Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01002265.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_114284, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 14054
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.13, T:0.33


Found at i:1946 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 1924--1982  Score: 59
    Period size: 17  Copynumber: 3.5  Consensus size: 17

       1914 ATGAGAATAG

                             
       1924 ATTTTTAATTAATTAAA
          1 ATTTTTAATTAATTAAA

                       *     
       1941 ATTTTTAA--ACTTAAA
          1 ATTTTTAATTAATTAAA

             *                 
       1956 TCTTATTTAATTAATTAAA
          1 -ATT-TTTAATTAATTAAA

             *      
       1975 AATTTTAA
          1 ATTTTTAA

       1983 ACCTAAATCT


Statistics
Matches: 33,  Mismatches: 5, Indels: 8
        0.72            0.11        0.17

Matches are distributed among these distances:
  15    6  0.18
  16    2  0.06
  17   18  0.55
  18    1  0.03
  19    6  0.18

ACGTcount: A:0.46, C:0.03, G:0.00, T:0.51


Consensus pattern (17 bp):   
ATTTTTAATTAATTAAA

Found at i:1965 original size:34 final size:34

Alignment explanation


    Indices: 1927--1994  Score: 118
    Period size: 34  Copynumber: 2.0  Consensus size: 34

       1917 AGAATAGATT

                           *        *         
       1927 TTTAATTAATTAAAATTTTTAAACTTAAATCTTA
          1 TTTAATTAATTAAAAATTTTAAACCTAAATCTTA

                                              
       1961 TTTAATTAATTAAAAATTTTAAACCTAAATCTTA
          1 TTTAATTAATTAAAAATTTTAAACCTAAATCTTA

       1995 ACTGAAAAAA


Statistics
Matches: 32,  Mismatches: 2, Indels: 0
        0.94            0.06        0.00

Matches are distributed among these distances:
  34   32  1.00

ACGTcount: A:0.46, C:0.07, G:0.00, T:0.47


Consensus pattern (34 bp):   
TTTAATTAATTAAAAATTTTAAACCTAAATCTTA
Done.