genome.fa.s15347.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015347.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130394, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  410906

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10542--10620	37	2.1	37	100	0	158	51	6	12	29	1.64
11038--11604	281	2.0	282	93	1	976	44	14	13	27	1.83
11802--11993	95	2.0	96	90	1	305	43	17	13	26	1.86
23951--24020	26	2.7	26	86	6	88	57	5	0	37	1.23
23970--24020	26	1.9	27	96	4	95	62	3	0	33	1.13
27387--27413	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
27466--27510	8	5.5	8	86	5	63	66	0	31	2	1.04
30290--30367	23	3.6	23	63	18	58	10	24	15	50	1.75
36007--36064	26	2.1	27	81	6	64	50	13	10	25	1.74
40771--40796	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
47448--47515	36	1.9	36	88	5	104	27	8	5	57	1.52
57094--57160	31	2.2	31	83	0	80	40	5	17	35	1.75
58164--58567	213	1.9	214	90	2	643	24	18	17	40	1.91
66053--66092	6	6.7	6	100	0	80	17	0	65	17	1.28
66480--66505	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
67015--67133	53	2.2	56	83	6	145	41	5	5	47	1.49
70679--70813	67	2.0	67	95	0	243	28	22	11	37	1.90
76277--76315	20	2.1	18	85	9	51	38	0	7	53	1.30
89105--89148	17	2.6	17	82	13	63	52	4	9	34	1.54
89106--89148	16	2.5	17	88	7	61	53	2	9	34	1.46
114328--115159	443	1.9	448	86	4	1209	24	19	21	34	1.96
116055--116179	62	2.0	62	100	0	250	32	17	16	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118936--118971	18	2.1	18	89	5	56	72	2	5	19	1.17
125959--126010	27	1.9	27	84	0	68	23	1	11	63	1.37
127003--127051	18	2.6	19	80	3	64	73	2	4	20	1.10
128602--128657	23	2.3	23	84	6	67	64	16	0	19	1.29
130424--130849	104	4.1	104	84	1	557	33	12	15	38	1.85
130432--130844	209	2.0	208	90	1	648	34	13	14	38	1.85
136100--136129	15	2.0	15	93	0	51	30	6	6	56	1.51
140073--140230	59	2.6	59	80	4	183	24	21	6	47	1.75
150872--151031	84	1.9	84	82	5	198	17	13	22	46	1.83
150956--151631	97	7.1	97	82	8	800	18	15	17	47	1.83
150956--151631	192	3.6	190	86	6	901	18	15	17	47	1.83
158135--158159	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
158463--158503	20	2.0	20	86	9	57	43	7	4	43	1.53
166552--166577	5	5.2	5	100	0	52	38	0	19	42	1.51
171683--171902	91	2.4	91	82	1	244	31	12	14	41	1.83
171824--171888	31	2.2	31	78	10	73	32	15	13	38	1.87
172428--172452	5	5.0	5	100	0	50	0	0	60	40	0.97
177556--177607	11	4.5	11	75	17	52	57	3	0	38	1.17
179945--180009	16	3.8	16	75	18	67	10	20	30	38	1.86
179945--180030	37	2.3	37	89	0	127	12	18	31	37	1.89
181205--181248	22	2.0	22	81	0	52	40	0	4	54	1.21
184215--184244	15	2.0	15	93	0	51	13	6	50	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187301--187333	16	2.0	17	88	5	50	42	0	0	57	0.98
191607--191665	31	1.9	31	86	6	84	47	6	5	40	1.52
197538--197584	23	2.0	23	100	0	94	44	17	29	8	1.78
204243--204480	69	3.3	71	78	13	193	33	15	16	34	1.91
206367--206397	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
206743--206767	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
210415--210466	23	2.3	23	89	0	77	17	19	21	42	1.89
212916--213025	23	4.8	23	78	8	102	37	27	22	12	1.91
212912--213025	45	2.5	46	73	8	126	38	26	22	12	1.89
213100--213147	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53
215907--215963	28	2.0	28	89	0	87	36	3	8	50	1.50
216510--216538	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
216776--216846	30	2.4	30	83	4	81	38	2	1	57	1.22
217119--217159	22	1.9	22	85	5	57	31	0	4	63	1.15
217094--217150	28	2.0	28	86	0	78	35	1	7	56	1.37
217925--218022	43	2.3	43	94	1	169	54	6	7	32	1.53
218033--218094	23	2.7	23	80	7	63	58	3	1	37	1.24
227879--227921	20	2.2	19	83	4	50	32	0	0	67	0.91
228792--228829	18	2.1	19	85	5	51	47	5	13	34	1.65
230449--230487	18	2.2	18	95	0	69	33	15	15	35	1.89
232245--232373	31	4.2	31	70	9	102	41	3	14	39	1.64
232244--232341	32	3.2	31	70	12	76	42	3	15	38	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242122--242191	35	2.0	35	100	0	140	31	8	14	45	1.75
243183--243238	23	2.4	23	90	0	85	8	23	21	46	1.79
259453--259484	16	2.0	16	100	0	64	50	0	0	50	1.00
259553--259612	18	3.3	18	75	13	61	65	3	0	31	1.09
262709--262900	30	6.6	28	73	17	151	35	26	4	34	1.76
262697--262974	29	9.1	28	70	18	141	33	29	4	33	1.77
262701--262899	58	3.4	56	81	10	213	35	26	4	33	1.77
262900--263002	29	3.5	29	76	5	91	30	32	3	33	1.76
262833--262968	69	2.0	66	83	7	166	30	29	3	36	1.75
265835--265866	15	2.0	17	88	11	50	18	0	37	43	1.51
269775--269835	18	3.4	17	78	12	61	31	3	0	65	1.09
269784--269827	10	4.5	10	78	16	56	27	4	0	68	1.09
269846--269886	18	2.3	19	79	12	50	19	2	4	73	1.13
283095--283167	28	2.6	28	82	0	92	35	23	13	27	1.92
283200--283300	28	3.6	29	75	7	91	34	22	16	25	1.95
284921--284974	23	2.3	23	93	0	90	9	25	22	42	1.83
284997--285042	23	2.0	23	95	0	83	13	15	30	41	1.85
296074--296136	23	2.8	23	80	2	83	55	0	0	44	0.99
297619--297661	18	2.4	18	100	0	86	39	13	20	25	1.90
298388--298423	18	2.1	18	94	5	65	69	0	11	19	1.18
300650--300728	37	2.1	38	85	2	106	31	21	20	26	1.98
304202--304348	51	2.9	51	86	1	177	29	23	13	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305422--305648	84	2.7	82	77	6	213	38	18	17	25	1.92
305422--305648	42	5.4	41	78	5	161	38	18	17	25	1.92
316677--316709	10	3.3	10	84	16	50	39	0	0	60	0.97
330785--330833	24	2.1	22	78	10	53	42	2	4	51	1.32
332903--332940	15	2.4	16	86	4	60	50	0	0	50	1.00
333983--334236	30	8.6	31	70	14	171	32	23	1	42	1.65
333983--334527	58	9.3	58	76	10	282	32	25	2	39	1.69
334151--334535	29	13.3	29	67	16	156	33	27	2	36	1.71
334145--334575	58	7.4	58	80	7	414	32	26	2	37	1.71
334089--334575	117	4.2	116	81	7	494	32	26	2	38	1.70
334559--334618	28	2.2	28	87	3	86	35	21	8	35	1.84
334835--335019	96	1.9	96	82	4	230	31	18	12	37	1.89
341139--341173	18	1.9	18	94	0	61	20	11	11	57	1.64
341617--341979	48	7.5	48	71	8	189	39	18	25	15	1.90
342447--342547	6	17.3	6	72	13	86	40	1	1	55	1.22
342446--342547	17	5.9	17	83	4	132	40	1	1	55	1.22
342447--342547	23	4.3	24	74	12	86	40	1	1	55	1.22
344972--345165	29	6.7	29	73	14	134	33	22	4	39	1.73
344995--345165	30	5.9	29	74	10	127	33	21	2	42	1.68
345124--345487	58	6.4	57	71	15	274	32	26	3	37	1.72
345124--345390	116	2.3	116	83	8	330	33	26	1	38	1.66
345276--345487	107	2.0	106	82	8	261	33	25	4	36	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
345822--345995	96	1.8	96	89	2	278	29	18	13	37	1.90
353545--353579	18	1.9	18	94	0	61	65	0	8	25	1.21
362069--362121	18	2.8	19	74	8	54	66	1	3	28	1.20
362074--362110	18	2.1	17	90	5	56	67	0	2	29	1.04
362448--362483	18	2.0	18	88	0	54	27	0	5	66	1.13
363130--363182	17	3.1	18	75	8	56	33	0	1	64	1.05
365922--365949	12	2.3	12	100	0	56	10	21	42	25	1.85
366300--366353	28	1.9	28	84	0	72	22	9	31	37	1.86
369611--369640	15	2.1	15	93	6	53	33	0	0	66	0.92
371594--371647	15	3.7	15	75	18	51	44	5	0	50	1.25

Tables:   1   2