Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000209.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_110904, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6048
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.19, T:0.32
Found at i:3166 original size:376 final size:357
Alignment explanation
Indices: 2660--3488 Score: 829
Period size: 376 Copynumber: 2.3 Consensus size: 357
2650 TTTATTTAAT
* ** * * * ** *
2660 AATTAATATGAATTGCTTTAATTTATGTAA-T-T-GTAA-TAATTAAATAATTTATCTTTTAGAA
1 AATTAACATGAATTGCTTTAATTTAACTAATTATAATAACTAATTAATTAATTTGTAATTTAAAA
* ** * *
2721 TTAATTCAAAAACAAATGGCATATTAGGATAAGATTCACTGTTAAAATTTAAAATTTATGGAATA
66 TTAATTTAAAAACAAATAACATATTAAGAAAAGATTCACTGTTAAAATTTAAAATTTATGGAATA
*
2786 AATATATAAGTAGGATTTTAAGAAAAAAAAAAGGAAATAATTTAAATGGTAATTA-TAT-T-ATA
131 AATATATAAATAGGATTTT----AAAAAAAAAGGAAATAATTTAAATGGTAATTATTATGTGATA
*
2848 CGTGTAA-AAGCATTAGAATGCCAAATGAAGTAAAAGTTATAATGTGAGTACAAATATCTATTAA
192 CGTGTAAGAA-CATTAAAATGCCAAAT--A-T---A---AT-A----AGTACAAATATCTATTAA
* * * * *
2912 AAGATCTTGTAATAATATATATATATACTAT-TAGATTT-CATTTAAAATAAATGAAAATCAAAT
242 AACACCTTGTAATAATATATATATATA-TATATA-ATTTGTA-AT-AAATAAATGAAAATAAAAT
* * *
2975 CTAGTTTGTAATAATAATAATAAATAGC-CACAAAAACATGGCGGGTGCAATACGCATC
303 ATACTTTGTAAT-A-AATAAT-AATA-CACACAAAAACATGGCGCGTGCAATACGCATC
*
3033 AATTAACATGAA-TGCTTTAATTT-ACATAATTATAATAACTGATTAATTAATTTGTAATTTAAA
1 AATTAACATGAATTGCTTTAATTTAAC-TAATTATAATAACTAATTAATTAATTTGTAATTTAAA
* * * * *
3096 ATTAATTTAAAAATAAATAATATATTAAGAAAAGATTTACTGTTAAGATTTAAAATTTATGGAGT
65 ATTAATTTAAAAACAAATAACATATTAAGAAAAGATTCACTGTTAAAATTTAAAATTTATGGAAT
* ***** * * * *
3161 AAATATATAAATTGGATTTTTTTTTAAATGGAAATAATTTAAATGTTATTTATTGTGTGATACGT
130 AAATATATAAATAGGATTTTAAAAAAAAAGGAAATAATTTAAATGGTAATTATTATGTGATACGT
*
3226 GTAAGAATATTAAAATGCCAAATATAATAAGTACAAATATCTATTAAAACACCTTGTAATAATAT
195 GTAAGAACATTAAAATGCCAAATATAATAAGTACAAATATCTATTAAAACACCTTGTAATAATAT
*
3291 ATATATATATATATACTTTGTAATAAATAAATGAAAATAAAATATACTTTGTAATAAATAATAAT
260 ATATATATATATATAATTTGTAATAAATAAATGAAAATAAAATATACTTTGTAATAAATAATAAT
* * ** * *
3356 ACACACAAAATCATGGTGCGTGGGATAGGCATG
325 ACACACAAAAACATGGCGCGTGCAATACGCATC
* * *
3389 AATTAACATGAATTGCTTTAATTTAACTAATTATAATAATTAATTAATTAATTTGTCATTTACAA
1 AATTAACATGAATTGCTTTAATTTAACTAATTATAATAACTAATTAATTAATTTGTAATTTAAAA
* * *
3454 TTAATTTAAAAACAAATAGCATATTAGGATAAGAT
66 TTAATTTAAAAACAAATAACATATTAAGAAAAGAT
3489 CTAACAATTG
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 57, Indels: 44
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
355 1 0.00
356 39 0.10
357 81 0.21
358 3 0.01
359 28 0.07
360 7 0.02
361 46 0.12
365 1 0.00
366 2 0.01
369 1 0.00
372 39 0.10
373 15 0.04
374 2 0.01
375 27 0.07
376 93 0.24
ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (357 bp):
AATTAACATGAATTGCTTTAATTTAACTAATTATAATAACTAATTAATTAATTTGTAATTTAAAA
TTAATTTAAAAACAAATAACATATTAAGAAAAGATTCACTGTTAAAATTTAAAATTTATGGAATA
AATATATAAATAGGATTTTAAAAAAAAAGGAAATAATTTAAATGGTAATTATTATGTGATACGTG
TAAGAACATTAAAATGCCAAATATAATAAGTACAAATATCTATTAAAACACCTTGTAATAATATA
TATATATATATATAATTTGTAATAAATAAATGAAAATAAAATATACTTTGTAATAAATAATAATA
CACACAAAAACATGGCGCGTGCAATACGCATC
Done.