genome.fa.s15291.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015291.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130336, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  212205

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3164--3213	24	2.1	23	82	10	57	34	6	2	58	1.34
3224--3268	17	2.6	17	78	0	54	48	0	0	51	1.00
3219--3340	55	2.2	57	89	5	187	45	0	2	51	1.14
9630--9682	25	2.2	25	83	10	65	30	13	5	50	1.64
12175--12304	29	4.5	29	79	0	116	40	16	16	26	1.90
12169--12304	58	2.3	58	78	9	150	41	16	16	26	1.88
14543--14625	6	13.8	6	68	14	55	37	4	1	56	1.28
14555--14623	17	3.9	16	81	18	84	36	5	1	56	1.32
14543--14624	37	2.3	35	91	8	130	36	4	1	57	1.28
15406--15469	3	20.7	3	76	12	58	56	1	1	40	1.18
16487--16725	29	8.2	28	81	8	246	35	26	2	35	1.72
16621--16870	59	4.3	58	73	8	179	35	26	3	34	1.73
16692--16773	29	2.8	30	76	14	89	40	28	3	28	1.73
24444--24488	6	7.5	6	89	0	63	22	31	0	46	1.52
25213--25451	29	8.2	28	81	8	246	35	26	2	35	1.72
25347--25596	59	4.3	58	73	8	179	35	26	3	34	1.73
25418--25499	29	2.8	30	76	14	89	40	28	3	28	1.73
33170--33214	6	7.5	6	89	0	63	22	31	0	46	1.52
38367--38411	6	7.5	6	89	0	63	22	31	0	46	1.52
41386--41491	31	3.3	32	78	11	85	69	5	17	6	1.30
43622--43668	17	2.9	17	78	6	53	40	31	8	19	1.81
44795--44837	21	2.0	21	90	4	68	74	4	6	13	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51310--51437	62	2.3	54	79	18	152	32	15	21	29	1.95
51325--51454	62	2.1	62	92	0	224	34	13	23	27	1.93
51459--51681	40	5.6	40	79	4	254	30	31	13	23	1.93
51459--51681	79	2.8	79	86	0	311	30	31	13	23	1.93
51732--52246	79	6.5	79	85	2	599	27	30	16	25	1.97
51749--52249	118	4.2	116	77	7	449	27	30	15	25	1.96
51732--52171	236	1.9	237	87	2	652	27	30	16	25	1.97
51749--52260	39	13.0	39	78	3	463	28	30	15	25	1.96
53292--53321	15	2.1	14	93	6	51	76	0	0	23	0.78
55175--55231	16	3.4	16	72	13	60	45	5	26	22	1.73
55170--55240	35	2.0	35	100	0	142	46	5	28	19	1.72
60520--60573	24	2.3	24	84	9	67	38	0	5	55	1.23
60551--60985	140	3.1	139	69	20	333	33	0	14	51	1.48
60405--60985	286	2.0	286	84	6	757	35	0	13	50	1.49
60858--60909	23	2.3	23	80	6	61	17	0	9	73	1.09
60664--60938	150	1.8	147	81	12	333	35	0	13	50	1.44
61277--61316	19	2.1	19	95	0	71	40	2	15	42	1.60
62588--62678	40	2.3	39	84	7	112	29	14	23	32	1.94
83505--83570	13	5.2	13	70	7	64	33	10	3	53	1.51
83508--83570	25	2.5	25	100	0	126	33	11	3	52	1.53
83605--83656	14	3.8	13	82	5	50	19	0	30	50	1.48
83605--83656	21	2.5	21	96	0	95	19	0	30	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86718--86780	27	2.3	27	80	0	81	26	26	20	25	1.99
101223--101252	6	5.0	6	91	0	51	80	0	20	0	0.72
102424--102629	112	1.8	112	88	0	313	30	20	8	39	1.83
103173--103516	147	2.3	146	81	1	382	39	15	25	19	1.91
103059--103516	49	9.4	49	75	2	332	37	16	24	21	1.93
103870--104080	43	5.0	42	77	6	192	33	21	16	28	1.95
103870--104083	85	2.5	85	82	6	256	33	21	15	28	1.95
125558--125639	39	2.1	39	84	4	103	32	32	7	26	1.84
131135--131217	39	2.1	39	84	4	105	27	32	13	26	1.93
133579--133636	4	15.0	4	85	7	84	24	22	1	51	1.57
134154--134246	47	2.0	47	82	0	114	30	12	4	52	1.58
136566--136640	27	2.8	26	88	6	105	38	22	14	24	1.92
142435--142548	52	2.2	52	80	10	126	44	4	6	44	1.48
144421--144459	18	2.2	18	90	0	60	56	2	7	33	1.41
145090--145152	29	2.1	30	82	2	74	28	14	3	53	1.56
156379--156454	37	2.1	37	97	0	143	60	10	9	19	1.56
159747--160030	52	5.5	52	88	0	406	30	12	21	35	1.90
166368--166427	31	1.9	31	100	0	120	43	13	13	30	1.82
173886--173929	20	2.3	19	92	7	79	75	11	4	9	1.19
173901--173951	24	2.1	24	92	0	84	78	9	1	9	1.04
173886--173951	24	3.2	20	74	17	62	75	10	3	10	1.14
175279--175320	10	4.2	10	82	11	50	71	2	2	23	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175341--175422	38	2.1	39	89	10	125	29	2	0	68	1.03
175341--175421	19	4.3	19	77	12	94	29	2	0	67	1.03
175341--175513	10	17.6	10	67	14	85	28	4	1	65	1.18
175374--175451	29	2.7	28	82	9	86	30	3	0	65	1.10
175341--175460	19	6.3	19	69	5	80	29	3	0	66	1.13
175438--175484	22	2.1	22	84	4	58	25	4	2	68	1.19
177984--178054	35	2.0	35	91	5	117	40	12	18	28	1.87
186022--186283	129	2.0	129	100	0	524	35	16	15	32	1.91
186978--187041	29	2.2	28	83	8	76	25	6	28	40	1.79
188961--189051	35	2.5	35	87	3	119	32	14	27	25	1.94
190261--190363	41	2.5	41	85	7	145	35	10	23	30	1.89
190383--190480	41	2.4	41	87	1	153	43	9	23	23	1.82
191723--191770	18	2.7	18	78	12	62	20	14	29	35	1.93
193017--193168	80	1.9	80	91	1	252	41	2	11	44	1.55
193367--193397	14	2.2	14	94	0	53	16	6	16	61	1.54
195286--195503	109	2.0	109	96	0	400	20	29	25	23	1.99
195516--195574	30	2.0	30	86	0	82	18	35	15	30	1.92
197052--197266	90	2.4	89	81	8	242	40	18	8	33	1.81
197364--197519	20	8.1	18	69	18	75	61	2	5	30	1.33
197366--197504	10	14.3	10	67	18	55	62	2	5	29	1.30
197401--197492	29	3.2	29	77	11	100	63	3	3	30	1.26
197412--197504	28	3.2	28	77	11	107	65	2	3	29	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197393--197504	57	1.9	59	85	8	158	63	2	3	30	1.25
197393--197504	59	1.9	58	87	5	163	63	2	3	30	1.25
198821--198939	20	5.9	20	72	7	98	37	21	28	12	1.90
204224--204397	30	5.9	30	83	3	219	42	1	18	37	1.58
204224--204435	60	3.6	59	82	6	250	45	1	17	34	1.58
204232--204432	90	2.2	89	83	6	246	45	1	17	35	1.58
204237--204420	30	6.2	29	82	3	208	45	1	17	35	1.56
205557--205690	38	3.6	37	79	11	148	38	11	19	30	1.88
205951--206026	28	2.5	31	79	10	86	43	15	19	21	1.88
206211--206274	33	1.9	33	83	0	83	29	28	7	34	1.85
209276--209334	19	3.1	19	78	9	66	42	1	3	52	1.28
209461--209591	40	3.2	41	76	8	133	16	23	18	41	1.89
209468--209612	42	3.5	42	74	7	134	15	23	16	44	1.86
209386--209607	82	2.7	82	81	0	237	17	22	17	42	1.89
209890--209951	31	2.0	31	84	6	81	45	1	35	17	1.59
211806--211906	27	3.6	27	91	4	148	29	12	40	16	1.86

Tables:   1

The End!