genome.fa.s15233.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015233.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130278, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  371888

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1600--1641	22	2.0	21	86	13	59	54	2	2	40	1.26
5009--5064	24	2.3	24	81	0	67	28	1	1	67	1.10
22100--22372	136	2.0	137	98	0	530	33	8	15	42	1.76
25857--25881	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
32989--33051	29	2.2	28	77	11	65	36	12	0	50	1.41
33726--33763	17	2.1	18	85	14	51	39	0	2	57	1.12
36488--36514	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
38927--38967	20	2.0	20	100	0	82	19	9	21	48	1.77
46670--46734	30	2.1	30	83	8	78	32	9	10	47	1.70
51809--51837	13	2.2	13	100	0	58	0	6	0	93	0.36
54942--54983	21	2.0	20	90	4	66	33	0	2	64	1.07
54942--54997	19	2.8	21	83	8	71	33	0	1	64	1.04
55493--55536	16	2.8	15	83	10	52	56	2	2	38	1.24
70106--70157	17	3.1	17	83	5	79	63	11	0	25	1.28
70093--70157	33	2.0	33	93	0	112	66	12	1	20	1.32
70106--70169	17	3.8	16	81	8	74	62	12	0	25	1.30
72819--73020	101	2.0	101	92	1	334	39	13	10	36	1.80
74761--74918	75	2.1	76	95	2	291	30	17	20	31	1.96
80289--80511	117	1.9	117	97	1	423	44	8	5	40	1.59
81329--81635	118	2.7	111	85	8	374	27	11	21	40	1.87
93946--94216	141	1.9	144	90	2	431	32	16	12	39	1.85
101873--101899	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106028--106317	43	6.6	43	82	5	294	28	25	18	27	1.98
106022--106317	129	2.2	132	82	5	348	29	25	18	27	1.98
106097--106348	129	2.0	129	82	3	310	29	25	17	28	1.97
111936--112628	209	3.3	207	81	4	865	36	18	22	23	1.95
112544--112704	83	1.9	83	89	0	250	39	19	24	16	1.91
113015--113108	18	5.4	17	86	6	134	41	1	2	55	1.19
113000--113109	6	18.8	6	76	9	102	40	0	2	56	1.20
113015--113120	35	3.0	34	84	5	140	42	2	1	52	1.26
114805--114900	29	3.2	29	69	19	72	33	25	3	38	1.71
114782--114948	30	5.7	30	70	14	123	35	24	2	36	1.71
114787--114948	60	2.7	59	86	2	218	37	22	3	37	1.70
114796--115188	59	6.8	57	77	13	272	34	22	3	38	1.71
114964--115212	29	8.4	29	75	12	193	34	24	3	37	1.72
115128--115273	59	2.5	58	85	3	193	34	28	3	34	1.74
114964--115273	30	10.4	30	72	12	176	34	25	3	37	1.72
118967--119048	10	8.0	10	70	12	51	62	4	3	29	1.33
119197--119236	17	2.3	18	83	12	57	40	12	0	47	1.41
122515--122539	13	1.9	13	100	0	50	40	4	0	56	1.18
122497--122543	16	2.9	16	82	14	53	34	6	0	59	1.23
123494--123581	44	2.0	44	100	0	176	22	22	15	38	1.92
124067--124125	31	1.9	31	85	0	82	55	1	1	40	1.20
124088--124152	20	3.5	18	72	19	53	55	3	1	40	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124028--124176	51	3.0	50	68	20	121	51	5	3	39	1.41
124139--124211	36	2.0	36	84	10	96	56	4	2	36	1.33
128281--128467	77	2.4	77	82	0	232	35	20	18	25	1.95
133964--133998	18	1.9	18	88	0	52	8	34	5	51	1.56
137102--137133	16	2.0	16	93	0	55	53	3	18	25	1.59
137592--137731	52	2.7	53	84	2	174	30	12	19	37	1.89
140562--140600	20	2.0	20	95	5	71	28	15	5	51	1.64
142471--142513	18	2.3	18	88	4	59	74	0	2	23	0.93
143906--143957	20	2.7	19	76	11	52	40	1	3	53	1.30
150973--151050	11	7.4	11	72	23	53	52	1	2	43	1.23
151020--151077	18	3.2	18	72	11	55	53	0	1	44	1.10
151021--151061	21	2.0	20	85	4	55	48	0	2	48	1.14
151309--151350	20	2.1	20	86	0	57	35	0	2	61	1.09
152320--152357	16	2.2	17	86	9	51	34	0	0	65	0.93
154515--154571	30	1.9	30	82	3	71	54	0	7	38	1.28
155878--155911	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
156841--156932	45	2.0	45	97	0	175	29	8	30	31	1.87
166535--166642	58	1.9	56	84	3	144	40	13	7	37	1.73
167536--167724	60	3.2	60	81	3	213	48	12	14	24	1.78
167830--168041	105	2.0	105	98	0	406	34	19	15	30	1.93
178391--178460	34	2.1	34	97	0	131	7	20	27	45	1.76
189185--189226	17	2.5	17	81	11	52	54	9	14	21	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198552--198624	25	2.9	25	85	0	101	24	15	26	34	1.94
198519--198616	50	1.9	51	83	2	126	24	19	22	33	1.97
207274--207324	25	2.0	25	85	7	68	21	1	7	68	1.25
211350--211376	8	3.4	8	100	0	54	22	40	0	37	1.54
212212--212277	15	4.1	15	74	18	53	31	9	13	45	1.75
215353--215423	35	2.0	35	94	0	124	52	19	5	22	1.67
217945--218057	56	2.0	56	91	3	183	32	30	13	23	1.93
221310--221355	20	2.3	20	85	7	58	43	10	15	30	1.81
233619--233657	15	2.6	15	91	0	60	53	15	15	15	1.73
240991--241039	24	2.0	24	88	0	71	16	16	40	26	1.89
241704--242330	39	15.9	39	82	1	615	25	17	29	27	1.98
241700--242330	79	8.0	79	85	0	762	25	17	29	27	1.98
241705--242328	157	4.0	157	86	1	809	25	17	29	27	1.98
242676--242848	49	3.6	49	73	11	142	17	35	16	30	1.92
242676--242858	98	1.9	98	82	8	230	18	34	15	30	1.93
243233--243567	113	3.0	112	86	1	474	37	12	20	28	1.90
243875--243917	6	7.5	6	84	10	54	0	23	0	76	0.78
243889--243928	18	2.2	19	86	4	55	0	27	0	72	0.85
243876--243931	28	2.0	27	82	10	67	0	25	0	75	0.81
244864--244890	14	1.9	14	100	0	54	0	25	0	74	0.83
251401--251430	16	1.9	15	93	6	51	30	0	10	60	1.30
251564--251766	103	2.0	103	82	1	246	35	10	15	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255961--255988	14	2.0	14	100	0	56	57	28	14	0	1.38
257476--258215	98	7.6	98	84	0	888	35	15	27	20	1.93
257573--258215	49	13.1	49	68	5	312	35	15	28	20	1.93
258193--258238	23	2.0	23	95	0	83	45	13	28	13	1.80
258095--258336	121	2.0	121	91	3	389	37	16	28	18	1.92
258264--258408	49	3.0	49	73	0	137	35	17	28	18	1.94
258216--259082	99	8.8	98	76	7	546	36	15	27	20	1.93
257997--258434	219	2.0	219	85	1	592	36	17	28	18	1.93
258282--258732	49	9.1	49	70	9	227	36	15	29	19	1.92
258517--258746	50	4.6	50	75	7	186	36	15	28	19	1.92
258306--258854	198	2.8	196	81	3	636	36	16	27	19	1.93
259344--260080	42	18.1	42	81	6	591	32	24	17	25	1.97
259344--260080	124	6.0	124	78	7	549	32	24	17	25	1.97
259344--260071	166	4.5	166	81	6	658	32	24	17	25	1.97
259344--260071	40	17.9	41	81	5	596	32	24	17	25	1.97
262594--262795	103	2.0	103	81	3	237	36	12	14	36	1.85
263494--263552	27	2.1	28	84	9	77	69	5	10	15	1.33
269208--269237	16	1.9	15	93	6	51	16	33	0	50	1.46
275040--275109	8	8.0	8	75	21	52	0	22	0	77	0.78
275047--275116	15	4.8	14	77	13	70	0	25	0	74	0.82
282054--282117	33	1.9	33	87	0	92	29	23	9	37	1.86
288255--288324	26	2.7	26	80	4	79	25	21	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308402--308481	17	4.6	17	75	7	63	21	23	10	45	1.82
317258--317313	27	2.1	26	83	3	67	55	1	7	35	1.38
321716--321776	29	2.1	29	85	11	81	40	0	0	59	0.98
323605--323757	56	2.7	56	85	2	218	45	11	8	35	1.70
327781--327911	56	2.3	55	85	3	181	42	16	9	30	1.81
331652--331708	27	2.1	27	83	0	69	21	15	33	29	1.94
332457--332491	13	2.7	13	90	0	52	28	0	14	57	1.38
336003--336048	23	2.0	22	84	12	58	73	2	17	6	1.14
338094--338177	43	2.0	43	95	0	150	23	17	14	44	1.86
353374--353428	17	3.1	18	76	12	60	36	5	0	58	1.21

Tables:   1   2