genome.fa.s15356.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015356.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130403, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  269632

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--33	2	17.0	2	93	6	59	48	0	51	0	1.00
7225--7269	11	4.0	11	86	11	56	68	2	0	28	1.01
7225--7275	11	4.3	12	83	14	54	68	3	0	27	1.07
15348--15399	19	2.7	19	75	16	54	57	1	5	34	1.33
17659--17684	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
20709--20804	30	3.2	29	72	11	86	31	6	27	35	1.82
20780--21056	30	9.4	30	70	16	168	28	6	27	37	1.82
20840--20929	29	3.1	28	69	20	69	31	6	24	37	1.81
20647--21061	58	7.1	59	79	7	386	29	6	28	35	1.82
22862--23033	6	29.5	6	73	14	146	53	2	1	43	1.21
22862--23044	17	10.8	17	77	13	130	53	2	1	43	1.20
22895--23044	58	2.6	58	96	1	273	56	1	0	42	1.08
22898--23033	41	3.3	41	86	9	179	55	1	0	42	1.08
30636--30928	147	2.0	147	97	0	559	42	19	12	25	1.86
34402--34454	23	2.3	23	93	0	88	37	5	16	39	1.73
43777--43816	3	13.3	3	84	10	55	65	0	35	0	0.93
44753--44781	15	1.9	15	100	0	58	41	0	3	55	1.17
49965--50019	22	2.7	20	82	5	65	67	1	0	30	1.01
49972--50019	20	2.3	22	82	7	64	66	2	0	31	1.03
50827--50858	12	2.6	13	85	14	50	50	0	0	50	1.00
51107--51151	23	1.9	23	90	4	72	20	0	6	73	1.05
52020--52073	25	2.2	24	87	9	74	59	5	1	33	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52755--52927	60	2.9	59	80	8	190	49	9	15	26	1.74
56614--56652	15	2.6	15	84	8	53	76	2	0	20	0.90
62007--62082	29	2.6	29	85	8	93	36	9	22	31	1.86
62100--62524	29	14.4	30	78	9	281	36	3	23	37	1.70
62124--62496	29	12.6	30	79	10	301	35	2	24	36	1.71
62191--62524	59	5.7	60	80	8	296	36	3	23	36	1.71
62442--62519	30	2.6	30	80	6	79	43	3	17	34	1.68
64266--64364	6	16.8	6	74	13	73	55	2	1	41	1.18
64266--64367	11	8.1	13	70	19	65	54	1	0	42	1.18
64274--64359	17	5.1	17	88	2	129	56	2	1	39	1.19
64266--64366	34	2.7	36	80	13	125	55	1	0	41	1.18
64343--64367	7	3.6	7	100	0	50	56	0	0	44	0.99
64755--65544	209	3.8	209	89	1	1109	21	21	19	37	1.94
65365--65711	182	1.9	181	90	1	552	21	23	18	36	1.95
65152--65899	391	1.9	390	88	3	1130	22	22	18	36	1.95
65566--66249	207	3.3	208	87	2	921	23	21	17	37	1.94
66316--66453	39	3.5	39	77	0	150	25	21	28	23	1.99
66321--66465	78	1.9	78	86	0	209	26	22	29	21	1.99
66790--67290	50	10.0	50	78	5	485	16	31	17	34	1.92
66770--67290	99	5.2	98	78	8	437	16	31	17	35	1.92
66790--67290	149	3.4	148	84	2	603	16	31	17	34	1.92
67254--67323	35	2.0	35	97	0	131	14	32	17	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68246--68297	11	4.7	11	86	9	63	0	15	3	80	0.85
68233--68298	21	3.0	21	79	14	64	0	19	3	77	0.90
68234--68294	7	8.1	7	77	15	52	0	16	3	80	0.84
71979--72015	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
74632--74688	29	2.0	29	100	0	114	31	7	31	29	1.84
79797--79895	29	3.4	29	79	9	103	28	10	28	33	1.89
79875--79951	29	2.6	29	78	11	77	32	3	24	38	1.74
79910--80368	30	15.6	29	69	16	121	36	3	24	35	1.73
79911--80362	59	7.7	58	69	15	229	36	3	24	35	1.72
79870--80071	87	2.3	89	78	8	225	34	3	25	36	1.73
79913--80098	88	2.1	86	83	8	225	36	2	24	37	1.68
81245--81286	21	1.9	22	85	9	59	28	2	7	61	1.35
82191--82255	34	1.9	34	90	0	103	55	7	1	35	1.38
82187--82255	17	4.1	17	81	3	86	56	7	1	34	1.36
84780--84821	11	3.9	11	78	6	50	4	2	26	66	1.23
85460--85509	22	2.3	22	89	3	75	24	14	4	58	1.53
88766--88797	9	3.6	9	95	0	55	6	34	12	46	1.67
89728--89771	18	2.4	18	80	0	52	29	2	20	47	1.62
99158--99217	24	2.5	24	73	13	61	43	3	3	50	1.35
100196--100319	64	1.9	64	96	0	230	37	8	20	34	1.82
100462--100499	19	2.0	19	94	0	67	13	0	21	65	1.26
100587--100642	20	2.8	20	86	5	78	60	0	39	0	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104757--104893	45	3.0	45	87	2	186	22	16	27	32	1.96
106821--106869	16	3.2	16	75	16	59	34	0	6	59	1.22
107515--107550	17	2.1	17	94	0	63	61	11	0	27	1.30
123611--123648	11	3.5	11	82	10	51	34	0	5	60	1.19
125475--125663	28	6.5	28	67	9	94	33	21	3	41	1.70
125475--125682	58	3.6	58	85	5	251	34	23	3	38	1.72
125528--125747	30	7.5	29	69	12	119	35	25	3	35	1.72
125587--125747	29	5.4	29	69	17	100	36	26	3	33	1.74
125476--125712	116	2.0	116	80	4	262	34	23	3	38	1.73
125592--125812	60	3.8	59	81	8	213	36	24	4	34	1.76
132781--133139	43	8.3	43	78	5	337	29	26	16	27	1.97
133462--133545	41	2.0	41	86	4	116	21	27	14	36	1.92
133778--133872	6	16.7	6	69	14	67	44	1	3	51	1.24
133778--133872	17	5.6	17	80	7	95	44	1	3	51	1.24
134561--134675	3	36.0	3	72	11	77	56	1	5	36	1.32
135762--136226	30	15.4	29	72	12	269	37	24	3	34	1.73
135762--136226	60	7.7	61	78	8	416	37	24	3	34	1.73
135761--136192	120	3.6	120	86	5	570	37	24	3	34	1.73
136124--136277	29	5.2	28	70	17	98	36	25	5	32	1.78
140197--140388	96	2.0	96	84	8	248	36	13	20	29	1.91
140676--140964	30	9.8	30	79	10	287	34	4	27	33	1.77
140715--140963	59	4.2	59	84	4	297	32	4	28	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140700--140958	89	2.9	89	83	7	307	33	3	29	33	1.76
143871--143929	9	6.7	9	81	16	61	66	3	1	28	1.18
145669--145713	17	2.6	18	82	7	56	26	20	2	51	1.59
146564--146595	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
147090--147141	3	17.3	3	95	0	59	0	42	0	57	0.98
154923--154965	20	2.0	21	86	8	61	55	0	2	41	1.12
159599--159659	3	20.3	3	100	0	122	65	0	0	34	0.93
160421--160543	43	2.9	43	87	2	167	28	23	21	26	1.99
160409--160628	43	5.1	43	80	8	164	28	22	19	29	1.98
160918--161042	66	1.9	66	86	3	180	16	25	17	40	1.90
176913--176963	24	2.2	23	86	10	68	35	0	1	62	1.06
177461--177490	12	2.5	12	94	0	51	53	0	0	46	1.00
180389--180541	39	3.9	39	92	0	234	35	24	20	19	1.95
180389--180575	39	4.8	39	89	1	178	35	22	19	21	1.96
181137--181303	83	2.0	83	91	0	271	41	14	12	31	1.84
184263--184304	16	2.6	16	84	0	57	69	0	14	16	1.20
190101--190130	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
197168--197226	27	2.2	25	77	16	64	33	0	1	64	1.04
197182--197234	27	2.0	27	92	0	88	32	0	3	64	1.12
197186--197252	26	2.6	27	75	13	70	29	0	4	65	1.12
197377--197422	23	2.0	23	83	8	58	47	23	2	26	1.63
197893--197948	29	2.0	28	82	3	67	28	3	1	66	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204643--204707	29	2.2	29	83	5	78	29	4	27	38	1.77
204659--205172	29	17.8	28	72	15	248	38	5	22	33	1.78
206922--206981	17	3.4	18	84	4	70	53	3	5	38	1.39
208028--208207	89	2.0	89	97	0	342	59	10	7	22	1.56
212714--212739	11	2.4	11	100	0	52	15	7	46	30	1.74
223289--223329	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
231710--231737	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
239090--239127	2	19.0	2	88	0	58	50	0	0	50	1.00
240665--240695	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
242413--242449	19	1.9	19	88	0	56	21	8	27	43	1.80

Tables:   1   2