Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01002162.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_114116, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1692
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.20, T:0.31
Found at i:410 original size:59 final size:59
Alignment explanation
Indices: 231--680 Score: 481
Period size: 58 Copynumber: 7.7 Consensus size: 59
221 ATCGGAGTTG
* * ** * *
231 AAAATGAGATTTTTGG--GTATCGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAGTTTGAGGTTA
1 AAAATGAAATTTTTGGAAGT-TTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAAATCGAGGTCA
* * * * * *
289 AAAATGAAATTTTAGGCA-TTCGAGGGTAAAATGGT-ATTTTTGGAAAGAATCG-GGATAAA
1 AAAATGAAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAA-AATCGAGG-T-CA
* *
348 AAAATGAAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATAGTAATTTTGGGAAGAATCGAGGTCA
1 AAAATGAAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAAATCGAGGTCA
* * *
407 AAAATGAAATTTTGGGAAGTTTAGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGT-A
1 AAAATGAAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAAATCGAGGTCA
* * *
465 AAAATGAAAATCTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTT-GGAAAAATCGGGGTCA
1 AAAATGAAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAAATCGAGGTCA
* * * *
523 AAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGTTA
1 AAAATGAAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAAATCGAGGTCA
* * * ** *
582 AAAATGGAA-TTTTGGAAGGTCGGGGGTAAAATGGTAATTTTTTG-AAAATCAAGGTCA
1 AAAATGAAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAAATCGAGGTCA
* *
639 AAAATGGAA-TTTGGGAATGTTTGGGGGTAAAAAT-GTAATTTT
1 AAAATGAAATTTTTGGAA-GTTTGGGGGT-AAAATGGTAATTTT
681 TGAAAAGTTT
Statistics
Matches: 339, Mismatches: 41, Indels: 24
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 52 0.15
58 157 0.46
59 99 0.29
60 20 0.06
61 11 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.03, G:0.28, T:0.31
Consensus pattern (59 bp):
AAAATGAAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAAATCGAGGTCA
Found at i:563 original size:116 final size:118
Alignment explanation
Indices: 252--686 Score: 532
Period size: 116 Copynumber: 3.7 Consensus size: 118
242 TTTGGGTATC
** * * * * *
252 GGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAGTTTGAGGTTAAAAATGAAATTTTAGGCA-TTCGAGGGT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAAATCGAGGTCAAAAATGAAATTTTGGGAAGTTTGAGGGT
*
316 AAAATGGT-ATTTTTGGAAAGAATCG-GGATAAAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTT
66 AAAATGGTAATTTTTGGAAA-AATCGAGGAT--AAAAATGAAAATTTTGGAAGTTT
* *
370 GGGGGTAAAATAGTAATTTTGGGAAGAATCGAGGTCAAAAATGAAATTTTGGGAAGTTT-AGGGG
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAAATCGAGGTCAAAAATGAAATTTTGGGAAGTTTGA-GGG
*
434 TAAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGG-TAAAAATGAAAATCTTGGAAGTTT
65 TAAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGATAAAAATGAAAATTTTGGAAGTTT
* * *
487 GGGGGTAAAATGGTAATTTT-GGAAAAATCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGAGGGT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAAATCGAGGTCAAAAATGAAATTTTGGGAAGTTTGAGGGT
* * * *
551 AAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGTTAAAAATG-GAATTTTGGAAGGTC
66 AAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGATAAAAATGAAAATTTTGGAAGTTT
** * * *
603 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTTG-AAAATCAAGGTCAAAAATGGAA-TTTGGGAATGTTTGGGGG
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAAATCGAGGTCAAAAATGAAATTTTGGGAA-GTTTGAGGG
666 TAAAAAT-GTAATTTTT-GAAAA
65 T-AAAATGGTAATTTTTGGAAAA
687 GTTTAGGTGT
Statistics
Matches: 283, Mismatches: 25, Indels: 21
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
115 12 0.04
116 135 0.48
117 55 0.19
118 48 0.17
119 20 0.07
120 13 0.05
ACGTcount: A:0.38, C:0.03, G:0.29, T:0.31
Consensus pattern (118 bp):
GGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAAATCGAGGTCAAAAATGAAATTTTGGGAAGTTTGAGGGT
AAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGATAAAAATGAAAATTTTGGAAGTTT
Found at i:702 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 657--754 Score: 115
Period size: 30 Copynumber: 3.3 Consensus size: 30
647 ATTTGGGAAT
* * *
657 GTTTGGGGGTAAAAATGTAATTTTTGAAAA
1 GTTTAGGGGTCAAAATATAATTTTTGAAAA
* * * *
687 GTTTAGGTGTTAAAATATAATTTTAGAGAA
1 GTTTAGGGGTCAAAATATAATTTTTGAAAA
* *
717 GTTTAGGGGTCAAAATATAATTTTTGGACA
1 GTTTAGGGGTCAAAATATAATTTTTGAAAA
747 GTTTAGGG
1 GTTTAGGG
755 ACCTCTGGGG
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 12, Indels: 0
0.82 0.18 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 56 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.26, T:0.38
Consensus pattern (30 bp):
GTTTAGGGGTCAAAATATAATTTTTGAAAA
Found at i:702 original size:116 final size:117
Alignment explanation
Indices: 252--744 Score: 515
Period size: 116 Copynumber: 4.2 Consensus size: 117
242 TTTGGGTATC
* * * * * * * * *
252 GGGGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAAGTTTGAGGTTAAAAATGAAATTTTAGGCA-TTCGAGGGT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAA-ATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGGAAGTTTGGGGGT
**
316 AAAATGGT-ATTTTTGGAAAGAATCG-GGATAAAAAAATGAAATTTTTGGAAGTTT
65 AAAATGGTAATTTTTGGAAA-AATCGAGG-TGTAAAAATGAAA-TTTTGGAAGTTT
* * * *
370 GGGGGTAAAATAGTAATTTTGGGAAGAATCGAGGTCAAAAATGAAATTTTGGGAAGTTTAGGGGT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAA-AATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGGAAGTTTGGGGGT
*
435 AAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGA-G-GTAAAAATGAAAATCTTGGAAGTTT
65 AAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGTGTAAAAATG-AAATTTTGGAAGTTT
* * *
487 GGGGGTAAAATGGTAA-TTTTGGAAAAATCGGGGTCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGAGGGT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGG-AAAATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGGAAGTTTGGGGGT
* * *
551 AAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGT-TAAAAATGGAATTTTGGAAGGTC
65 AAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGTGTAAAAATGAAATTTTGGAAGTTT
* *
603 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTTGAAAATCAAGGTCAAAAATGGAA-TTTGGGAATGTTTGGGGGT
1 GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGGAA-GTTTGGGGGT
* ** *
667 AAAAAT-GTAATTTTT-GAAAAGTTTAGGTGTTAAAAT-ATAATTTTAGAGAAGTTT
65 -AAAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGTGTAAAAATGA-AATTTT-G-GAAGTTT
* *
721 AGGGGTCAAAAT-ATAATTTTTGGA
1 GGGGGT-AAAATGGTAATTTTTGGA
745 CAGTTTAGGG
Statistics
Matches: 321, Mismatches: 38, Indels: 32
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
115 17 0.05
116 142 0.44
117 55 0.17
118 70 0.22
119 26 0.08
120 11 0.03
ACGTcount: A:0.38, C:0.03, G:0.28, T:0.32
Consensus pattern (117 bp):
GGGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAAATCGAGGTCAAAAATGGAATTTTGGGAAGTTTGGGGGTA
AAATGGTAATTTTTGGAAAAATCGAGGTGTAAAAATGAAATTTTGGAAGTTT
Done.