Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01001716.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_113413, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2475
ACGTcount: A:0.37, C:0.17, G:0.14, T:0.32


Found at i:662 original size:6 final size:6

Alignment explanation


    Indices: 640--700  Score: 72
    Period size: 6  Copynumber: 10.5  Consensus size: 6

        630 GTTTAAATTG

                        * *                    *                   
        640 ATTTAA ATTTAT TTTTAA ATTTAA ATTT-A TTTTAA ATTTAA ATTT-A
          1 ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA ATTTAA

               *             
        686 ATTAAA ATTTAA ATT
          1 ATTTAA ATTTAA ATT

        701 GACTTAAAAC


Statistics
Matches: 45,  Mismatches: 8, Indels: 4
        0.79            0.14        0.07

Matches are distributed among these distances:
   5    8  0.18
   6   37  0.82

ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.00, T:0.56


Consensus pattern (6 bp):   
ATTTAA

Found at i:674 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 640--700  Score: 95
    Period size: 17  Copynumber: 3.5  Consensus size: 17

        630 GTTTAAATTG

                              
        640 ATTTAAATTTATTTTTAA
          1 ATTTAAATTTA-TTTTAA

                             
        658 ATTTAAATTTATTTTAA
          1 ATTTAAATTTATTTTAA

                       *  *  
        675 ATTTAAATTTAATTAAA
          1 ATTTAAATTTATTTTAA

                     
        692 ATTTAAATT
          1 ATTTAAATT

        701 GACTTAAAAC


Statistics
Matches: 41,  Mismatches: 2, Indels: 1
        0.93            0.05        0.02

Matches are distributed among these distances:
  17   30  0.73
  18   11  0.27

ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.00, T:0.56


Consensus pattern (17 bp):   
ATTTAAATTTATTTTAA

Found at i:688 original size:11 final size:11

Alignment explanation


    Indices: 631--697  Score: 57
    Period size: 11  Copynumber: 6.0  Consensus size: 11

        621 TTAAGTTGGG

                     * 
        631 TTTAAA-TTGA
          1 TTTAAATTTAA

                       *
        641 TTTAAATTTATT
          1 TTTAAATTTA-A

                        
        653 TTTAAATTTAAA
          1 TTTAAATTT-AA

                 *      
        665 TTT-ATTTTAAA
          1 TTTAAATTT-AA

                       
        676 TTTAAATTTAA
          1 TTTAAATTTAA

              *        
        687 TTAAAATTTAA
          1 TTTAAATTTAA

        698 ATTGACTTAA


Statistics
Matches: 47,  Mismatches: 6, Indels: 7
        0.78            0.10        0.12

Matches are distributed among these distances:
  10    6  0.13
  11   24  0.51
  12   16  0.34
  13    1  0.02

ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.01, T:0.55


Consensus pattern (11 bp):   
TTTAAATTTAA

Found at i:707 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 640--727  Score: 86
    Period size: 17  Copynumber: 5.1  Consensus size: 17

        630 GTTTAAATTG

                        *  *  
        640 ATTTAAATTTATTTTTAA
          1 ATTTAAATTTA-ATTAAA

                       *  *  
        658 ATTTAAATTTATTTTAA
          1 ATTTAAATTTAATTAAA

                             
        675 ATTTAAATTTAATTAAA
          1 ATTTAAATTTAATTAAA

                     * *     
        692 ATTTAAATTGACTTAAA
          1 ATTTAAATTTAATTAAA

             *        *       
        709 ACTTAATATTAAATTAAA
          1 ATTTAA-ATTTAATTAAA

             
        727 A
          1 A

        728 GTCCAAGACA


Statistics
Matches: 62,  Mismatches: 7, Indels: 2
        0.87            0.10        0.03

Matches are distributed among these distances:
  17   41  0.66
  18   21  0.34

ACGTcount: A:0.48, C:0.02, G:0.01, T:0.49


Consensus pattern (17 bp):   
ATTTAAATTTAATTAAA

Found at i:1501 original size:3 final size:3

Alignment explanation


    Indices: 1488--1542  Score: 58
    Period size: 3  Copynumber: 18.0  Consensus size: 3

       1478 ACATTGTTCG

                                                *  **                    
       1488 TAA TAAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA CT-G TTT TAA TAA TAA TAA TAA
          1 TAA T-AA TAA TAA TAA TAA TAA TAA -TAA TAA TAA TAA TAA TAA TAA

                       
       1534 TAA TAA TAA
          1 TAA TAA TAA

       1543 CATTTATTAA


Statistics
Matches: 45,  Mismatches: 4, Indels: 6
        0.82            0.07        0.11

Matches are distributed among these distances:
   2    1  0.02
   3   40  0.89
   4    4  0.09

ACGTcount: A:0.60, C:0.02, G:0.02, T:0.36


Consensus pattern (3 bp):   
TAA

Done.