genome.fa.s15262.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015262.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130307, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  411148

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9969--10003	17	2.1	17	100	0	70	22	11	17	48	1.79
10124--10352	51	4.5	50	80	7	232	33	15	21	29	1.94
10121--10317	102	1.9	101	84	5	263	32	14	21	30	1.94
11071--11130	21	2.9	21	82	0	75	36	13	21	28	1.91
12724--12815	43	2.1	43	89	0	139	38	9	22	29	1.86
12827--12922	40	2.4	40	89	0	147	41	10	25	22	1.85
15346--15395	24	2.1	24	84	0	64	32	0	0	68	0.90
19177--19234	28	2.1	28	90	6	91	37	1	0	60	1.07
19747--19805	12	4.9	12	77	4	57	6	3	18	71	1.23
19745--19802	24	2.6	22	86	8	73	6	3	18	70	1.24
19745--19790	24	1.9	24	95	0	83	6	4	19	69	1.28
19744--19807	33	1.9	33	87	6	94	6	4	18	70	1.27
19747--19807	21	2.8	21	85	7	68	6	3	18	72	1.21
19756--19829	33	2.2	33	83	4	87	10	1	13	74	1.14
19804--19873	23	3.0	23	68	12	54	18	4	7	70	1.28
23763--23978	23	9.4	23	88	0	324	34	5	13	46	1.66
24145--24181	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
33603--33645	21	2.0	21	90	9	68	65	0	27	6	1.18
33591--33641	18	2.8	18	80	14	59	62	0	33	3	1.13
39424--39463	17	2.4	17	84	12	55	62	0	0	37	0.95
44178--44218	4	10.8	4	87	10	59	78	2	0	19	0.87
44178--44218	11	3.6	12	90	6	59	78	2	0	19	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48557--48928	30	12.6	30	78	9	302	38	21	2	37	1.66
48553--48862	89	3.4	90	82	6	353	37	20	2	39	1.66
48557--48863	119	2.6	119	84	6	354	37	21	2	38	1.66
48924--48999	28	2.6	29	78	16	77	34	21	5	39	1.76
53204--53230	14	1.9	14	100	0	54	88	0	3	7	0.61
54395--54570	88	2.0	88	100	0	352	19	15	19	45	1.86
56628--56703	38	2.0	38	100	0	152	31	23	10	34	1.89
61890--61939	25	2.0	25	100	0	100	36	0	20	44	1.52
65357--65398	21	2.0	21	100	0	84	42	0	0	57	0.99
69578--69684	29	3.7	28	85	9	144	47	0	0	51	1.07
70328--70375	6	7.5	6	82	13	60	43	4	14	37	1.65
71821--71878	17	3.4	17	81	11	57	24	1	5	68	1.19
71855--71908	4	12.8	4	77	11	54	22	1	3	72	1.10
75961--76012	21	2.5	21	87	0	68	28	26	15	28	1.96
76662--76758	40	2.5	40	93	1	160	24	23	9	42	1.83
82773--82815	15	2.9	15	96	0	77	30	23	25	20	1.99
83302--83427	39	3.2	39	79	7	119	23	9	33	33	1.87
83452--84000	78	7.1	77	81	4	550	25	17	30	25	1.97
83547--83968	39	10.9	38	69	9	181	25	18	30	25	1.98
84243--84367	50	2.5	50	81	1	135	16	28	17	36	1.92
100066--100258	81	2.4	81	88	0	269	29	27	17	25	1.97
102194--102233	13	2.9	14	82	17	57	0	20	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102190--102250	23	2.5	24	82	17	74	3	22	0	73	0.97
102192--102248	30	1.9	29	83	16	73	1	21	0	77	0.86
117024--117076	27	2.0	27	81	7	63	24	26	15	33	1.95
117087--117182	23	4.2	23	83	2	122	26	29	15	29	1.96
117083--117182	45	2.2	46	83	1	130	28	28	16	28	1.97
127038--127138	43	2.4	42	88	1	148	33	11	27	26	1.92
135518--135574	17	3.4	17	78	7	62	22	17	12	47	1.81
139837--139871	17	2.1	17	100	0	70	25	11	22	40	1.88
153311--153344	7	5.0	7	96	3	61	0	26	0	73	0.83
159238--159299	5	13.4	5	79	14	55	0	17	0	82	0.67
159241--159299	27	2.1	27	84	9	75	0	16	0	83	0.66
160327--160367	13	3.1	14	79	10	50	0	39	0	60	0.96
160327--160368	12	3.2	13	83	6	50	0	40	0	59	0.97
160325--160383	24	2.3	26	80	8	68	0	40	0	59	0.97
162118--162146	9	3.3	9	90	9	51	0	10	0	89	0.48
186082--186120	15	2.7	14	84	7	51	74	7	7	10	1.22
186078--186127	20	2.4	21	83	12	68	70	6	10	14	1.33
197187--197240	18	2.9	18	86	8	65	0	37	0	62	0.95
197195--197223	15	1.9	15	100	0	58	0	31	0	68	0.89
219173--219200	13	2.2	13	100	0	56	32	14	32	21	1.93
219374--220055	99	6.9	99	80	5	670	35	15	29	19	1.93
219354--220055	197	3.6	196	81	4	731	35	15	29	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219428--220004	296	1.9	295	85	4	786	35	15	29	19	1.93
219396--220013	49	12.5	48	70	10	293	35	15	29	19	1.92
219444--220115	296	2.3	293	81	5	771	35	15	29	19	1.92
220390--220661	114	2.4	114	83	2	332	33	16	24	25	1.96
226654--226701	23	2.1	23	84	3	62	68	0	0	31	0.90
227117--227148	2	16.0	2	93	0	55	50	46	0	3	1.17
227117--227154	12	3.2	12	92	0	58	50	42	0	7	1.31
227230--227311	36	2.3	36	89	0	128	60	13	2	23	1.44
234686--234716	16	1.9	16	100	0	62	9	12	0	77	0.99
239113--239250	40	3.5	39	87	3	179	25	23	6	44	1.77
239396--239561	4	41.5	4	75	0	89	43	9	6	40	1.64
239384--239561	26	7.0	26	76	8	132	42	10	7	39	1.66
239422--239557	46	3.0	46	83	0	173	43	9	6	40	1.63
239392--239561	50	3.4	49	78	3	171	42	9	7	40	1.64
240297--240326	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
245084--245155	24	3.0	24	89	0	108	16	25	6	51	1.69
245125--245222	40	2.5	39	90	5	153	22	25	6	45	1.75
245365--245403	4	10.0	4	83	5	53	48	23	2	25	1.63
248862--248895	17	1.9	18	94	5	61	47	0	0	52	1.00
249331--249381	8	6.5	8	86	8	70	33	1	1	62	1.17
249331--249381	15	3.2	16	86	10	70	33	1	1	62	1.17
249333--249447	23	5.0	22	71	26	71	37	3	1	57	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252977--253070	48	2.0	47	89	2	143	54	8	6	30	1.56
258170--258212	17	2.4	18	80	3	52	32	0	9	58	1.30
266358--266404	22	2.1	22	84	0	58	34	6	8	51	1.58
266580--266626	4	11.8	4	86	0	67	74	0	2	23	0.93
272234--272275	17	2.4	18	80	4	50	57	9	11	21	1.63
272244--272287	18	2.5	18	85	3	54	59	9	13	18	1.60
286437--286499	24	2.6	24	89	0	90	26	23	25	23	2.00
291678--291752	24	3.3	23	65	24	61	36	4	2	57	1.32
291668--291756	43	2.1	43	95	0	160	34	3	5	56	1.40
293167--293253	20	4.3	20	71	12	61	31	8	12	48	1.70
303884--304216	23	14.3	23	86	1	432	31	5	15	47	1.69
305297--305369	21	3.5	21	81	10	62	31	10	24	32	1.90
317033--317379	23	15.6	23	80	7	340	34	5	12	46	1.65
317033--317379	90	3.9	88	78	7	321	34	5	12	46	1.65
317315--317346	16	2.0	16	93	0	55	46	0	9	43	1.35
317285--317369	39	2.2	39	89	0	125	37	4	12	44	1.64
332210--332252	14	3.1	14	90	6	61	30	0	30	39	1.57
334528--334573	21	2.2	21	84	0	56	39	15	23	21	1.92
338461--338510	25	2.0	24	81	11	57	42	0	0	58	0.98
340167--340196	5	6.0	5	100	0	60	20	0	40	40	1.52
345484--345528	10	4.5	10	82	0	54	64	0	2	33	1.06
350627--350702	34	2.2	34	90	0	125	32	19	0	47	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
351438--351515	29	2.7	29	88	4	113	30	10	20	38	1.86
351437--351520	15	5.8	15	75	12	86	29	9	20	40	1.84
352255--352285	14	2.3	14	94	5	55	45	9	16	29	1.79
360192--360236	23	2.0	23	95	0	81	46	6	13	33	1.69
360517--360558	21	2.0	21	100	0	84	19	19	9	52	1.72
372909--372933	9	2.8	9	100	0	50	60	0	20	20	1.37
387555--387596	18	2.3	19	83	4	50	4	16	2	76	1.07
388367--388502	72	1.9	72	100	0	272	32	14	22	30	1.94
389717--389759	9	4.8	9	81	18	54	58	0	0	41	0.98
390461--390503	9	4.3	9	78	21	50	41	0	2	55	1.12

Tables:   1   2