Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01015261.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130306, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 318933
ACGTcount: A:0.33, C:0.17, G:0.16, T:0.34
Warning! 374 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 2 of 2
Found at i:293831 original size:39 final size:40
Alignment explanation
Indices: 293622--293834 Score: 142
Period size: 40 Copynumber: 5.3 Consensus size: 40
293612 CTATTGCTCT
* ** * *
293622 TTACCTTTTGCAGCGTTTATGGGAAAGTGCCGCTATTGCT
1 TTACCTTTTGCAGCGTTTATGGAAAAACGCCACTATTGCG
* * ** * *
293662 TTACCTTTTGCGGTGTTT-TACCATAAAAC-CCATTATTGCTCT
1 TTACCTTTTGCAGCGTTTAT-GGA-AAAACGCCACTATTG--CG
* ** * * * * **
293704 TTACTTTTTGTGGCGTTTATGGTAAAGCGTCTCTATTGTT
1 TTACCTTTTGCAGCGTTTATGGAAAAACGCCACTATTGCG
* *
293744 TTACCTTTTGCAGCGTTTATGGGAAAACGCCACTATTGCT
1 TTACCTTTTGCAGCGTTTATGGAAAAACGCCACTATTGCG
* * *
293784 TTACCTTTTGCAGCGTTTATTGAAAAATGCCGCTATTGCG
1 TTACCTTTTGCAGCGTTTATGGAAAAACGCCACTATTGCG
*
293824 TTACTTTTTGC
1 TTACCTTTTGC
293835 GACATTTTCG
Statistics
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0.74 0.19 0.07
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40 101 0.76
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42 23 0.17
43 1 0.01
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TTACCTTTTGCAGCGTTTATGGAAAAACGCCACTATTGCG
Found at i:295320 original size:38 final size:37
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Indices: 295260--295338 Score: 108
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295250 GTTTCCAGTT
295260 TTTA-TTTTTTAGATATTTTTAGAATTTTAAAAAATTC
1 TTTATTTTTTTAGATATTTTTAGAATTTT-AAAAATTC
* *
295297 TTTATTTTTTTAGA-ATTTGTTAGAATTTTCATAATTC
1 TTTATTTTTTTAGATATTT-TTAGAATTTTAAAAATTC
295334 TTTAT
1 TTTAT
295339 AATTTTTAAA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 2, Indels: 4
0.86 0.05 0.09
Matches are distributed among these distances:
37 19 0.50
38 19 0.50
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Consensus pattern (37 bp):
TTTATTTTTTTAGATATTTTTAGAATTTTAAAAATTC
Found at i:295345 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 295260--295346 Score: 108
Period size: 38 Copynumber: 2.3 Consensus size: 38
295250 GTTTCCAGTT
295260 TTTAT-TTTTTAGATATTTTTAGAATTTTAAAAAATTC
1 TTTATATTTTTAGATATTTTTAGAATTTTAAAAAATTC
* * *
295297 TTTATTTTTTTAGA-ATTTGTTAGAATTTT-CATAATTC
1 TTTATATTTTTAGATATTT-TTAGAATTTTAAAAAATTC
295334 TTTATAATTTTTA
1 TTTAT-ATTTTTA
295347 AAAATTCTTA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 3, Indels: 5
0.85 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
37 20 0.45
38 24 0.55
ACGTcount: A:0.31, C:0.03, G:0.06, T:0.60
Consensus pattern (38 bp):
TTTATATTTTTAGATATTTTTAGAATTTTAAAAAATTC
Found at i:301443 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 301411--302728 Score: 576
Period size: 29 Copynumber: 45.6 Consensus size: 28
301401 ATTTGGGATC
* *
301411 AAAAATTGAATTTTTAGACATTTGGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGA-ATTTGGGGGT
* * * *
301440 -AAAA-GGGATTTTTGGAAGTTCGGAGGC
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* * *
301467 AAAAATAGAATTTTTGGGAGTTTCGGGGTT
1 AAAAATGGAATTTTT-GGAATTT-GGGGGT
*
301497 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
*** * * *
301526 AAAAACAAAATTTTTAGAAATTTCGAGGT
1 AAAAATGGAATTTTT-GGAATTTGGGGGT
* * * *
301555 CAAAAATAGAATTTTTGGGAGTTTCGGAGTT
1 -AAAAATGGAATTTTT-GGAATTT-GGGGGT
*
301586 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
*** * * *
301615 AAAAACAAAATTTTTAGAAATTTCGAGGT
1 AAAAATGGAATTTTT-GGAATTTGGGGGT
* * * *
301644 CAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTCGAGGT
1 -AAAAATGGAATTTTTGGAATTTGGGGGT
* * *
301673 AAAAATGGAGTTTTTAGAACTTTCGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
*
301702 CAAAAATGGAA-TTTTGGAAATTCGGGGGT
1 -AAAAATGGAATTTTTGG-AATTTGGGGGT
* *
301731 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* * *
301760 AAAAATAGAATTTTTAGAAATTTTGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTT-GGAATTTGGGGGT
* * **
301789 CAAAAATGGATTTTTTGGAAGTTAAGGGT
1 -AAAAATGGAATTTTTGGAATTTGGGGGT
* ** *
301818 AAAAATGGAGTTTTTAAAACTTTCGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* *
301847 CAAAAATGGAA-TTTTGGCAGTTCGGGGGT
1 -AAAAATGGAATTTTTGG-AATTTGGGGGT
* * ** * *
301876 -AAAACGAAATTTTTACAAATTTCGAGGT
1 AAAAATGGAATTTTT-GGAATTTGGGGGT
* *
301904 CAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGAT
1 -AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
** * *
301934 AAAAAAAGAATTTTTGGGAGTTTTGGGGTT
1 AAAAATGGAATTTTT-GGA-ATTTGGGGGT
* * *
301964 AACAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGAGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* *
301993 AAAAATAGAATTTTTAGTAA---------
1 AAAAATGGAATTTTT-GGAATTTGGGGGT
* * * * * * *
302013 AAATA-GAATTTTTAGAACTTTCGGGGTT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAATTT-GGGGGT
* *
302041 AAAAATGGAA-TTTTGGCAGTTCGGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGG-AATTTGGGGGT
* * * *
302069 -AAAACGAAATTTTTAGAAATTAT-GAGGT
1 AAAAATGGAATTTTT-GGAATT-TGGGGGT
*
302097 CAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
1 -AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* * * *
302127 AAAAATAGAATTTTTGGGAGTTTCGAGGTT
1 AAAAATGGAATTTTT-GGAATTT-GGGGGT
* *
302157 AATAAAT-GAATTTTTGGAAGTTCGGGAGT
1 AA-AAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* * *
302186 AAAAATGGAATTTTTAGAACTTTCGAGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* *
302215 CAAAAATGGAATTTTTGAAAGTTCGGGGGT
1 -AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
** * * *
302245 -AAAATAAAATTTTTAGAAATTTCGAGGT
1 AAAAATGGAATTTTT-GGAATTTGGGGGT
* * * *
302273 TAAAATGAAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* * * *
302302 AAAAATAGAATTTTTGAGAGTTTCGAGGTT
1 AAAAATGGAATTTTTG-GAATTT-GGGGGT
* * * *
302332 AAAAATGAAATTTTTAGAGGTTGGGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGA-ATTTGGGGGT
* * * * *
302361 AAAAATAGAAATTTTAGAACTTTCGAGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* * *
302390 CAAAAATTGAA-TTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 -AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* * *
302419 AAAAATAGAATTTTTAGAAGTTTCGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* * *
302448 TAAAATGGAATTTTT-GAAGTTCGAGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* ** *
302476 AAAAATAGAATTTTTAAAAGTTTCGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* * *
302505 TAAAATGAAATTTTTGGAAGTTTAGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
** * **
302534 AAAAATAAAATTTTTGGGAGTTTCGGGTTT
1 AAAAATGGAATTTTT-GGAATTT-GGGGGT
* * *
302564 AAAAATGAAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* * *
302593 AAAAATGGAATTTTTAGAAATTTTAGGGTT
1 AAAAATGGAATTTTT-GGAA-TTTGGGGGT
* *
302623 AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGTGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* * *
302652 AAAAATGGAGTTTTTAGAACTTTCGGGGT
1 AAAAATGGAATTTTTGGAA-TTTGGGGGT
* *
302681 CAAAAATGGAA-TTTTGAAAGTTCGGGGGGT
1 -AAAAATGGAATTTTTGGAA-TT-TGGGGGT
302711 AAAAATGGAATTTTTGGA
1 AAAAATGGAATTTTTGGA
302729 TGGTTTAGGG
Statistics
Matches: 960, Mismatches: 256, Indels: 145
0.71 0.19 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.00
19 5 0.01
20 4 0.00
26 1 0.00
27 29 0.03
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30 311 0.32
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ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (28 bp):
AAAAATGGAATTTTTGGAATTTGGGGGT
Found at i:301703 original size:58 final size:56
Alignment explanation
Indices: 301435--302725 Score: 874
Period size: 59 Copynumber: 22.4 Consensus size: 56
301425 TAGACATTTG
* * * * *
301435 GGGGT-AAAA-GGGATTTTTGGAAGTTCGGAGGCAAAAAT-AGAATTTTTGGGAGTTTC
1 GGGGTAAAAATGGAATTTTTAGAATTTCGG-GGTAAAAATGA-AATTTTTGGAAG-TTC
* * ** * *
301491 GGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAACAAAATTTTTAGAAATTTC
1 GGGG-TAAAAATGGAATTTTTAGAATTTC-GGGGTAAAAATGAAATTTTT-GGAAGTTC
* * * * * *
301550 GAGGTCAAAAATAGAATTTTTGGGAGTTTCGGAGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC
1 GGGGT-AAAAATGGAATTTTT-AGAATTTCGG-GGTAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
*** *
301609 GGGGGTAAAAACAAAATTTTTAGAAATTTCGAGGTCAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
1 -GGGGTAAAAATGGAATTTTTAG-AATTTCGGGGT-AAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
* * * *
301668 GAGGTAAAAATGGAGTTTTTAGAACTTTCGGGGTCAAAAATGGAA-TTTTGGAAATTC
1 GGGGTAAAAATGGAATTTTTAGAA-TTTCGGGGT-AAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
* * * * *
301725 GGGGGTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAAT-AGAATTTTTAGAAATTTT
1 -GGGGTAAAAATGGAATTTTTAGAATTTCG-GGGTAAAAATGA-AATTTTT-GGAAGTTC
* * * ** * * ** *
301784 GGGGTCAAAAATGGATTTTTTGGAAGTTAAGGGTAAAAATGGAGTTTTTAAAACTTTC
1 GGGGT-AAAAATGGAATTTTTAGAATTTCGGGGTAAAAATGAAATTTTTGGAA-GTTC
* * * * ** *
301842 GGGGTCAAAAATGGAA-TTTTGGCAGTTCGGGGGT-AAAACGAAATTTTTACAAATTTC
1 GGGGT-AAAAATGGAATTTTTAGAATTTC-GGGGTAAAAATGAAATTTTT-GGAAGTTC
* * * * * *
301899 GAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGATAAAAA-AAGAATTTTTGGGAGTTTT
1 GGGGT-AAAAATGGAATTTTTAGAATTTCGGGG-TAAAAATGA-AATTTTTGGAAG-TTC
* * *
301958 GGGGTTAACAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGAGTAAAAAT-AGAATTTTT---A----
1 GGGG-TAAAAATGGAATTTTTAGAATTTCGGG-GTAAAAATGA-AATTTTTGGAAGTTC
* * *
302009 ---GTAAAAATAGAATTTTTAGAACTTTCGGGGTTAAAAATGGAA-TTTTGGCAGTTC
1 GGGGTAAAAATGGAATTTTTAGAA-TTTCGGGG-TAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
* * * *
302063 GGGGGT-AAAACGAAATTTTTAGAAATTAT-GAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC
1 -GGGGTAAAAATGGAATTTTTAG-AATT-TCGGGGT-AAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
* * * *
302121 GGGGGTAAAAATAGAATTTTTGGGAGTTTCGAGGTTAATAAATG-AATTTTTGGAAGTTC
1 -GGGGTAAAAATGGAATTTTT-AGAATTTCG-GGGTAA-AAATGAAATTTTTGGAAGTTC
* * *
302180 GGGAGTAAAAATGGAATTTTTAGAACTTTCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGAAAGTTC
1 GGG-GTAAAAATGGAATTTTTAGAA-TTTCGGGGT-AAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
** * *
302239 GGGGGT-AAAATAAAATTTTTAGAAATTTCGAGGTTAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
1 -GGGGTAAAAATGGAATTTTTAG-AATTTCGGGGTAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
* * * * * *
302296 GAGGGTAAAAATAGAATTTTTGAGAGTTTCGAGGTTAAAAATGAAATTTTTAGAGGTTGG
1 G-GGGTAAAAATGGAATTTTT-AGAATTTCG-GGGTAAAAATGAAATTTTTGGAAGTT-C
* * *
302356 GGGGTAAAAATAGAAATTTTAGAACTTTCGAGGTCAAAAATTG-AA-TTTTGGAAGTTC
1 GGGGTAAAAATGGAATTTTTAGAA-TTTCGGGGT-AAAAA-TGAAATTTTTGGAAGTTC
* * *
302413 GAGGGTAAAAATAGAATTTTTAGAAGTTTCGGGGTTAAAATGGAATTTTT-GAAGTTC
1 G-GGGTAAAAATGGAATTTTTAGAA-TTTCGGGGTAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
* * * *
302470 GAGGGTAAAAATAGAATTTTTAAAAGTTTCGGGGTTAAAATGAAATTTTTGGAAGTTTA
1 G-GGGTAAAAATGGAATTTTTAGAA-TTTCGGGGTAAAAATGAAATTTTTGGAAG-TTC
** * * *
302529 GGGGTAAAAATAAAATTTTTGGGAGTTTCGGGTTTAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
1 GGGGTAAAAATGGAATTTTT-AGAATTTCGGG-GTAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
* * *
302587 GAGGGTAAAAATGGAATTTTTAGAAATTTTAGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTC
1 G-GGGTAAAAATGGAATTTTTAG-AA-TTTCGGGGTAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
* * *
302646 GTGGGTAAAAATGGAGTTTTTAGAACTTTCGGGGTCAAAAATGGAA-TTTTGAAAGTTC
1 G-GGGTAAAAATGGAATTTTTAGAA-TTTCGGGGT-AAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
302704 GGGGGGTAAAAATGGAATTTTT
1 --GGGGTAAAAATGGAATTTTT
302726 GGATGGTTTA
Statistics
Matches: 1019, Mismatches: 135, Indels: 159
0.78 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
47 22 0.02
48 16 0.02
50 1 0.00
56 9 0.01
57 187 0.18
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ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (56 bp):
GGGGTAAAAATGGAATTTTTAGAATTTCGGGGTAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTC
Found at i:302025 original size:19 final size:18
Alignment explanation
Indices: 301990--302027 Score: 76
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
301980 GAAGTTCGGG
301990 AGTAAAAATAGAATTTTT
1 AGTAAAAATAGAATTTTT
302008 AGTAAAAATAGAATTTTT
1 AGTAAAAATAGAATTTTT
302026 AG
1 AG
302028 AACTTTCGGG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 20 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (18 bp):
AGTAAAAATAGAATTTTT
Found at i:302057 original size:193 final size:193
Alignment explanation
Indices: 301816--302202 Score: 643
Period size: 193 Copynumber: 2.0 Consensus size: 193
301806 GAAGTTAAGG
* *
301816 GTAAAAATGGAGTTTTTAAAACTTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTGGCAGTTCGGGGGTAAAAC
1 GTAAAAATAGAATTTTTAAAACTTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTGGCAGTTCGGGGGTAAAAC
301881 GAAATTTTTACAAATT-TCGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGATAAAAAAAGAAT
66 GAAATTTTTACAAATTAT-GAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGATAAAAAAAGAAT
* * *
301945 TTTTGGGAGTTTTGGGGTTAA-CAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGAGTAAAAATAGAATTTTTA
130 TTTTGGGAGTTTCGAGGTTAATAAAT-GAATTTTTGGAAGTTCGGGAGTAAAAATAGAATTTTTA
* *
302009 GTAAAAATAGAATTTTTAGAACTTTCGGGGTTAAAAATGGAATTTTGGCAGTTCGGGGGTAAAAC
1 GTAAAAATAGAATTTTTAAAACTTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTGGCAGTTCGGGGGTAAAAC
* * *
302074 GAAATTTTTAGAAATTATGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAAAATAGAATT
66 GAAATTTTTACAAATTATGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGATAAAAAAAGAATT
*
302139 TTTGGGAGTTTCGAGGTTAATAAATGAATTTTTGGAAGTTCGGGAGTAAAAATGGAATTTTTA
131 TTTGGGAGTTTCGAGGTTAATAAATGAATTTTTGGAAGTTCGGGAGTAAAAATAGAATTTTTA
302202 G
1 G
302203 AACTTTCGAG
Statistics
Matches: 181, Mismatches: 11, Indels: 4
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
193 177 0.98
194 4 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.05, G:0.26, T:0.33
Consensus pattern (193 bp):
GTAAAAATAGAATTTTTAAAACTTTCGGGGTCAAAAATGGAATTTTGGCAGTTCGGGGGTAAAAC
GAAATTTTTACAAATTATGAGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGGGGATAAAAAAAGAATT
TTTGGGAGTTTCGAGGTTAATAAATGAATTTTTGGAAGTTCGGGAGTAAAAATAGAATTTTTA
Found at i:304599 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 304577--304642 Score: 55
Period size: 6 Copynumber: 11.2 Consensus size: 6
304567 TTTTAAATCC
** **
304577 ATTTAA ATTCCA A-TTAA ATTTAA ATTTAA A-GCAA ATTTAA ATTTAAA
1 ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTT-AA
**
304624 AGATAA ATTTAA ATTTAA A
1 ATTTAA ATTTAA ATTTAA A
304643 AGATAAATTT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 12, Indels: 6
0.71 0.19 0.10
Matches are distributed among these distances:
5 6 0.13
6 35 0.78
7 4 0.09
ACGTcount: A:0.53, C:0.05, G:0.03, T:0.39
Consensus pattern (6 bp):
ATTTAA
Found at i:304602 original size:11 final size:12
Alignment explanation
Indices: 304577--304642 Score: 55
Period size: 11 Copynumber: 5.6 Consensus size: 12
304567 TTTTAAATCC
**
304577 ATTTAAATTCCA
1 ATTTAAATTTAA
304589 A-TTAAATTTAA
1 ATTTAAATTTAA
**
304600 ATTTAAA-GCAA
1 ATTTAAATTTAA
304611 ATTTAAATTTAAA
1 ATTTAAATTT-AA
**
304624 AGATAAATTTAA
1 ATTTAAATTTAA
304636 ATTTAAA
1 ATTTAAA
304643 AGATAAATTT
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 10, Indels: 6
0.72 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
11 18 0.44
12 13 0.32
13 10 0.24
ACGTcount: A:0.53, C:0.05, G:0.03, T:0.39
Consensus pattern (12 bp):
ATTTAAATTTAA
Found at i:304633 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 304591--304652 Score: 101
Period size: 19 Copynumber: 3.4 Consensus size: 19
304581 AAATTCCAAT
304591 TAAATTTAAATTT-AAAG-
1 TAAATTTAAATTTAAAAGA
*
304608 CAAATTTAAATTTAAAAGA
1 TAAATTTAAATTTAAAAGA
304627 TAAATTTAAATTTAAAAGA
1 TAAATTTAAATTTAAAAGA
304646 TAAATTT
1 TAAATTT
304653 GAATCAATCA
Statistics
Matches: 41, Mismatches: 2, Indels: 2
0.91 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
17 12 0.29
18 4 0.10
19 25 0.61
ACGTcount: A:0.55, C:0.02, G:0.05, T:0.39
Consensus pattern (19 bp):
TAAATTTAAATTTAAAAGA
Found at i:306017 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 305978--306037 Score: 104
Period size: 27 Copynumber: 2.2 Consensus size: 27
305968 TCCAAAATTC
305978 TATTAAGAAGAGGATCAAAGGAAACAA
1 TATTAAGAAGAGGATCAAAGGAAACAA
306005 TATTAA-AAGGAGGATCAAAGGAAACAA
1 TATTAAGAA-GAGGATCAAAGGAAACAA
306032 TATTAA
1 TATTAA
306038 TTGAAAATTG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 0, Indels: 2
0.94 0.00 0.06
Matches are distributed among these distances:
26 2 0.06
27 30 0.94
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Consensus pattern (27 bp):
TATTAAGAAGAGGATCAAAGGAAACAA
Found at i:317401 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 317333--317793 Score: 355
Period size: 29 Copynumber: 15.8 Consensus size: 29
317323 TTGGATTCTC
* * *
317333 GGGGGT-AAAATGGTATTTGTGGGAAAATTT
1 GGGGGTAAAAATGGAATTT-TTGG-AAGTTT
* *
317363 -GGGGTCAAAAATTGAATTTTTAGACA-TTT
1 GGGGGT-AAAAATGGAATTTTTGGA-AGTTT
* *
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317794 TGGTTTAGGG
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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56 27 0.08
57 36 0.11
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ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.29, T:0.35
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Done.