641--164712	25	2.9	25	80	12	67	63	8	2	25	1.36
168240--168318	25	3.0	26	76	12	81	65	2	3	27	1.22
171933--171990	30	2.0	29	89	3	89	50	8	10	31	1.67
171933--171998	30	2.3	29	84	10	82	51	7	10	30	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175004--175094	45	2.0	45	100	0	182	29	8	15	46	1.76
175017--175091	24	3.2	24	65	24	70	25	9	16	49	1.75
185559--185588	13	2.3	13	100	0	60	23	13	16	46	1.82
185836--185990	77	2.0	77	93	2	267	32	33	10	23	1.89
192715--192759	24	1.9	23	86	4	63	64	28	2	4	1.25
196424--196473	14	3.3	15	73	18	50	66	0	2	32	1.03
199491--199550	30	2.0	30	90	0	93	41	16	11	30	1.84
199646--199717	30	2.4	30	83	6	83	50	18	12	19	1.78
200168--200201	9	3.8	9	92	0	50	47	14	11	26	1.79
200165--200201	18	2.1	18	94	0	65	48	13	10	27	1.75
200524--200548	13	1.9	13	100	0	50	12	32	0	56	1.36
203582--203657	21	3.3	21	78	19	89	21	36	5	36	1.76
203604--203691	27	3.3	27	91	0	131	20	40	4	34	1.73
207133--207166	18	1.9	17	94	5	59	35	20	2	41	1.68
210830--210968	66	2.1	68	86	5	194	40	25	13	20	1.89
211735--211764	13	2.3	13	100	0	60	26	13	33	26	1.93
212897--213119	36	6.2	36	84	2	268	35	21	9	32	1.87
212897--213100	108	1.9	108	89	0	318	36	22	10	29	1.88
216437--216929	59	8.4	60	84	4	558	28	2	32	36	1.72
216448--216929	30	16.3	30	81	5	527	29	2	31	36	1.71
216448--216935	89	5.5	87	83	5	559	29	2	31	36	1.71
216448--216929	147	3.3	147	83	5	591	29	2	31	36	1.71

Tables:   1

The End!