Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01000019.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_23435, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 670

Length: 1118
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.19, T:0.34


Found at i:127 original size:27 final size:28

Alignment explanation


    Indices: 89--146  Score: 73
    Period size: 27  Copynumber: 2.1  Consensus size: 28

         79 GTACATAATA

                         *      *   *   
         89 AAAAAACAATATATACATAATATACAAT
          1 AAAAAACAATATACACATAAGATAAAAT

                           *            
        117 AAAAAA-AATATACATATAAGATAAAAT
          1 AAAAAACAATATACACATAAGATAAAAT

               
        144 AAA
          1 AAA

        147 TAAATAAATA


Statistics
Matches: 26,  Mismatches: 4, Indels: 1
        0.84            0.13        0.03

Matches are distributed among these distances:
  27   20  0.77
  28    6  0.23

ACGTcount: A:0.69, C:0.07, G:0.02, T:0.22


Consensus pattern (28 bp):   
AAAAAACAATATACACATAAGATAAAAT

Found at i:247 original size:30 final size:30

Alignment explanation


    Indices: 177--447  Score: 249
    Period size: 30  Copynumber: 9.1  Consensus size: 30

        167 AAACCAGATC

                              * * **      
        177 AAATTTGAATTTTTGGAAGACTCAAGGGTT
          1 AAATTTGAATTTTTGGAAAATTTGAGGGTT

             *  *                   *    *
        207 ATATCTGAATTTTTGGAAAATTTGGGGGTC
          1 AAATTTGAATTTTTGGAAAATTTGAGGGTT

                 *                *       
        237 AAATTGGAATTTTTGGAAAATTAGAGGGTT
          1 AAATTTGAATTTTTGGAAAATTTGAGGGTT

                  *       * *     * *     
        267 AAATTTAAATTTTTTGTAAATTCGGGGGTT
          1 AAATTTGAATTTTTGGAAAATTTGAGGGTT

                 **       *               
        297 AAATTCAAATTTTTTGAAAATTT-AGGGTT
          1 AAATTTGAATTTTTGGAAAATTTGAGGGTT

                  *       *    *   *     *
        326 AAATTTAAATTTTTAGAAAGTTTAAGGGTC
          1 AAATTTGAATTTTTGGAAAATTTGAGGGTT

                    *                     
        356 AAATTT-ATTTTTTGGAAAATTTGAGGGTT
          1 AAATTTGAATTTTTGGAAAATTTGAGGGTT

                           *       *     *
        385 AAATTTGAATTTTTGTAAAATTTAAGGGTA
          1 AAATTTGAATTTTTGGAAAATTTGAGGGTT

                          ** * *          
        415 AAATTTGAATTTTTATAGAGTTTGAGGGTT
          1 AAATTTGAATTTTTGGAAAATTTGAGGGTT

               
        445 AAA
          1 AAA

        448 AAGCAATTTT


Statistics
Matches: 197,  Mismatches: 42, Indels: 4
        0.81            0.17        0.02

Matches are distributed among these distances:
  29   49  0.25
  30  148  0.75

ACGTcount: A:0.35, C:0.03, G:0.21, T:0.42


Consensus pattern (30 bp):   
AAATTTGAATTTTTGGAAAATTTGAGGGTT

Found at i:278 original size:60 final size:60

Alignment explanation


    Indices: 175--428  Score: 253
    Period size: 59  Copynumber: 4.3  Consensus size: 60

        165 TAAAACCAGA

                                  * *         *  * *                **   
        175 TCAAATTTGAATTTTTGGAAGACTCA-AGGGTTATATCTGAATTTTTGGAAAATTTGGGGG
          1 TCAAATTTGAATTTTTGGAA-AATTAGAGGGTTAAATTTAAATTTTTGGAAAATTTAAGGG

                   *                                      * *     ***   
        235 TCAAATTGGAATTTTTGGAAAATTAGAGGGTTAAATTTAAATTTTTTGTAAATTCGGGGG
          1 TCAAATTTGAATTTTTGGAAAATTAGAGGGTTAAATTTAAATTTTTGGAAAATTTAAGGG

             *     **       *        *                    *    *        
        295 TTAAATTCAAATTTTTTGAAAATT-TAGGGTTAAATTTAAATTTTTAGAAAGTTTAAGGG
          1 TCAAATTTGAATTTTTGGAAAATTAGAGGGTTAAATTTAAATTTTTGGAAAATTTAAGGG

                      *             *             *        *            
        354 TCAAATTT-ATTTTTTGGAAAATTTGAGGGTTAAATTTGAATTTTTGTAAAATTTAAGGG
          1 TCAAATTTGAATTTTTGGAAAATTAGAGGGTTAAATTTAAATTTTTGGAAAATTTAAGGG

             *              
        413 TAAAATTTGAATTTTT
          1 TCAAATTTGAATTTTT

        429 ATAGAGTTTG


Statistics
Matches: 160,  Mismatches: 31, Indels: 6
        0.81            0.16        0.03

Matches are distributed among these distances:
  58   13  0.08
  59   74  0.46
  60   73  0.46

ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.20, T:0.43


Consensus pattern (60 bp):   
TCAAATTTGAATTTTTGGAAAATTAGAGGGTTAAATTTAAATTTTTGGAAAATTTAAGGG

Done.