genome.fa.s15308.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015308.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130353, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  468748

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 135 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5061--5112	18	2.9	18	82	0	68	42	28	9	19	1.82
11184--11222	15	2.6	16	88	8	55	64	2	28	5	1.28
11628--11669	17	2.4	17	84	11	50	14	14	11	59	1.61
24000--24053	27	2.0	28	85	10	76	51	18	7	22	1.70
24452--24550	48	2.1	47	90	5	155	39	27	8	25	1.84
24520--24573	28	1.9	28	92	0	90	42	25	9	22	1.83
46212--46354	64	2.2	64	93	0	241	20	8	30	40	1.82
46894--46927	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
47624--47701	29	2.8	27	79	7	93	37	19	26	16	1.93
54832--54879	24	2.0	25	84	12	64	54	4	4	37	1.39
55904--55961	22	2.8	21	81	5	73	10	10	3	75	1.15
55904--55961	21	2.7	22	79	12	68	10	10	3	75	1.15
55914--55980	19	3.2	19	79	12	62	10	10	4	74	1.20
55931--55980	19	2.7	18	85	14	66	10	10	4	76	1.15
56878--56913	15	2.3	15	95	4	63	69	13	5	11	1.34
56957--57017	20	3.1	19	86	9	77	19	3	1	75	1.03
56959--57019	21	3.0	20	83	9	70	18	3	1	77	0.99
64924--64949	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
72209--72291	24	3.5	24	86	6	116	59	7	8	25	1.53
74162--74228	24	2.8	24	90	2	98	53	4	13	28	1.59
79553--79614	20	3.0	21	77	15	67	50	0	0	50	1.00
80526--80585	31	1.9	31	96	0	111	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80548--80598	22	2.5	22	84	15	74	49	0	0	50	1.00
80548--80604	20	2.8	20	80	17	73	45	0	0	54	0.99
88797--88827	16	1.9	16	93	0	53	38	6	22	32	1.80
93527--93574	12	4.0	12	78	10	53	64	0	31	4	1.12
98469--98599	51	2.6	49	80	9	131	38	1	6	53	1.35
101654--101705	21	2.5	20	81	9	59	34	28	11	25	1.91
102440--102627	52	3.6	52	82	3	234	35	22	15	26	1.95
112525--112559	18	2.0	18	88	5	54	5	31	8	54	1.54
125092--125132	21	2.0	21	85	9	57	7	17	0	75	1.02
159708--159748	14	2.7	15	85	11	57	70	0	26	2	0.99
162294--162340	23	2.0	24	83	4	60	27	14	6	51	1.67
181002--181046	22	2.0	22	86	8	63	53	0	8	37	1.32
182924--183004	41	2.0	41	100	0	162	34	18	24	22	1.96
194326--194376	17	2.7	18	76	11	50	72	7	5	13	1.26
197303--197342	19	2.2	18	86	4	53	0	30	2	67	1.04
201271--201709	218	2.0	218	94	0	761	30	21	14	33	1.93
202762--202806	18	2.5	18	88	0	63	28	13	20	37	1.90
205700--206596	100	8.9	100	80	4	810	36	19	19	24	1.95
206384--206579	102	1.9	102	81	7	236	37	20	16	25	1.93
208174--208241	23	3.0	23	69	16	59	23	7	19	50	1.72
215074--215132	27	2.2	27	81	6	75	62	1	35	0	1.05
216550--216589	21	2.0	21	90	5	64	30	15	10	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224553--224598	21	2.2	21	84	0	56	23	17	6	52	1.68
226756--226786	16	1.9	16	93	0	53	0	22	0	77	0.77
229636--229674	21	1.9	21	89	5	62	66	7	12	12	1.43
234916--234945	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
236439--236665	100	2.3	100	89	3	350	37	18	18	25	1.94
238591--238659	21	3.3	19	77	22	68	17	0	4	78	0.91
238590--238659	22	3.3	20	80	15	79	17	0	4	78	0.90
238597--238659	8	8.4	7	77	16	56	19	0	3	77	0.90
238616--238659	15	2.9	15	78	21	56	20	0	0	79	0.73
238709--238747	19	2.1	19	85	9	53	17	7	0	74	1.05
238722--238766	23	2.0	23	90	0	72	20	6	2	71	1.20
238803--238881	43	1.9	40	82	7	95	25	6	6	62	1.43
238833--238907	22	3.8	19	77	14	55	22	6	4	66	1.32
238893--238942	5	9.6	5	81	14	57	18	2	2	78	0.95
238914--238964	21	2.4	22	83	9	61	15	1	5	76	1.07
238893--238964	32	2.2	33	83	9	87	18	2	4	75	1.09
246402--246533	27	4.9	27	74	10	99	34	18	21	24	1.96
246397--246505	54	2.0	54	87	0	155	34	19	22	22	1.96
246397--246519	54	2.3	54	82	2	140	38	17	21	22	1.93
247056--247100	24	1.9	24	90	4	74	53	6	2	37	1.40
247630--247687	29	2.0	29	100	0	116	34	13	24	27	1.93
247948--247996	21	2.3	22	79	6	57	36	10	0	53	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253069--253093	9	2.8	9	100	0	50	32	0	0	68	0.90
252960--253163	100	2.0	101	94	0	356	40	6	5	47	1.53
254893--254938	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
256025--256056	14	2.4	14	90	10	50	21	6	0	71	1.07
261495--261557	24	2.6	24	87	0	90	49	12	14	23	1.78
263477--263535	24	2.5	24	83	5	75	49	13	8	28	1.71
264850--264993	3	47.7	3	74	12	109	24	2	2	70	1.11
264901--265000	23	4.1	26	80	14	115	24	2	2	72	1.06
267452--267544	16	5.5	16	67	20	55	75	2	15	7	1.12
269899--269976	28	2.7	27	78	9	84	70	5	11	12	1.31
270842--270949	30	3.6	29	86	3	153	34	21	1	42	1.64
270842--270979	30	4.6	30	78	9	124	32	23	2	42	1.66
282524--283095	39	14.7	38	70	13	310	23	33	20	22	1.97
282446--283156	78	9.1	78	84	0	814	23	32	19	23	1.97
283472--283629	86	1.8	86	84	2	219	37	16	22	23	1.93
285688--285810	60	2.0	60	87	6	178	33	30	2	34	1.71
285694--285818	30	4.1	31	78	7	123	35	28	1	34	1.67
293064--293215	75	2.0	75	84	0	196	30	20	20	28	1.98
294014--294158	3	47.7	3	70	15	77	25	0	2	71	1.01
294012--294165	41	3.7	38	77	18	130	24	0	2	72	1.02
294048--294159	10	11.7	9	74	21	79	24	0	1	74	0.92
294078--294166	25	3.6	24	83	7	108	21	0	1	77	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294017--294153	29	4.4	31	77	15	124	25	0	2	71	1.02
294011--294155	44	3.1	45	78	17	129	24	0	2	72	1.00
296823--296868	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
301044--301073	15	1.9	16	93	6	53	26	0	6	66	1.16
301192--301262	20	3.7	20	68	20	53	23	1	2	71	1.07
301192--301262	24	3.0	23	74	13	72	23	1	2	71	1.07
301272--301326	26	2.2	26	80	9	60	16	9	3	70	1.27
302277--302324	20	2.5	20	80	13	55	33	6	14	45	1.70
305611--305658	22	2.2	21	81	3	60	39	14	0	45	1.45
310326--310355	7	4.3	7	91	0	51	0	36	0	63	0.95
324461--324511	24	2.1	24	100	0	102	11	7	33	47	1.69
331172--331207	18	2.0	18	94	0	63	22	36	11	30	1.89
332245--332434	106	1.8	105	87	5	285	37	12	22	27	1.90
332886--332929	14	3.1	14	96	0	79	20	6	4	68	1.31
350215--350245	15	2.1	14	94	5	53	58	9	12	19	1.62
350787--350841	21	2.6	21	88	0	65	21	10	27	40	1.87
350801--350842	21	2.0	21	95	0	75	23	9	26	40	1.85
352310--352335	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
359048--359072	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
361749--361787	4	9.8	4	100	0	78	25	0	23	51	1.49
379225--379419	41	4.8	41	84	5	236	36	14	23	25	1.93
379232--379380	78	1.9	78	90	0	235	36	15	24	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
386388--386531	41	3.5	41	89	0	198	40	12	22	24	1.89
388266--388330	25	2.6	25	97	0	121	20	3	43	33	1.67
389497--389722	43	5.3	42	82	6	199	30	23	19	26	1.98
389536--389722	86	2.2	86	82	3	232	32	22	18	26	1.97
390427--390466	20	2.0	20	95	0	71	47	0	10	42	1.37
391480--391798	41	7.8	41	81	4	365	24	25	21	28	1.99
391783--391919	40	3.4	40	80	1	148	19	21	19	38	1.93
396631--396687	28	2.0	28	100	0	114	35	24	3	36	1.73
398544--398608	2	32.5	2	93	0	112	0	47	1	50	1.10
402785--402829	23	2.0	23	82	8	56	40	11	4	44	1.60

Tables:   1   2