genome.fa.s15350.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015350.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130397, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  324464

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62--86	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
850--1065	108	2.0	108	100	0	432	38	19	18	23	1.93
5352--5400	25	2.0	25	84	8	64	53	10	16	20	1.72
12460--12499	14	2.9	15	82	14	50	17	2	2	77	0.99
12460--12498	18	2.2	18	86	9	53	17	2	2	76	1.01
22729--22772	17	2.6	17	82	13	63	22	15	11	50	1.76
26837--27080	28	9.0	28	69	10	114	35	16	27	19	1.94
26847--27092	80	3.1	80	83	0	303	34	17	28	19	1.94
27745--27831	39	2.2	39	79	0	93	18	19	37	24	1.94
28342--28394	26	2.0	26	88	0	79	26	20	22	30	1.98
29186--29216	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
33654--33726	32	2.2	33	85	2	94	52	2	0	45	1.15
36634--36794	55	2.9	53	75	12	130	26	11	12	50	1.73
39359--39471	54	2.1	54	86	3	156	30	26	27	15	1.96
39499--39538	21	1.9	21	89	0	62	20	15	50	15	1.79
45662--45727	8	8.4	8	83	8	55	34	12	1	51	1.48
45686--45716	4	7.8	4	100	0	62	25	22	0	51	1.48
45999--46042	22	2.1	20	87	8	61	40	2	0	56	1.11
46056--46149	44	2.2	44	83	10	117	46	0	2	51	1.13
46586--46617	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
49966--49996	12	2.5	12	94	5	53	54	9	0	35	1.33
50222--50969	374	2.0	374	99	0	1487	28	15	21	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54483--54543	12	5.2	12	74	2	61	63	21	6	8	1.44
54487--54630	23	6.6	23	81	6	97	66	18	6	8	1.39
54487--54632	20	6.7	23	77	9	119	66	18	6	8	1.40
59159--59209	20	2.5	20	87	0	66	27	9	11	50	1.70
59119--59209	40	2.3	40	80	3	94	29	6	14	49	1.68
59820--59853	18	1.9	17	88	5	50	41	8	0	50	1.34
65410--65461	24	2.2	24	92	0	86	36	3	7	51	1.49
66523--66571	25	1.9	25	83	4	62	61	6	12	20	1.52
66573--66600	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
83000--83049	22	2.3	22	89	0	73	20	16	46	18	1.85
83145--83169	13	1.9	13	100	0	50	88	0	4	8	0.64
86139--86205	17	4.1	17	74	11	52	44	4	5	44	1.48
91473--91507	18	2.0	17	88	5	52	62	0	11	25	1.28
93751--93804	24	2.2	25	80	9	67	33	12	1	51	1.51
95720--95930	111	1.9	111	87	1	307	16	19	29	34	1.94
95716--95920	37	5.5	37	84	2	268	16	19	29	34	1.94
97221--97270	25	2.0	25	100	0	100	28	16	24	32	1.96
99128--99157	15	2.0	15	93	0	51	0	23	0	76	0.78
99898--99946	24	2.0	24	84	0	62	6	26	6	61	1.43
100242--100277	12	3.2	12	85	14	51	0	38	0	61	0.96
101876--101917	15	2.8	16	78	10	52	73	4	9	11	1.22
109837--109877	21	2.0	21	85	9	57	2	24	12	60	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110448--110500	24	2.2	25	86	3	72	20	11	9	58	1.60
110777--110817	8	5.1	8	100	0	82	24	24	0	51	1.49
111828--111965	68	2.0	67	88	1	204	38	17	4	39	1.69
111912--112004	38	2.4	38	87	3	125	38	18	4	38	1.70
111954--112260	59	5.1	59	85	6	389	39	17	4	38	1.69
111831--112127	165	1.8	164	86	3	436	39	17	4	39	1.70
111949--112260	126	2.6	118	87	5	462	39	17	4	38	1.70
112332--112463	64	2.0	65	85	5	178	44	26	9	18	1.81
112717--112905	36	5.2	36	84	0	252	39	25	8	26	1.84
112717--112905	72	2.6	72	88	0	279	39	25	8	26	1.84
129904--129933	13	2.3	13	94	0	51	40	13	26	20	1.89
138097--138137	2	20.5	2	94	0	73	2	0	46	51	1.14
143366--143412	25	2.0	25	87	8	71	36	2	6	55	1.37
144495--144527	14	2.4	14	100	0	66	24	0	0	75	0.80
162951--163022	32	2.2	32	83	7	92	65	5	5	23	1.36
164618--164642	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
165871--165943	33	2.2	34	80	7	87	68	4	1	26	1.15
167162--167209	21	2.3	22	78	10	55	35	6	2	56	1.36
174729--174773	19	2.3	20	88	3	65	4	22	0	73	1.01
181886--181933	25	2.0	24	83	4	60	33	4	2	60	1.27
183413--183446	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
190162--190199	16	2.3	17	86	4	51	21	0	5	73	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194117--194503	114	3.4	115	78	3	311	34	21	18	25	1.96
198271--198315	18	2.6	18	85	3	65	62	0	4	33	1.15
198646--198715	29	2.4	30	76	9	72	41	4	4	50	1.42
202627--202664	19	2.0	20	84	5	51	60	5	0	34	1.19
211568--211596	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
213758--213811	22	2.5	23	79	8	60	37	0	9	53	1.33
213813--213946	64	2.1	61	85	5	178	53	7	4	34	1.49
213830--213958	62	2.0	64	82	5	156	52	7	3	35	1.49
216039--216079	20	2.0	20	85	0	55	56	2	0	41	1.13
219034--219096	16	3.9	16	79	10	67	33	3	0	63	1.10
219037--219096	8	7.5	8	72	12	52	33	1	0	65	1.03
223272--223318	22	2.1	22	92	0	76	14	8	21	55	1.66
224211--224269	24	2.5	24	83	10	68	37	3	0	59	1.14
224466--224518	16	3.3	15	82	7	61	28	24	5	41	1.77
224652--224683	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
225756--225810	29	1.9	30	85	7	78	29	1	5	63	1.27
230799--230860	29	2.1	30	81	3	72	69	0	6	24	1.12
234208--234251	21	2.0	22	86	4	63	52	2	0	45	1.13
234875--234954	43	1.9	43	80	14	96	60	5	3	31	1.36
240313--240366	28	1.9	28	85	7	74	66	3	7	22	1.33
240333--240395	31	2.1	30	81	3	72	69	4	6	19	1.28
241392--241436	19	2.3	19	84	3	54	33	2	0	64	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241820--241844	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
242060--242108	23	2.1	23	100	0	98	30	6	32	30	1.82
252772--252834	24	2.7	24	78	14	78	34	1	3	60	1.22
252772--252832	22	2.7	22	80	12	70	34	1	3	60	1.23
253000--253051	16	3.2	16	80	0	59	34	19	1	44	1.62
253000--253061	32	1.9	32	83	0	79	32	19	3	45	1.66
258280--258313	18	1.9	17	88	5	50	38	2	2	55	1.30
258610--258652	20	2.2	20	84	12	54	32	4	6	55	1.47
258464--258920	246	1.9	248	80	5	550	40	12	8	38	1.73
262128--262154	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
262399--262425	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
262941--262974	17	2.0	17	88	0	50	58	0	5	35	1.22
265100--265231	22	5.7	22	71	13	86	69	18	5	6	1.30
265096--265231	71	1.9	69	82	10	157	68	19	5	6	1.33
265157--265221	18	3.4	18	80	15	76	70	15	6	7	1.30
267283--267419	31	4.5	31	73	9	129	49	13	14	22	1.78
267237--267419	90	2.0	91	82	7	221	49	13	15	21	1.78
267582--267606	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
268289--268359	35	2.0	35	97	0	133	32	26	12	28	1.93
271802--271844	22	2.0	22	100	0	86	55	16	23	4	1.59
272943--272967	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
273944--274181	105	2.3	103	83	11	306	29	14	19	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276010--276063	11	5.2	11	78	13	51	75	0	24	0	0.80
276038--276070	7	4.9	7	92	3	50	60	0	39	0	0.97
276264--276289	12	2.2	12	100	0	52	50	0	0	50	1.00
276447--276489	21	2.1	21	86	4	61	25	2	13	58	1.48
276749--276798	16	3.2	16	71	21	52	60	6	0	34	1.21
278101--278185	43	2.0	43	84	9	111	30	10	10	48	1.72
278756--278884	45	2.9	45	88	0	177	31	26	21	20	1.98
279157--279203	14	3.4	14	82	11	60	53	21	0	25	1.46
279157--279224	28	2.5	28	85	2	84	51	22	1	25	1.56
279157--279237	28	2.9	28	83	1	74	49	22	4	23	1.69

Tables:   1   2