Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01002339.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_114391, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3658
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.21, T:0.29
Warning! 50 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:2263 original size:117 final size:116
Alignment explanation
Indices: 2053--2888 Score: 919
Period size: 117 Copynumber: 7.2 Consensus size: 116
2043 TTCGATGGTA
* * * *
2053 AAAATGGTAA-TTTT-GAGAGGTTTGAGGTCGAAAAAT-GGAGTCTTTAGACA-TCCGGGAGTAA
1 AAAATGGTAATTTTTGGA-AGGTTCGAGGTC-AAAAATGGGA-TTTTTGGA-AGTTCGGG-GTAA
* * * *
2114 AATAGTAATTTTTGG-ATGTCTCGAGGTAAAAAATGGCTTTTTAGGAAGTTCGGGGGT
61 AATGGTAATTTTTGGAAGGT-TCGAGGTTAAAAATGGATTTTT-GGAAGTTCGGGGGT
* *
2171 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTC-AAAATGGGATTTTTGGAAGTCCTGGGGTAAAATG
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGTAAAATG
* * * ** *
2235 GTAATTTTTGGAAGGTTCAAAGTTAAAAATGGGA-TTTTGGAAGCTCAAGTGT
65 GTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAAT-GGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* * *
2287 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGCCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATG
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGTAAAATG
* * *
2352 GTAATTTTTGGATGGTTCGAGGTT-AAAATGGGATTTTGGGAAGTTTGGGGGT
65 GTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAAT-GGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* * *
2404 -AAATGGT-ATTTTTGGGAAGGTTCGGGGTC-AAAATGGGATTTCTAGAAGTTCGGGGGTAAAAT
1 AAAATGGTAATTTTT-GGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGTAAAAT
* * * * * **
2466 GGTAATTTTAGAAAGGTTCGGGGTCAAAAAAGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGT
64 GGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGT-TAAAAATGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* *
2520 AAAATGGTAA-TTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGCAAAACG
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGTAAAATG
* * *
2584 GTAATTTTTTGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGGTTTTTGGAAGCTCGGGGGT
65 GTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAAT-GGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* * *
2637 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTT-AAGGGCCAAAAATTGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGA-GGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGTAAAAT
** * *
2701 GGTAATTTTTGGAAATTTCGAGGATAAAAACGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
64 GGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAA-TGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
* * *
2755 AAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCAAGGTC-AAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGTAAAATG
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG-TTCGGGGTAAAATG
* * * *
2819 GTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GAGGT
65 GTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAAT-GGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
2871 AAAATGGTAATTTTTGGA
1 AAAATGGTAATTTTTGGA
2889 TAGTTTAAGG
Statistics
Matches: 614, Mismatches: 79, Indels: 52
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
115 54 0.09
116 131 0.21
117 268 0.44
118 142 0.23
119 17 0.03
120 2 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.32, T:0.32
Consensus pattern (116 bp):
AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGTAAAATGG
TAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
Found at i:2886 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 2053--2888 Score: 921
Period size: 59 Copynumber: 14.3 Consensus size: 58
2043 TTCGATGGTA
* * * *
2053 AAAATGGTAA-TTTT-GAGAGGTTTGAGGTCGAAAAAT-GGAGTCTTTAGACA-TCCGGGAGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGA-AGGTTCGAGGTC-AAAAATGGGA-TTTTTGGA-AGTTCGGG-GT
* * * *
2112 AAAATAGTAATTTTTGG-ATGTCTCGAGGTAAAAAAT-GGCTTTTTAGGAAGTTCGGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGT-TCGAGGTCAAAAATGGGATTTTT-GGAAGTTC-GGGGT
* *
2171 AAAATGGTAATTTTTAGAAGGTTCGAGGTC-AAAATGGGATTTTTGGAAGTCCTGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGT
* * * * * *
2229 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCAAAGTTAAAAATGGGA-TTTTGGAAGCTCAAGTGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGT
* * *
2287 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGCCAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGT
* * * *
2346 AAAATGGTAATTTTTGGATGGTTCGAGGT-TAAAATGGGATTTTGGGAAGTTTGGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG-TTCGGGGT
* * *
2404 -AAATGGT-ATTTTTGGGAAGGTTCGGGGTC-AAAATGGGATTTCTAGAAGTTCGGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTT-GGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGT
* * * * *
2461 AAAATGGTAATTTTAGAAAGGTTCGGGGTCAAAAAAGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG-TTCGGGGT
*
2520 AAAATGGTAA-TTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGC
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGT
* * * * *
2578 AAAACGGTAATTTTTTGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGGTTTTTGGAAGCTCGGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGT
* * *
2637 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTT-AAGGGCCAAAAATTGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGA-GGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCG-GGGT
** *
2696 AAAATGGTAATTTTTGGAAATTTCGAGGAT-AAAAACGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGG-TCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGGGT
* * *
2755 AAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCAAGGTC-AAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGGGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAG-TTCGGGGT
* * *
2813 AAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGT
1 AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGT
2871 AAAATGGTAATTTTTGGA
1 AAAATGGTAATTTTTGGA
2889 TAGTTTAAGG
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 89, Indels: 61
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
56 8 0.01
57 43 0.07
58 261 0.40
59 324 0.49
60 21 0.03
61 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.06, G:0.32, T:0.32
Consensus pattern (58 bp):
AAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGGGT
Done.