genome.fa.s15326.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015326.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130372, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  219308

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24--64	11	3.8	11	83	6	57	56	0	0	43	0.99
24--64	21	1.9	22	85	5	57	56	0	0	43	0.99
51--89	18	2.3	16	86	8	51	53	0	0	46	1.00
2376--2439	32	2.0	32	100	0	128	25	31	9	34	1.87
3057--3083	13	2.1	13	100	0	54	55	22	7	14	1.64
5761--5812	26	2.0	26	96	0	95	50	13	17	19	1.78
6563--6671	33	3.4	34	64	23	90	29	11	11	48	1.73
6532--6675	63	2.3	63	93	1	245	30	10	10	48	1.71
12996--13057	27	2.2	28	88	8	92	69	1	3	25	1.13
13062--13126	28	2.3	29	86	2	87	30	4	4	60	1.37
13170--13198	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
16283--16323	21	2.0	21	85	9	57	24	21	29	24	1.99
35033--35093	31	2.0	31	90	0	95	36	6	8	49	1.59
36739--36796	24	2.4	25	77	13	59	63	5	1	29	1.25
36846--37009	30	5.5	30	80	5	161	36	4	17	40	1.71
37928--37969	16	2.6	16	88	7	59	23	0	0	76	0.79
37977--38003	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
38406--38507	45	2.3	45	91	0	168	23	15	20	40	1.91
38584--38691	50	2.2	50	78	6	112	21	25	16	37	1.94
38759--38888	39	3.3	40	81	2	165	28	17	25	28	1.98
45219--45304	17	5.1	17	82	2	111	40	1	3	54	1.25
45219--45302	34	2.5	33	88	5	123	40	1	3	54	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45214--45305	6	15.8	6	69	14	50	41	1	3	54	1.24
48886--49130	124	2.0	125	93	2	422	17	23	18	40	1.91
52745--52988	29	8.3	30	76	6	203	37	4	19	38	1.71
52754--52989	89	2.7	89	79	8	250	37	3	19	39	1.68
59791--59853	30	2.1	29	82	2	72	31	7	14	46	1.73
64428--64469	15	2.6	17	81	11	61	64	0	2	33	1.07
64418--64490	24	3.1	23	76	11	67	56	2	1	39	1.22
64428--64490	22	2.7	23	80	4	65	58	1	1	38	1.17
68345--68377	16	2.1	16	88	5	50	60	0	3	36	1.12
69639--69861	110	2.0	111	96	0	412	49	11	5	33	1.62
70181--70214	17	2.1	15	89	10	50	32	11	0	55	1.36
75752--75832	6	14.0	6	71	17	64	46	2	2	48	1.28
75745--75832	17	5.1	17	78	1	95	46	2	2	48	1.27
75769--75819	23	2.2	23	80	13	61	49	1	1	47	1.24
76639--76694	13	4.5	13	72	17	55	46	0	1	51	1.11
76922--76948	14	1.9	14	100	0	54	59	0	40	0	0.98
77334--77367	17	1.9	18	88	5	52	44	0	20	35	1.52
89898--89999	48	2.1	48	85	5	136	45	7	13	33	1.73
91818--92142	162	2.0	162	96	0	596	38	9	14	37	1.78
92845--92925	18	4.5	18	81	4	83	24	18	23	33	1.97
92876--92968	19	5.0	19	75	7	84	29	19	23	27	1.98
92845--92968	37	3.4	37	81	5	128	26	19	22	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92876--92940	18	3.5	19	79	6	80	30	16	24	27	1.97
94908--94986	38	2.1	38	88	2	115	31	22	11	34	1.90
94926--95005	37	2.1	38	81	6	92	31	23	12	32	1.92
95848--95878	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
99315--99410	38	2.5	37	77	8	104	35	27	7	30	1.84
108116--108215	35	2.8	36	84	6	141	18	21	26	35	1.95
108116--108215	18	5.7	18	87	2	141	18	21	26	35	1.95
108116--108242	18	7.1	18	81	7	98	22	19	25	32	1.98
113120--113182	34	1.9	34	90	6	103	7	6	20	65	1.42
113133--113206	34	2.1	34	85	7	94	12	5	16	66	1.42
113154--113286	24	5.7	24	77	11	116	9	4	17	68	1.34
113191--113286	33	2.8	34	83	10	124	8	4	16	70	1.27
113185--113303	12	10.3	12	75	8	104	7	4	18	69	1.29
113248--113303	11	4.9	11	82	6	67	3	1	23	71	1.11
113431--113494	19	3.3	19	74	22	53	23	1	9	65	1.30
126300--126338	3	13.0	3	94	0	69	30	0	2	66	1.05
127185--127859	337	2.0	337	97	0	1269	35	10	14	39	1.80
131971--132004	15	2.3	15	95	5	61	91	0	8	0	0.43
132751--132791	19	2.2	19	86	0	55	12	4	4	78	1.07
140991--141024	15	2.3	15	95	5	61	91	0	8	0	0.43
141771--141811	19	2.2	19	86	0	55	12	4	4	78	1.07
148881--149118	79	3.0	79	96	1	449	35	19	12	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148881--149118	80	3.0	80	97	0	451	35	19	12	32	1.90
155362--155511	41	3.6	41	87	0	201	26	25	11	36	1.90
155900--156069	85	2.0	85	98	0	331	31	27	5	35	1.81
157584--157627	21	2.1	21	86	0	61	52	2	4	40	1.34
174472--174521	26	2.0	25	84	11	66	40	6	4	50	1.46
177043--177115	9	7.4	9	74	17	65	15	50	17	16	1.78
177044--177085	21	2.0	21	95	0	75	14	50	19	16	1.79
177043--177115	30	2.4	30	97	0	137	15	50	17	16	1.78
177074--177115	21	2.0	21	90	0	66	16	50	16	16	1.79
177916--177971	27	2.1	27	96	0	103	41	12	14	32	1.83
179593--179633	13	2.9	15	75	10	50	60	7	0	31	1.24
179593--179646	28	1.9	28	81	7	65	61	7	1	29	1.34
183358--183414	27	2.2	25	78	12	60	45	0	1	52	1.11
183684--183708	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
185050--185152	54	1.9	54	82	4	127	22	15	31	31	1.95
185077--185152	27	2.8	27	75	15	84	19	14	32	32	1.92
187179--187227	24	2.0	24	92	0	80	26	36	26	10	1.88
187201--187275	37	2.0	37	94	0	132	36	34	21	8	1.83
187858--187976	43	2.8	43	93	0	193	22	28	22	26	1.99
195581--195737	41	3.9	41	77	10	162	17	31	20	31	1.95
195586--195733	80	1.9	80	88	0	224	17	30	19	32	1.95
198689--198752	27	2.4	27	84	5	85	39	17	14	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199685--199756	21	3.4	21	78	0	81	29	25	12	33	1.92
202112--202210	44	2.3	42	88	8	139	31	22	12	34	1.91
202213--202237	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
202112--202225	41	2.7	41	78	6	113	35	23	10	30	1.89
202509--202569	3	21.0	3	82	12	56	1	37	0	60	1.07
202515--202568	20	2.7	21	88	5	76	0	40	0	59	0.98
204241--204305	31	2.2	29	86	5	85	47	3	3	46	1.33
213602--213633	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
213823--213859	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
215917--215941	8	3.1	8	100	0	50	40	0	0	60	0.97
216098--216160	29	2.2	29	77	11	67	33	1	7	57	1.37
218255--218571	59	5.4	60	77	9	199	33	4	28	33	1.77
218313--218630	59	5.4	57	76	10	243	34	3	27	34	1.75
218250--218630	30	13.0	29	75	8	263	33	4	28	33	1.77
218313--218634	89	3.6	88	76	7	296	34	3	27	34	1.75

Tables:   1

The End!