Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01001747.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_113460, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 946
Length: 1578
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.15, T:0.39
Found at i:246 original size:94 final size:94
Alignment explanation
Indices: 136--495 Score: 650
Period size: 94 Copynumber: 3.8 Consensus size: 94
126 CATAAAAAGG
* *
136 GGATTTGATATATTCCTTATCAAG-TAAGGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAG
1 GGATTTGAGATATTCCTTAT-AAGATAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAG
200 ATAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA
65 ATAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA
*
230 GGATTTGAGATATTCCTTATGAGATAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
1 GGATTTGAGATATTCCTTATAAGATAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
295 TAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA
66 TAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA
*
324 GGATTTGAGATATTCCTTATGAGATAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
1 GGATTTGAGATATTCCTTATAAGATAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
389 TAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA
66 TAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA
* *
418 GGATTTGAGATATTCCTTATGAGGTAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
1 GGATTTGAGATATTCCTTATAAGATAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
483 TAAATAATAATTA
66 TAAATAATAATTA
496 TATTGTTATT
Statistics
Matches: 261, Mismatches: 4, Indels: 2
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
93 2 0.01
94 259 0.99
ACGTcount: A:0.47, C:0.04, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (94 bp):
GGATTTGAGATATTCCTTATAAGATAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
TAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA
Found at i:545 original size:38 final size:38
Alignment explanation
Indices: 465--546 Score: 112
Period size: 38 Copynumber: 2.2 Consensus size: 38
455 TTTAATTATT
* * *
465 ATTTAAAAGAGTTTTAGATAAATAATAATTATATTGTT
1 ATTTAAAAGAGTTTTAGATAAATAATAATTAAATAGTA
*
503 ATTTAAAAGAGTTTTAGATAAATAGTAATTAAAATAG-A
1 ATTTAAAAGAGTTTTAGATAAATAATAATT-AAATAGTA
541 ATTTAA
1 ATTTAA
547 TTATTATTAT
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 4, Indels: 2
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
38 35 0.90
39 4 0.10
ACGTcount: A:0.49, C:0.00, G:0.11, T:0.40
Consensus pattern (38 bp):
ATTTAAAAGAGTTTTAGATAAATAATAATTAAATAGTA
Found at i:560 original size:52 final size:50
Alignment explanation
Indices: 483--618 Score: 134
Period size: 52 Copynumber: 2.7 Consensus size: 50
473 GAGTTTTAGA
* * * *
483 TAAATAATAA-TT-ATATTGTTATTTAAAAGAGTTTTAGATAAATAGTAAT
1 TAAATAA-AATTTAATATTATTATTTAAAAGAGTTTTAAATAAAAAATAAT
* * *
532 TAAAATAGAATTTAATTATTATTATTTAAAGGAGTTTAAAATAAAAAATAAT
1 T-AAATAAAATTTAA-TATTATTATTTAAAAGAGTTTTAAATAAAAAATAAT
* * *
584 TAAATAAAATTTAA-ACTATTATTGAAAAGAATTTT
1 TAAATAAAATTTAATATTATTATTTAAAAGAGTTTT
619 TTAGAATTTA
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 13, Indels: 8
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
49 19 0.27
50 7 0.10
51 13 0.19
52 31 0.44
ACGTcount: A:0.51, C:0.01, G:0.08, T:0.40
Consensus pattern (50 bp):
TAAATAAAATTTAATATTATTATTTAAAAGAGTTTTAAATAAAAAATAAT
Found at i:594 original size:188 final size:184
Alignment explanation
Indices: 165--587 Score: 604
Period size: 188 Copynumber: 2.3 Consensus size: 184
155 TCAAGTAAGG
165 AAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGATAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA
1 AAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGATAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA
230 GGATTTGAGATATTCCTTATGAGATAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
66 GGATTTGAGATATTCCTTATGAGATAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
* *
295 TAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAAGGATTTGAGATATTCCTTATGAGATAATG
131 TAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAAGGATTTGAGATA----TAATGAGATAATA
353 AAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGATAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA
1 AAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGATAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA
*
418 GGATTTGAGATATTCCTTATGAGGTAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
66 GGATTTGAGATATTCCTTATGAGATAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
* *** * * *
483 TAAATAATAATT-ATATTGTTATTTAAAA-GAGTTTTAGATA-AAT-AG-TAATTA
131 TAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAAGGA-TTTGAGATATAATGAGATAA-TA
* * * *
534 AAATAGAATTTAATTATTATTATTTAAAGGAGTTTAAAATAAAAAATAATTAAA
1 AAATAGAATTT-A--ATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGATAAATAATAATTAAA
588 TAAAATTTAA
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 14, Indels: 14
0.89 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
180 3 0.01
181 14 0.06
182 3 0.01
184 35 0.16
186 2 0.01
187 18 0.08
188 141 0.65
ACGTcount: A:0.48, C:0.03, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (184 bp):
AAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGATAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAA
GGATTTGAGATATTCCTTATGAGATAATGAAATAGAATTTAATTATTATTTAAAAGAGTTTTAGA
TAAATAATAATTAAAATTCAAAATCAAAAGGATTTGAGATATAATGAGATAATA
Done.