Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01002345.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_114405, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 802
Length: 1337
ACGTcount: A:0.33, C:0.09, G:0.28, T:0.29
Found at i:186 original size:58 final size:58
Alignment explanation
Indices: 64--844 Score: 920
Period size: 59 Copynumber: 13.3 Consensus size: 58
54 ACATCCGAGA
* * * *
64 GTAAAATAGTAATTTTTGG-ATGTCTCGAGGTAAAAAATGGGATTTTAGGAAG-TCTGGGG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGT-TCGAGGT-CAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCT-GGG
* ** * *
123 GTAAAATGGTAATTTCTAAAAGGTTCGAGGTCAAAATGGGATTGTTGGAAGTCCTGGG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCTGGG
* * * * * *
181 GTAAAATGGCAATTTTTGGAAGGTTCAAGGTGAAAAATGGGATTTTTGGAAG-CCCGAGT
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGT-CAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCTG-GG
*
240 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGCCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GAGG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC-AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCTG-GG
*
299 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTT-TGGTG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCTGG-G
* *
357 GTAAAATGGT-ATTTTTGGGAAGGTTCGAGGTGAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGG
1 GTAAAATGGTAATTTTT-GGAAGGTTCGAGGTCAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCTGGG
* * * **
415 GTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTAGATTTTTGGAAGTT-TAGGG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGG-TCAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCT-GGG
* * * *
474 GTAAAATGGTAA-TTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCAGCG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC-AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCTGGG
* * *
532 GTAAAATAGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGG-CAAAAAATGGGATTTTTGGAAG-CCCGAGG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC--AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCTG-GG
* * * **
591 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGCCAAAAAAGGGATTTTTGGAAGTTCAAGG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTC-AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCTGGG
*
650 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GGG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGG-TCAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCTGGG
* *
708 GTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGAGGTCAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTTGGG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCTGGG
* * **
766 GTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTC-AGGGTTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAAGG
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGA-GG-TCAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCTGGG
825 GTAAAATGGTAATTTTTGGA
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGA
845 TAGTTTAGGG
Statistics
Matches: 632, Mismatches: 66, Indels: 48
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
57 31 0.05
58 252 0.40
59 343 0.54
60 6 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.32, T:0.32
Consensus pattern (58 bp):
GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCTGGG
Found at i:217 original size:117 final size:118
Alignment explanation
Indices: 64--844 Score: 1008
Period size: 117 Copynumber: 6.7 Consensus size: 118
54 ACATCCGAGA
* * * *
64 GTAAAATAGTAATTTTTGG-ATGTCTCGAGGTAAAAAATGGGATTTTAGGAAGTCTGGGGGTAAA
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGT-TCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTCTGGGGGTAAA
* ** * * *
128 ATGGTAATTTCTAAAAGGTTCGAGGTC-AAAATGGGATTGTTGGAAGTCCTGGG
65 ATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGG
* * * * * * *
181 GTAAAATGGCAATTTTTGGAAGGTTCAAGGTGAAAAATGGGATTTTTGGAAGCCCGAGTGTAAAA
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTCTGGGGGTAAAA
*
246 TGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGCCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTC-GAGG
66 TGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAG-GG
* *
299 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTT-AAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGTGGTAAAA
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTCTGGGGGTAAAA
*
363 TGGT-ATTTTTGGGAAGGTTCGAGGT-GAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGG
66 TGGTAATTTTT-GGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGG
* * ** * *
415 GTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTAGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAA
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTCTGGGGGTAAAA
* * *
480 TGGTAA-TTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCAGCG
66 TGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGG
* ** * * *
532 GTAAAATAGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGCAAAAAATGGGATTTTTGGAAGCCCGAGGGTAAAA
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTCTGGGGGTAAAA
* * * *
597 TGGTAATTTTTGGAAGGTTCGGGGCCAAAAAAGGGATTTTTGGAAGTTCAAGG
66 TGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGG
*
650 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGT-TCGGGGTAAAA
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTCTGGGGGTAAAA
* **
714 TGGTAATTTTGGGAAGGTTCGAGGTC-AAAATGGGATTTTTGGAAGTTTTGGG
66 TGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGG
* * **
766 GTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTC-AGGGTTTAAAATGGGATTTTTGGAAGT-TCAAGGGTAA
1 GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGA-GGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTCT-GGGGGTAA
829 AATGGTAATTTTTGGA
64 AATGGTAATTTTTGGA
845 TAGTTTAGGG
Statistics
Matches: 578, Mismatches: 75, Indels: 22
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
115 1 0.00
116 145 0.25
117 289 0.50
118 143 0.25
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.32, T:0.32
Consensus pattern (118 bp):
GTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTCTGGGGGTAAAA
TGGTAATTTTTGGAAGGTTCGAGGTCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGG
Found at i:713 original size:351 final size:350
Alignment explanation
Indices: 64--840 Score: 1180
Period size: 351 Copynumber: 2.2 Consensus size: 350
54 ACATCCGAGA
* * * * * * * *
64 GTAAAATAGTAATTTTTGG-ATGTCTCGAGGTAAAAAATGGGATTTTAGGAAGTCTGGGGGTAAA
1 GTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGT-TCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAA
* * * *
128 ATGGTAATTTCTAAAAGGTTCGAGGTCAAAATGGGATTGTTGGAAGTCCTGGGGTAAAATGGCAA
65 ATGGTAATTT-TAAAAGGTTCGAGGTCAAAATGAGATTGTTGGAAGTCCAGCGGTAAAATAGCAA
** *
193 TTTTTGGAAGGTTCAAGGTGAAAAATGGGATTTTTGGAAGCCCGAGTGTAAAATGGTAATTTTTG
129 TTTTTGGAAGGTTCAAGGCAAAAAATGGGATTTTTGGAAGCCCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTG
* *
258 GAAGGTTCGAGGCCAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGT
194 GAAGGTTCGAGGCCAAAAAAGGGATTTTTGGAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGT
* *
323 TCGAGGTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTGGTGGTAAAATGGTATTTTTGGGAAGGTTCGAGGT
259 TCGAGGTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGTGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGAGGT
*
388 GAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGG
324 CAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGG
**
415 GTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATTAGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAA
1 GTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAA
** * * * *
480 TGGTAATTTTGGAAGGTTTGAGGTCAAAAATGAGATTTTTGGAAGTTCAGCGGTAAAATAGTAAT
66 TGGTAATTTTAAAAGGTTCGAGGTC-AAAATGAGATTGTTGGAAGTCCAGCGGTAAAATAGCAAT
*
545 TTTTGGAAGGTTCGAGGCAAAAAATGGGATTTTTGGAAGCCCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGG
130 TTTTGGAAGGTTCAAGGCAAAAAATGGGATTTTTGGAAGCCCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGG
*
610 AAGGTTCGGGGCCAAAAAAGGGATTTTTGGAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTT
195 AAGGTTCGAGGCCAAAAAAGGGATTTTTGGAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTT
675 CGAGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGG-GGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGAGGT
260 CGAGGTT-AAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGTGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGAGGT
**
739 CAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTTGGG
324 CAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGG
* * * *
766 GTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCAGGGTTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCAAGGGTAAAA
1 GTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAA
831 TGGTAATTTT
66 TGGTAATTTT
841 TGGATAGTTT
Statistics
Matches: 385, Mismatches: 38, Indels: 6
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
350 13 0.03
351 346 0.90
352 26 0.07
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.32, T:0.32
Consensus pattern (350 bp):
GTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGGGGTTAAAAATGGGATTTTTGGAAGTTTAGGGGTAAAA
TGGTAATTTTAAAAGGTTCGAGGTCAAAATGAGATTGTTGGAAGTCCAGCGGTAAAATAGCAATT
TTTGGAAGGTTCAAGGCAAAAAATGGGATTTTTGGAAGCCCGAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGA
AGGTTCGAGGCCAAAAAAGGGATTTTTGGAAGTTCAAGGGTAAAATGGTAATTTTTGGAAGGTTC
GAGGTTAAAATGGGATTTTTGGAAGTTCGGTGGTAAAATGGTAATTTTGGGAAGGTTCGAGGTCA
AAATGGGATTTTTGGAAGTTCAGGG
Done.