genome.fa.s15355.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015355.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130402, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  322319

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 133 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1273--1303	15	2.1	15	100	0	62	32	19	19	29	1.96
1981--2251	135	2.0	135	99	0	533	29	7	25	36	1.84
14741--14795	26	2.1	27	83	6	69	34	14	5	45	1.68
16946--16988	16	2.8	15	72	6	50	51	2	2	44	1.27
18439--18511	34	2.2	33	85	2	92	6	5	24	63	1.41
18475--18536	12	5.3	12	71	7	56	9	6	16	67	1.39
18475--18547	24	3.2	22	79	9	74	10	6	13	68	1.38
18475--18571	24	4.1	23	76	7	61	11	7	14	67	1.42
20399--20474	38	2.0	38	86	0	107	30	21	10	38	1.87
20627--20759	9	14.9	9	73	14	80	61	3	2	33	1.23
35665--35694	14	2.1	14	93	0	51	50	0	6	43	1.28
35827--35868	20	2.1	20	86	0	57	59	0	4	35	1.19
53998--54052	28	2.0	28	96	0	101	30	18	29	21	1.97
56911--57193	51	5.5	51	90	0	415	33	24	13	29	1.93
68270--68297	12	2.3	12	100	0	56	21	25	42	10	1.85
83363--83582	30	7.3	30	85	3	273	36	24	1	37	1.64
83363--83607	60	4.1	59	83	3	276	35	24	1	38	1.65
83355--83607	91	2.8	89	82	4	301	36	23	1	37	1.65
83363--83607	30	8.2	29	81	7	224	35	24	1	38	1.65
88646--88683	18	2.1	18	90	0	58	73	0	23	2	0.95
89739--89978	49	4.9	49	68	17	165	40	17	22	20	1.92
89739--90157	98	4.4	97	76	9	389	39	17	23	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89767--90118	49	7.2	49	74	8	252	39	16	24	19	1.92
89743--90121	196	1.9	196	81	6	455	39	17	23	20	1.92
90474--90552	39	2.0	39	87	2	113	34	24	15	26	1.94
92383--92590	30	7.1	29	79	10	183	36	28	1	32	1.69
92392--92570	60	3.0	58	88	7	256	36	27	1	34	1.67
92395--92590	60	3.3	58	85	6	227	37	27	1	33	1.66
94065--94133	32	2.2	32	86	5	95	27	11	8	52	1.67
94987--95017	14	2.2	14	100	0	62	58	6	0	35	1.24
95955--95999	19	2.4	19	88	7	65	57	0	4	37	1.19
96588--96621	12	2.8	12	83	16	52	41	0	0	58	0.98
98365--98412	22	2.2	22	88	0	69	41	12	18	27	1.86
101774--101816	18	2.4	18	80	7	52	51	2	0	46	1.13
102193--102252	10	6.0	10	75	13	52	38	1	3	56	1.26
105331--105419	23	4.0	22	75	20	71	44	1	0	53	1.07
105335--105419	20	3.8	23	76	20	83	45	1	0	52	1.08
105378--105429	20	2.7	20	77	14	63	53	0	0	46	1.00
107073--107148	7	9.9	7	75	19	55	75	1	7	15	1.10
107097--107148	15	3.5	14	78	17	52	78	0	3	17	0.89
110442--111001	278	2.0	279	96	0	1023	30	14	19	34	1.92
114531--114602	36	2.0	36	94	0	126	40	12	8	38	1.73
114954--115047	46	2.0	46	83	4	118	48	5	23	22	1.70
115106--115146	16	2.4	19	76	23	54	48	0	2	48	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115106--115149	18	2.6	16	80	20	54	52	0	2	45	1.13
115624--115651	14	2.0	14	100	0	56	21	7	35	35	1.81
116155--116185	6	5.2	6	96	0	53	87	0	12	0	0.55
132544--132568	13	1.9	13	100	0	50	16	24	8	52	1.70
135921--136000	40	2.0	40	82	4	99	33	15	20	31	1.93
137120--137159	20	2.0	20	90	0	62	45	2	15	37	1.59
143623--143774	67	2.3	67	84	6	193	56	2	0	40	1.13
143740--143781	18	2.3	18	80	8	50	76	0	2	21	0.90
144345--144456	58	1.9	58	92	0	188	24	17	23	34	1.96
144470--145196	80	9.1	79	85	5	932	27	18	21	32	1.96
144470--145201	159	4.6	160	88	3	1046	27	18	21	32	1.97
144470--145196	239	3.0	239	88	3	1061	27	18	21	32	1.96
145289--145444	50	3.1	51	77	5	149	25	21	17	35	1.95
146352--146418	6	11.0	6	75	13	57	2	16	1	79	0.94
146356--146396	14	2.9	14	86	10	57	0	21	0	78	0.76
146352--146397	20	2.3	20	88	7	67	0	21	0	78	0.76
149167--149216	23	2.2	22	89	6	82	38	26	20	16	1.92
149351--149398	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53
153318--153359	18	2.3	18	80	8	50	76	0	2	21	0.90
153923--154034	58	1.9	58	92	0	188	24	17	23	34	1.96
154048--154774	80	9.1	79	85	5	932	27	18	21	32	1.96
154048--154779	159	4.6	160	88	3	1046	27	18	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154048--154774	239	3.0	239	88	3	1061	27	18	21	32	1.96
154867--155022	50	3.1	51	77	5	149	25	21	17	35	1.95
155930--155996	6	11.0	6	75	13	57	2	16	1	79	0.94
155934--155974	14	2.9	14	86	10	57	0	21	0	78	0.76
155930--155975	20	2.3	20	88	7	67	0	21	0	78	0.76
158745--158794	23	2.2	22	89	6	82	38	26	20	16	1.92
158929--158976	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53
159990--160322	167	2.0	168	98	0	641	34	20	7	38	1.81
163589--163630	18	2.3	18	80	8	50	76	0	2	21	0.90
164194--164305	58	1.9	58	92	0	188	24	17	23	34	1.96
164319--165045	80	9.1	79	85	5	932	27	18	21	32	1.96
164319--165050	159	4.6	160	88	3	1046	27	18	21	32	1.97
164319--165045	239	3.0	239	88	3	1061	27	18	21	32	1.96
165138--165293	50	3.1	51	77	5	149	25	21	17	35	1.95
166201--166267	6	11.0	6	75	13	57	2	16	1	79	0.94
166205--166245	14	2.9	14	86	10	57	0	21	0	78	0.76
166201--166246	20	2.3	20	88	7	67	0	21	0	78	0.76
169016--169065	23	2.2	22	89	6	82	38	26	20	16	1.92
169200--169247	24	1.9	26	84	16	66	31	22	0	45	1.53
174038--174173	67	2.1	65	91	5	222	51	2	0	46	1.13
174063--174198	67	2.1	66	84	5	177	58	2	0	39	1.11
180851--180886	18	2.1	18	89	5	56	36	0	8	55	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186957--186987	8	3.9	8	95	0	53	83	0	0	16	0.64
187977--188032	29	1.9	29	85	0	76	44	5	3	46	1.43
191845--191906	27	2.3	27	86	5	81	37	9	9	43	1.71
193770--193800	16	1.9	16	93	0	53	0	12	0	87	0.55
194848--195024	39	4.5	39	81	2	203	35	19	20	25	1.96
194848--195024	78	2.3	78	87	2	239	35	19	20	25	1.96
195096--195158	31	2.0	31	100	0	126	38	12	6	42	1.68
195779--195851	31	2.3	31	76	6	76	53	8	9	28	1.62
196879--196941	32	1.9	33	90	3	101	38	6	4	50	1.49
196951--196980	13	2.2	14	94	5	53	66	6	0	26	1.16
197838--197870	8	4.0	8	92	7	57	51	0	0	48	1.00
197838--197870	17	2.0	16	94	5	57	51	0	0	48	1.00
199438--199488	24	2.1	24	82	10	59	72	1	5	19	1.15
207733--207815	40	2.1	40	95	0	148	30	19	22	27	1.98
207745--207829	40	2.1	40	84	4	109	32	21	18	27	1.97
209093--209130	18	2.1	18	95	0	67	42	5	21	31	1.75
217638--217682	20	2.2	20	100	0	90	20	28	24	26	1.99
217646--217689	20	2.2	20	87	0	61	29	27	22	20	1.99
218252--218335	40	2.1	40	95	0	150	40	20	16	22	1.91
218267--218355	40	2.4	36	85	9	108	40	20	16	22	1.91
220625--220664	21	1.9	21	85	10	55	35	17	15	32	1.91
227368--227412	19	2.2	20	84	7	56	8	20	2	68	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238529--238656	63	2.0	63	95	3	231	31	14	12	41	1.83
239263--239311	22	2.2	22	85	0	62	44	12	10	32	1.75
240676--240751	13	5.9	13	66	14	50	35	22	6	35	1.80
258593--258659	29	2.3	28	82	14	82	31	17	5	44	1.73
263578--263636	28	2.0	30	83	9	77	28	13	10	47	1.75
266741--266770	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
275491--275557	31	2.3	27	78	14	71	40	10	8	40	1.71
276358--276414	24	2.4	23	85	2	78	40	21	12	26	1.88
276496--276530	12	2.9	12	91	0	52	51	17	17	14	1.77
296138--296172	18	1.9	18	94	0	61	17	22	37	22	1.94

Tables:   1   2