Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01001917.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_113715, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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3715 TGTGTAAAAA
*
3725 TTAATTTGAAATTAAT
1 TTAAGTTGAAATTAAT
3741 TTAAGTTGAAATTAAT
1 TTAAGTTGAAATTAAT
3757 TT
1 TT
3759 GAAAATTAAT
Statistics
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16 17 1.00
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Consensus pattern (16 bp):
TTAAGTTGAAATTAAT
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Indices: 3882--4358 Score: 579
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3872 AATTTAACAT
* * *
3882 TATTTAAATAAAAAAGATTATTATTATATTACAATTTATATAAAATATTGTGTTCATTTGACAAT
1 TATTTAAAT-AAAAA-ATTATTATTATATTACAATTT-TATCAAATAATGTGTTGATTTGACAAT
*
3947 AGATTATTTATCAAATTTTCA
63 ACATTATTTATCAAATTTTCA
* * * *
3968 TATTTAAATTACAAATTATTATTATATTATAATTTTCATCAAATAATGTGTTGATTTGATAATAC
1 TATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTT-ATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATAC
**
4033 ATTATTTA-CTAAATTTAAA
65 ATTATTTATC-AAATTTTCA
* * *
4052 TATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTATATCAAATAATATGTTGATTTAAGAATAC
1 TATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTT-TATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATAC
*
4117 ATTATTTATCAAATTATCA
65 ATTATTTATCAAATTTTCA
* * *
4136 AATTTAAATAAAAAAAATTATTATTATATTATAATTTTATCAAATTATGTGTTGATTTGACAATA
1 TATTTAAAT--AAAAAATTATTATTATATTACAATTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATA
* **
4201 CATTATTTA-CTAACTTTAAA
64 CATTATTTATC-AAATTTTCA
* * *
4221 TATGTAAATAAAAAATTACTATTATATTA-ATATTTTTATAAAATAATGTGTTGATTTGACAATA
1 TATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACA-A-TTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATA
4285 CATTATTTATCAAATTTTCA
64 CATTATTTATCAAATTTTCA
* *
4305 TATTTAAAT-AAAAA--ATTATTATATTACAAGTTTAATCAAATAATGTATTGATTT
1 TATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAA-TTTTATCAAATAATGTGTTGATTT
4359 ACTAAATTTA
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 43, Indels: 27
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
81 33 0.10
82 2 0.01
83 27 0.08
84 190 0.56
85 51 0.15
86 34 0.10
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TATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATACA
TTATTTATCAAATTTTCA
Found at i:4458 original size:84 final size:83
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Indices: 4355--5085 Score: 1047
Period size: 84 Copynumber: 8.7 Consensus size: 83
4345 TAATGTATTG
* * *
4355 ATTTACTAAATTTAAATATTTAAATCAAAAATTATTATTATATTATAATTTTTATCAAATAATGT
1 ATTTAC-AAATTTTAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGT
4420 GTTGATTTGACAATACATT
65 GTTGATTTGACAATACATT
* *
4439 ATTTATCAAATTTTCATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTAAAATTTTTTATCAAATAATG
1 ATTTA-CAAATTTTAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAA-TTTTTATCAAATAATG
* *
4504 TGTGGATTTTACAATACATT
64 TGTTGATTTGACAATACATT
* * *
4524 ATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTACATTACAATTTTTATCAAATAATAT
1 ATTTAC-AAATTTTAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGT
*
4589 GTTGTTTTGACAATACATT
65 GTTGATTTGACAATACATT
* * *
4608 ATTTACTAATTTTAAATATTTAAATCAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATAT
1 ATTTACAAATTTT-AATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGT
*
4673 GTTGATTTCACAATACATT
65 GTTGATTTGACAATACATT
* * * *
4692 ATTTACTATTTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTAAAATTTTTATCAAATATTGT
1 ATTTACAAATTTT-AATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGT
*
4757 ATTGATTTGACAATACATT
65 GTTGATTTGACAATACATT
* *
4776 ATTTACTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATTAAACT-ATG
1 ATTTACAAATTTT-AATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAA-TAATG
4840 TGTT-ATTTGACAATA-ATTT
64 TGTTGATTTGACAATACA-TT
* * * *
4859 GTTTACTAATTCTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATATTGT
1 ATTTACAAATT-TTAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGT
* *
4924 GTTGTTTTGATAATACATT
65 GTTGATTTGACAATACATT
* *
4943 ATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTATAATTTTTATCAAATAAT-T
1 ATTTAC-AAATTTTAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGT
5007 GTTGATTTGACAATACATT
65 GTTGATTTGACAATACATT
*
5026 ATTTATCAAATTTTCATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAAT
1 ATTTA-CAAATTTTAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAAT
5086 TTTAAACTTA
Statistics
Matches: 588, Mismatches: 47, Indels: 25
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
82 2 0.00
83 151 0.26
84 352 0.60
85 83 0.14
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (83 bp):
ATTTACAAATTTTAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGTG
TTGATTTGACAATACATT
Found at i:4629 original size:319 final size:316
Alignment explanation
Indices: 4026--4980 Score: 1258
Period size: 319 Copynumber: 2.9 Consensus size: 316
4016 TGTTGATTTG
* * *
4026 ATAATACATT-ATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTATA
1 ATAATATATTGATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTAAAATTTTTA
* * * * *
4090 TCAAATAATATGTTGATTTAAGAATACATTATTTATCAAATTATCAAATTTAAATAAAAAAAATT
66 TCAAATAATGTGTTGATTTGACAATACATTATTTATCAAATTTTCATATTTAAAT--AAAAAATT
* *
4155 ATTATTATATTATAA-TTTTATCAAATTATGTGTTGATTTGACAATACATTATTTACTAACTTTA
129 ATTATTATATTAAAATTTTTATCAAA-TATGTG-TGATTTGACAATACATTATTTACTAAATTTA
* * * *
4219 AATATGTAAATAAAAAATTACTATTATATTA-ATATTTTTATAAAATAATGTGTTGATTTGACAA
192 AATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACA-ATTTTTATCAAATAATGTGTTGTTTTGACAA
* *
4283 TACATTATTTATCAAATTTT-CATATTTAAATAAAAAATTATTATATTACAAGTTTAATCAA
256 TACATTATTTA-CTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATATTACAAGTTTAATCAA
* * *
4344 ATAATGTATTGATTTACTAAATTTAAATATTTAAATCAAAAATTATTATTATATTATAATTTTTA
1 ATAATATATTGATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTAAAATTTTTA
4409 TCAAATAATGTGTTGATTTGACAATACATTATTTATCAAATTTTCATATTTAAATAAAAAATTAT
66 TCAAATAATGTGTTGATTTGACAATACATTATTTATCAAATTTTCATATTTAAATAAAAAATTAT
*
4474 TATTATATTAAAATTTTTTATCAAATAATGTGTGGATTTTACAATACATTATTTACTAAATTTAA
131 TATTATATTAAAA-TTTTTATCAAAT-ATGTGT-GATTTGACAATACATTATTTACTAAATTTAA
* *
4539 ATATTTAAATAAAAAATTATTATTACATTACAATTTTTATCAAATAATATGTTGTTTTGACAATA
193 ATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGTGTTGTTTTGACAATA
* *
4604 CATTATTTACTAATTTTAAATATTTAAATCAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAA
258 CATTATTTACTAATTTTAAATATTTAAAT-AAAAA--ATTATTATATTACAAGTTTAATCAA
*
4666 ATAATATGTTGATTTCACAATACATTATTTACTATTTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATT
1 ATAATATATTGA-TT-----TAC--TA---A--A--TTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATT
* * * *
4731 ATATTAAAATTTTTATCAAATATTGTATTGATTTGACAATACATTATTTA-CTAATTTTAAATAT
51 ATATTAAAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATACATTATTTATCAAATTTT-CATAT
* * *
4795 TTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATTAAACTATGTGTTATTTGACAATA-ATTT
115 TTAAATAAAAAATTATTATTATATTAAAATTTTTATCAAA-TATGTGTGATTTGACAATACA-TT
* *
4859 GTTTACT-AATTCTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATATTG
178 ATTTACTAAATT-TAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATG
* *
4923 TGTTGTTTTGATAATACATTATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTAT
242 TGTTGTTTTGACAATACATTATTTACTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTAT
4981 TATATTATAA
Statistics
Matches: 567, Mismatches: 41, Indels: 44
0.87 0.06 0.07
Matches are distributed among these distances:
317 22 0.04
318 17 0.03
319 221 0.39
320 6 0.01
322 33 0.06
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Consensus pattern (316 bp):
ATAATATATTGATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTAAAATTTTTA
TCAAATAATGTGTTGATTTGACAATACATTATTTATCAAATTTTCATATTTAAATAAAAAATTAT
TATTATATTAAAATTTTTATCAAATATGTGTGATTTGACAATACATTATTTACTAAATTTAAATA
TTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGTGTTGTTTTGACAATACAT
TATTTACTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATATTACAAGTTTAATCAA
Found at i:4714 original size:403 final size:407
Alignment explanation
Indices: 3967--5085 Score: 1516
Period size: 403 Copynumber: 2.7 Consensus size: 407
3957 TCAAATTTTC
* * * *
3967 ATATTTAAATTACAAATTATTATTATATTATAATTTTCATCAAATAATGTGTTGATTTGATAATA
1 ATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTATAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATA
*
4032 CATTATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTATATCAAATA
66 CATTATTTAC-AAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATA
* * * *
4097 ATATGTTGATTTAAGAATACATTATTTA-TCAAATTATCAA-ATTTAAATAAAAAAAATTATTAT
130 ATGTGTTGATTTTACAATACATTATTTACT-AAATT-TAAATATTTAAAT--AAAAAATTATTAT
* *
4160 TATATTATAA-TTTTATCAAATTATGTGTTGATTTGACAATACATTATTTACTAACTTTAAATAT
191 TATATTATAATTTTTATCAAATAAT-TGTTGATTTGACAATACATTATTTACTAATTTTAAATAT
* * * * *
4224 GTAAATAAAAAATTACTATTATATTA-ATATTTTTATAAAATAATGTGTTGATTTGACAATACAT
255 TTAAATAAAAAATTATTATTATATTACA-ATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTCACAATACAT
* *
4288 TATTTATCAAATTTTCATATTTAAAT-AAAAA-ATTATTATATTACAAGTTTAATCAAATAATGT
319 TATTTATCAAATTTTAATATTTAAATAAAAAATATTATTATATTAAAAGTTTAATCAAATAATGT
4351 ATTGA-TT-TAC-TA-AA-TTTAA
384 ATTGATTTATACTTACAATTTTAA
*
4370 ATATTTAAATCAAAAATTATTATTATATTATAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATA
1 ATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTATAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATA
** *
4435 CATTATTTATCAAATTTTCATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTAAAATTTTTTATCAAAT
66 CATTATTTA-CAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAA-TTTTTATCAAAT
* *
4500 AATGTGTGGATTTTACAATACATTATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTAC
129 AATGTGTTGATTTTACAATACATTATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTAT
* *
4565 ATTACAATTTTTATCAAATAATATGTTGTTTTGACAATACATTATTTACTAATTTTAAATATTTA
194 ATTATAATTTTTATCAAATAAT-TGTTGATTTGACAATACATTATTTACTAATTTTAAATATTTA
*
4630 AATCAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTCACAATACATTATT
258 AATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTCACAATACATTATT
* * * * *
4695 TA-CTATTTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTAAAATTTTTATCAAATATTGTAT
323 TATCAAATTTT-AATATTTAAATAAAAAA-TATTATTATATTAAAAGTTTAATCAAATAATGTAT
4759 TGATTTGACAATACATTATTTACTAATTTTAA
386 TGATTT----ATAC-----TTAC-AATTTTAA
* *
4791 ATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATTAAACT-ATGTGTT-ATTTGACAAT
1 ATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTATAATTTTTATCAAA-TAATGTGTTGATTTGACAAT
* *
4854 A-ATTTGTTTACTAATTCTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAA
65 ACA-TTATTTACAAATT-TAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAA
* *
4918 TATTGTGTTG-TTTTGATAATACATTATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATT
128 TAATGTGTTGATTTT-ACAATACATTATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATT
* *
4982 ATATTATAATTTTTATCAAATAATTGTTGATTTGACAATACATTATTTATCAAATTTT-CATATT
192 ATATTATAATTTTTATCAAATAATTGTTGATTTGACAATACATTATTTA-CTAATTTTAAATATT
5046 TAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAAT
256 TAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAAT
5086 TTTAAACTTA
Statistics
Matches: 637, Mismatches: 49, Indels: 45
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
402 27 0.04
403 233 0.37
404 56 0.09
405 1 0.00
406 33 0.05
407 2 0.00
412 3 0.00
418 74 0.12
419 102 0.16
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421 53 0.08
422 1 0.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (407 bp):
ATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTATAATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATA
CATTATTTACAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAA
TGTGTTGATTTTACAATACATTATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATAT
TATAATTTTTATCAAATAATTGTTGATTTGACAATACATTATTTACTAATTTTAAATATTTAAAT
AAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTCACAATACATTATTTAT
CAAATTTTAATATTTAAATAAAAAATATTATTATATTAAAAGTTTAATCAAATAATGTATTGATT
TATACTTACAATTTTAA
Found at i:4746 original size:168 final size:168
Alignment explanation
Indices: 4355--5085 Score: 1114
Period size: 167 Copynumber: 4.4 Consensus size: 168
4345 TAATGTATTG
* * *
4355 ATTTACTAAATTTAAATATTTAAATCAAAAATTATTATTATATTATAATTTTTATCAAATAATGT
1 ATTTACTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGT
* *
4420 GTTGATTTGACAATACATTATTTATCAAATTTT-CATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTA
66 GTTGATTTGACAATACATTATTTA-CTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTA
* * *
4484 AAATTTTTTATCAAATAATGTGTGGATTTTACAATACATT
130 CAA-TTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATACATT
* * *
4524 ATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTACATTACAATTTTTATCAAATAATAT
1 ATTTACTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGT
* *
4589 GTTGTTTTGACAATACATTATTTACTAATTTTAAATATTTAAATCAAAAATTATTATTATATTAC
66 GTTGATTTGACAATACATTATTTACTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTAC
* *
4654 AATTTTTATCAAATAATATGTTGATTTCACAATACATT
131 AATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATACATT
* * *
4692 ATTTACTATTTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTAAAATTTTTATCAAATATTGT
1 ATTTACTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGT
*
4757 ATTGATTTGACAATACATTATTTACTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTAC
66 GTTGATTTGACAATACATTATTTACTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTAC
*
4822 AATTTTTATTAAACT-ATGTGTT-ATTTGACAATA-ATTT
131 AATTTTTATCAAA-TAATGTGTTGATTTGACAATACA-TT
* * *
4859 GTTTACTAATTCTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATATTGT
1 ATTTACTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGT
* * * *
4924 GTTGTTTTGATAATACATTATTTACTAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTAT
66 GTTGATTTGACAATACATTATTTACTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTAC
4989 AATTTTTATCAAATAAT-TGTTGATTTGACAATACATT
131 AATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATACATT
* *
5026 ATTTATCAAATTTT-CATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAAT
1 ATTTA-CTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAAT
5086 TTTAAACTTA
Statistics
Matches: 517, Mismatches: 38, Indels: 16
0.91 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
166 6 0.01
167 209 0.40
168 186 0.36
169 116 0.22
ACGTcount: A:0.43, C:0.06, G:0.04, T:0.47
Consensus pattern (168 bp):
ATTTACTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTACAATTTTTATCAAATAATGT
GTTGATTTGACAATACATTATTTACTAATTTTAAATATTTAAATAAAAAATTATTATTATATTAC
AATTTTTATCAAATAATGTGTTGATTTGACAATACATT
Found at i:5206 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 5178--5232 Score: 74
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
5168 TGGACCACCC
* * *
5178 AAATTCCAGCTTACCTAAATCG
1 AAATTCCAGCTCAACAAAATCG
*
5200 AAATTCCAACTCAACAAAATCG
1 AAATTCCAGCTCAACAAAATCG
5222 AAATTCCAGCT
1 AAATTCCAGCT
5233 ACCAACACCT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 5, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 28 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.27, G:0.07, T:0.24
Consensus pattern (22 bp):
AAATTCCAGCTCAACAAAATCG
Found at i:8075 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 8023--8077 Score: 65
Period size: 22 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
8013 GGTGTTGGTG
*
8023 AGCTGGAATTTCGATTTTGCTA
1 AGCTGGAATTTCGATTTAGCTA
** *
8045 AATTGGAATTTCGATTTAGGTA
1 AGCTGGAATTTCGATTTAGCTA
*
8067 AGCTAGAATTT
1 AGCTGGAATTT
8078 GGGTGATCCA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 7, Indels: 0
0.79 0.21 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 26 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.09, G:0.22, T:0.40
Consensus pattern (22 bp):
AGCTGGAATTTCGATTTAGCTA
Found at i:8350 original size:83 final size:84
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Indices: 8172--8392 Score: 401
Period size: 84 Copynumber: 2.7 Consensus size: 84
8162 TAAATTTAAA
*
8172 ATTTGATAAAATTTGTAATATAATAATAATTTTTTATTTAAATATTTAAAATTAGTAAATAATGT
1 ATTTGATAAAAATTGTAATATAATAATAATTTTTTATTTAAATATTTAAAATTAGTAAATAATGT
*
8237 ATTGTTAAATCAACATATT
66 ATTGTTAAATCAACACATT
*
8256 ATTTGATAAAAATTATAATATAATAATAATTTTTTATTTAAATATTTAAAATTAGTAAATAATGT
1 ATTTGATAAAAATTGTAATATAATAATAATTTTTTATTTAAATATTTAAAATTAGTAAATAATGT
8321 ATTG-TAAATCAACACATT
66 ATTGTTAAATCAACACATT
8339 ATTTGATAAAAATTGTAATATAATAATAA-TTTTTATTTAAATATTTAAAATTAG
1 ATTTGATAAAAATTGTAATATAATAATAATTTTTTATTTAAATATTTAAAATTAG
8393 GGTAATTTAT
Statistics
Matches: 133, Mismatches: 4, Indels: 2
0.96 0.03 0.01
Matches are distributed among these distances:
82 25 0.19
83 41 0.31
84 67 0.50
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.05, T:0.45
Consensus pattern (84 bp):
ATTTGATAAAAATTGTAATATAATAATAATTTTTTATTTAAATATTTAAAATTAGTAAATAATGT
ATTGTTAAATCAACACATT
Found at i:8850 original size:60 final size:59
Alignment explanation
Indices: 8672--8880 Score: 189
Period size: 60 Copynumber: 3.6 Consensus size: 59
8662 TAATCTGATA
* * * *
8672 AAAAAATCAAATTTTTTAGTGTTGG----GC-ATGACCGACACCCCTTTTTTGTCAAAT
1 AAAAAATCAAATTTTTTTGTGTTGGCCATGCAATGGCCGACACCCCTTTTTTATCAGAT
* ** * * * *
8726 AAAAAAT-ACAATTTTTTTGTGTTAGCCATATAATGGTCGACACCCC-TATTCATCTGAT
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**
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*
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* * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* *
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*
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* * **
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* * *
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* * ** * * *
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* *
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* **
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* * * *
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*
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** * * * *
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* *
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* * *
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* *
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* * * * *
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*
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* *
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* * * *
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* * *
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* *
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66 TTA
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* * * *
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** * ** * *
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131 A-A--ATTATTACTATATTACAA-TTTTTATCAAATAAAAATTTATTATTATATTAAAATTTTTA
10474 TCATATAATTTG
192 TCATATAATTTG
* * * *
10486 TTGATTTGACAATAAATTATATACTAATTTTAAATTTTTGAATAAAAAATTATGATTATATTAT-
1 TTGATTTGACAATAAATTATATAATAAATTTAAATATTTAAATAAAAAATTATGATTATATT-TC
* * *
10550 AATTTTTATCAAATAATGTGTAGATTTGACAATACATTATTTA-TTATATTTAAATATTTAAATA
65 AATTTGTATCAAATAATGTGTAGATTTAACAATACATTATTTACTAAT-TTTAAATATTTAAATA
* *
10614 AAAAATTATTATTATATTATAATTTTTATCAAATAA
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Statistics
Matches: 142, Mismatches: 20, Indels: 8
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1 TATTATATTAC-AATTTT-AATATTTAAATAAAAAATTAT
* * * * **
10875 TATTATATTACAATTTTTATTTGTTGATTTGAAAATATAT
1 TATTATATTACAATTTTAATAT-TTAAATAAAAAAT-TAT
* *
10915 TATT-TATCA-AATTTTCATATTTAAATAAAAAATTAT
1 TATTATATTACAATTTTAATATTTAAATAAAAAATTAT
*
10951 TATTATATTATAATTTT
1 TATTATATTACAATTTT
10968 TATCAAATAA
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 14, Indels: 11
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
36 7 0.09
37 13 0.18
38 18 0.24
39 25 0.34
40 11 0.15
ACGTcount: A:0.42, C:0.03, G:0.02, T:0.52
Consensus pattern (38 bp):
TATTATATTACAATTTTAATATTTAAATAAAAAATTAT
Done.