genome.fa.s15369.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015369.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130416, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  307577

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
542--811	30	9.1	29	84	6	292	35	28	2	33	1.70
542--816	118	2.3	118	87	3	383	35	29	2	33	1.71
16830--16858	5	6.0	5	92	8	51	20	0	0	79	0.74
27296--27344	22	2.3	22	82	10	57	40	6	0	53	1.26
27431--27472	21	2.0	21	81	9	50	35	2	7	54	1.41
35452--35478	3	9.0	3	100	0	54	0	0	66	33	0.92
35887--35919	14	2.4	14	90	5	50	24	0	0	75	0.80
42693--42722	14	2.1	14	93	6	51	80	0	16	3	0.85
43987--44011	6	4.2	6	100	0	50	16	0	36	48	1.46
46662--46720	22	2.6	21	75	20	57	35	1	6	55	1.36
53545--53673	64	2.0	64	96	0	240	42	11	17	28	1.84
54109--54150	20	2.1	20	82	8	50	47	7	2	42	1.43
56588--56627	20	2.0	20	100	0	80	30	5	0	65	1.14
63479--63503	9	2.8	9	100	0	50	8	24	24	44	1.80
73183--73224	10	4.3	10	77	17	52	59	0	0	40	0.97
77179--77252	23	3.3	23	90	1	123	40	24	20	14	1.90
84138--84163	13	2.0	13	100	0	52	38	23	15	23	1.92
88732--88763	16	1.9	17	93	6	57	37	0	15	46	1.46
102111--102204	31	3.1	30	75	13	84	44	2	18	35	1.61
102995--103057	23	2.7	24	80	2	74	39	20	15	23	1.91
106819--106853	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
112792--112855	20	3.2	20	75	18	62	40	6	3	50	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115087--115154	23	2.9	24	76	10	70	41	13	0	45	1.43
120072--120107	18	2.0	18	88	0	54	30	0	30	38	1.58
125109--125135	13	2.1	13	100	0	54	85	0	7	7	0.75
125072--125135	33	1.9	34	93	3	112	78	9	6	6	1.10
125170--125268	36	2.8	34	79	11	110	55	13	13	18	1.69
129408--129535	37	3.5	36	76	6	132	50	12	18	17	1.77
129431--129547	37	3.2	37	73	9	105	47	13	17	20	1.81
144244--144284	6	6.7	6	91	2	64	36	17	17	29	1.92
144244--144288	18	2.4	19	88	7	74	37	17	15	28	1.91
145384--145573	29	6.5	29	81	7	197	35	25	0	37	1.61
145391--145573	59	3.1	57	84	6	233	35	26	0	37	1.61
145588--145652	31	2.2	30	86	10	89	32	27	12	27	1.92
145599--145662	31	2.1	32	88	5	96	26	28	12	32	1.93
154251--154285	7	5.0	7	100	0	70	57	0	28	14	1.38
155110--155136	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
155793--155840	24	2.0	24	87	0	69	45	18	14	20	1.85
156523--156642	58	2.1	58	92	3	197	47	20	0	31	1.51
156860--156902	21	2.1	20	91	4	68	4	0	20	74	1.00
159554--159600	15	3.1	15	78	6	58	25	2	19	53	1.56
163417--163468	26	2.0	26	84	0	68	32	0	7	59	1.26
163639--163690	16	3.3	16	78	5	61	25	1	19	53	1.55
163639--163701	16	4.0	16	77	8	51	23	1	20	53	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163765--163885	60	2.0	60	98	0	233	30	8	22	38	1.83
164778--164814	16	2.3	17	86	9	51	0	37	0	62	0.96
164780--164827	24	2.0	25	91	4	80	0	35	2	62	1.07
165562--165589	5	5.6	5	100	0	56	64	0	0	35	0.94
165789--165844	12	4.6	12	78	10	60	71	5	0	23	1.06
165789--165844	23	2.3	23	82	17	69	71	5	0	23	1.06
166597--166642	23	2.0	24	83	12	60	52	0	0	47	1.00
166776--166839	33	1.9	33	90	0	101	32	20	21	25	1.97
169448--169472	11	2.3	11	100	0	50	8	0	0	92	0.40
169445--169474	14	2.1	15	93	6	53	10	0	0	90	0.47
178593--178656	31	2.0	32	84	3	85	28	14	17	40	1.88
186936--187037	9	11.3	9	69	12	57	43	0	0	55	1.06
186937--187003	27	2.4	28	82	2	82	40	1	0	58	1.07
186968--187006	20	2.0	20	89	0	60	35	2	0	61	1.10
190518--190574	23	2.5	23	100	0	114	35	24	26	14	1.93
190582--190666	23	3.7	23	96	3	154	41	24	23	10	1.86
190472--190666	46	4.3	46	76	8	150	40	25	22	11	1.88
190448--190666	69	3.2	66	71	14	174	40	24	22	11	1.88
192834--192890	29	1.9	30	92	3	98	64	1	5	28	1.25
200465--200736	61	4.5	61	80	5	309	28	19	15	36	1.92
206091--206182	30	3.1	30	85	3	105	27	6	3	63	1.35
206133--206196	30	2.1	31	88	2	94	21	9	3	65	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206945--207646	61	11.7	60	73	14	443	38	16	17	27	1.91
206953--207325	62	6.0	62	83	8	409	37	15	17	28	1.91
206955--207326	192	1.9	192	89	5	583	38	15	17	28	1.91
207377--207654	59	4.7	57	78	8	263	37	17	16	28	1.92
207357--207646	118	2.5	118	83	5	363	38	17	15	27	1.91
213239--213263	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
217451--217483	6	5.5	6	100	0	66	51	15	0	33	1.43
221715--221762	26	1.9	26	83	8	64	37	2	43	16	1.60
226119--226153	11	2.9	12	91	8	54	31	0	0	68	0.90
226119--226154	12	2.9	13	88	12	58	30	0	0	69	0.89
226909--226960	23	2.3	23	76	6	61	30	15	1	51	1.54
234056--234080	13	1.9	13	100	0	50	24	8	4	64	1.38
236014--236062	25	2.0	25	91	0	80	18	18	14	48	1.80
238186--238308	23	5.4	22	82	4	120	11	20	24	43	1.84
238187--238305	45	2.6	46	79	9	120	11	21	25	42	1.86
254764--254821	22	2.7	21	81	5	62	17	6	6	68	1.34
262953--263122	82	2.0	84	92	4	281	36	11	13	38	1.81
263656--263731	28	2.6	29	76	19	70	60	3	0	35	1.15
264413--264452	16	2.5	16	95	0	71	37	17	30	15	1.90
265944--265996	24	2.3	23	87	9	72	13	1	13	71	1.22
266005--266076	22	3.3	22	90	0	99	2	5	16	75	1.12
266069--266120	23	2.3	23	75	12	54	19	5	7	67	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273797--273821	7	3.6	7	100	0	50	32	40	12	16	1.84
275085--275113	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
275415--275458	21	2.2	20	84	12	54	63	0	4	31	1.14
277535--277594	22	2.8	22	85	7	70	71	1	8	18	1.19
278417--278458	22	1.9	22	100	0	84	42	19	23	14	1.87
282963--283240	139	2.0	139	99	0	547	28	16	22	32	1.95
283442--283501	25	2.4	25	85	0	84	40	13	33	13	1.83
299550--299586	16	2.3	16	90	9	58	43	10	2	43	1.53
302113--302177	31	2.2	29	83	8	87	50	1	1	46	1.20
302160--302192	16	2.1	16	100	0	66	54	0	0	45	0.99
303009--303050	22	2.0	21	85	4	57	38	4	11	45	1.62
303534--303567	17	1.9	18	88	5	52	50	11	0	38	1.39
303730--303781	21	2.5	20	75	6	50	25	5	26	42	1.77

Tables:   1

The End!