genome.fa.s15265.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015265.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130310, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  306283

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5029--5063	18	1.9	18	88	11	54	54	0	34	11	1.37
10334--11068	23	32.3	23	84	3	909	34	4	13	47	1.63
10927--10957	15	2.1	15	93	0	53	25	9	12	51	1.70
10904--10980	38	2.0	38	94	0	136	33	5	12	48	1.64
10859--11026	84	2.0	84	88	2	248	33	5	13	47	1.65
11145--11261	36	3.2	36	93	1	189	29	10	23	35	1.88
15964--16032	11	5.6	11	79	15	57	52	0	0	47	1.00
17003--17174	34	5.0	34	84	1	191	42	0	37	19	1.52
17050--17107	18	3.3	18	72	18	68	36	0	39	24	1.55
17104--17158	16	3.3	16	71	26	51	49	0	34	16	1.46
17205--17246	17	2.4	17	80	4	57	42	0	0	57	0.99
17609--17637	12	2.3	13	94	5	51	51	0	0	48	1.00
18650--18914	30	9.0	29	80	9	286	35	24	1	37	1.67
18623--18914	59	5.0	57	80	9	286	35	24	2	37	1.67
26721--26759	18	2.2	18	95	0	69	35	7	23	33	1.83
30803--30845	22	2.0	22	100	0	86	18	18	23	39	1.92
30849--31245	209	1.9	209	82	4	505	39	16	20	23	1.92
30838--31281	209	2.1	209	81	4	504	38	16	20	24	1.93
33338--33648	60	5.2	58	77	7	259	36	24	3	36	1.72
33368--33660	59	4.9	58	79	4	255	35	25	3	35	1.72
33338--33648	30	10.5	30	78	4	222	36	24	3	36	1.72
34053--34136	36	2.3	36	93	0	141	54	0	19	26	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34232--34327	26	3.3	26	67	27	77	29	15	0	55	1.41
34195--34330	61	2.2	61	98	0	263	29	14	0	55	1.40
34306--34350	17	2.6	18	86	6	58	15	15	0	68	1.21
34306--34341	18	2.1	18	94	5	65	19	11	0	69	1.18
34469--34548	26	3.2	24	73	16	67	47	1	1	50	1.17
36369--36411	12	3.6	12	80	0	50	9	2	13	74	1.16
36404--36444	21	2.0	21	90	0	64	19	7	4	68	1.32
38157--38197	15	2.7	15	82	14	57	68	0	0	31	0.90
38963--39011	23	2.2	22	82	10	55	63	6	6	24	1.41
49349--49403	23	2.4	23	93	0	92	25	27	23	23	2.00
56793--56823	15	2.1	15	100	0	62	80	0	12	6	0.89
63675--63722	24	2.0	24	84	11	64	6	2	27	64	1.28
65840--65891	3	17.3	3	100	0	104	67	0	0	32	0.91
67174--67262	9	9.7	9	70	13	65	64	0	3	32	1.10
67196--67262	28	2.4	27	79	16	75	67	0	4	28	1.10
67152--67262	37	3.0	35	75	16	91	64	0	4	29	1.19
67186--67262	27	2.8	28	79	18	83	64	0	3	31	1.11
67628--67666	18	2.2	18	90	0	60	61	2	2	33	1.23
67715--67748	16	2.1	16	88	0	50	47	2	0	50	1.16
68043--68093	23	2.1	25	82	7	61	25	11	17	45	1.83
89715--89815	19	4.9	20	70	19	75	4	1	20	72	1.14
89769--89842	34	2.2	34	82	4	87	8	1	20	70	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89692--89871	12	15.2	12	68	13	70	6	2	22	68	1.24
89803--89867	22	2.9	21	84	11	76	10	1	18	69	1.26
89789--89854	34	1.9	35	84	9	91	9	1	19	69	1.23
90559--90636	32	2.5	31	75	10	77	28	14	8	48	1.73
92004--92036	11	2.9	12	82	17	52	78	0	12	9	0.95
96625--96678	29	1.9	27	88	7	81	61	0	1	37	1.07
97153--97192	21	2.0	21	85	5	55	55	25	2	17	1.55
106584--106628	7	6.6	7	84	5	56	2	55	0	42	1.12
114423--114465	20	2.2	20	83	8	52	46	9	6	37	1.63
114452--114487	14	2.6	14	90	0	54	33	19	2	44	1.65
116999--117502	249	2.0	252	96	1	933	42	5	4	48	1.44
119509--119592	29	2.9	29	82	10	109	16	11	45	26	1.82
120133--120245	40	2.8	40	89	2	174	34	23	20	21	1.97
120308--120392	29	2.9	29	84	3	109	24	18	17	38	1.92
120355--120440	29	3.0	29	77	13	95	27	19	13	38	1.90
122085--122165	38	2.2	38	84	2	110	28	12	24	34	1.92
126284--126317	17	1.9	18	88	5	52	67	2	0	29	1.05
127313--127377	20	3.5	20	68	23	70	23	3	12	61	1.45
127317--127393	34	2.3	34	100	0	154	22	5	12	59	1.53
127400--127511	23	4.8	23	87	3	136	41	16	12	29	1.86
127419--127522	12	8.7	12	64	10	52	42	13	13	30	1.83
127817--127862	22	2.1	22	84	8	58	34	2	0	63	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128043--128100	6	10.3	6	75	14	61	43	1	1	53	1.21
128043--128115	17	4.4	17	84	5	96	45	1	2	50	1.24
128043--128097	11	5.0	11	78	10	51	43	1	1	52	1.22
128809--128843	18	1.9	18	94	0	61	54	0	0	45	0.99
129883--130030	30	4.9	30	83	4	158	35	24	1	38	1.64
130033--130415	30	13.1	30	68	16	189	31	25	4	38	1.77
130041--130411	29	12.6	30	67	18	124	31	25	4	38	1.76
129984--130473	59	8.4	57	78	9	343	31	25	4	38	1.76
130135--130472	174	1.9	175	82	5	416	31	25	4	38	1.76
130017--130415	59	6.8	59	79	6	434	31	25	5	38	1.77
138433--138479	21	2.2	21	96	0	85	38	8	31	21	1.83
147806--147849	21	2.1	21	83	8	54	27	29	4	38	1.76
147717--148201	231	2.1	231	83	1	596	26	31	6	35	1.81
147717--148280	231	2.4	230	81	3	580	26	31	6	35	1.83
156737--156913	37	4.8	37	84	1	185	35	28	20	15	1.94
156737--156915	74	2.4	74	82	0	223	35	28	20	16	1.94
158589--158643	21	2.7	19	79	17	58	45	0	9	45	1.35
158614--158657	20	2.1	21	83	4	54	43	0	11	45	1.40
162382--162442	33	1.9	31	83	6	77	52	4	3	39	1.39
169646--169722	23	3.3	23	81	1	82	19	16	19	44	1.87
173678--173735	20	3.0	20	79	5	73	34	3	0	62	1.12
173680--173735	19	2.8	20	81	5	69	33	3	0	62	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173703--173729	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
173683--173740	26	2.2	25	79	8	62	34	1	0	63	1.04
174239--174509	135	2.0	135	100	0	542	30	4	10	54	1.54
176144--176175	16	2.0	16	93	0	55	40	0	9	50	1.35
187572--187633	3	20.7	3	100	0	124	33	0	0	66	0.92
203185--203357	87	2.0	87	98	0	337	38	9	15	36	1.81
205407--205444	18	2.1	18	90	0	58	57	5	2	34	1.35
206218--206325	9	11.9	9	72	10	78	31	3	1	62	1.23
206218--206273	10	5.8	10	75	6	53	33	3	1	60	1.24
220887--221082	100	2.0	100	85	6	272	26	18	12	41	1.87
224756--224804	20	2.5	20	80	6	55	61	4	0	34	1.15
227759--227973	106	2.0	107	98	0	414	36	18	15	28	1.92
234998--235148	75	2.0	75	98	0	293	32	17	13	36	1.89
242994--243036	24	1.9	23	86	13	63	25	0	11	62	1.29
244367--244410	21	2.0	22	82	4	54	45	2	34	18	1.62
245059--245118	28	2.2	27	91	8	95	63	1	1	33	1.14
247597--247665	28	2.4	30	78	7	79	59	2	5	31	1.36
247589--247666	28	2.7	28	76	13	77	58	2	5	33	1.33
247642--247704	25	2.4	25	85	12	83	58	3	3	34	1.30
275345--275374	10	3.0	10	100	0	60	30	10	0	60	1.30
283052--283103	27	2.0	27	84	3	70	26	30	11	30	1.92

Tables:   1

The End!