genome.fa.s15252.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015252.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130297, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  344124

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
360--460	52	2.0	51	82	5	123	54	0	1	42	1.18
380--430	22	2.3	23	82	3	59	54	0	0	45	0.99
404--462	30	2.0	30	86	0	82	47	0	1	50	1.11
779--803	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
11814--11856	16	2.4	18	81	11	54	37	4	0	58	1.19
12765--12835	31	2.3	31	85	2	90	22	15	15	46	1.83
12930--12989	30	2.0	31	90	3	95	26	8	21	43	1.81
13757--13816	23	2.6	23	92	5	95	18	15	20	46	1.84
20887--20916	14	2.1	14	93	0	51	23	20	16	40	1.91
23314--23362	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
27502--27595	14	6.8	14	72	10	59	22	21	22	34	1.97
27517--27568	26	2.0	26	84	0	68	21	17	23	38	1.93
27551--27605	28	2.0	28	86	13	78	21	21	25	30	1.98
27515--27604	14	6.6	14	73	14	62	21	21	23	34	1.97
27515--27607	21	4.5	21	72	10	75	20	20	23	35	1.96
29121--29168	18	2.7	17	81	9	51	18	22	29	29	1.98
38309--38366	20	2.9	20	86	0	71	41	8	12	37	1.73
40031--40085	24	2.3	24	87	0	74	21	16	18	43	1.88
47046--47078	6	5.5	6	92	0	57	69	0	12	18	1.18
55739--55784	18	2.3	20	85	10	60	17	13	10	58	1.62
59531--59657	63	2.0	63	100	0	254	23	22	26	26	2.00
64054--64153	37	2.8	36	86	3	146	34	14	26	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64127--64181	28	2.0	28	85	7	76	34	16	25	23	1.95
70339--70387	10	5.1	10	80	9	57	65	2	0	32	1.04
70344--70399	8	6.8	8	75	15	51	62	1	0	35	1.06
70423--70499	15	5.0	15	74	12	66	53	1	1	44	1.17
71932--71962	15	2.1	15	93	0	53	51	6	3	38	1.44
79838--79880	16	2.8	15	77	19	52	44	0	6	48	1.29
80405--80446	18	2.3	18	88	8	59	30	21	14	33	1.93
80913--80957	22	2.0	22	100	0	90	22	40	4	33	1.74
82764--82844	42	1.9	42	100	0	162	43	6	4	45	1.50
87923--88141	42	5.2	42	92	0	330	25	26	8	40	1.83
91617--91707	42	2.2	42	100	0	182	28	4	32	34	1.77
94206--94235	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
95016--95095	37	2.2	37	86	0	115	30	26	13	30	1.94
95028--95108	37	2.2	37	80	4	92	30	22	13	33	1.93
95102--95154	26	2.0	26	88	0	79	26	20	22	30	1.98
124248--124278	16	1.9	16	93	0	53	32	6	38	22	1.80
124564--124646	43	2.0	42	90	2	130	25	12	27	34	1.91
131290--131339	24	2.1	23	82	10	57	32	6	4	58	1.41
131331--131465	57	2.3	58	83	8	168	48	0	2	48	1.19
131331--131482	58	2.6	56	79	9	171	47	1	1	49	1.21
134373--135024	198	3.2	204	79	7	657	36	20	21	20	1.95
135263--135319	17	3.4	17	85	0	78	43	0	3	52	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136226--136267	22	1.9	23	85	9	61	21	16	26	35	1.94
136224--136272	21	2.3	21	76	13	55	18	20	24	36	1.94
137070--137397	61	5.5	60	88	5	416	32	31	4	32	1.77
137070--137398	120	2.7	119	88	4	448	32	31	4	31	1.77
140008--140116	32	3.4	32	68	19	91	41	1	16	40	1.59
148288--148313	9	2.9	9	100	0	52	80	0	19	0	0.71
167947--168128	96	1.9	96	81	8	219	37	14	19	29	1.91
168479--168700	29	7.6	29	82	10	265	31	4	27	36	1.76
168473--168700	59	3.9	58	87	6	284	31	3	29	35	1.76
170621--170727	17	6.2	17	80	3	115	51	4	0	42	1.29
170621--170727	35	3.1	34	81	4	106	51	4	0	42	1.29
170621--170712	6	15.8	6	70	10	66	52	3	1	43	1.24
170622--170677	29	1.9	29	85	7	78	50	3	1	44	1.29
171161--171533	118	3.1	119	89	0	577	21	21	20	35	1.96
171393--171949	205	2.7	205	94	0	963	21	21	21	36	1.96
182880--183062	96	1.9	96	83	4	235	38	13	17	30	1.89
183270--183405	58	2.3	60	82	3	150	33	4	30	31	1.78
183417--183602	29	6.4	29	85	5	243	34	3	25	36	1.72
183417--183612	87	2.3	86	86	5	270	34	3	25	36	1.72
185462--185502	18	2.4	17	83	4	55	51	2	0	46	1.14
185469--185524	22	2.5	22	80	8	60	55	5	0	39	1.23
209907--210234	165	2.0	165	96	0	611	37	8	14	39	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215802--215844	20	2.2	20	100	0	86	20	13	13	51	1.76
215865--215930	34	1.9	34	87	6	98	13	7	31	46	1.71
216927--217005	11	7.0	11	76	12	63	36	1	1	60	1.13
216928--217066	6	24.2	6	70	13	96	38	3	1	56	1.26
216928--217063	17	7.6	17	78	11	146	38	3	1	56	1.26
216939--217066	23	5.6	23	73	12	86	39	3	1	55	1.28
216928--217063	35	3.8	35	78	13	159	38	3	1	56	1.26
218604--218940	29	11.5	29	75	9	256	35	25	2	35	1.70
218604--218940	58	5.8	57	75	9	286	35	25	2	35	1.70
218616--218920	89	3.5	86	80	11	309	35	25	2	35	1.72
218605--218823	88	2.5	88	85	9	304	36	25	2	35	1.69
218668--218922	118	2.2	119	81	4	313	35	25	2	36	1.71
218918--218991	30	2.5	30	86	6	98	37	20	2	39	1.67
218937--219028	30	3.1	29	80	7	87	39	22	4	33	1.74
219199--219295	48	2.0	48	97	0	185	30	16	4	48	1.65
228242--228291	5	9.8	5	83	12	66	18	0	0	82	0.68
229282--229325	8	5.4	8	79	15	54	84	0	15	0	0.63
229281--229315	14	2.4	14	95	4	61	82	0	17	0	0.66
229282--229325	22	2.0	23	90	4	72	84	0	15	0	0.63
230056--230102	23	2.0	23	91	0	76	27	25	23	23	2.00
234448--234479	9	3.4	9	95	4	55	87	3	9	0	0.64
246644--247021	78	4.8	77	74	9	264	25	28	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246953--247101	78	1.9	78	87	2	219	22	30	20	25	1.98
246838--247070	117	2.0	117	81	1	270	24	31	19	24	1.98
246683--247099	39	10.7	39	69	6	171	24	29	18	26	1.98
247490--247546	11	5.0	11	85	10	71	38	0	0	61	0.96
247491--247625	6	23.2	6	72	11	111	39	2	0	57	1.16
247491--247622	17	7.6	17	85	5	176	38	2	0	58	1.16
247490--247623	35	3.9	35	85	7	184	38	2	0	58	1.16
249149--249513	29	12.5	28	77	9	275	35	26	2	35	1.71
249147--249486	88	3.9	88	85	4	431	35	27	2	34	1.71
249149--249486	58	5.8	58	81	6	369	35	27	2	34	1.71
249151--249533	88	4.4	88	83	7	408	35	26	2	34	1.71
249473--249527	28	1.9	28	88	3	83	36	20	1	41	1.63
249409--249562	29	5.3	28	75	11	107	36	24	2	37	1.69
249521--249578	30	2.0	29	89	3	89	37	17	3	41	1.66
256849--256874	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
259856--259996	58	2.4	57	84	4	176	46	0	2	50	1.18
260328--260370	21	2.0	21	86	8	61	25	0	4	69	1.07
260337--260381	22	2.0	22	83	8	56	31	0	4	64	1.13
261418--261478	31	1.9	32	83	9	81	31	1	4	62	1.26
261465--261513	18	2.7	17	78	12	53	30	0	4	65	1.11
261484--261522	20	1.9	21	89	5	62	28	0	7	64	1.21
268516--268589	36	2.1	36	100	0	148	44	14	5	35	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274732--274818	24	3.3	24	72	27	70	42	1	2	54	1.20
274972--275028	15	3.5	15	73	21	53	42	0	1	56	1.10
274972--275032	8	7.5	8	79	17	72	40	0	1	57	1.08
275054--275086	17	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97
278291--278406	15	7.3	15	70	11	79	56	14	27	0	1.44
278285--278430	33	4.5	33	76	10	149	56	13	30	0	1.42
278328--278383	18	3.3	18	70	14	55	57	10	30	1	1.43
278288--278430	48	3.0	48	76	10	157	56	13	29	0	1.42
282453--282487	18	1.9	18	88	0	52	31	2	5	60	1.35
284545--284583	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2