genome.fa.s15327.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015327.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130373, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  289648

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
369--398	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
8708--8748	16	2.7	16	85	7	50	68	7	0	24	1.15
16081--16159	33	2.4	34	77	14	85	59	1	3	35	1.24
24207--24274	35	1.9	35	90	0	109	41	13	13	32	1.83
24952--25243	146	2.0	147	83	6	367	42	4	7	45	1.53
25097--25414	178	1.8	171	84	4	429	43	4	8	43	1.55
31768--31823	4	14.0	4	80	0	58	42	21	7	28	1.79
31764--31823	20	3.0	20	77	0	66	43	20	6	30	1.77
31764--31830	20	3.3	20	78	0	62	41	17	8	31	1.81
41561--41610	3	16.7	3	79	8	57	60	4	36	0	1.16
52199--52303	28	3.8	28	75	5	104	49	11	19	20	1.78
52191--52303	56	2.0	56	89	0	172	47	10	19	22	1.79
64887--64937	26	1.9	27	88	4	77	62	0	3	33	1.13
65107--65151	11	4.1	11	77	11	56	37	0	4	57	1.19
65130--65175	18	2.7	18	86	6	60	41	2	0	56	1.11
65113--65157	22	2.0	22	87	8	65	40	0	4	55	1.20
65903--65964	3	20.3	3	75	3	52	58	3	3	35	1.31
65906--65983	12	5.9	12	71	19	57	55	2	5	37	1.36
67011--67134	30	4.2	30	80	5	144	36	25	4	34	1.75
67001--67134	60	2.2	60	88	3	191	37	25	3	33	1.74
67130--67235	30	3.6	28	75	17	101	37	20	0	41	1.53
67101--67359	58	4.3	59	80	6	274	33	25	1	39	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67079--67312	29	7.9	29	68	16	106	35	25	1	38	1.66
67101--67359	119	2.2	120	83	8	316	33	25	1	39	1.67
67101--67411	119	2.6	118	81	8	312	32	24	3	39	1.71
70635--70708	30	2.5	30	82	4	87	40	2	29	27	1.70
74441--74474	18	2.0	18	88	11	54	50	0	20	29	1.49
78364--78399	18	2.0	18	100	0	72	61	11	0	27	1.30
78751--78793	23	1.9	23	85	4	61	53	2	0	44	1.13
78782--78832	21	2.3	22	76	10	59	66	1	5	25	1.24
78782--78835	22	2.5	21	77	14	56	68	1	5	24	1.21
81050--81084	18	1.9	18	88	0	52	31	0	0	68	0.90
81581--81652	31	2.3	31	80	4	74	43	9	9	37	1.71
85289--85517	112	2.1	111	92	0	377	20	19	12	46	1.82
86246--86385	69	2.0	69	98	0	271	30	12	27	29	1.92
86815--86876	29	2.2	28	79	2	70	35	22	6	35	1.80
96068--96111	19	2.2	21	88	8	65	15	6	2	75	1.12
98856--98907	8	6.4	8	76	8	52	15	3	0	80	0.85
98850--98907	18	3.3	17	75	22	57	15	3	0	81	0.83
100423--100467	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
101265--101294	16	1.9	16	93	6	53	16	13	0	70	1.18
101261--101320	22	2.8	22	87	7	70	15	10	1	73	1.17
101274--101320	21	2.2	22	92	3	78	14	8	2	74	1.15
108488--108531	19	2.2	21	88	8	65	75	2	6	15	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109350--109392	19	2.3	19	84	8	52	58	6	0	34	1.25
111250--111401	50	3.1	49	71	9	146	38	17	25	18	1.92
111203--111568	99	3.7	98	81	4	396	39	16	23	20	1.92
111193--111717	49	10.7	49	68	13	202	39	17	23	19	1.92
119856--119924	21	3.2	21	70	22	61	40	4	7	47	1.51
123818--123883	30	2.1	31	83	8	80	48	12	3	36	1.56
127762--127806	22	2.0	22	83	12	56	28	4	13	53	1.59
127922--127971	16	3.1	16	85	2	64	60	4	0	36	1.16
128104--128152	10	5.0	10	76	14	57	65	2	2	30	1.15
128550--128587	16	2.2	18	86	9	53	26	5	5	63	1.37
137266--137353	31	2.8	31	80	11	90	38	10	14	36	1.80
137290--137353	32	2.0	33	90	3	103	43	10	10	34	1.75
139718--139761	19	2.3	19	100	0	88	15	25	4	54	1.60
142059--142149	29	3.1	29	75	10	96	39	2	21	36	1.66
142048--142149	29	3.5	29	76	11	91	43	1	20	34	1.63
142048--142207	58	2.8	58	80	4	171	40	3	21	35	1.71
142165--142506	29	11.7	29	74	10	207	35	2	26	35	1.72
142165--142506	58	5.9	59	75	6	268	35	2	26	35	1.72
142106--142388	117	2.4	116	78	10	299	36	4	25	33	1.75
142079--142530	87	5.2	87	76	8	354	35	3	25	34	1.74
142079--142530	29	15.6	28	72	11	202	35	3	25	34	1.74
142773--142810	18	2.1	18	90	0	58	21	34	21	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156923--156961	20	1.9	21	89	5	62	30	30	0	38	1.58
160857--160885	15	2.0	15	93	6	51	27	17	6	48	1.72
161016--161051	18	2.1	17	89	5	54	52	0	0	47	1.00
162886--163157	135	2.0	135	99	0	535	30	12	15	40	1.85
183194--183256	33	1.9	33	83	6	83	19	22	15	42	1.88
188389--188435	24	1.9	24	87	12	69	72	6	8	12	1.27
189011--189128	31	3.9	31	71	21	106	23	17	11	47	1.80
189081--189142	31	1.9	31	83	6	79	27	14	11	46	1.78
189011--189205	92	2.1	90	81	1	219	22	15	14	47	1.81
189353--189421	28	2.4	29	85	2	95	44	8	17	28	1.78
194297--194363	18	3.5	19	82	12	57	52	0	1	46	1.09
202194--202258	31	2.1	31	85	8	87	47	3	3	46	1.33
204160--204213	27	2.0	27	100	0	108	44	18	0	37	1.50
205320--205363	21	2.1	21	86	0	61	13	11	34	40	1.81
215565--215618	23	2.3	23	93	0	90	40	20	27	11	1.86
217748--217929	96	1.9	96	84	6	244	37	13	18	30	1.90
217758--217953	96	2.0	96	79	9	204	38	12	17	31	1.86
218279--218587	29	10.6	29	76	6	221	33	2	28	35	1.70
218279--218592	58	5.4	58	80	6	321	33	2	28	35	1.70
218279--218598	87	3.6	88	79	7	337	33	2	28	35	1.70
218991--219060	35	2.0	35	97	0	131	20	21	40	18	1.92
219813--219860	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
220568--220653	17	4.8	18	78	13	72	51	6	2	39	1.42
221864--221891	5	5.6	5	100	0	56	21	0	42	35	1.53
233419--233444	11	2.4	11	100	0	52	65	19	0	15	1.27
233904--233952	25	1.9	26	84	12	66	46	6	2	44	1.39
239378--239415	17	2.2	18	90	9	62	71	2	0	26	1.00
239487--239548	21	3.0	21	81	9	65	58	6	0	35	1.24
239539--239583	22	2.0	22	83	8	56	66	2	6	24	1.27
240097--240137	20	2.0	21	86	9	59	34	0	0	65	0.93
240075--240187	49	2.3	49	82	10	124	41	0	1	56	1.09
240120--240187	25	2.8	23	75	18	66	44	0	1	54	1.09
255473--255503	14	2.2	14	94	0	53	48	0	0	51	1.00
256126--256186	28	2.2	29	80	14	74	65	0	3	31	1.09
257095--257158	24	2.7	24	85	0	74	53	10	12	23	1.70
270925--270983	26	2.4	24	80	8	64	35	5	5	54	1.45
275181--275277	30	3.3	28	76	18	92	34	4	26	35	1.76
275151--275453	58	5.2	59	78	9	266	34	5	26	34	1.79
275148--275304	29	5.4	29	72	14	126	33	5	26	35	1.79
275151--275540	59	6.6	57	76	11	265	34	4	25	35	1.78
275203--275548	29	11.8	30	72	15	167	35	4	25	35	1.76
275167--275540	118	3.2	115	76	11	298	34	4	26	34	1.77
275164--275550	29	13.1	28	67	16	144	34	4	26	34	1.77
275444--275572	59	2.2	59	80	6	136	34	3	24	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275462--275570	30	3.7	29	80	7	103	33	3	25	37	1.74
277300--277382	37	2.3	36	81	6	96	28	10	20	39	1.86
277372--277461	33	2.6	34	82	5	119	45	5	1	47	1.33
277409--277505	6	17.0	6	67	14	62	53	5	0	41	1.23
277423--277504	11	7.2	11	74	8	56	54	4	0	40	1.22
277375--277505	17	7.7	17	73	5	77	50	5	0	43	1.30
279649--279704	21	2.7	20	83	10	67	55	0	3	41	1.17
280715--280883	30	5.8	28	82	12	207	33	30	4	31	1.78
280714--280904	59	3.2	58	84	7	235	35	29	4	29	1.78
287788--287821	18	1.9	17	88	5	50	64	0	0	35	0.94

Tables:   1

The End!