Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01002064.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_113972, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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*
175 TTTGTATTTGGGCCA
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* *
190 TCTGTAACTGGGCCA
1 TTTGTAATTGGGCCA
*
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1 TTTGTAATTGG
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TTTGTAATTGGGCCA
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*
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1 TAAATTTAAATTT-AAA
*
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TAAATTTAAATTTAAA
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253 TTGGACTTTC
* *
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*
297 TGAATTTAAATTTAAAATAAACTTAAATTTAAA
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330 TAAATT
1 TAAATT
336 CAATTTCCAA
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2376 AAGCACAATG
* *
2386 CAAAGC CAAAGC CAAAGC CAAAAC CAAAAC CAAAG- CAAAGC CA
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2429 TCACAATCCC
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CAAAGC
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29103 ATTAAAAATT
**
29113 CAACACTTAATATTTTTAA
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29150 GTAATCCAAG
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CAACACTTAATAAATTTAA
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*
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*
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1 TTTAT
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33493 TGTTTTAAAG
*
33503 TTTATAG-T-TTAGTTTTAT
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1 TTT
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31535 TTAAATGTGA
* * * *
31545 ATTTAGGTTAAAATTTAATTTTTTTAACTAATGAAAAAAAAAATCTCTTTTTCTATTGCTATTAA
1 ATTTAGATT-AAATTCAA-TTTGTTAACTAGTG-AAAAAAAAATCTCTTTTTCTATTGCTATTAA
* * * *
31610 CAACTACTCTTATCAACA-TTTGTCCTTCAAACGCGACATCGAATTCATCTTCTAA-G-TATTTT
63 CAACTACTCTAATCAA-AGTTTGTCCTTCAAACGCGATATCGAGTTCATCTTCTAAGGTTTTTTT
* * *
31672 TTTCATCTTTTTACAATTTTACTATTGTTTTTATTCTGTTTTAAAGTTTATAGTTTGGTTTTATT
127 TTTAATCTTTTTACAATTTTACTATTGTTTTTATTGTGTTTTAAAGTTTATAGTTTAGTTTTATT
*
31737 TTATAGTTATTATTTTA-TTTTATCTTTTAAGATATTGTAGTTATGAAGTTGGAAACAATTGATT
192 TTATAGTTATTATTTTATTTTTATCTTTTAAGATATTGTAGTTATGAAG-TCGAAACAATTGATT
* * * * * *
31801 CATTTTTTAAAAAGAAAAGTATAGGGACAACACAATCACCTTC-AGAGTCGTCACAAATTAAGAT
256 CGTTTTTTAAAAAGAAAAGTAAAGAGACAACACAATCACCTTCAAAAG-CGTCACAAATTGAGGT
* * **
31865 ACCACTTTCATCGTTTGCTCCTTTAAACTCTAATGCTCGTCCTTCTAAAATTCCTAGAGTTAAAG
320 ACCACCTTCATCGTTTGCTCCTTTAAACTCTGATGCTCGTCCTTCTAAAATTCCTAGAGTTGGAG
*
31930 GTGAGACACTTGATTTGTCTAACTTAGAACGTGAACCTGGGTTACGTAAGCAAATATATGAGTAT
385 ATGAGACACTTGATTTGTCTAACTTAGAACGTGAACCTGGGTTACGTAAGCAAATATATGAGTAT
* ** * * * * * *
31995 TCAGTTAATATGCATGATGAAATTCAAAGAG-TTGATATTAAGACTAAACCATCTTAATCTATTC
450 TCGGTTAATATGTGTGATGAAATTGAAA-AGCTT-ATATTAAGGCTGAACCATATCAACCTATTC
* * *
32059 TTTC-GAAATATCCTTCTTCCAATTCAAAAAAACATCCTCATTATTTTCAACCATCATGATTTAA
513 TTTCAG-AATATCCTACTTCCAATTCAAAAAAAAATCCTCATTATTTTCAACCATCATGGTTTAA
* *
32123 ATAATTTTCCTGGTTAGAATATTCATCTTCTAAAGATGCAGTATT--TAGAGG---TGA-CT-CT
577 ATAATTTTCCTGGTTAGAATATTCATCTTCTAAAGATGCAGTATTCAAAGAGGATCTGAGATGCT
* *
32181 GTC-AGCC-CTCCTTAAAATTATAAAATTGAATATTTGTTATTTAACCCCTTAACTTTTGAAAAG
642 G-CAAGCCTCCCCCTAAAATTATAAAATTGAATATTTGTTATTTAACCCCTTAACTTTTGAAAAG
* * * * * *
32244 TTTGGCCCCCTTTAAGTTGTTGTTCGGTCCCCTCCCAACTCTGAACATTAAAAGAAAATCTTTCA
706 TTTGGCCCCCTTTAAATTTTTGTTAGGACCCCTTCCAACTTTGAACATT-AAA-AAAATC--T-A
* ** * ** * *
32309 ACTTTTAACATTAAAAAAAATATTTTTTT--ATTTTTTCCATATAAT-A-TATTTTAACTTTAAA
766 TCTTTT---ATT---TTAAAT-TTTTTTTCCATATCAT--ATATATTAACT-TTTTAATTTTAAA
* * * * * * *
32370 TATTTATATAATATATTACAACTTTTTTTTTAGATTATAGTTATAAACTTTTTAATATAACATTA
821 TATTTATATAATATATTACAACTTTCTTTTT---TTAGA-TGAT-AACTGTTCACT-T----TTT
32435 AATGT
876 AA--T
* * *
32440 GAATTTAGGTTAAAATTCAATTTGTTAACTAGTAAAAAAAAAAATCTCTTTTTCTACTGCTATTA
1 --ATTTAGATT-AAATTCAATTTGTTAACTAGT-GAAAAAAAAATCTCTTTTTCTATTGCTATTA
* * *
32505 ACAATTACTCTCATCAAAGTTTGTCCTTCAAACGCGATATCGAGTTCATCTTCCAAGGTTTTTTT
62 ACAACTACTCTAATCAAAGTTTGTCCTTCAAACGCGATATCGAGTTCATCTTCTAAGGTTTTTTT
** * * * *
32570 TTTTTTCATTTTACAATTTTACTATTGTTTTTTTTGTGTTTTAAAGTTTATTGTTTAATTTTATT
127 TTTAATCTTTTTACAATTTTACTATTGTTTTTATTGTGTTTTAAAGTTTATAGTTTAGTTTTATT
* * *
32635 TTATAGTAATTAATTT-TTTTTATCTCTTTAAGATATTGTAATTATGAAGTCGAAAACAATTGAT
192 TTATAGTTATTATTTTATTTTTATCT-TTTAAGATATTGTAGTTATGAAGTCG-AAACAATTGAT
* * * *
32699 TTGATTTTTATAAAGAAAAGTAAAGAGACAGCACAATCACCTTCAGAAA-CGTCACAAATTGAGG
255 TCGTTTTTTAAAAAGAAAAGTAAAGAGACAACACAATCACCTTCA-AAAGCGTCACAAATTGAGG
* *
32763 TACCACCTTCATCGTTTGCTCCTTTAAACTTTGATGCTCGTTCTTCTAAAATTCCTAGAGTTGGA
319 TACCACCTTCATCGTTTGCTCCTTTAAACTCTGATGCTCGTCCTTCTAAAATTCCTAGAGTTGGA
* *
32828 GATGAGACACTTGATTTGTCTGACTTAAAACGTGAACCTGGGTTACGTAAGCAAATATATGAGTA
384 GATGAGACACTTGATTTGTCTAACTTAGAACGTGAACCTGGGTTACGTAAGCAAATATATGAGTA
* *
32893 TCCGGTTAATATGTGTGATGAAATTGGAAAAGCTTATATTAAGGTTGAACCATATCAACCTATTC
449 TTCGGTTAATATGTGTGATGAAATT-GAAAAGCTTATATTAAGGCTGAACCATATCAACCTATTC
* *
32958 ATTCAGAATGTCCTACTTCCAATT-AAAAAAAAATCCTCATTATTTTCAACCATCATGGTTTAAA
513 TTTCAGAATATCCTACTTCCAATTCAAAAAAAAATCCTCATTATTTTCAACCATCATGGTTTAAA
* ** * *
33022 CAATTTTCCTAATTACAATATTCATCTTCTAAAGATGCAGTATTCAAAGACGGATCTGAGGTGCT
578 TAATTTTCCTGGTTAGAATATTCATCTTCTAAAGATGCAGTATTCAAAGA-GGATCTGAGATGCT
33087 AGCAAGGGCCTCACCCCCTAAAATTATAAAATTGAATATTTGTTATTTAACCCCTTAACTTTTGA
642 -GCAA--GCCT--CCCCCTAAAATTATAAAATTGAATATTTGTTATTTAACCCCTTAACTTTTGA
* * *
33152 AAAGTTTGGCCCCTTTTAAATTTTTGTTTGGCCCCGCTTCCAACTTTGAACATTAAAAACAATCT
702 AAAGTTTGGCCCCCTTTAAATTTTTGTTAGGACCC-CTTCCAACTTTGAACATTAAAAA-AATCT
*
33217 ATCTTTTATTTTAAATTTTTTTTCCATATCATATGTATTAACTTTTTAATTTTAAATATTTATAT
765 ATCTTTTATTTTAAATTTTTTTTCCATATCATATATATTAACTTTTTAATTTTAAATATTTATAT
33282 AATATATTACAACTTTCCTTTTTTTAGATGATAACTGTTCACTTTTTAAT
830 AATATATTACAACTTT-CTTTTTTTAGATGATAACTGTTCACTTTTTAAT
* * **
33332 ATTTAGATT-AATTCAATTTGTTAACTAGTGAAAAAGAAGTCTCTTTCACTATTGCTATTAACAA
1 ATTTAGATTAAATTCAATTTGTTAACTAGTGAAAAAAAAATCTCTTTTTCTATTGCTATTAACAA
* * * * *
33396 CTACTCTAATCAATGTTTATCCTTCATACGTGGTATCGAGTTCATCTTCTAAGGTTTTTTTTTTA
66 CTACTCTAATCAAAGTTTGTCCTTCAAACGCGATATCGAGTTCATCTTCTAAGGTTTTTTTTTTA
33461 ATCTTTTTACAATTTTACTATTGTTTTTATTGTGTTTTAAAGTTTATAGTTTAGTTTTATTTTAT
131 ATCTTTTTACAATTTTACTATTGTTTTTATTGTGTTTTAAAGTTTATAGTTTAGTTTTATTTTAT
* * * *
33526 AGTTATTATTTTTATTTTTATCTATTAAGATATTGTTGTTATGAAGTCGAAATTAGTTGATTCGT
196 AGTTATTA-TTTTATTTTTATCTTTTAAGATATTGTAGTTATGAAGTCGAAA-CAATTGATTCGT
* * **
33591 TTTTTAAAAAGAAAAGTACAGAGACAACACACTCACCTTCAAAAGCGTCACAAATTGAGGTGGCA
259 TTTTTAAAAAGAAAAGTAAAGAGACAACACAATCACCTTCAAAAGCGTCACAAATTGAGGTACCA
*
33656 CCTTCATCGTTTGCTCCTTTAAACTCTGATGCTCGTCCTTCTAAAATTTCTAGAGTTGGAGATGA
324 CCTTCATCGTTTGCTCCTTTAAACTCTGATGCTCGTCCTTCTAAAATTCCTAGAGTTGGAGATGA
* * * *
33721 GGCATTTGATTTGTCTAACTTAGAATGTGAACCTGGGTTACGTAAGCAAATATGTGAGTATTCGG
389 GACACTTGATTTGTCTAACTTAGAACGTGAACCTGGGTTACGTAAGCAAATATATGAGTATTCGG
* * *
33786 TTAATATGTGTGATGAAATTCGAAGAGCTTATATTAAGGCTGGACCATATCAACTTATTCTTTCA
454 TTAATATGTGTGATGAAATT-GAAAAGCTTATATTAAGGCTGAACCATATCAACCTATTCTTTCA
* * * *
33851 AAATATCCTGCTTCCAATTCAAAAAAAACATCCTCATTATTTTTAACCATCATAGTTTAAATAAT
518 GAATATCCTACTTCCAATTCAAAAAAAA-ATCCTCATTATTTTCAACCATCATGGTTTAAATAAT
* * * *
33916 TTTCCTGGTTAGAATATTCACCTTCTAAAAATGCAGTATTCAGAA-ATGAATCT-AGAAAGCTGG
582 TTTCCTGGTTAGAATATTCATCTTCTAAAGATGCAGTATTCA-AAGA-GGATCTGAG-ATGCT-G
* *
33979 CAAGCCT--TCCTAAAATTAT-AAATTGAATATTTGTTATTTAGCCCCTTAACTTTTGAAAAGTT
643 CAAGCCTCCCCCTAAAATTATAAAATTGAATATTTGTTATTTAACCCCTTAACTTTTGAAAAGTT
* * ** * * **** * **
34041 TGCCCCCCATCCAA-CTTTGAACATTAAAAGAAAATATTCCAACTTTTAACATTAAAAAAA-AAA
708 TGGCCCCCTTTAAATTTTTG----TT---AGGACCCCTTCCAACTTTGAACATTAAAAAAATCTA
*
34104 TCTTTCT-TTTT---TTTTTTTTCCATATCATATATTTTAACTTTTTAATTTTAAATATTTATAT
766 TCTTT-TATTTTAAATTTTTTTTCCATATCATATATATTAACTTTTTAATTTTAAATATTTATAT
*
34165 AATATATTACAACTTTC-TTTTTTAGATGATAATTGTTCACTTTTTAAT
830 AATATATTACAACTTTCTTTTTTTAGATGATAACTGTTCACTTTTTAAT
34213 AT
1 AT
34215 AATATTAAAT
Statistics
Matches: 1545, Mismatches: 178, Indels: 116
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
881 32 0.02
882 5 0.00
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Consensus pattern (878 bp):
ATTTAGATTAAATTCAATTTGTTAACTAGTGAAAAAAAAATCTCTTTTTCTATTGCTATTAACAA
CTACTCTAATCAAAGTTTGTCCTTCAAACGCGATATCGAGTTCATCTTCTAAGGTTTTTTTTTTA
ATCTTTTTACAATTTTACTATTGTTTTTATTGTGTTTTAAAGTTTATAGTTTAGTTTTATTTTAT
AGTTATTATTTTATTTTTATCTTTTAAGATATTGTAGTTATGAAGTCGAAACAATTGATTCGTTT
TTTAAAAAGAAAAGTAAAGAGACAACACAATCACCTTCAAAAGCGTCACAAATTGAGGTACCACC
TTCATCGTTTGCTCCTTTAAACTCTGATGCTCGTCCTTCTAAAATTCCTAGAGTTGGAGATGAGA
CACTTGATTTGTCTAACTTAGAACGTGAACCTGGGTTACGTAAGCAAATATATGAGTATTCGGTT
AATATGTGTGATGAAATTGAAAAGCTTATATTAAGGCTGAACCATATCAACCTATTCTTTCAGAA
TATCCTACTTCCAATTCAAAAAAAAATCCTCATTATTTTCAACCATCATGGTTTAAATAATTTTC
CTGGTTAGAATATTCATCTTCTAAAGATGCAGTATTCAAAGAGGATCTGAGATGCTGCAAGCCTC
CCCCTAAAATTATAAAATTGAATATTTGTTATTTAACCCCTTAACTTTTGAAAAGTTTGGCCCCC
TTTAAATTTTTGTTAGGACCCCTTCCAACTTTGAACATTAAAAAAATCTATCTTTTATTTTAAAT
TTTTTTTCCATATCATATATATTAACTTTTTAATTTTAAATATTTATATAATATATTACAACTTT
CTTTTTTTAGATGATAACTGTTCACTTTTTAAT
Done.