genome.fa.s15229.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015229.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130274, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  287973

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 89 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12024--12128	55	1.9	54	100	0	201	52	5	5	35	1.49
13681--13798	38	3.1	37	85	4	148	33	18	9	38	1.83
17450--17494	20	2.3	19	85	11	63	55	8	8	26	1.60
18192--18224	14	2.3	15	94	5	59	3	15	0	81	0.80
20875--20902	6	4.7	6	100	0	56	46	0	0	53	1.00
21474--21519	17	2.6	18	80	13	51	63	2	8	26	1.35
23371--23440	22	3.1	21	74	11	50	42	4	4	48	1.42
24193--24222	11	2.6	12	94	5	53	0	10	3	86	0.67
24784--24827	20	2.2	19	84	8	52	29	6	15	47	1.72
25901--25925	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
57439--57464	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
57970--57999	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
61271--61333	29	2.3	27	78	13	65	33	9	3	53	1.49
63374--63406	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
66486--66532	16	3.1	15	79	8	51	17	2	14	65	1.36
71620--71664	21	2.0	22	83	12	56	46	2	2	48	1.26
80059--80114	29	1.9	29	85	7	78	46	10	1	41	1.49
82112--82174	29	2.1	31	82	5	76	19	15	7	57	1.63
84264--84316	6	8.7	6	97	2	97	50	47	1	0	1.12
91472--91496	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
92774--92867	47	2.0	47	100	0	188	38	10	12	38	1.78
101908--101937	12	2.4	12	94	5	51	0	16	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108833--108879	22	2.1	22	100	0	94	21	25	12	40	1.89
110870--111058	80	2.4	80	83	7	249	33	22	12	31	1.91
110912--111086	80	2.2	80	83	4	210	36	19	12	32	1.88
114234--114323	46	2.0	46	90	0	144	25	12	32	30	1.92
116644--116668	7	3.6	7	100	0	50	84	0	16	0	0.63
121518--121657	60	2.4	60	83	4	160	39	4	13	42	1.64
127962--127994	14	2.3	15	89	5	50	9	15	21	54	1.68
136236--136264	14	2.0	15	93	6	51	68	3	0	27	1.05
144718--144780	31	2.0	31	84	6	83	42	4	6	46	1.50
158397--158436	21	1.9	21	100	0	80	50	10	10	30	1.69
167402--167440	18	2.0	20	85	9	55	38	0	12	48	1.42
167644--167697	27	2.0	28	85	3	74	40	5	9	44	1.60
168712--168782	32	2.2	32	82	7	90	22	8	19	49	1.75
178751--178775	12	2.1	12	100	0	50	0	24	8	68	1.16
181006--181034	14	2.0	15	93	6	51	34	13	3	48	1.60
188445--188482	17	2.3	17	81	4	51	47	0	5	47	1.24
194677--194740	21	2.9	22	71	15	60	50	1	1	46	1.20
202349--202429	15	5.6	15	73	15	64	49	0	1	49	1.08
202318--202471	60	2.5	60	85	9	206	44	0	1	53	1.11
205207--205275	29	2.3	29	85	5	84	49	14	14	21	1.79
205407--205471	25	2.6	24	76	13	60	44	3	1	50	1.26
205431--205469	13	3.1	13	81	3	53	41	0	2	56	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205432--205490	29	2.0	30	80	12	68	38	0	5	55	1.22
207058--207352	30	9.9	29	75	5	241	32	3	30	34	1.73
207058--207352	59	5.0	58	80	3	313	32	3	30	34	1.73
209079--209135	17	3.3	18	85	4	64	52	1	1	43	1.21
209095--209149	6	9.5	6	75	15	53	52	1	1	43	1.22
209109--209148	11	3.5	11	86	3	53	55	2	0	42	1.13
209079--209182	18	6.3	17	69	18	76	51	2	0	44	1.22
210721--210887	82	2.0	82	100	0	334	34	38	3	22	1.72
215985--216020	6	6.5	6	90	9	51	27	13	0	58	1.36
215994--216031	17	2.2	17	86	9	51	34	10	2	52	1.50
216184--216230	16	3.0	16	87	9	62	36	6	2	55	1.37
216234--216363	28	4.5	28	73	18	88	43	4	2	50	1.35
216263--216362	11	8.5	11	70	11	65	45	2	2	51	1.24
216278--216334	18	3.1	18	80	9	71	45	0	1	52	1.11
216268--216367	41	2.4	40	86	6	121	46	2	2	50	1.24
216288--216362	18	3.8	18	70	17	60	48	1	2	48	1.24
216349--216403	28	2.0	27	85	3	74	38	5	1	54	1.34
216349--216395	13	3.4	14	80	13	53	42	4	2	51	1.33
216200--216398	41	5.0	39	71	17	119	41	5	2	51	1.35
216401--216496	28	3.6	27	70	18	76	37	8	2	52	1.44
216505--216564	6	9.5	6	77	10	57	45	1	3	50	1.28
219453--219561	54	2.0	54	89	0	164	51	11	15	21	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219859--219895	19	1.9	20	88	5	58	48	0	0	51	1.00
225121--225145	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
233783--233847	31	2.1	31	85	5	87	38	10	6	44	1.64
237062--237094	16	2.1	16	88	5	50	51	6	3	39	1.42
237564--237610	12	3.9	12	75	10	51	48	12	19	19	1.80
238026--238085	21	3.0	19	76	11	57	71	3	3	21	1.15
239357--239854	166	3.0	166	93	2	887	26	18	15	39	1.90
244940--244993	12	4.6	12	74	4	56	68	20	5	5	1.30
244944--244988	23	2.0	23	90	0	72	64	22	6	6	1.41
244940--244990	23	2.2	25	75	17	63	68	19	5	5	1.31
246113--246198	41	2.0	40	82	8	100	47	2	1	48	1.22
247179--247256	22	3.7	22	67	10	63	57	12	20	8	1.62
247173--247257	41	2.1	41	97	0	161	56	15	20	8	1.64
251971--251999	6	4.8	6	100	0	58	17	0	68	13	1.20
253179--253242	19	3.4	18	77	12	67	31	6	1	60	1.30
253177--253256	37	2.2	37	84	8	101	31	5	1	62	1.24
259697--259723	4	6.8	4	100	0	54	51	0	22	25	1.48
262532--262565	14	2.2	16	90	10	54	26	14	2	55	1.53
264616--264670	23	2.3	24	84	9	69	60	3	9	27	1.44
267323--267367	16	2.8	17	78	18	51	35	4	0	60	1.17
276399--276454	25	2.2	27	78	12	64	17	8	14	58	1.61
280562--280595	18	1.9	18	88	5	52	55	5	8	29	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283380--283408	13	2.3	13	94	5	51	20	3	0	75	0.94

Tables:   1

The End!