genome.fa.s15334.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015334.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130381, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  402212

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1246--1330	17	5.1	16	78	7	89	49	4	1	44	1.30
1246--1325	34	2.4	33	89	2	115	48	3	1	46	1.28
1246--1330	16	5.1	15	74	14	62	49	4	1	44	1.30
4515--4552	20	1.9	20	88	0	58	23	2	5	68	1.23
4543--4576	16	2.1	17	88	5	52	32	2	2	61	1.26
5636--5923	105	2.8	104	88	2	400	26	24	14	34	1.94
12631--12683	28	2.0	27	85	14	74	39	3	0	56	1.17
13938--14037	47	2.1	47	98	0	191	57	5	6	32	1.45
15392--15430	3	13.0	3	94	0	69	0	35	0	64	0.94
24869--25228	146	2.5	144	84	8	439	30	17	11	39	1.86
28196--28269	23	3.1	25	67	15	66	56	2	2	37	1.28
28199--28269	24	3.0	24	71	8	74	57	2	2	36	1.28
56498--56528	8	3.9	8	91	0	53	90	0	9	0	0.46
57650--57724	6	12.5	6	83	10	82	28	37	16	18	1.92
57650--57719	24	2.9	24	93	0	113	27	37	15	20	1.93
57734--57783	3	16.7	3	76	15	50	34	32	2	32	1.69
57740--57805	30	2.2	30	94	0	114	36	33	3	27	1.72
57734--57805	12	6.5	11	75	18	53	36	33	2	27	1.72
57971--58003	3	11.0	3	100	0	66	33	66	0	0	0.92
58585--58615	12	2.6	12	94	0	53	54	16	29	0	1.42
75200--75242	22	2.0	21	90	4	68	48	2	0	48	1.14
75194--75272	21	3.8	21	75	17	67	53	3	0	43	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75841--75886	2	24.0	2	89	8	69	52	0	0	47	1.00
78160--78193	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
81889--81924	19	1.9	19	88	5	56	44	0	0	55	0.99
81871--81930	22	2.6	23	74	12	61	46	1	3	48	1.28
86163--86189	6	4.5	6	100	0	54	70	0	0	29	0.88
93766--93823	26	2.2	26	100	0	116	32	22	31	13	1.93
93779--93872	23	4.0	23	83	6	109	41	22	23	12	1.88
93781--93884	23	4.3	23	77	13	86	42	22	23	12	1.87
96203--96249	23	2.0	23	95	0	85	42	8	2	46	1.46
97884--97995	56	2.0	57	80	5	129	30	11	17	40	1.86
103322--103356	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
118554--118627	37	2.0	37	82	12	89	51	5	10	32	1.60
119777--119807	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
123178--123579	203	2.0	202	98	0	768	30	10	18	40	1.84
126400--126444	20	2.2	20	88	7	65	77	2	11	8	1.07
130882--130910	9	3.2	9	100	0	58	41	0	0	58	0.98
142857--142922	29	2.3	28	82	12	80	28	4	7	59	1.45
149353--149398	24	1.9	23	86	8	65	56	4	4	34	1.39
150982--151012	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
151792--151847	23	2.4	23	91	5	87	39	23	30	7	1.81
160268--160309	18	2.3	18	87	0	57	23	9	45	21	1.81
160282--160333	24	2.2	24	86	6	70	19	7	53	19	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161241--161288	13	3.8	13	76	20	57	60	0	0	39	0.97
161246--161288	18	2.3	18	84	11	52	60	0	0	39	0.97
166535--166601	32	2.1	32	97	0	125	49	0	19	31	1.49
176406--176441	19	1.9	18	88	5	54	58	0	2	38	1.13
176767--177012	127	1.9	127	96	0	456	29	8	21	40	1.83
186448--186493	16	2.9	16	80	0	56	28	8	10	52	1.66
187734--187810	32	2.5	31	81	6	77	31	7	9	51	1.62
187821--187858	17	2.3	16	82	17	51	36	13	5	44	1.66
198626--198975	83	4.1	85	76	7	309	32	5	11	50	1.61
198626--198975	174	2.0	170	83	3	441	32	5	11	50	1.61
202170--202281	55	2.0	57	85	5	156	30	19	13	36	1.90
202177--202324	55	2.6	57	77	9	149	32	17	14	35	1.90
202250--202552	120	2.5	119	81	10	348	28	18	16	36	1.92
202302--202520	60	3.6	60	78	9	232	26	20	17	35	1.95
202506--202596	45	2.0	44	83	6	112	30	15	13	40	1.85
202448--202659	106	2.0	108	85	8	292	29	16	14	40	1.88
202551--202708	60	2.6	60	80	13	182	27	17	15	39	1.90
202555--202742	59	3.2	59	77	13	199	27	17	15	39	1.89
203610--203680	35	2.0	35	100	0	142	39	11	11	38	1.77
206312--206366	23	2.4	23	100	0	110	40	7	3	49	1.48
207488--207542	17	3.5	17	69	19	55	25	10	3	60	1.47
207446--207542	30	3.3	30	86	4	126	27	7	3	61	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208314--208670	59	6.0	59	76	7	323	38	16	17	26	1.91
208327--208671	119	2.9	117	82	7	428	40	15	17	26	1.90
208688--208968	58	4.9	57	76	7	266	38	15	18	27	1.91
208799--208919	60	2.0	61	82	6	147	38	11	19	30	1.88
212470--212513	21	2.1	21	83	8	54	11	27	2	59	1.44
220713--220739	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
226911--227366	60	7.5	61	76	8	346	27	18	16	37	1.92
226958--227366	121	3.4	119	80	8	425	28	18	16	37	1.92
228158--228239	30	2.7	30	90	0	110	62	3	4	29	1.33
229909--229969	30	2.0	30	96	0	113	27	21	19	31	1.97
229992--230037	23	2.0	23	100	0	92	30	21	21	26	1.99
230914--230979	28	2.4	28	94	0	114	25	27	21	25	1.99
231337--231607	59	4.6	61	84	5	308	37	16	18	27	1.92
232509--232553	19	2.4	19	85	7	56	20	2	2	75	1.01
234395--234431	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
236974--237086	56	2.0	56	98	0	217	38	20	8	31	1.83
244849--244888	20	2.0	20	100	0	80	30	30	25	15	1.95
250675--250700	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
266969--267005	12	3.1	12	100	0	74	24	16	24	35	1.95
267133--267176	18	2.4	19	84	3	54	52	2	0	45	1.13
267150--267187	19	2.1	19	90	5	60	50	0	0	50	1.00
268048--268104	20	2.9	19	82	10	62	52	10	0	36	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268901--268948	23	2.1	23	100	0	96	25	41	0	33	1.55
281867--282237	151	2.4	151	89	4	541	42	10	7	39	1.68
286001--286064	31	2.1	31	91	5	103	50	0	7	42	1.31
286342--286416	30	2.6	29	80	17	77	53	4	1	41	1.28
286467--286526	31	2.0	30	81	12	70	68	5	0	26	1.10
286472--286514	21	2.0	21	83	16	54	69	2	0	27	1.00
290829--290905	39	2.0	40	87	7	113	51	20	1	25	1.55
293701--293732	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
293732--293756	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
296845--296921	29	2.5	30	79	6	84	31	3	15	49	1.63
300751--300779	13	2.2	13	100	0	58	31	0	6	62	1.22
313773--313843	27	2.6	27	86	0	88	30	16	25	26	1.97
319629--319717	33	2.7	33	89	1	135	26	48	12	12	1.76
322639--322686	18	2.6	19	80	6	53	77	16	2	2	0.95
324288--324353	30	2.3	27	84	7	78	27	15	1	56	1.48
336403--336450	20	2.3	20	85	3	69	79	2	18	0	0.84
336923--336973	24	2.1	24	92	0	84	45	7	35	11	1.70
337127--337172	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
338261--338290	13	2.4	13	94	5	53	26	3	0	70	1.03
338261--338302	13	3.2	13	83	9	50	23	2	0	73	0.94
339700--340152	42	11.2	41	78	7	394	31	27	16	24	1.97
339700--340040	81	4.2	81	84	2	429	29	27	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339700--340040	123	2.8	120	82	5	386	29	27	17	26	1.97
339700--340015	162	1.9	164	88	1	474	29	27	17	26	1.97
339730--340152	81	5.3	80	78	10	266	32	26	16	24	1.96
339730--340238	42	12.4	42	74	11	160	32	26	16	24	1.96
342273--342341	30	2.4	28	84	11	95	27	15	0	56	1.40
342264--342375	57	1.9	58	83	3	145	26	12	0	59	1.39
342255--342358	27	3.8	27	80	8	111	25	10	0	62	1.34
342581--342794	105	2.0	104	89	0	320	31	13	14	40	1.85
343489--343542	27	2.0	27	96	0	99	40	14	20	24	1.90
344003--344399	29	13.8	29	66	16	87	35	5	27	32	1.79

Tables:   1   2