Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01002042.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_113929, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2116
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.15, T:0.42
Warning! 10 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:503 original size:216 final size:215
Alignment explanation
Indices: 1--2116 Score: 2514
Period size: 216 Copynumber: 9.8 Consensus size: 215
* * ** *
1 CTCTTTTGGTTCTTGGATAAACTTATGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTTGA
1 CTCTTTTGGTTCTTGGAT-AACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
* * * * * * * *
66 TTCCTTAAAGTGTTCAAAATGATCCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCATTCGATGCTCGGGAA
65 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
* ** ** * *
131 ATCGCATCATTTGATCCAAACGGTTTGTCATTTTTGTAAA-AACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAA
130 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA-TTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAA
* *
195 CTTATTTGCA-TCAGA-TTGTTT
194 CTTATTT-AAGTGAGACTTGTTT
********* *
216 CTCTTTTGGTTCTTGGANNNNNNNNNNAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGA-TAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
* *
281 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAG
65 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
* *
346 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTTA-TTTGTAAACAACTTTGGGTTTTTAAATTAAAAAA
130 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATT-AAAAA
* *
410 ATTATTTAAGTAAGACTTGTTT
194 CTTATTTAAGTGAGACTTGTTT
* * ** * *
432 CTCTTTTGGTTCTTGGATATACTTATGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTCGA
1 CTCTTTTGGTTCTTGGATA-ACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
* * * ** *
497 TTCCTTAAAGTGTTC-A-A--A---A---CTT-GAGCAATATTTCGAGCATTCGGTGCTCGGGAA
65 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
* ** * *
551 ATCGCATCATTTGGTCCAAACAGTTTGTCATTTTTGTAAA-AACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAA
130 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA-TTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAA
* *
615 CTTATTTGCA-TCAGA-TTGTTT
194 CTTATTT-AAGTGAGACTTGTTT
*
636 CTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGAT-AACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
*
701 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
65 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
*
766 ATCGCA-CGATTTGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGATTTTTAAATTAAAA
130 ATCGCATC-ATTTGGTCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAA
830 ACTTATTTAAGTGAGACTTGTTT
193 ACTTATTTAAGTGAGACTTGTTT
* * *
853 CTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTT-TCAAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGAT-AACTTAT-GAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTG
* * * * * * ** * *
917 ATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATTCATTCCTTTGATCAATTTTTTGAGTATTCCATGCTCGAGA
64 GTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGA
* * *
982 AATCACACCATTTGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTAGTTTTTAAATTAAAA
129 AATCGCATCATTTGGTCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAA
1047 ACTTATTTAAGTGAGACTTGTTT
193 ACTTATTTAAGTGAGACTTGTTT
* ***
1070 CTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGA-TAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
* * * * * *
1135 TTCCTTAAAGTATTCATGATGATCCATTCCTTCAAGCCATTTTTCGAACATTCCCTTCTTGGGAA
65 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
* * * ** * *
1200 GTCGCATCATTTGGTCTAAATGGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCCTTGAATTTAAAAC
130 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAAC
* * *
1265 TTATTTACGTTAGAATTGTTT
195 TTATTTAAGTGAGACTTGTTT
* * * *
1286 CTCTTTTGTTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGATCTTTTATAACTTTGG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGA-TAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
* * * **
1351 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTACTTCAAGTAATTTTTTTAACATTCCATGCTTGGGAA
65 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
1416 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA-TTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAAA
130 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATT-AAAAA
1480 CTTATTTAAGTGAGACTTGTTT
194 CTTATTTAAGTGAGACTTGTTT
* * * * * *
1502 CTCTTTTGGTTCTTGGGTGAACTTA-CAAGCTTGTCAAAATGTTGCGAGTTCTTTTATAACTTCG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGAT-AACTTATGAA-CTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTG
* * * * * *
1566 ATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATTTTTTGAGCATTCCATGCTCGGGA
64 GTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGA
* *
1631 AATCGCACCATTTGGTCCAAAATAGTTTGTTATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAA
129 AATCGCATCATTTGGTCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAA
*
1696 ACTTATTTAAGTGTGACTTGTTT
193 ACTTATTTAAGTGAGACTTGTTT
** * * * ***
1719 CTCTTTTACTTCTAGGACGAACATCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGA-TAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
* * ** * * * *
1784 TTCCTTAATGTATTCATGATAATCCATTCCTTCAAGCCATTTTTCGAACATTCCCTTCTTGGGAA
65 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
* ** * *
1849 ATCGCATCATTTGGTCCAAATGGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGACTTTGAATTTAAAAC
130 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAAC
* * *
1914 TTATTTATGTTAGAATTGTTT
195 TTATTTAAGTGAGACTTGTTT
* * *
1935 CTCTTTTGTTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGA-TAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
* * * *
2000 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATTCATTCCTTTGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGTGAA
65 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
2065 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA-TTTGTAAACAACTTTTGGTTTT
130 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTT
Statistics
Matches: 1613, Mismatches: 251, Indels: 74
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
204 76 0.05
205 69 0.04
206 20 0.01
207 8 0.00
208 1 0.00
209 1 0.00
211 1 0.00
212 1 0.00
213 8 0.00
214 21 0.01
215 243 0.15
216 657 0.41
217 476 0.30
218 31 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (215 bp):
CTCTTTTGGTTCTTGGATAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGT
TCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGCAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAA
TCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACT
TATTTAAGTGAGACTTGTTT
Found at i:1394 original size:433 final size:431
Alignment explanation
Indices: 1--2116 Score: 2568
Period size: 433 Copynumber: 4.9 Consensus size: 431
** * * **
1 CTCTTTTGGTTCTTGGATAAACTTATGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTTGA
1 CTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGA
* * ** * * *
66 TTCCTTAAAGTGTTCAAAATGATCCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCATTCGATGCTCGGGAA
66 TTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTCAAGTAATTTTTCGAGCATTCCATGCTCGGGAA
* **
131 ATCGCATCATTTGATCCAAACGGTTTGTCATTTTTGTAAA-AACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAA
131 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA-TTTTGTAAACAACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAA
* **********
195 CTTATTTGCA-TCAGATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGANNNNNNNNNNAACTTGTGAAACTTTT
195 CTTATTT-AAGTCAGATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTACAAACTTGTGAAACTTTT
259 ACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTT
259 ACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTT
* * *
324 TCGAACATTCCATGCTTGGGAGATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTTA-TTTGTAAACAAC
324 TCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAAC
* * *
388 TTTGGGTTTTTAAATTAAAAAAATTATTTAAGTAAGACTTGTTT
389 TTTTGGTTTTTAAATT-AAAAACTTATTTAAGTTAGACTTGTTT
* * * ** *
432 CTCTTTTGGTTCTTGGA-TATACTTATGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTCG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGACGA-ACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTG
* * * * **
496 ATTCCTTAAAGTGTTC--AA--A---A---CTT-GAGCAATATTTCGAGCATTCGGTGCTCGGGA
65 ATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTCAAGTAATTTTTCGAGCATTCCATGCTCGGGA
*
550 AATCGCATCATTTGGTCCAAACAGTTTGTCATTTTTGTAAA-AACTTTTGGCCTTTGAATTTAAA
130 AATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA-TTTTGTAAACAACTTTTGGCCTTTGAATTTAAA
* * **
614 ACTTATTTGCA-TCAGATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTATGAACTTGTGAAACTTT
194 ACTTATTT-AAGTCAGATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTACAAACTTGTGAAACTTT
678 TACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTT
258 TACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTT
743 TTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCA-CGATTTGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAC
323 TTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATC-ATTTGGT-CAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAAC
* *
807 AACTTTTGATTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTT
386 AACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTTAGACTTGTTT
* * * *
853 CTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTT-TCAAACTTGTCAAACTTTTACAAGTTCTTTTATAACTTCG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTAT-GAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTG
* ** * * *
917 ATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATTCATTCCTTTGA-TCAATTTTTTGAGTATTCCATGCTCGAG
65 ATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTCAAGT-AATTTTTCGAGCATTCCATGCTCGGG
* * * ** * *
981 AAATCACACCATTTGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTAGTTTTTAAATTAAA
129 AAATCGCATCATTTGGTCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGCCTTTGAATTTAA
* * *
1046 AACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTCCAAACTTGTCAAACTT
193 AACTTATTTAAGTCAGA-TTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTACAAACTTGTGAAACTT
* * * **
1111 TTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCATGATGATCCATTCCTTCAAGCCATT
257 TTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATT
* * * * *
1176 TTTCGAACATTCCCTTCTTGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAATGGTTTGTCATTTTGTAAACA
322 TTTCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACA
** * * * *
1241 ACTTTTGGTCCTTGAATTTAAAACTTATTTACGTTAGAATTGTTT
387 ACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTTAGACTTGTTT
* * * *
1286 CTCTTTTGTTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGATCTTTTATAACTTTGG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGA
* * ** * *
1351 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTACTTCAAGTAATTTTTTTAACATTCCATGCTTGGGAA
66 TTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTCAAGTAATTTTTCGAGCATTCCATGCTCGGGAA
** * *
1416 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA-TTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAAA
131 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGCCTTTGAATT-TAAAA
* ** * * * *
1480 CTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGGTGAACTTACAAGCTTGTCAAAATGTT
195 CTTATTTAAGTCAGA-TTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTACAAACTTGTGAAACTTTT
* * * * * *
1545 GCGAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATTTT
259 ACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTT
* * * * *
1610 TTGAGCATTCCATGCTCGGGAAATCGCACCATTTGGTCCAAAATAGTTTGTTATTTTGTAAACAA
324 TCGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGT-CAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAA
1675 CTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGT-GACTTGTTT
388 CTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGT-TAGACTTGTTT
** * * *** *
1719 CTCTTTTACTTCTAGGACGAACATCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGA
* ** ** ** * * * *
1784 TTCCTTAATGTATTCATGATAATCCATTCCTTCAAGCCATTTTTCGAACATTCCCTTCTTGGGAA
66 TTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTCAAGTAATTTTTCGAGCATTCCATGCTCGGGAA
* *
1849 ATCGCATCATTTGGTCCAAATGGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGACTTTGAATTTAAAAC
131 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAAC
* * * **
1914 TTATTTATGTTAGAATTGTTTCTCTTTTGTTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTA
196 TTATTTAAGTCAG-ATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTACAAACTTGTGAAACTTTTA
* *
1979 CGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATTCATTCCTTTGAGTAATTTTT
260 CGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTT
* *
2044 CGAACATTCCATGCTTGTGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA-TTTGTAAACAACT
325 CGAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACT
2108 TTTGGTTTT
390 TTTGGTTTT
Statistics
Matches: 1484, Mismatches: 171, Indels: 60
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
419 1 0.00
420 247 0.17
421 109 0.07
422 27 0.02
423 2 0.00
424 1 0.00
425 1 0.00
427 1 0.00
428 1 0.00
429 2 0.00
430 1 0.00
431 128 0.09
432 225 0.15
433 572 0.39
434 165 0.11
435 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (431 bp):
CTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGA
TTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTCAAGTAATTTTTCGAGCATTCCATGCTCGGGAA
ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAAC
TTATTTAAGTCAGATTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTACAAACTTGTGAAACTTTTAC
GAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTC
GAACATTCCATGCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTT
TTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTTAGACTTGTTT
Found at i:1561 original size:649 final size:646
Alignment explanation
Indices: 1--2116 Score: 2962
Period size: 649 Copynumber: 3.3 Consensus size: 646
** * * * ** *
1 CTCTTTTGGTTCTTGGATAAACTTATGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTTGA
1 CTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
* * * * * * * * *
66 TTCCTTAAAGTGTTCAAAATGATCCATTCCTTTGAGCAATATTTCGAGCATTCGATGCTCGGGAA
66 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
* ** ** * *
131 ATCGCATCATTTGATCCAAACGGTTTGTCATTTTTGTAAA-AACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAA
131 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA-TTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAA
* * ********* *
195 CTTATTTGCA-TCAGA-TTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGANNNNNNNNNNAACTTGTGAAACTTT
195 CTTATTT-AAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGA-TGAACTTACAACTTGTCAAACTTT
* * * *
258 TACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGT-AATT
258 TACGAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTTGA-TCAATT
* * * * *
322 TTTCGAACATTCCATGCTTGGGAGATCGCATCATTTGGTCC-AAATAGTTTGTTA-TTTGTAAAC
322 TTTTGAGCATTCCATGCTCGGGAAATCGCACCATTTGGTCCAAAATAGTTTGTTATTTTGTAAAC
* * *
385 AACTTTGGGTTTTTAAATTAAAAAAATTATTTAAGTAAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGA-
387 AACTTTTGGTTTTTAAATT-AAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGAC
* *** * * ** * * *
449 TATACTTATGAGCTTGTCAAAATAATACGAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTGTTCA-
451 GA-ACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCAT
* * * * ** * *
513 -A-A---A---CTT-GAGCAATATTTCGAGCATTCGGTGCTCGGGAAATCGCATCATTTGGTCCA
515 GATATCCATTCCTTCAAGCCATTTTTCGAACATTCCCTTCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCCA
** * * *
569 AACAGTTTGTCATTTTTGTAAA-AACTTTTGGCCTTTGAATTTAAAACTTATTTGCATCAG-ATT
580 AATGGTTTGTCA-TTTTGTAAACAACTTTTGGCC-TTGAATTTAAAACTTATTTACGTTAGAATT
632 GTTT
643 GTTT
*
636 CTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
701 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
66 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
*
766 ATCGCA-CGATTTGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGATTTTTAAATTAAAA
131 ATCGCATC-ATTTGGTCC-AAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAA
*
830 ACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTTCAAACTTGTCAAACTTT
194 ACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTAC-AACTTGTCAAACTTT
* *
895 TACAAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATTCATTCCTTTGATCAATTT
258 TACGAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTTGATCAATTT
* * * *
960 TTTGAGTATTCCATGCTCGAGAAATCACACCATTTGGTCCAAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACA
323 TTTGAGCATTCCATGCTCGGGAAATCGCACCATTTGGTCCAAAATAGTTTGTTATTTTGTAAACA
*
1025 ACTTTTAGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGA
388 ACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGA
1090 ACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCATGAT
453 ACTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCATGAT
* *
1155 GATCCATTCCTTCAAGCCATTTTTCGAACATTCCCTTCTTGGGAAGTCGCATCATTTGGTCTAAA
518 -ATCCATTCCTTCAAGCCATTTTTCGAACATTCCCTTCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAA
1220 TGGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTCCTTGAATTTAAAACTTATTTACGTTAGAATTGTT
582 TGGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGG-CCTTGAATTTAAAACTTATTTACGTTAGAATTGTT
1285 T
646 T
* *
1286 CTCTTTTGTTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGATCTTTTATAACTTTGG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
* * **
1351 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTACTTCAAGTAATTTTTTTAACATTCCATGCTTGGGAA
66 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
1416 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA-TTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAAA
131 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATT-AAAAA
* * *
1480 CTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGGTGAACTTACAAGCTTGTCAAAATGTT
195 CTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTACAA-CTTGTCAAACTTTT
* *
1545 GCGAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTTGAGCAATTTT
259 ACGAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTTGATCAATTTT
1610 TTGAGCATTCCATGCTCGGGAAATCGCACCATTTGGTCCAAAATAGTTTGTTATTTTGTAAACAA
324 TTGAGCATTCCATGCTCGGGAAATCGCACCATTTGGTCCAAAATAGTTTGTTATTTTGTAAACAA
* ** *
1675 CTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGTGACTTGTTTCTCTTTTACTTCTAGGACGAA
389 CTTTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAA
* *
1740 CATCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAATGTATTCATGATA
454 CTTCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCATGAT-
1805 ATCCATTCCTTCAAGCCATTTTTCGAACATTCCCTTCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAAT
518 ATCCATTCCTTCAAGCCATTTTTCGAACATTCCCTTCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAAT
* *
1870 GGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGACTTTGAATTTAAAACTTATTTATGTTAGAATTGTTT
583 GGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGG-CCTTGAATTTAAAACTTATTTACGTTAGAATTGTTT
*
1935 CTCTTTTGTTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
1 CTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
* * *
2000 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATTCATTCCTTTGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGTGAA
66 TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
2065 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCA-TTTGTAAACAACTTTTGGTTTT
131 ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTT
Statistics
Matches: 1332, Mismatches: 122, Indels: 40
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
634 1 0.00
635 138 0.10
636 42 0.03
637 126 0.09
638 105 0.08
639 27 0.02
640 1 0.00
642 1 0.00
645 1 0.00
648 41 0.03
649 701 0.53
650 147 0.11
651 1 0.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.16, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (646 bp):
CTCTTTTGGTTCTTGGACGAACTTATGAACTTGTGAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGG
TTCCTTAAAGTATTCAAGACGATCCATTCCTTCGAGTAATTTTTCGAACATTCCATGCTTGGGAA
ATCGCATCATTTGGTCCAAATAGTTTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGTTTTTAAATTAAAAAC
TTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGATGAACTTACAACTTGTCAAACTTTTAC
GAGTTCTTTTATAACTTCGATTCCTTAAAGTATTCAAAACGATCCATTCCTTTGATCAATTTTTT
GAGCATTCCATGCTCGGGAAATCGCACCATTTGGTCCAAAATAGTTTGTTATTTTGTAAACAACT
TTTGGTTTTTAAATTAAAAACTTATTTAAGTGAGACTTGTTTCTCTTTTGGTTCTTGGACGAACT
TCCAAACTTGTCAAACTTTTACGAGTTCTTTTATAACTTTGGTTCCTTAAAGTATTCATGATATC
CATTCCTTCAAGCCATTTTTCGAACATTCCCTTCTTGGGAAATCGCATCATTTGGTCCAAATGGT
TTGTCATTTTGTAAACAACTTTTGGCCTTGAATTTAAAACTTATTTACGTTAGAATTGTTT
Done.