Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01002134.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_114070, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Indices: 447--758 Score: 146
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437 TAGTTATTCG
447 GGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAAAATTTGA
1 GGGTAAAAATGGTAATTTTTGG-AAATTTGA
* * *
477 GGTTAAAAAT-GAAATTTTTGGAAGTTTGA
1 GGGTAAAAATGGTAATTTTTGGAAATTTGA
* *
506 GGGT-AAAATGGTATTTTTTGGAGAAATCTG-
1 GGGTAAAAATGGTAATTTTT-G-GAAATTTGA
* * * *
536 GGTTAAAAATGG-AATTTTTGGAAGTTCGG
1 GGGTAAAAATGGTAATTTTTGGAAATTTGA
*
565 GGGTAAAAATGGTAATTTTTAGAGAAA-TCG-
1 GGGTAAAAATGGTAATTTTT-G-GAAATTTGA
595 GGGTAAAAAAT-G-AGA-TTTTGGAAAATTT-A
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* * *
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* *
654 AGGTCAAAAATGGT-A-TTTTAGAAAGTTT-A
1 GGGT-AAAAATGGTAATTTTTGGAAA-TTTGA
* * * *
683 GGGGT-AAAATGATAATTTTTAGAAAAATTAA
1 -GGGTAAAAATGGTAATTTTT-GGAAATTTGA
*
714 GGTTAAAAATGG-AA-TTTT-GAAGAGTTTGA
1 GGGTAAAAATGGTAATTTTTGGAA-A-TTTGA
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1 GGGTAAAAATGGTAATTT
759 CTAAAAAGTT
Statistics
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0.68 0.10 0.21
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27 4 0.02
28 31 0.14
29 67 0.31
30 71 0.33
31 40 0.19
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GGGTAAAAATGGTAATTTTTGGAAATTTGA
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437 TAGTTATTCG
*
447 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGA-AAATTTGAGGTTAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTTGA
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAAA-TTGAGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGA
* * *
506 GGGTAAAATGGTATTTTTTGGAGAAATCTG-GGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGG
1 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAAAT-TGAGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGA
* * * * *
565 GGGTAAAAATGGTAATTTTTAGAGAAATCGGGGTAAAAAAT-GAGA-TTTTGGAAAATTT-A
1 GGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAGAAATTGAGGTTAAAAATGGA-ATTTTTGG-AAGTTTGA
* ** * * * *
624 GGGGTAAAAAT-GTAATTTATGGAGAAATCAAGGTCAAAAATGGTATTTTAGAAAGTTT-A
1 -GGGT-AAAATGGTAATTTTTGGAGAAATTGAGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGA
* * * * *
683 GGGGTAAAATGATAATTTTTAGAAAAATTAAGGTTAAAAATGGAA-TTTTGAAGAGTTTGA
1 -GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAAATTGAGGTTAAAAATGGAATTTTTGGA-AGTTTGA
743 GGGTAAAAT-GTAATTT
1 GGGTAAAATGGTAATTT
759 CTAAAAAGTT
Statistics
Matches: 212, Mismatches: 29, Indels: 25
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
58 17 0.08
59 139 0.66
60 56 0.26
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Consensus pattern (59 bp):
GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAGAAATTGAGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGA
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Alignment explanation
Indices: 446--758 Score: 337
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436 TTAGTTATTC
* *
446 GGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAATTTGAGGTTAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTTGAGGGTA
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAA-TTGAGGTTAAAAATGAGA-TTTTGGAAGTTTGAGGGTA
* * ** * * * *
511 AAATGGTATTTTTTGGAGAAATCTGGGTTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCG
64 AAATGGTAATTTATGGAGAAATCAAGGTCAAAAATGGAATTTTAGAAAGTTCA
* * * *
564 GGGGTAAAAATGGTAATTTTTAGAGAAATCGGGGTAAAAAATGAGATTTTGGAAAATTT-AGGGG
1 GGGGT-AAAATGGTAATTTTTAGA-AAATTGAGGTTAAAAATGAGATTTTGG-AAGTTTGA-GGG
* *
628 TAAAAAT-GTAATTTATGGAGAAATCAAGGTCAAAAATGGTATTTTAGAAAGTTTA
62 T-AAAATGGTAATTTATGGAGAAATCAAGGTCAAAAATGGAATTTTAGAAAGTTCA
* * *
683 GGGGTAAAATGATAATTTTTAGAAAAATTAAGGTTAAAAATG-GAATTTTGAAGAGTTTGAGGGT
1 GGGGTAAAATGGTAATTTTTAG-AAAATTGAGGTTAAAAATGAG-ATTTTGGA-AGTTTGAGGGT
747 AAAAT-GTAATTT
63 AAAATGGTAATTT
759 CTAAAAAGTT
Statistics
Matches: 163, Mismatches: 23, Indels: 19
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
117 14 0.09
118 56 0.34
119 85 0.52
120 8 0.05
ACGTcount: A:0.39, C:0.02, G:0.26, T:0.34
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GGGGTAAAATGGTAATTTTTAGAAAATTGAGGTTAAAAATGAGATTTTGGAAGTTTGAGGGTAAA
ATGGTAATTTATGGAGAAATCAAGGTCAAAAATGGAATTTTAGAAAGTTCA
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Alignment explanation
Indices: 719--810 Score: 107
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709 ATTAAGGTTA
*
719 AAAATGGAATTTTGAAGAGTTTGAGGGT-
1 AAAATGGAATTTTGAAAAGTTTGAGGGTC
* *
747 AAAATGTAATTTCTAAAAAGTTTG-GGGTC
1 AAAATGGAATTT-TGAAAAGTTTGAGGGTC
* *
776 GAAATGGAATTTTGTAAAAGTTTAAGGGTC
1 AAAATGGAATTTTG-AAAAGTTTGAGGGTC
806 AAAAT
1 AAAAT
811 ATGATTTTTG
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 8, Indels: 6
0.79 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
28 16 0.31
29 27 0.52
30 9 0.17
ACGTcount: A:0.39, C:0.03, G:0.25, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
AAAATGGAATTTTGAAAAGTTTGAGGGTC
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Indices: 655--810 Score: 104
Period size: 29 Copynumber: 5.3 Consensus size: 29
645 GAGAAATCAA
* * *
655 GGTCAAAAATGGTATTTTAGAAAGTTTAGG
1 GGTC-AAAATGGAATTTTAAAAAGTTTAAG
* *
685 GGT-AAAATGATAATTTTTAGAAAA-ATTAAG
1 GGTCAAAATG-GAA-TTTTA-AAAAGTTTAAG
* * * * *
715 GTTAAAAATGGAATTTTGAAGAGTTTGAG
1 GGTCAAAATGGAATTTTAAAAAGTTTAAG
* *
744 GGT-AAAATGTAATTTCTAAAAAGTTT-GG
1 GGTCAAAATGGAATTT-TAAAAAGTTTAAG
* *
772 GGTCGAAATGGAATTTTGTAAAAGTTTAAG
1 GGTCAAAATGGAATTTT-AAAAAGTTTAAG
802 GGTCAAAAT
1 GGTCAAAAT
811 ATGATTTTTG
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 21, Indels: 18
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
28 25 0.26
29 37 0.39
30 25 0.26
31 9 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.03, G:0.24, T:0.33
Consensus pattern (29 bp):
GGTCAAAATGGAATTTTAAAAAGTTTAAG
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Indices: 447--810 Score: 176
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437 TAGTTATTCG
* * * * * * * * *
447 GGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAATTTGAGGTTAAAAATGAAATTTTTG-GAAGTTTGA
1 GGGTAAAATGATAATTTCTAGAAAAATTAAGGGTAAAAATGGAA-TTTTGAAAAGTTTAA
* * * * * * ***
506 GGGTAAAATGGTATTTTTTGGAGAAATCT--GGGTTAAAAATGGAATTTTTG-GAAGTTCGG
1 GGGTAAAATGATAATTTCTAGAAAAAT-TAAGGG-TAAAAATGGAA-TTTTGAAAAGTTTAA
* * * ** *
565 GGGTAAAAATGGTAATTTTTAGAGAAA-TCGGGGTAAAAAAT-GAGATTTTGGAAAA-TTTAG
1 GGGT-AAAATGATAATTTCTAGAAAAATTAAGGGT-AAAAATGGA-ATTTT-GAAAAGTTTAA
* * * * * *
625 GGGTAAAAATG-TAATTTATGGAGAAATCAA-GGTCAAAAATGGTATTTT-AGAAAGTTTAG
1 GGGT-AAAATGATAATTTCTAGAAAAATTAAGGGT-AAAAATGGAATTTTGA-AAAGTTTAA
* * * *
684 GGGTAAAATGATAATTTTTAGAAAAATTAAGGTTAAAAATGGAATTTTGAAGAGTTTGA
1 GGGTAAAATGATAATTTCTAGAAAAATTAAGGGTAAAAATGGAATTTTGAAAAGTTTAA
* ** **
743 GGGTAAAATG-TAATTTCTA-AAAAGTTTGGGGTCGAAATGGAATTTTGTAAAAGTTTAA
1 GGGTAAAATGATAATTTCTAGAAAAATTAAGGGTAAAAATGGAATTTTG-AAAAGTTTAA
801 GGGTCAAAAT
1 GGGT-AAAAT
811 ATGATTTTTG
Statistics
Matches: 250, Mismatches: 37, Indels: 36
0.77 0.11 0.11
Matches are distributed among these distances:
57 23 0.09
58 32 0.13
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61 2 0.01
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GGGTAAAATGATAATTTCTAGAAAAATTAAGGGTAAAAATGGAATTTTGAAAAGTTTAA
Done.