genome.fa.s15250.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015250.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130295, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  371457

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221--278	25	2.4	24	82	8	64	5	17	6	70	1.28
2303--2331	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
3124--3155	12	2.7	12	100	0	64	40	15	6	37	1.73
5252--5401	23	6.4	23	74	12	80	12	22	22	42	1.87
5293--5373	23	3.6	23	79	3	83	14	18	25	40	1.89
6820--6861	20	2.0	21	86	4	59	54	2	9	33	1.46
10132--10215	31	2.7	30	75	17	82	45	3	9	41	1.54
11538--11604	33	2.0	33	97	0	125	23	28	23	23	2.00
28433--28495	16	3.9	16	72	17	58	76	1	12	9	1.09
30328--30377	18	2.8	17	82	17	50	60	0	2	38	1.09
30328--30385	19	3.1	19	81	16	68	58	0	1	39	1.08
37244--37281	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
41505--41566	21	2.8	22	75	7	63	56	1	3	38	1.25
46125--46158	15	2.3	15	89	0	50	11	32	5	50	1.63
51977--52011	18	2.1	17	89	10	54	48	0	2	48	1.16
57933--58133	10	21.2	9	67	15	59	30	4	1	62	1.25
57958--58005	18	2.6	17	81	15	53	25	4	2	68	1.18
57933--58005	28	2.6	29	78	12	80	28	4	2	64	1.26
57965--58091	40	3.3	41	80	16	114	27	6	0	65	1.22
57961--58059	48	2.1	48	86	7	139	27	7	1	64	1.26
59960--60079	23	5.1	23	80	11	120	13	21	23	41	1.88
66619--66723	51	2.1	50	80	10	115	46	7	11	34	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70728--70765	15	2.5	15	83	16	51	65	0	2	31	1.06
77132--77282	23	6.4	24	73	16	97	13	21	23	41	1.89
80407--80433	8	3.4	8	100	0	54	44	0	0	55	0.99
81579--81612	8	4.4	8	88	7	52	0	11	0	88	0.52
81579--81612	15	2.2	16	89	5	52	0	11	0	88	0.52
85062--85092	3	10.3	3	92	0	53	64	0	35	0	0.94
85525--85559	12	2.9	12	91	0	52	28	37	25	8	1.85
87587--87886	63	4.9	63	75	5	247	18	17	35	29	1.94
89815--89853	21	1.9	20	84	5	51	69	5	2	23	1.21
97014--97144	63	2.1	63	94	2	228	21	15	33	29	1.94
97014--97238	63	3.7	59	76	10	195	22	18	30	28	1.97
100075--100155	29	2.7	29	82	5	108	32	4	9	53	1.56
106840--106867	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
113834--113867	16	2.0	18	88	11	54	26	5	11	55	1.58
113893--114302	60	6.9	59	81	5	409	29	18	16	35	1.93
113893--114322	119	3.6	118	79	7	422	28	18	16	36	1.92
113952--114322	119	3.1	119	84	4	435	28	18	15	36	1.92
114232--114412	88	2.0	89	84	9	233	30	16	16	37	1.91
114355--114568	107	2.0	106	83	5	272	28	21	13	35	1.92
115404--115494	30	3.1	30	87	1	121	60	4	7	27	1.43
117714--117769	22	2.5	22	82	0	67	21	8	35	33	1.85
117864--117897	17	2.0	17	88	0	50	52	0	8	38	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117868--118844	85	11.5	84	89	4	1392	47	4	5	42	1.47
117868--118844	341	2.9	336	90	3	1485	47	4	5	42	1.47
118958--119016	29	2.1	28	83	3	73	42	10	0	47	1.37
121707--121765	22	2.6	23	83	5	75	13	25	27	33	1.93
121673--121781	23	4.8	22	76	8	94	12	24	26	35	1.92
124451--124554	23	4.4	23	79	7	111	10	22	21	46	1.81
124452--124601	71	2.1	69	85	7	196	12	23	19	45	1.83
127816--128285	61	7.8	61	78	6	419	37	14	18	29	1.91
127867--128285	120	3.5	119	82	5	429	37	14	19	28	1.91
127868--128285	121	3.5	118	79	7	425	37	14	19	28	1.91
129327--129376	26	1.9	26	84	8	66	8	16	2	74	1.15
129636--129681	24	1.9	24	82	8	58	54	0	4	41	1.20
131809--131852	23	2.0	23	86	4	63	29	2	0	68	1.02
137370--137413	12	3.7	12	79	11	54	27	2	0	70	0.99
137386--137532	67	2.2	67	87	0	204	40	0	4	55	1.19
142568--142617	10	5.4	9	77	17	50	76	0	24	0	0.80
142578--142630	20	2.6	20	85	8	72	75	0	24	0	0.80
142578--142628	26	1.9	27	84	11	70	76	0	23	0	0.79
142578--142630	6	8.0	6	78	17	52	75	0	24	0	0.80
143537--143727	50	3.8	50	77	1	177	35	15	22	26	1.94
143537--143727	100	1.9	100	81	2	231	35	15	22	26	1.94
143785--144316	80	6.6	80	86	1	742	34	21	16	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144317--144714	80	5.0	80	86	3	532	33	21	17	27	1.96
144317--144714	160	2.5	159	89	2	591	33	21	17	27	1.96
143827--144783	438	2.2	440	84	5	1353	33	21	17	27	1.96
151833--151887	24	2.3	24	80	0	65	56	7	12	23	1.61
152415--152464	19	2.5	20	80	3	57	50	28	8	14	1.70
158174--158233	28	2.1	28	87	3	84	36	10	3	50	1.53
159287--159340	15	3.7	15	77	18	51	64	1	0	33	1.04
162193--162236	18	2.4	18	76	0	52	34	15	38	11	1.84
176067--176152	33	2.6	33	94	0	145	9	19	48	22	1.77
176067--176202	33	4.2	33	83	2	143	12	19	47	20	1.82
176542--176705	81	2.0	81	86	2	231	21	7	48	22	1.75
176453--176844	198	2.0	195	86	3	545	25	7	45	21	1.77
176574--176701	42	3.1	42	65	18	97	22	8	46	22	1.79
176949--177398	216	2.1	216	83	3	566	29	7	44	19	1.77
177404--177637	84	2.8	84	76	2	193	29	5	46	19	1.71
177589--177674	45	1.9	45	85	4	120	29	3	50	17	1.63
197077--197117	22	1.9	21	85	5	55	21	41	7	29	1.80
197784--197825	16	2.7	16	81	3	50	61	2	2	33	1.21
214766--214794	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
222786--222845	13	4.7	13	76	17	56	66	3	8	21	1.33
231499--231591	46	2.1	45	95	4	170	19	4	20	54	1.60
236339--236369	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236398--236459	29	2.0	31	84	9	83	46	1	1	50	1.20
237673--237735	6	10.5	6	83	6	56	33	9	44	12	1.75
237749--237794	21	2.2	21	92	0	74	54	2	36	6	1.39
239174--239236	33	2.0	31	84	6	81	34	4	6	53	1.47
240454--240478	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
259984--260139	77	2.0	77	96	0	285	39	20	8	31	1.82
261015--261086	32	2.2	32	80	0	90	50	8	22	19	1.74
261072--261144	29	2.5	29	86	4	103	27	12	16	43	1.83
262282--262329	24	1.9	26	84	16	66	45	0	22	31	1.53
262393--262539	23	6.3	23	86	3	168	14	19	18	47	1.82
262426--262589	23	7.1	23	84	6	179	12	21	20	45	1.83
262392--262589	46	4.2	46	79	7	177	13	21	18	46	1.83
267190--267236	25	1.9	24	86	4	67	63	8	2	25	1.34
267173--267241	13	5.3	13	74	11	52	62	8	2	26	1.39
281081--281126	25	1.9	25	82	8	60	6	28	0	65	1.17
282219--282325	56	1.9	56	96	0	196	51	1	25	21	1.58
283059--283155	17	5.6	17	87	2	131	42	1	2	54	1.19
283073--283157	6	14.5	6	75	11	79	45	1	1	51	1.16
283076--283148	11	6.9	11	71	21	50	41	1	1	56	1.16
285005--285198	28	6.7	28	74	14	153	32	32	4	29	1.78
285002--285193	58	3.3	59	88	4	291	33	31	4	30	1.77
298812--298854	18	2.4	18	84	0	59	41	34	23	0	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298812--298854	6	7.2	6	78	0	50	41	34	23	0	1.55
310900--311079	51	3.5	51	84	4	222	29	23	14	32	1.94
316844--316897	21	2.6	21	93	0	99	37	22	7	33	1.82
317721--317763	20	2.3	20	84	11	56	60	4	32	2	1.30
318612--318784	23	7.5	23	77	9	147	12	22	21	43	1.86
320000--320175	51	3.0	60	72	19	174	26	22	17	33	1.96
320059--320184	51	2.5	51	93	2	209	26	21	18	34	1.96
324361--324405	22	2.0	24	86	8	67	31	26	8	33	1.87
328999--329125	23	5.4	23	75	8	98	43	22	23	11	1.85
342348--342372	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00

Tables:   1   2