genome.fa.s15352.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015352.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130399, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  235382

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21890--21973	1	84.0	1	100	0	168	0	0	100	0	0.00
25728--25769	21	2.0	21	100	0	84	38	14	23	23	1.92
26312--26378	17	4.0	16	76	14	64	32	0	1	65	1.02
26619--26652	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
28340--28365	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
28364--28399	17	2.2	17	90	5	56	13	30	0	55	1.39
28363--28400	16	2.4	16	82	8	51	15	31	0	52	1.43
31203--31241	13	3.0	13	76	0	51	30	5	0	64	1.15
31510--31570	31	1.9	32	86	3	88	19	4	16	59	1.55
46751--46792	13	3.3	13	80	3	50	76	21	0	2	0.90
46752--46792	12	3.3	12	83	6	55	75	21	0	2	0.92
47506--47533	7	4.0	7	100	0	56	0	71	0	28	0.86
47498--47533	14	2.7	13	87	8	54	0	66	0	33	0.92
51277--51340	22	2.8	23	81	11	60	51	0	1	46	1.10
51678--51714	12	3.1	12	92	0	56	24	67	8	0	1.17
51678--51720	6	7.2	6	94	0	50	23	65	9	2	1.34
65499--65571	37	2.0	37	94	0	128	9	30	15	45	1.78
73265--73584	112	2.8	111	73	15	289	47	7	8	36	1.62
81544--81596	26	2.0	26	100	0	106	11	18	39	30	1.86
82383--82449	31	2.2	31	91	0	98	46	0	0	53	1.00
82390--82447	9	5.9	10	72	23	52	46	0	0	53	1.00
82393--82443	16	3.2	16	73	15	61	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82386--82444	31	1.9	31	100	0	118	45	0	0	54	0.99
82392--82447	15	3.4	17	73	16	64	46	0	0	53	1.00
86017--86057	6	6.7	6	85	2	55	0	29	31	39	1.57
86015--86057	18	2.3	19	84	8	61	0	30	30	39	1.57
87179--87223	14	3.1	14	82	14	56	24	4	0	71	1.05
87902--87977	31	2.5	31	81	8	86	51	11	10	26	1.71
89056--89085	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
93978--94022	21	2.1	21	87	0	63	62	0	4	33	1.15
117960--117999	5	8.0	5	88	0	62	40	20	0	40	1.52
119465--119505	18	2.3	18	87	8	57	21	31	26	19	1.97
124447--124472	6	4.3	6	100	0	52	69	15	0	15	1.20
129964--130006	18	2.3	18	88	4	59	32	23	13	30	1.93
133265--133337	20	3.6	20	77	3	83	26	5	4	64	1.33
135159--135192	10	3.6	10	84	15	54	41	0	50	8	1.34
135597--135631	18	1.9	18	88	0	52	45	0	2	51	1.16
136882--136968	26	3.3	26	72	12	70	29	11	6	51	1.64
136877--136957	28	3.0	28	73	10	78	29	11	8	50	1.67
142580--142630	20	2.5	20	82	17	70	49	0	1	49	1.12
144567--144597	12	2.6	12	100	0	62	58	9	6	25	1.54
144791--144902	59	1.9	59	85	3	154	35	8	25	30	1.85
144993--145236	29	8.5	28	67	7	130	39	2	23	34	1.67
144979--145300	58	5.6	58	81	8	318	40	2	23	33	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144979--145300	116	2.8	115	84	4	398	40	2	23	33	1.68
145203--145328	30	4.3	30	79	7	125	39	3	22	34	1.70
146464--146540	3	24.7	3	76	7	73	33	1	2	62	1.17
146464--146540	19	3.9	18	76	15	73	33	1	2	62	1.17
146464--146540	31	2.5	31	87	4	113	33	1	2	62	1.17
147120--147158	11	3.5	11	85	0	51	10	2	38	48	1.51
147256--147345	23	3.8	23	72	16	69	50	4	0	45	1.22
147268--147345	6	13.3	6	70	15	56	50	5	0	44	1.24
147305--147345	17	2.4	17	87	0	64	53	2	0	43	1.13
148055--148522	49	9.6	48	72	8	275	15	25	20	38	1.92
147992--148182	98	1.9	98	83	0	247	16	27	19	36	1.94
148100--148534	98	4.4	98	77	7	366	15	26	20	38	1.92
148039--148329	147	2.0	146	82	2	350	16	26	19	37	1.93
148304--148522	99	2.2	99	82	7	259	14	25	21	38	1.91
148380--148517	50	2.8	50	86	5	192	13	24	21	39	1.90
159993--160206	29	7.4	28	69	18	125	37	5	25	31	1.78
159995--160143	30	5.1	30	70	15	107	34	6	26	32	1.82
159995--160221	116	1.9	118	81	7	275	37	4	25	32	1.77
160119--160295	30	6.0	29	74	9	137	42	3	20	32	1.71
160125--160335	30	7.1	28	73	12	129	40	3	22	33	1.70
160001--160295	59	5.0	58	79	7	244	39	5	23	31	1.76
161406--161487	3	26.7	3	73	9	67	31	1	2	64	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162249--162292	17	2.6	17	81	0	61	54	4	0	40	1.21
162375--162474	43	2.3	43	82	0	119	31	36	15	18	1.91
165682--165790	31	3.7	29	81	13	116	31	6	31	31	1.83
165654--165820	30	5.7	30	78	12	143	34	4	30	30	1.77
165654--165875	60	3.9	55	73	15	164	35	5	28	30	1.80
165839--165922	38	2.2	38	85	6	109	35	4	23	35	1.76
165880--166058	29	6.2	28	71	13	112	41	2	25	30	1.69
165901--166058	28	5.5	27	69	16	86	41	2	24	31	1.68
165876--166064	58	3.3	58	83	5	217	41	2	24	30	1.69
165974--166073	30	3.4	30	75	12	109	40	4	26	30	1.74
166056--166131	30	2.6	28	82	10	89	38	6	22	32	1.80
166075--166131	30	1.9	29	92	3	96	40	5	21	33	1.75
167151--167206	12	4.4	12	85	12	76	39	1	1	57	1.20
167163--167203	15	2.7	15	88	7	57	41	2	0	56	1.13
167851--167887	18	2.1	17	90	5	56	18	5	10	64	1.43
167884--167919	17	2.1	18	94	5	65	52	2	0	44	1.15
167889--167956	6	11.3	6	72	17	52	52	4	2	39	1.36
167893--167969	17	4.4	17	77	9	73	53	6	2	37	1.41
168353--168378	10	2.6	10	100	0	52	30	7	0	61	1.24
169655--169750	36	3.0	31	79	13	106	41	0	3	55	1.16
172544--172599	28	2.0	28	100	0	112	32	10	28	28	1.90
177020--177079	29	2.1	29	83	0	75	45	11	6	36	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181084--181132	24	2.0	24	84	7	64	42	12	0	44	1.41
194790--194823	18	1.9	18	94	5	61	26	0	0	73	0.83
201567--201600	15	2.3	15	90	10	52	50	11	11	26	1.73
205218--205262	8	5.2	8	82	12	54	20	0	0	80	0.72
205218--205264	21	2.3	20	85	7	67	21	0	0	78	0.75
205232--205412	63	3.0	62	85	8	232	43	0	2	53	1.15
207546--207734	23	8.5	23	70	16	103	42	19	24	13	1.87
213420--213467	20	2.4	20	86	6	71	75	0	25	0	0.81
213433--213463	14	2.1	14	94	5	53	77	0	22	0	0.77
213420--213467	6	7.3	6	78	17	51	75	0	25	0	0.81
214386--214562	50	3.5	50	79	3	212	37	17	23	22	1.94
214372--214595	100	2.2	100	82	4	274	36	18	20	24	1.95
214617--214832	41	5.4	41	67	18	157	34	22	14	28	1.94
214657--215100	39	11.4	39	69	14	290	33	22	18	26	1.96
214620--214900	80	3.5	80	87	0	393	35	22	16	26	1.94
214827--215119	80	3.9	73	81	11	333	33	22	20	24	1.97
214899--215119	80	2.8	80	92	0	370	32	22	20	24	1.98
214669--215119	229	2.0	229	88	0	679	33	21	18	25	1.96
214915--215119	40	5.1	40	70	17	174	33	20	20	25	1.97
219485--219568	18	4.7	17	70	16	55	38	5	1	54	1.32
220046--220093	24	2.0	24	88	4	71	60	8	0	31	1.26
220723--220747	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223950--223988	20	2.1	17	86	13	51	71	2	7	17	1.21
234386--234449	31	2.1	31	93	0	110	28	3	17	51	1.60

Tables:   1

The End!