genome.fa.s15303.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015303.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130348, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  387286

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2639--2682	23	1.9	23	90	0	70	15	27	13	43	1.85
2700--2754	20	2.8	19	75	13	58	0	27	3	69	1.05
2700--2755	21	2.8	20	72	25	55	0	26	3	69	1.04
25051--25164	59	1.9	59	96	0	210	29	4	18	47	1.68
27336--27425	44	2.1	44	93	4	157	31	0	4	64	1.13
27359--27420	22	2.8	22	70	0	61	35	0	4	59	1.19
28021--28065	23	1.9	24	82	13	58	40	17	8	33	1.81
33350--33449	9	11.2	9	69	12	64	37	3	0	60	1.12
33378--33445	34	2.0	36	85	8	97	44	1	0	54	1.09
33418--33462	19	2.3	19	88	3	63	46	0	0	53	1.00
34627--34678	19	2.7	19	85	8	61	53	9	0	36	1.34
34992--35030	19	2.1	19	85	0	51	61	0	15	23	1.33
36528--36569	18	2.2	20	87	12	61	52	0	0	47	1.00
37383--37425	22	2.0	22	90	4	70	51	0	0	48	1.00
37686--37720	15	2.4	14	86	9	52	17	2	2	77	1.02
46191--46253	31	2.0	31	85	11	85	39	4	14	41	1.67
53861--53998	51	2.7	51	86	2	188	15	33	18	32	1.92
53977--54086	54	2.0	54	91	0	175	22	30	27	20	1.98
57870--57917	15	3.3	15	70	5	53	37	16	12	33	1.86
75594--75634	21	2.0	21	85	0	55	17	12	4	65	1.42
80288--80340	27	1.9	28	88	3	81	39	0	0	60	0.97
80343--80368	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87946--87990	21	2.2	20	84	4	54	48	2	0	48	1.13
99452--99488	19	1.9	19	94	0	65	24	24	0	51	1.49
99608--99874	90	3.0	90	98	0	516	48	5	6	39	1.53
100659--100689	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
104316--104365	24	2.0	25	88	11	77	50	8	20	22	1.74
104616--104668	27	2.0	27	85	7	72	69	5	0	24	1.09
104785--104853	20	3.2	20	79	15	84	69	18	2	8	1.27
104784--104854	23	3.2	23	70	8	74	70	18	2	8	1.25
104785--104868	44	1.9	44	90	4	134	67	17	4	9	1.36
104784--104867	21	3.9	22	77	20	88	69	17	3	9	1.31
105914--105938	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
107077--107104	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
109748--109781	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
110400--110435	17	2.2	17	90	5	56	25	2	11	61	1.43
110404--110438	16	2.1	17	94	5	63	25	0	11	62	1.28
115305--115355	22	2.3	22	80	12	61	35	0	3	60	1.15
124434--124616	61	3.0	61	98	0	357	38	13	17	31	1.88
130613--130659	25	1.9	24	83	12	60	59	4	0	36	1.17
132128--132156	13	2.3	13	94	5	51	75	3	0	20	0.94
139768--139806	14	2.8	13	88	7	51	25	0	12	61	1.31
139813--139851	13	3.0	13	80	0	51	41	0	0	58	0.98
141365--141410	19	2.6	18	86	6	58	4	19	2	73	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144155--144195	19	2.2	19	95	0	73	34	17	0	48	1.47
148031--148277	121	2.0	121	99	0	485	37	6	8	46	1.61
153885--153941	22	2.6	21	83	10	71	19	17	28	35	1.94
158287--158343	28	2.0	28	100	0	114	50	10	17	21	1.75
164886--164926	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
166744--167058	160	2.0	160	88	1	470	35	9	26	27	1.88
170474--170526	28	1.9	28	92	3	90	52	13	1	32	1.51
170546--170582	18	2.0	19	94	5	67	43	5	0	51	1.24
171036--171284	94	2.7	94	86	5	335	39	4	6	48	1.51
177000--177238	90	2.6	90	80	8	263	43	12	9	33	1.75
178343--178387	19	2.4	19	100	0	90	33	20	8	37	1.83
180188--180297	55	2.0	55	90	0	175	31	9	25	33	1.87
182150--182197	25	1.9	25	87	8	71	35	16	4	43	1.67
182163--182215	25	2.0	26	82	7	63	39	13	5	41	1.68
193504--193546	18	2.4	18	80	7	52	46	2	0	51	1.13
194878--195025	59	2.5	57	78	7	163	36	17	14	31	1.90
205865--205910	21	2.1	22	88	4	67	69	6	2	21	1.22
206751--206804	20	2.7	19	78	10	63	20	1	3	74	1.07
206908--206947	17	2.3	18	86	4	55	32	5	0	62	1.17
207303--207356	17	3.1	17	70	2	54	62	1	0	35	1.06
207676--207769	10	9.5	10	67	19	54	38	2	1	58	1.17
219117--219152	18	1.9	19	88	5	56	63	2	0	33	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219370--219413	16	2.6	17	82	10	54	52	4	0	43	1.22
219876--219957	2	41.0	2	90	0	128	45	3	0	51	1.19
220819--220861	21	2.0	21	100	0	86	44	13	13	27	1.83
230331--230389	30	2.0	30	83	6	75	13	10	20	55	1.66
230459--230518	23	2.6	24	71	7	61	40	18	10	31	1.84
230636--230670	12	2.9	12	95	0	61	51	20	17	11	1.75
230783--230878	48	2.0	48	97	0	183	36	20	15	27	1.93
245747--245778	15	2.1	15	100	0	64	40	12	12	34	1.81
249605--249977	183	2.0	183	94	0	647	31	18	21	28	1.97
251459--251501	19	2.2	19	87	4	59	6	4	18	69	1.29
251520--251600	12	6.8	12	82	1	83	4	3	20	70	1.22
251531--251598	24	2.9	24	86	2	93	5	4	19	70	1.25
251577--251622	20	2.2	22	81	14	62	4	0	23	71	1.03
251585--251635	21	2.5	20	84	9	59	11	0	21	66	1.23
254634--255146	253	2.0	253	88	2	771	28	14	18	38	1.90
255847--255887	20	2.0	20	85	0	55	26	0	0	73	0.84
255877--255915	16	2.4	16	87	8	53	41	0	7	51	1.31
255908--255944	9	3.5	11	82	17	51	43	0	0	56	0.99
255883--255953	20	3.7	19	80	10	74	38	0	5	56	1.23
258288--258345	19	2.8	20	75	19	57	53	6	0	39	1.28
258288--258354	24	3.2	21	79	14	59	55	7	0	37	1.28
261092--261123	13	2.5	13	95	5	57	50	6	15	28	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261953--262029	31	2.4	33	84	6	95	24	9	12	53	1.68
263795--263819	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
280989--281042	25	2.2	26	83	6	67	59	1	9	29	1.39
289694--289785	44	2.1	45	91	2	150	45	2	10	41	1.51
290833--290878	22	2.1	22	83	0	56	65	15	6	13	1.46
291221--291260	19	2.0	19	90	9	62	60	2	2	35	1.24
291783--291841	24	2.3	26	77	16	61	52	1	1	44	1.21
291793--291842	24	2.1	24	85	7	66	52	0	0	48	1.00
292681--292712	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
293130--293176	22	2.2	22	84	3	60	31	2	6	59	1.34
322723--322765	6	7.2	6	97	0	77	2	16	51	30	1.57
324542--324581	20	2.0	21	90	5	64	65	0	7	27	1.20
334596--334793	99	2.0	99	98	0	387	41	17	15	25	1.89
335683--336023	59	5.8	58	73	14	174	33	4	27	34	1.79
335683--336024	29	11.7	31	70	20	101	33	4	27	34	1.79
335805--336025	58	3.8	57	81	9	218	33	4	27	35	1.76
335805--336144	30	11.9	28	74	14	263	33	3	27	35	1.75
335907--336072	49	3.2	48	75	20	147	31	3	28	36	1.73
336020--336144	58	2.1	60	84	7	159	31	3	27	38	1.72
335907--336133	107	2.1	108	86	4	307	31	3	28	37	1.73
337198--337231	15	2.3	15	89	0	50	38	2	2	55	1.30
337241--337274	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338027--338075	24	2.1	24	85	11	66	53	2	0	44	1.12
338047--338080	18	1.9	18	88	5	52	58	5	0	35	1.22
346695--346720	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
346766--346800	15	2.3	16	90	9	56	60	5	0	34	1.21
348119--348151	14	2.4	14	100	0	66	6	0	6	87	0.65
362791--362858	29	2.5	27	73	17	68	45	0	4	50	1.22
372383--372560	92	2.0	92	83	6	229	39	16	8	35	1.79
372737--372822	9	9.6	9	71	14	61	66	1	2	30	1.12
372751--372814	19	3.5	17	77	12	56	62	1	1	34	1.14
372770--372807	19	2.0	20	89	5	60	57	0	2	39	1.12

Tables:   1   2