Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01002125.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_114056, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 790

Length: 1318
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.10, T:0.40


Found at i:74 original size:19 final size:19

Alignment explanation


    Indices: 50--95  Score: 58
    Period size: 19  Copynumber: 2.4  Consensus size: 19

         40 AATATCTATT

                                
         50 TTTAAATTAAGTTTATTG-C
          1 TTTAAATTAA-TTTATTGTC

                  *             
         69 TTTAAAATAATTTATTGTTC
          1 TTTAAATTAATTTATTG-TC

                   
         89 TTTAAAT
          1 TTTAAAT

         96 ATGTCTTAGT


Statistics
Matches: 23,  Mismatches: 2, Indels: 3
        0.82            0.07        0.11

Matches are distributed among these distances:
  18    7  0.30
  19    9  0.39
  20    7  0.30

ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.07, T:0.54


Consensus pattern (19 bp):   
TTTAAATTAATTTATTGTC

Found at i:177 original size:15 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 144--225  Score: 53
    Period size: 19  Copynumber: 4.7  Consensus size: 17

        134 TAATTTGTTA

                             
        144 CTTTAAATTGATTTATT
          1 CTTTAAATTGATTTATT

                          *  
        161 CTTTAAA-T-ATTTCTT
          1 CTTTAAATTGATTTATT

                *     *        
        176 CTTTTAATTAAATTTTATT
          1 CTTTAAATT-GA-TTTATT

                   *   *       
        195 -TTGTAATTTAAATTTATT
          1 CTT-TAAATT-GATTTATT

                         
        213 CCTTTAAATTGAT
          1 -CTTTAAATTGAT

        226 ATTTTAATAT


Statistics
Matches: 51,  Mismatches: 7, Indels: 13
        0.72            0.10        0.18

Matches are distributed among these distances:
  15   12  0.24
  16    2  0.04
  17    7  0.14
  18   11  0.22
  19   17  0.33
  20    2  0.04

ACGTcount: A:0.30, C:0.07, G:0.04, T:0.59


Consensus pattern (17 bp):   
CTTTAAATTGATTTATT

Found at i:187 original size:73 final size:70

Alignment explanation


    Indices: 46--225  Score: 166
    Period size: 73  Copynumber: 2.5  Consensus size: 70

         36 AATTAATATC

                      *    *      *       * *                                
         46 TATTTT-TAAATTAAGTTTATTGCTTTAAAATAATTTATTGTTCTTTAAATATGTCTTAGTTAAT
          1 TATTTTGTAATTTAAATTTATTACTTTAAATTGATTTA---TTCTTTAAATATGTCTTAGTTAAT

                    
        110 TTAAATTA
         63 TTAAATTA

                   *        *     *                              *     **    
        118 TATTTTTTTAAAATTTTAATTTGTTACTTTAAATTGATTTATTCTTTAAATATTTCTTCTTTTAA
          1 TA-TTTTGT--AATTTAAATTTATTACTTTAAATTGATTTATTCTTTAAATATGTCTT-AGTTAA

                    *
        183 -TTAAATTT
         62 TTTAAATTA

                                  *            
        191 TATTTTGTAATTTAAATTTATTCCTTTAAATTGAT
          1 TATTTTGTAATTTAAATTTATTACTTTAAATTGAT

        226 ATTTTAATAT


Statistics
Matches: 88,  Mismatches: 15, Indels: 12
        0.77            0.13        0.10

Matches are distributed among these distances:
  70   24  0.27
  72    7  0.08
  73   29  0.33
  74    5  0.06
  76   23  0.26

ACGTcount: A:0.32, C:0.05, G:0.05, T:0.58


Consensus pattern (70 bp):   
TATTTTGTAATTTAAATTTATTACTTTAAATTGATTTATTCTTTAAATATGTCTTAGTTAATTTA
AATTA
Done.