genome.fa.s15235.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015235.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130280, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  263234

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
406--430	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
625--667	4	10.8	4	85	9	61	0	23	0	76	0.78
1234--1276	21	2.1	20	82	4	50	30	2	9	58	1.42
1239--1308	34	2.1	34	86	0	95	27	2	11	58	1.47
6101--6360	129	2.0	129	100	0	520	36	7	10	45	1.66
6520--6556	14	2.6	14	91	0	56	32	27	0	40	1.57
7348--7421	34	2.2	34	92	0	121	48	9	1	40	1.44
7350--7457	40	2.8	40	81	8	120	50	9	0	38	1.41
7680--7706	6	4.5	6	100	0	54	55	14	0	29	1.40
11168--11376	43	4.9	42	67	7	125	31	11	23	33	1.91
11257--11423	86	1.9	86	80	0	190	31	13	23	32	1.93
14246--14370	23	5.5	22	77	4	88	40	24	23	12	1.89
14424--14467	23	1.9	23	100	0	88	47	20	22	9	1.78
14327--14522	97	2.0	97	97	0	374	34	21	20	23	1.97
26635--26675	2	20.5	2	100	0	82	48	51	0	0	1.00
42848--42967	59	2.0	59	100	0	240	29	13	20	37	1.90
45636--45672	9	4.0	9	96	3	65	86	0	13	0	0.57
45696--45724	2	15.0	2	92	7	51	51	0	48	0	1.00
50382--50408	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
62847--62876	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
74595--74625	16	2.0	16	93	6	55	38	0	0	61	0.96
76971--77005	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77439--77486	18	2.6	19	83	9	64	72	0	0	27	0.84
77433--77483	26	1.9	27	84	4	68	70	0	0	29	0.87
77442--77512	26	2.7	26	77	10	63	69	0	0	30	0.89
79067--79111	21	2.1	21	84	8	56	15	6	2	75	1.11
81668--81706	19	2.0	21	85	10	55	48	2	5	43	1.38
83334--83366	16	2.1	16	88	5	50	39	3	3	54	1.31
84991--85033	14	3.1	14	80	12	52	51	23	0	25	1.49
85568--85613	22	2.1	22	88	4	67	13	0	32	54	1.39
89677--89707	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
92074--92113	21	1.9	21	89	0	62	37	20	17	25	1.94
92074--92118	14	3.2	14	78	12	56	33	20	20	26	1.97
92149--92200	22	2.5	21	78	9	61	17	0	34	48	1.48
92149--92201	21	2.5	22	81	6	65	16	0	33	49	1.47
93533--93580	25	2.0	24	84	8	62	66	0	0	33	0.92
97893--98367	238	2.0	238	95	2	848	25	15	14	45	1.84
107032--107131	51	2.0	51	93	0	173	27	23	19	31	1.98
114797--114825	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
119871--119916	23	2.0	23	83	8	58	58	0	0	41	0.98
121199--121227	6	4.8	6	100	0	58	34	0	48	17	1.47
123166--123654	30	17.1	28	68	19	228	32	30	3	32	1.75
123182--123394	51	4.0	51	86	8	309	33	32	3	30	1.75
123145--123654	109	4.5	110	84	6	560	33	30	3	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123342--123689	59	5.9	58	84	3	385	33	30	3	32	1.75
126189--126299	59	1.9	58	81	9	136	45	5	9	39	1.61
126667--126821	69	2.3	67	87	4	213	33	10	10	45	1.72
127159--127273	58	2.0	58	98	0	221	40	6	11	40	1.68
129570--129624	4	14.2	4	83	7	69	76	0	23	0	0.79
129784--129818	18	1.9	18	94	0	61	25	0	14	60	1.35
130794--130839	14	3.1	15	71	22	51	60	8	0	30	1.26
130792--130841	16	3.2	16	73	21	61	60	8	0	32	1.26
131778--131862	43	2.0	43	84	9	111	30	10	10	48	1.72
132717--132781	7	9.3	7	76	6	51	50	29	0	20	1.48
132707--132767	29	2.1	28	82	8	70	49	24	0	26	1.51
132721--132784	21	3.0	21	71	8	67	48	26	0	25	1.51
135861--135919	20	3.0	20	82	9	77	0	38	0	61	0.96
135859--135905	7	6.7	7	79	16	53	0	40	0	59	0.97
135858--135946	27	3.3	26	81	7	99	0	33	0	66	0.92
135870--135944	4	18.2	4	84	10	64	0	30	0	69	0.89
136456--136489	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
136465--136570	27	3.7	28	69	18	76	47	1	0	50	1.18
137140--137204	30	2.2	30	94	0	112	23	4	16	55	1.60
137140--137215	30	2.5	30	89	0	98	23	5	17	53	1.63
138660--138774	23	5.0	23	77	4	106	44	15	11	28	1.81
139741--139802	25	2.4	27	76	10	67	62	8	6	22	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140438--140704	30	9.2	28	80	6	248	37	23	2	37	1.68
140438--140704	57	4.6	58	83	6	283	37	23	2	37	1.68
140675--140801	29	4.3	28	74	10	101	33	29	6	29	1.82
140715--140792	31	2.6	29	84	6	102	37	33	5	24	1.78
142201--142249	15	3.3	15	72	16	57	30	28	14	26	1.95
146748--147562	410	2.0	406	93	2	1386	41	12	9	35	1.77
148771--148837	33	2.0	33	88	5	100	29	5	13	50	1.65
148957--149015	9	6.7	9	75	15	52	55	0	0	44	0.99
148977--149027	26	2.0	26	84	0	66	58	1	0	39	1.09
151855--151919	28	2.4	28	80	14	75	52	0	0	47	1.00
152026--152106	39	2.0	40	90	6	130	37	2	3	56	1.30
154086--154156	31	2.5	27	75	20	72	49	1	8	40	1.42
157143--157353	106	2.0	105	97	0	395	43	12	26	18	1.85
167948--167976	6	5.0	6	95	4	51	82	0	0	17	0.66
171281--171322	21	2.0	21	86	9	59	7	35	2	54	1.41
177246--177306	21	2.9	21	92	0	104	62	0	18	19	1.33
177246--177311	14	4.8	14	72	18	50	62	0	19	18	1.34
185719--185770	27	1.9	27	84	0	68	25	9	32	32	1.88
188025--188057	16	2.0	17	88	5	50	42	24	9	24	1.83
189383--189430	25	1.9	25	86	0	69	43	6	0	50	1.27
192600--192640	21	1.9	22	85	5	57	65	7	2	24	1.30
192595--192646	21	2.5	20	76	11	52	67	5	1	25	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195748--195797	12	4.2	12	80	10	57	2	34	0	64	1.05
209843--209966	16	7.8	16	65	22	64	75	1	6	16	1.10
209924--209967	12	4.2	11	78	21	58	79	0	2	18	0.83
209925--209962	14	2.9	14	88	7	53	78	0	2	18	0.86
209924--209968	5	8.8	5	81	13	56	77	0	2	20	0.87
210474--210659	75	2.5	75	79	5	205	24	24	21	29	1.99
216004--216052	18	2.7	18	80	0	53	57	14	28	0	1.38
216267--216316	26	1.9	26	87	0	73	72	2	2	24	1.06
220558--220686	63	2.0	63	98	0	249	37	16	19	27	1.93
220709--220757	18	2.7	18	87	0	71	30	20	4	44	1.70
223649--223678	14	2.2	14	94	5	53	56	6	26	10	1.57
233743--233792	21	2.4	21	83	3	57	52	0	2	46	1.12
234538--234655	55	2.2	55	86	3	159	28	10	12	48	1.74
235445--235512	34	2.0	34	97	0	127	38	10	11	39	1.76
237639--237687	22	2.3	21	82	10	55	20	16	10	53	1.72
237647--237689	21	2.0	22	86	13	63	18	13	11	55	1.68
241596--241729	55	2.4	55	89	0	196	24	11	16	47	1.79
242482--242528	18	2.6	18	79	0	58	63	6	4	25	1.36
243208--243250	13	3.4	12	81	9	50	20	2	2	74	1.04
243177--243250	26	2.9	25	78	13	71	18	5	2	72	1.15
243549--243665	41	2.9	42	73	16	104	68	7	5	17	1.35
243631--243685	15	3.8	15	79	9	53	76	5	3	14	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243689--243723	14	2.6	13	86	8	52	77	5	0	17	0.96
243659--243723	19	3.5	18	76	12	60	75	4	1	18	1.05
243766--243814	25	1.9	26	84	12	66	65	10	2	22	1.34
243993--244058	33	2.0	33	96	0	123	25	15	7	51	1.69
244683--245403	45	15.8	45	83	4	725	26	15	26	31	1.96
244683--245407	135	5.3	135	82	3	817	26	15	26	31	1.96
245405--245644	101	2.4	101	81	3	263	25	19	20	35	1.96
250194--250244	23	2.2	23	96	0	93	21	23	7	47	1.77
252943--252995	17	3.2	16	82	10	63	18	0	5	75	0.99
257345--257371	12	2.2	12	100	0	54	55	14	14	14	1.70

Tables:   1

The End!