Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000172.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_110842, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 28104
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.18, T:0.34
Found at i:1053 original size:69 final size:69
Alignment explanation
Indices: 931--1060 Score: 183
Period size: 69 Copynumber: 1.9 Consensus size: 69
921 TTTAATAAAT
* * *
931 TTAATATTAAATTTAATTTAATACATGATAGTTTTTTATTAATTTAATATTAAAGTGATTATCTT
1 TTAATATTAAATTTAATTTAATACATGATAGTATTATATTAATTTAATATTAAAATGATTATCTT
996 ACTA
66 ACTA
* *
1000 TTAA-ATTAAATTTAATATTTAT-CTTGATAAGTATTATATTAATTTAATATTAAAATGATTA
1 TTAATATTAAATTTAAT-TTAATACATGAT-AGTATTATATTAATTTAATATTAAAATGATTA
1061 ATTTAATCGT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 5, Indels: 4
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
68 17 0.31
69 37 0.69
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.05, T:0.50
Consensus pattern (69 bp):
TTAATATTAAATTTAATTTAATACATGATAGTATTATATTAATTTAATATTAAAATGATTATCTT
ACTA
Found at i:1635 original size:828 final size:823
Alignment explanation
Indices: 101--2391 Score: 3132
Period size: 828 Copynumber: 2.8 Consensus size: 823
91 GGATGTTACA
101 AAATTTAATTTAATACATGATAATTTTTTATTAATTAATATTAAAGTGATTATCTTACTATTAAA
1 AAATTTAATTTAATACATGAT-ATTTTTTATTAATTAATATTAAAGTGATTATCTTACTATTAAA
*
166 TTAAATTTAATATTTATCTTAATAAGTATTATATTAATTTAATATTTAAATGATTAAATTTAATC
65 TTAAATTTAATATTTATCTT-ATAAGTATTATATTAATTTAATATTAAAATGATTAAATTTAATC
* * *
231 ATAATTAAATTCTCTAAACTCTTCCTATACAAAAGAACC--A-T-GTTATTTTTTACAGAATTAA
129 ATAGTTGAATTCTCTAAACTCTTCCTATACAAAAGAGCCAGACTCGTTATTTTTTACAGAATTAA
* * *
292 ATTCAAGAGAAAGTCATAAAAAAAAAATTCTTTAAAGACATTATTTTAGAAAATTTCTAAAGACT
194 ATTCAAGAGAAAGTCGTAAAGAAAAAATTCTTTAAAGACATTATTTTAGAAAATTTCTAAAGATT
* *
357 TTTT-TTATTTACAACTTGGTTTAGAAATTTAGAGAAATTATGAAATTATCCCACTGATAATTTT
259 TTTTCTTATTTACAACTTGGCTTAGAAATTTAGAGAAATTACGAAATTATCCCACTGATAATTTT
*
421 GTGAATTTTTTTTATTCAAAGCGAGCCCACACTCGGTAGACGTGAGCTTGAGGATAGCGGAGAGG
324 GTGAATTTTTTTTATTCAAAGCGAGCCCACACTCGGTAGACGTGAGCTTGAGGATAGCGGAGAGA
* * **
486 TTAATCGATCAAAGAGTTCATGCTAGACAAATC-AAAATTATATAATTTTGATTAAGTGTTATTT
389 TTACTCGATCAAAGAGTTCATGCTAGACAAATCGAAAA-TGTATAATTTTGATTAAGTGCGA-TT
550 TTCCTCAAGTCTATTTTTACATAGTTTTCCAAACCCG-ATTTTCCAACCGTGGGTCAAACATAAA
452 TT--TC-A--C-A----T---T-GTTTTCCAAACCCGAATTTTCCAACCGTGGGTCAAACATAAA
*
614 TTATTTTTGTTACTCATAAAAAAATAACATTGTTGGTATTCTGAAGTAATTTGTATAAGGTTTGA
503 TTATTTTTGCTACTCATAAAAAAATAACATTGTTGGTATTCTGAAGTAATTTGTATAAGGTTTGA
* *
679 TAAATTTAAGTATGAAATTGGATAAAAAATTAGATACTAAATTAAAAAAATTGTCAAAATTCATA
568 TAAATTTAAGTATCAAATTGGATAAAAAATTAGATACCAAATTAAAAAAATTGTCAAAATTCATA
* * * * *
744 TACTAAATTAGGTCTGCAATGGCAATTTCAGGCACGATGGTGCTGGCGGCGGCAACGATGACATT
633 TACTAAATTAGGTCTGCAATGACAATATCAGACACGATGGTGCTGGCGGCGACAACAATGACATT
*
809 CTGGTGGCCAACGGGTGGTCCTTCAACGATTGAGAAGTGAAAGAATCACACTCTTATTGAGATTC
698 CTAGTGGCCAACGGGTGGTCCTTCAACGATTGAGAAGTGAAAGAATCACACTCTTATTGAGATTC
*
874 TACAGAATAATTTGATTTAACATTAATTATTTAAAAAATAAAATTATTTTAATAAATTTAATATT
763 TACAGAATAATTTGATTTAACATTAACTATTTAAAAAATAAAATTATTTTAAT--A-TTAAT-TT
939 AAATTTAATTTAATACATGATAGTTTTTTATTAATTTAATATTAAAGTGATTATCTTACTATTAA
1 AAATTTAATTTAATACATGATA-TTTTTTATTAA-TTAATATTAAAGTGATTATCTTACTATTAA
1004 ATTAAATTTAATATTTATCTTGATAAGTATTATATTAATTTAATATTAAAATGATT-AATTTAAT
64 ATTAAATTTAATATTTATCTT-ATAAGTATTATATTAATTTAATATTAAAATGATTAAATTTAAT
* * * *
1068 CGTAGTTGGATTCTCTAAACTCTTCTTATACAAAAGAGCCATGACTCGTTATTTTTTACAGAATC
128 CATAGTTGAATTCTCTAAACTCTTCCTATACAAAAGAGCCA-GACTCGTTATTTTTTACAGAATT
* * * *
1133 AAATTCAAGAAAAAATCGTAAAGAGAAAATTCTTTAAAGACATTATTTTA-AAGAATTTTTAAAG
192 AAATTCAAGAGAAAGTCGTAAAGAAAAAATTCTTTAAAGACATTATTTTAGAA-AATTTCTAAAG
1197 ATTTTTTCTTATTTACAACTTGGCTTAGAAATTTAGAGAAATTACGAAATTATCCCACTGATAAT
256 ATTTTTTCTTATTTACAACTTGGCTTAGAAATTTAGAGAAATTACGAAATTATCCCACTGATAAT
* *
1262 TTTGTGAA-TTTTTTTATTTAAAGCGAGCCCACACTCGGTAGACGTGAGCTTGAGGATAGCGAAG
321 TTTGTGAATTTTTTTTATTCAAAGCGAGCCCACACTCGGTAGACGTGAGCTTGAGGATAGCGGAG
* * *
1326 AGCTTACTCGGTCAAAGTGTTCATGCTAGACAAATCGAAAATGTATAATTTTGATTAAGTGCGAT
386 AGATTACTCGATCAAAGAGTTCATGCTAGACAAATCGAAAATGTATAATTTTGATTAAGTGCGAT
* * * *
1391 TTTTCACATTGTTTTACATACCCGAATTTT-CGATCGTGGGTCAAACATAAATTATTTTTGCTAC
451 TTTTCACATTGTTTTCCAAACCCGAATTTTCCAACCGTGGGTCAAACATAAATTATTTTTGCTAC
*
1455 TCATAAAAAAATAACATTGTTGGTATTCTGAAGTAATTTGTACAAGGTTTGATAAATTTAAGTAT
516 TCATAAAAAAATAACATTGTTGGTATTCTGAAGTAATTTGTATAAGGTTTGATAAATTTAAGTAT
* * *
1520 CAAATTGGGTAAAAAATTAGATACCAAATTAAAAAAATTGTTAAAATTCATAAACTAAATTAGGT
581 CAAATTGGATAAAAAATTAGATACCAAATTAAAAAAATTGTCAAAATTCATATACTAAATTAGGT
* * * *
1585 CTGCGATGACACTATCAGACATGATGGTGCTGGTGGCGACAACAATGACATTCTAGTGGCCAACG
646 CTGCAATGACAATATCAGACACGATGGTGCTGGCGGCGACAACAATGACATTCTAGTGGCCAACG
* * *
1650 GGTGGTCCTTCAACGATTGAGAAGTGGAGGAATCACACTCTTATTGAGATTCTACCGAATAATTT
711 GGTGGTCCTTCAACGATTGAGAAGTGAAAGAATCACACTCTTATTGAGATTCTACAGAATAATTT
1715 GATTTAACATTAACTATTT-----A-AAAA--A---T-A-A--AA-TT
776 GATTTAACATTAACTATTTAAAAAATAAAATTATTTTAATATTAATTT
*
1747 --A--T--TTTAAT--AT--TA------A-T--TTAATATTAAAGTGATTATTTTACTATTAAAT
1 AAATTTAATTTAATACATGATATTTTTTATTAATTAATATTAAAGTGATTATCTTACTATTAAAT
* *
1793 TAAATTTAATATTTACCTTGATAAGCATTATATTAATTTAATATTAAAATGATTAAATTTAATCA
66 TAAATTTAATATTTATCTT-ATAAGTATTATATTAATTTAATATTAAAATGATTAAATTTAATCA
*
1858 TAGTTGAATTCTCTAAACTCTTCCTATACAAAAGAGTCACGACTCGTTATTTTTTACAGAATTAA
130 TAGTTGAATTCTCTAAACTCTTCCTATACAAAAGAGCCA-GACTCGTTATTTTTTACAGAATTAA
* * *
1923 ATTCAAGAGAAAGTTGTAGAGAAAAAATAT-TTTAAAGACATTATTTTAGAAAATTTCAAAAGAT
194 ATTCAAGAGAAAGTCGTAAAGAAAAAAT-TCTTTAAAGACATTATTTTAGAAAATTTCTAAAGAT
* * * * *
1987 ATTTTTCTTATTTACAACTTAGCTTAGAAAATTAGAGAAATTGCGAAATTATTCTACTGATAATT
258 -TTTTTCTTATTTACAACTTGGCTTAGAAATTTAGAGAAATTACGAAATTATCCCACTGATAATT
*
2052 TTGTGAAATTTTTTTTATTCAAAGCGAGCCAACACTCGGTAGACGTGAGCTTGAGGATAGCGGAG
322 TTGTG-AATTTTTTTTATTCAAAGCGAGCCCACACTCGGTAGACGTGAGCTTGAGGATAGCGGAG
* * * * *
2117 AGATTACACGATCAAAGCGTTCATGCTGGATAAATCGAAAAGGTATAATTTTGATTAAGTGTTAT
386 AGATTACTCGATCAAAGAGTTCATGCTAGACAAATCGAAAATGTATAATTTTGATTAAGTG----
* *
2182 TTTTCCTCAAGTCTATTTTTCACATTGTTTTCCAAACTC-AATTTTCCAACCGCGGGTCAAACAT
447 -------C--G---ATTTTTCACATTGTTTTCCAAACCCGAATTTTCCAACCGTGGGTCAAACAT
*
2246 AAATTATTTTTGCTACTCATATAAAAATAACATTGTTGGTATAT-TGAAGTAATTTGTATAAGGT
500 AAATTATTTTTGCTACTCATAAAAAAATAACATTGTTGGTAT-TCTGAAGTAATTTGTATAAGGT
*
2310 TTGATAAATTTAAGTATCAAATTGGATAAAAAATTAGATACCAAATTAAAAAAATTATCAAAATT
564 TTGATAAATTTAAGTATCAAATTGGATAAAAAATTAGATACCAAATTAAAAAAATTGTCAAAATT
2375 CATATACTAAATTAGGT
629 CATATACTAAATTAGGT
2392 ACTAAAAAAG
Statistics
Matches: 1323, Mismatches: 95, Indels: 101
0.87 0.06 0.07
Matches are distributed among these distances:
787 83 0.06
788 121 0.09
789 67 0.05
790 3 0.00
791 108 0.08
798 2 0.00
800 2 0.00
802 7 0.01
804 2 0.00
806 7 0.01
807 175 0.13
808 3 0.00
810 2 0.00
813 1 0.00
816 1 0.00
817 1 0.00
820 1 0.00
822 4 0.00
823 1 0.00
828 302 0.23
829 6 0.00
832 1 0.00
836 1 0.00
837 2 0.00
838 74 0.06
839 85 0.06
840 2 0.00
841 1 0.00
842 7 0.01
843 184 0.14
844 67 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (823 bp):
AAATTTAATTTAATACATGATATTTTTTATTAATTAATATTAAAGTGATTATCTTACTATTAAAT
TAAATTTAATATTTATCTTATAAGTATTATATTAATTTAATATTAAAATGATTAAATTTAATCAT
AGTTGAATTCTCTAAACTCTTCCTATACAAAAGAGCCAGACTCGTTATTTTTTACAGAATTAAAT
TCAAGAGAAAGTCGTAAAGAAAAAATTCTTTAAAGACATTATTTTAGAAAATTTCTAAAGATTTT
TTCTTATTTACAACTTGGCTTAGAAATTTAGAGAAATTACGAAATTATCCCACTGATAATTTTGT
GAATTTTTTTTATTCAAAGCGAGCCCACACTCGGTAGACGTGAGCTTGAGGATAGCGGAGAGATT
ACTCGATCAAAGAGTTCATGCTAGACAAATCGAAAATGTATAATTTTGATTAAGTGCGATTTTTC
ACATTGTTTTCCAAACCCGAATTTTCCAACCGTGGGTCAAACATAAATTATTTTTGCTACTCATA
AAAAAATAACATTGTTGGTATTCTGAAGTAATTTGTATAAGGTTTGATAAATTTAAGTATCAAAT
TGGATAAAAAATTAGATACCAAATTAAAAAAATTGTCAAAATTCATATACTAAATTAGGTCTGCA
ATGACAATATCAGACACGATGGTGCTGGCGGCGACAACAATGACATTCTAGTGGCCAACGGGTGG
TCCTTCAACGATTGAGAAGTGAAAGAATCACACTCTTATTGAGATTCTACAGAATAATTTGATTT
AACATTAACTATTTAAAAAATAAAATTATTTTAATATTAATTT
Found at i:3972 original size:189 final size:189
Alignment explanation
Indices: 3632--4016 Score: 592
Period size: 189 Copynumber: 2.0 Consensus size: 189
3622 CGGCAGGGTG
3632 GCTGCAACAATCACTAGACCAAGTGAGCAAGCACAAGGACAGGTAGTATCCGAGTCTGAAAACCC
1 GCTGCAACAATCACTAGACCAAGTGAGCAAGCACAAGGACAGGTAGTATCCGAGTCTGAAAACCC
* * *
3697 AGCATCATTGCCTGATTCTGTAGAGAGGGTTCAGTGTGAAACAAAGGATTCAGGAGAATCTGAAA
66 AGCATCATTGCCTGATTCTGTAGACAAGGTTCAGTGTGAAACAAAGGATTCAGGAGAATCAGAAA
3762 TTGCGACCAGTTCCATAAATGAAGTTTCTGGTTCGCAGAAGGATTTGCCTGAGGAGAAT
131 TTGCGACCAGTTCCATAAATGAAGTTTCTGGTTCGCAGAAGGATTTGCCTGAGGAGAAT
* * * *
3821 GCTGCACCAATCACTAGACCCAGTGAGCAAGCTCAAGGGCAGGTAGTATCCGAGTCTGAAAACCC
1 GCTGCAACAATCACTAGACCAAGTGAGCAAGCACAAGGACAGGTAGTATCCGAGTCTGAAAACCC
* * * **
3886 AGCATCATTGCTTGATTGTGTGGACAAGGTTCAGTGTGAAACAAAGTTTTCAGGAGAATCCAG-A
66 AGCATCATTGCCTGATTCTGTAGACAAGGTTCAGTGTGAAACAAAGGATTCAGGAGAAT-CAGAA
* * *** *
3950 ATTGTGACGAGTTTGGTAAATGAAGTTTCTGGTTCGCAGAAGGATTTGCCTGAGGGGAAT
130 ATTGCGACCAGTTCCATAAATGAAGTTTCTGGTTCGCAGAAGGATTTGCCTGAGGAGAAT
4010 GCTGCAA
1 GCTGCAA
4017 TTTCTGAAGA
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 19, Indels: 2
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
189 174 0.99
190 2 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.27, T:0.23
Consensus pattern (189 bp):
GCTGCAACAATCACTAGACCAAGTGAGCAAGCACAAGGACAGGTAGTATCCGAGTCTGAAAACCC
AGCATCATTGCCTGATTCTGTAGACAAGGTTCAGTGTGAAACAAAGGATTCAGGAGAATCAGAAA
TTGCGACCAGTTCCATAAATGAAGTTTCTGGTTCGCAGAAGGATTTGCCTGAGGAGAAT
Found at i:8989 original size:42 final size:44
Alignment explanation
Indices: 8942--9055 Score: 105
Period size: 42 Copynumber: 2.6 Consensus size: 44
8932 ATAGGACGTG
8942 TTTTCACTGACATGTGGCTGGAAAACGC-TCCTTACA-AAAACA-
1 TTTTCACTGACATGTGGCTGGAAAACGCTTCC-TACAGAAAACAT
* * **
8984 TTTTCATCTG--ATATGGCAAT-GAAAACGCTTCCTACAGGATGCAT
1 TTTTCA-CTGACATGTGGC--TGGAAAACGCTTCCTACAGAAAACAT
*
9028 TTTTCATTGACATGTGGCTGGAAAACGC
1 TTTTCACTGACATGTGGCTGGAAAACGC
9056 ATCTTGTAGG
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 6, Indels: 16
0.72 0.08 0.20
Matches are distributed among these distances:
41 6 0.11
42 18 0.32
43 13 0.23
44 14 0.25
45 6 0.11
ACGTcount: A:0.30, C:0.21, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (44 bp):
TTTTCACTGACATGTGGCTGGAAAACGCTTCCTACAGAAAACAT
Found at i:12014 original size:363 final size:362
Alignment explanation
Indices: 11349--12383 Score: 1776
Period size: 363 Copynumber: 2.9 Consensus size: 362
11339 GGTTTGGGCT
* *
11349 TGAACTTGACCCGACCTGACTCATTTTAAGTTTATAATACTTTATAATATATTATTTTTATATAT
1 TGAACTTGGCCCGACCTGACTCGTTTTAAGTTTATAATACTTTATAATATATTATTTTTATATAT
*
11414 TATGTAATTTAAAACACATTAAAAAAATAAACTTATACTAAATACATAATGCTATTCTAATGTAA
66 TATGTAATTTAAAACACATTAAAAAAATAAACTTATACTAAATATATAATGCTATTCTAATGTAA
*
11479 ACATTAAAAAAATGTTAAGATAACTACATAAAAATTTTCAATAAATAAAAAATTTATAAAAATAT
131 ACATTAAAAAAATGTTAAGATGACTACATAAAAATTTTCAATAAATAAAAAATTTATAAAAATAT
* *
11544 TAAATATTAAAATAATATAATATAAATAT-T-TTTTTAAAAAATTTAAAACTAATATGGGCAAAG
196 TAAATATTAAAATAATATAATATAAATATATATTTTT-AAAAATTTAAAACTAATATGGG--GAT
* * *
11607 CTACAATGGGCTTGGATTAATCTTTTGCAAATATGGATGGATTTGGACAAAAAAATTAAGCCCGT
258 CTAAAATGGACTTGGATTAATCTTTTGCAAATATGGATGGATTTGGGCAAAAAAATTAAGCCCGT
11672 TTAAAATATGAGTTGGGTTTGGGCTTGAACATTCAAGGCC
323 TTAAAATATGAGTTGGGTTTGGGCTTGAACATTCAAGGCC
* *
11712 TGAACTTGGTCCGACCTGACTCGTTTTAAGTTTATAATATTTTATAATATATTATTTTTATATAT
1 TGAACTTGGCCCGACCTGACTCGTTTTAAGTTTATAATACTTTATAATATATTATTTTTATATAT
11777 TATGTAATTTAAAACACATTAAAAAAATAAACTTATACTAAATATATAATGCTATTCTAATGTAA
66 TATGTAATTTAAAACACATTAAAAAAATAAACTTATACTAAATATATAATGCTATTCTAATGTAA
11842 ACATT-AAAAAATGTTAAGATGACTACATAAAAATTTTCAATAAATAAAAAATTTATAAAAATAT
131 ACATTAAAAAAATGTTAAGATGACTACATAAAAATTTTCAATAAATAAAAAATTTATAAAAATAT
11906 TAAATATTAAAATAATATAATATAAATATATATATTTTAAAAATTTAAAACTAATATGGTGGATC
196 TAAATATTAAAATAATATAATATAAATATATAT-TTTTAAAAATTTAAAACTAATATGG-GGATC
*
11971 TAAAATGGACTTGGATTAATCTTTTGCAAATATGGATGGATTTGGGCAAAAAAATTGAGCCCGTT
259 TAAAATGGACTTGGATTAATCTTTTGCAAATATGGATGGATTTGGGCAAAAAAATTAAGCCCGTT
12036 TAAAATATGAGTTGGGTTTGGGCTTGAACATTCAAGGCC
324 TAAAATATGAGTTGGGTTTGGGCTTGAACATTCAAGGCC
* * *
12075 CGAACTTGGCCCGACCTGACTCGTTTTAAGTTTATGATACTTTATAATCTATTATTTTTATATAT
1 TGAACTTGGCCCGACCTGACTCGTTTTAAGTTTATAATACTTTATAATATATTATTTTTATATAT
* *
12140 TATGTAATTTAAAACACATTTAAAAAATAAATTTATACTAAATATATAATGCTATTCTAATGTAA
66 TATGTAATTTAAAACACATTAAAAAAATAAACTTATACTAAATATATAATGCTATTCTAATGTAA
* *
12205 ACATTAAAAAAATATTAAGATGATTACATAAAAATTTTCAATAAATAAAAAATTTATAAAAATAT
131 ACATTAAAAAAATGTTAAGATGACTACATAAAAATTTTCAATAAATAAAAAATTTATAAAAATAT
12270 TAAATATTAAAATAATATAATAT-AA-ATATATTTTTAAAAATTTAAAACTAATATGAGCGGATC
196 TAAATATTAAAATAATATAATATAAATATATATTTTTAAAAATTTAAAACTAATATG-G-GGATC
*
12333 TAAAAT-GAGTTTGGATTAATCTTTTGCAAATATGGATGGATTTGGGCAAAA
259 TAAAATGGA-CTTGGATTAATCTTTTGCAAATATGGATGGATTTGGGCAAAA
12384 TTTTAGTCCC
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 23, Indels: 15
0.94 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
361 26 0.04
362 146 0.23
363 363 0.57
364 102 0.16
365 5 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.09, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (362 bp):
TGAACTTGGCCCGACCTGACTCGTTTTAAGTTTATAATACTTTATAATATATTATTTTTATATAT
TATGTAATTTAAAACACATTAAAAAAATAAACTTATACTAAATATATAATGCTATTCTAATGTAA
ACATTAAAAAAATGTTAAGATGACTACATAAAAATTTTCAATAAATAAAAAATTTATAAAAATAT
TAAATATTAAAATAATATAATATAAATATATATTTTTAAAAATTTAAAACTAATATGGGGATCTA
AAATGGACTTGGATTAATCTTTTGCAAATATGGATGGATTTGGGCAAAAAAATTAAGCCCGTTTA
AAATATGAGTTGGGTTTGGGCTTGAACATTCAAGGCC
Found at i:14453 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 14414--14454 Score: 55
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
14404 AGAGTTTGTA
**
14414 TAAAAAAAATTATTTTTATT
1 TAAAAAAAATTATTAATATT
*
14434 TAAATAAAATTATTAATATT
1 TAAAAAAAATTATTAATATT
14454 T
1 T
14455 TTTTAAATAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 18 1.00
ACGTcount: A:0.51, C:0.00, G:0.00, T:0.49
Consensus pattern (20 bp):
TAAAAAAAATTATTAATATT
Found at i:19602 original size:18 final size:16
Alignment explanation
Indices: 19579--19613 Score: 52
Period size: 16 Copynumber: 2.1 Consensus size: 16
19569 AATTTAATTT
19579 TAATTAAATTACTTAAAA
1 TAATT-AATT-CTTAAAA
19597 TAATTAATTCTTAAAA
1 TAATTAATTCTTAAAA
19613 T
1 T
19614 TATAAACAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
16 8 0.47
17 4 0.24
18 5 0.29
ACGTcount: A:0.51, C:0.06, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (16 bp):
TAATTAATTCTTAAAA
Found at i:26859 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 26851--26884 Score: 68
Period size: 3 Copynumber: 11.3 Consensus size: 3
26841 ATAATTTGTG
26851 GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA G
1 GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA GAA G
26885 GGGGTTTAAG
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 31 1.00
ACGTcount: A:0.65, C:0.00, G:0.35, T:0.00
Consensus pattern (3 bp):
GAA
Found at i:27967 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 27939--27980 Score: 54
Period size: 17 Copynumber: 2.6 Consensus size: 17
27929 AAAATTGAAG
27939 GAAA-AAAA-AAAGAAA
1 GAAAGAAAAGAAAGAAA
27954 -AAAGAGAAAGAAAGAAA
1 GAAAGA-AAAGAAAGAAA
27971 GAAAGAAAAG
1 GAAAGAAAAG
27981 GGAAGAAGGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 6
0.79 0.00 0.21
Matches are distributed among these distances:
14 3 0.13
15 1 0.04
16 3 0.13
17 11 0.48
18 5 0.22
ACGTcount: A:0.79, C:0.00, G:0.21, T:0.00
Consensus pattern (17 bp):
GAAAGAAAAGAAAGAAA
Found at i:28004 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 27983--28020 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 2.1 Consensus size: 18
27973 AAGAAAAGGG
27983 AAGAAGGAGAAGGAAAAA
1 AAGAAGGAGAAGGAAAAA
*
28001 AAGAAGGAGAATGAAAAA
1 AAGAAGGAGAAGGAAAAA
28019 AA
1 AA
28021 AATTAATGTG
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 19 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.29, T:0.03
Consensus pattern (18 bp):
AAGAAGGAGAAGGAAAAA
Done.