Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01001552.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_113135, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 741

Length: 1235
ACGTcount: A:0.27, C:0.17, G:0.18, T:0.38


Found at i:1156 original size:33 final size:34

Alignment explanation


    Indices: 1107--1172  Score: 98
    Period size: 33  Copynumber: 2.0  Consensus size: 34

       1097 CATTTCAAAT

                       *       * *            
       1107 TAAATTTTAAATTTAAAACCATTTTAAATTTAAC
          1 TAAATTTTAAACTTAAAACAAGTTTAAATTTAAC

                                             
       1141 TAAA-TTTAAACTTAAAACAAGTTTAAATTTAA
          1 TAAATTTTAAACTTAAAACAAGTTTAAATTTAA

       1173 ATTCAGAAAT


Statistics
Matches: 29,  Mismatches: 3, Indels: 1
        0.88            0.09        0.03

Matches are distributed among these distances:
  33   25  0.86
  34    4  0.14

ACGTcount: A:0.50, C:0.08, G:0.02, T:0.41


Consensus pattern (34 bp):   
TAAATTTTAAACTTAAAACAAGTTTAAATTTAAC

Found at i:1208 original size:18 final size:18

Alignment explanation


    Indices: 1109--1217  Score: 84
    Period size: 17  Copynumber: 6.3  Consensus size: 18

       1099 TTTCAAATTA

                              
       1109 AATTTTAAATTTAAAA-C
          1 AATTTTAAATTTAAAATC

            *              *  
       1126 CATTTTAAATTT-AACT-
          1 AATTTTAAATTTAAAATC

              *      *        
       1142 AAATTTAAACTTAAAA-C
          1 AATTTTAAATTTAAAATC

              *            *  
       1159 AAGTTTAAATTTAAATTC
          1 AATTTTAAATTTAAAATC

               **              
       1177 AGAAATT-AATTTAAAATC
          1 A-ATTTTAAATTTAAAATC

                     *    *   
       1195 AATTTTAAACTTAATATC
          1 AATTTTAAATTTAAAATC

                 
       1213 AATTT
          1 AATTT

       1218 AAAGGTTTGG


Statistics
Matches: 70,  Mismatches: 16, Indels: 11
        0.72            0.16        0.11

Matches are distributed among these distances:
  16   11  0.16
  17   29  0.41
  18   27  0.39
  19    3  0.04

ACGTcount: A:0.49, C:0.08, G:0.02, T:0.41


Consensus pattern (18 bp):   
AATTTTAAATTTAAAATC
Done.