Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000235.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_110959, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 536--868 Score: 388
Period size: 175 Copynumber: 1.9 Consensus size: 178
526 TTATAACATC
* * * * * *
536 TTTTCTTAAAAATATAAATCATTCCTAAAAAAATCAAGATTAATTGTGTTGCTAATACGTGTTTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCATTCATAAAAAAATCAAGATTAATCGTGTTGCTAATA-GCGTCTT
* * * * * *** *
601 TGGGAACTTATAGCTTAACTCTATCGATTCATGCAACTAGCTAATAATTTTAGTGTTTGGTCATC
65 TGAGAACTTATAACTTAACTCTATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACATC
* *
666 CCCTTAACCTCAAATTATTACCTCTTTTTTTTGTGAATAAATTATTCTG
130 CCCTTAACATCAAATTATTAACTCTTTTTTTTGTGAATAAATTATTCTG
**
715 TTTTATTAAAAATATAAACCA-TCATCGAAAAATCAAGATTAA-CGTGTTGCTAAT-GCGTCTTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCATTCATAAAAAAATCAAGATTAATCGTGTTGCTAATAGCGTCTTT
* * *
777 GAGAACTTATAACTTAACT-TGATCAATTCATGCAACTTGCTACTAAATATAGCAATTGGACTTC
66 GAGAACTTATAACTTAACTCT-ATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACATC
* *
841 CCCTTAATGAT-AAATTGTTAACTCTTTT
130 CCCTTAA-CATCAAATTATTAACTCTTTT
869 ATTAAAAATA
Statistics
Matches: 128, Mismatches: 24, Indels: 8
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
174 1 0.01
175 78 0.61
176 1 0.01
177 11 0.09
178 18 0.14
179 19 0.15
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TTTTATTAAAAATATAAACCATTCATAAAAAAATCAAGATTAATCGTGTTGCTAATAGCGTCTTT
GAGAACTTATAACTTAACTCTATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACATCC
CCTTAACATCAAATTATTAACTCTTTTTTTTGTGAATAAATTATTCTG
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705 AATTATTCTG
* * * * *
715 TTTTATTAAAAATATAAACCATCATCGA-AAAATCAAGATTAACGTGTTGCT-A-ATGCGTCTTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCATTATCAACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCGTCTTT
* * * *
777 GAGAACTTATAACTTAACTTGATCAATTCATGCAACTTGCTACTAAATATAGCAATTGGACTTCC
66 GAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTCC
* * *
842 CCTTAATGAT-AAATTGTTAACTC
131 CCTTAAT-CTCAAATTATTACCTC
* * * *
865 TTTTATTAAAAATATAAACCATTGTCAACGAAATTAGGATTAATGTGTTGCTAATATGCGTCTTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCATTATCAACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCGTCTTT
** * * ** * * *
930 GAGAACAAATAGCTTAACTCGATCGATTCTTATAACTAACTAATAAATATTGCAATTGAACTTCC
66 GAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTCC
* *
995 CCTTAGTCTCAAATTATTTCCTC
131 CCTTAATCTCAAATTATTACCTC
* * *** * * * *
1018 TTTTATTAAAAATAGAAGCCATCCCCGACAAAATCAAGATTAATTTGTTGC-ATATATGCGTCTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCATTATCAACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTA-ATATGCGTCTT
* * * ** * * * ** *
1082 TAAAAACTAATAGCTTAACTCGATTGATTCTTGTAACTAGCTAAGAAATATTTCAATTGAACTTC
65 TGAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTC
*
1147 CCCTTAATCTCAAATTATTACCAC
130 CCCTTAATCTCAAATTATTACCTC
* * * ** * *
1171 TTTTATAAAAAATATAAATCATTACCGAA-AAAAGGAAGATAAATATGCTGCTAATATGCGTCTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCATTATC-AACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCGTCTT
* * * * * *
1235 TTAGAACTTATAGCTTAACTCGTTCAATTCTTGCAACTACCTAATAAATATAGCATTTGAACCAC
65 TGAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTG---GAC
* * *
1300 TT-CCTTTAATTTCAAATGATTACCTC
127 TTCCCCTTAATCTCAAATTATTACCTC
*** * * *
1326 TTTTATTAAAAATATAAACCATCGCCAACAAAATCAAGATCAATGTGCTGCTAATATGTGTCTTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCATTATCAACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCGTCTTT
* * * * * *
1391 AAGAACTAAGT-GGTTAACTCGATCAATTCATGCAACTTGCTAATTAATATAGCAGTTGGACTTC
66 GAGAACTTA-TAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTC
*
1455 CCCTTAATCTCAAATTGTTACCTC
130 CCCTTAATCTCAAATTATTACCTC
* * * * * * *
1479 TTTTATT-AAAATATTAACCATCA-CTGACAAAATCAAGATTAATCTACTGCTAATATGTGTCTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCATTATC-AACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCGTCTT
* * * * * *
1542 TGAGAACTAATGGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGCTAATAAATATAGTAGTTGGACTTC
65 TGAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTC
*
1607 CCCTTAATCTCAAATTGTTACCTC
130 CCCTTAATCTCAAATTATTACCTC
** ** * * * *
1631 TTTTACGAAAAATGGAAACCATTATCGACAAAATTAAGTTTAATATGCTGCTAATATGCTTCTTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCATTATCAACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCGTCTTT
* *** *
1696 G-GAAACTTATAGCTTAACTCGATCGATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGTTGTTGGGCTTC
66 GAG-AACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTC
** * *
1760 CAGTTAATCCCAAATTATTACCTA
130 CCCTTAATCTCAAATTATTACCTC
** * * *
1784 TTTTATTAAAAATATAAACCATCGGT-GATAAAATCT-AGATTAA----C-G-T-GTATGCGTCT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCAT-TATCAACAAAAT-TAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCGTCT
* * * *
1840 TTGAGAACTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGCTAATAAATATAGTAGTTGGACTT
64 TTGAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTT
* *
1905 TCCGTTAATCTCAAATTATTACCTC
129 CCCCTTAATCTCAAATTATTACCTC
* * ** * * * * *
1930 TTTTATTAAAAATAGAAACCGTTGCCGACAAAATTAAGATTAATTTGCTGCTAATTTTCATCTTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCATTATCAACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCGTCTTT
* * * ***
1995 CG-GAACTTATAGCTTAACTTGATCGATTCATG-AGCTAGCTAATAAATATAGTTGTTGGACTTC
66 -GAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTC
* *
2058 CCCTTAATCTCAAATAATTACCTA
130 CCCTTAATCTCAAATTATTACCTC
** * * * *
2082 TTTTATTAAAAATATAAATTATCATCGACAAAATCT-ATATTAATGTGTTGCTAATATGCGTCTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCATTATCAACAAAAT-TAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCGTCTT
* * *
2146 TGAGAACTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGCTAATAAGTATAGCAATTGGAC-TC
65 TGAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTC
* * *
2210 CTCGTTAATCTCAAATTGTTACCTA
130 C-CCTTAATCTCAAATTATTACCTC
** * * * * *
2235 TTTTATTAAAGGTAGAAACCATTACCGACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTATTATGCATCTTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCATTATCAACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCGTCTTT
* * * * *
2300 GAGAGCTTATAGCTTAACTCGATCAATTCTTGTAACTAGCTAATAAATATTGCAATTGAACTTCC
66 GAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTCC
*
2365 CCTTAATCCCAAATTATTACCTC
131 CCTTAATCTCAAATTATTACCTC
* * * * * **
2388 TTTTATTAAAAATATAAA-CAGTT-GCTGATAAAATCAAG-TCTAATGTGCTACTAATATTTGTC
1 TTTTATTAAAAATATAAACCA-TTATC-AACAAAATTAAGAT-TAATGTGCTGCTAATATGCGTC
* ** * * * *
2450 TTTGAGAACTTATAGGTTAACTCGATTGATTCAAGCAACTATCTAATAAATATAGCCATT-GAAT
63 TTTGAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACT
* *
2514 TTCCGTTAATCTCAAATTATTACCTC
128 TCCCCTTAATCTCAAATTATTACCTC
* * ** * * * * * * ** *
2540 TTTTATTAAAACTATAAACCGTTGCCGACATAATCAATATCAATGTGCTGCGAATATTTGTGTTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCATTATCAACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCGTCTTT
* * ** * * * * * * *
2605 GAAAACTTATAGTTTAACTCGATCCGTTAATACAACTA-CTTGATAAGTATATC-CTTCGAACCA
66 GAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGC-TAATAAATATAGCAATT-G---GA
* * **
2668 CTT-CCTTTAAACTCAAATTACGACCTC
126 CTTCCCCTTAATCTCAAATTATTACCTC
* * * * * *
2695 TTTTATTTAAAATATAAATCATCACCGACAAAATTAAGATTAATATGCTGCTAATAT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCATTATCAACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATAT
2752 TAGTTTAAAA
Statistics
Matches: 1553, Mismatches: 285, Indels: 93
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
145 2 0.00
146 121 0.08
147 2 0.00
148 1 0.00
149 1 0.00
150 26 0.02
151 26 0.02
152 391 0.25
153 779 0.50
154 11 0.01
155 185 0.12
156 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (153 bp):
TTTTATTAAAAATATAAACCATTATCAACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCGTCTTT
GAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTCC
CCTTAATCTCAAATTATTACCTC
Found at i:1727 original size:305 final size:306
Alignment explanation
Indices: 715--2751 Score: 1909
Period size: 305 Copynumber: 6.7 Consensus size: 306
705 AATTATTCTG
* * * * * * *
715 TTTTATTAAAAATATAAACCATCATCGA-AAAATCAAGATTAACGTGTTGCT-A-ATGCGTCTTT
1 TTTTATTAAAAATAGAAACCATTACCGACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCATCTTT
* * * *
777 GAGAACTTATAACTTAACTTGATCAATTCATGCAACTTGCTACTAAATATAGCAATTGGACTTCC
66 GAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTCC
* * * ** * * * *
842 CCTTAATGAT-AAATTGTTAACTCTTTTATTAAAAATATAAACCAT-TGTCAACGAAATTAGGAT
131 CCTTAAT-CTCAAATTATTACCTCTTTTATTAAAAATATAAACCATCACT-GACAAAATCAAGAT
* ** * * * ** **
905 TAATGTGTTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACAAATAGCTTAACTCGATCGATTCTTATAACTAAC
194 TAATGTGCTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGC
* * * * *
970 TAATAAATATTGCAATTGAACTTCCCCTTAGTCTCAAATTATTTCCTC
259 TAATAAATATAGCAATTGGACTTCCCGTTAATCTCAAATTATTACCTC
* ** * * * *
1018 TTTTATTAAAAATAGAAGCCATCCCCGACAAAATCAAGATTAATTTGTTGC-ATATATGCGTCTT
1 TTTTATTAAAAATAGAAACCATTACCGACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTA-ATATGCATCTT
* * * ** * * * ** *
1082 TAAAAACTAATAGCTTAACTCGATTGATTCTTGTAACTAGCTAAGAAATATTTCAATTGAACTTC
65 TGAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTC
* * * * * * ** *
1147 CCCTTAATCTCAAATTATTACCACTTTTATAAAAAATATAAATCATTACCGAAAAAAGGAAGATA
130 CCCTTAATCTCAAATTATTACCTCTTTTATTAAAAATATAAACCATCACTGACAAAATCAAGATT
* * * **
1212 AATATGCTGCTAATATGCGTCTTTTAGAACTTATAGCTTAACTCGT-TCAATTCTTGCAACTACC
195 AATGTGCTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACTTATAGCTTAACTC-TATCAATTCATGCAACTTGC
* * * * *
1276 TAATAAATATAGCATTTGAACCACTT-CCTTTAATTTCAAATGATTACCTC
259 TAATAAATATAGCAATTG---GACTTCCCGTTAATCTCAAATTATTACCTC
* ** * * * **
1326 TTTTATTAAAAATATAAACCATCGCCAACAAAATCAAGATCAATGTGCTGCTAATATGTGTCTTT
1 TTTTATTAAAAATAGAAACCATTACCGACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCATCTTT
* * * * * *
1391 AAGAACTAAGT-GGTTAACTCGATCAATTCATGCAACTTGCTAATTAATATAGCAGTTGGACTTC
66 GAGAACTTA-TAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTC
* *
1455 CCCTTAATCTCAAATTGTTACCTCTTTTATT-AAAATATTAACCATCACTGACAAAATCAAGATT
130 CCCTTAATCTCAAATTATTACCTCTTTTATTAAAAATATAAACCATCACTGACAAAATCAAGATT
* * * * *
1519 AATCTACTGCTAATATGTGTCTTTGAGAACTAATGGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGCT
195 AATGTGCTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGCT
* * * *
1584 AATAAATATAGTAGTTGGACTTCCCCTTAATCTCAAATTGTTACCTC
260 AATAAATATAGCAATTGGACTTCCCGTTAATCTCAAATTATTACCTC
** * * * * *
1631 TTTTACGAAAAATGGAAACCATTATCGACAAAATTAAGTTTAATATGCTGCTAATATGCTTCTTT
1 TTTTATTAAAAATAGAAACCATTACCGACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCATCTTT
* *** *
1696 G-GAAACTTATAGCTTAACTCGATCGATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGTTGTTGGGCTTC
66 GAG-AACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTC
** * * ** * *
1760 CAGTTAATCCCAAATTATTACCTATTTTATTAAAAATATAAACCATCGGTGATAAAATCTAGATT
130 CCCTTAATCTCAAATTATTACCTCTTTTATTAAAAATATAAACCATCACTGACAAAATCAAGATT
*
1825 AA----C-G-T-GTATGCGTCTTTGAGAACTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGCT
195 AATGTGCTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGCT
* * *
1883 AATAAATATAGTAGTTGGACTTTCCGTTAATCTCAAATTATTACCTC
260 AATAAATATAGCAATTGGACTTCCCGTTAATCTCAAATTATTACCTC
* * * * *
1930 TTTTATTAAAAATAGAAACCGTTGCCGACAAAATTAAGATTAATTTGCTGCTAATTTTCATCTTT
1 TTTTATTAAAAATAGAAACCATTACCGACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCATCTTT
* * * ***
1995 CG-GAACTTATAGCTTAACTTGATCGATTCATG-AGCTAGCTAATAAATATAGTTGTTGGACTTC
66 -GAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTC
* * ** * *
2058 CCCTTAATCTCAAATAATTACCTATTTTATTAAAAATATAAATTATCA-TCGACAAAATCTATAT
130 CCCTTAATCTCAAATTATTACCTCTTTTATTAAAAATATAAACCATCACT-GACAAAATCAAGAT
*
2122 TAATGTGTTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGC
194 TAATGTGCTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGC
* * *
2187 TAATAAGTATAGCAATTGGAC-TCCTCGTTAATCTCAAATTGTTACCTA
259 TAATAAATATAGCAATTGGACTTCC-CGTTAATCTCAAATTATTACCTC
** *
2235 TTTTATTAAAGGTAGAAACCATTACCGACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTATTATGCATCTTT
1 TTTTATTAAAAATAGAAACCATTACCGACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCATCTTT
* * * * *
2300 GAGAGCTTATAGCTTAACTCGATCAATTCTTGTAACTAGCTAATAAATATTGCAATTGAACTTCC
66 GAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTCC
* ** *
2365 CCTTAATCCCAAATTATTACCTCTTTTATTAAAAATATAAA-CAGTTGCTGATAAAATCAAG-TC
131 CCTTAATCTCAAATTATTACCTCTTTTATTAAAAATATAAACCA-TCACTGACAAAATCAAGAT-
* ** * * ** *
2428 TAATGTGCTACTAATATTTGTCTTTGAGAACTTATAGGTTAACTCGATTGATTCAAGCAACTAT-
194 TAATGTGCTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACT-TG
* * *
2492 CTAATAAATATAGCCATT-GAATTTCCGTTAATCTCAAATTATTACCTC
258 CTAATAAATATAGCAATTGGACTTCCCGTTAATCTCAAATTATTACCTC
* * * * * * * * * *** *
2540 TTTTATTAAAACTATAAACCGTTGCCGACATAATCAATATCAATGTGCTGCGAATATTTGTGTTT
1 TTTTATTAAAAATAGAAACCATTACCGACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCATCTTT
* * ** * * * * * * *
2605 GAAAACTTATAGTTTAACTCGATCCGTTAATACAACTA-CTTGATAAGTATATC-CTTCGAACCA
66 GAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGC-TAATAAATATAGCAATT-G---GA
* * ** * * * *
2668 CTT-CCTTTAAACTCAAATTACGACCTCTTTTATTTAAAATATAAATCATCACCGACAAAATTAA
126 CTTCCCCTTAATCTCAAATTATTACCTCTTTTATTAAAAATATAAACCATCACTGACAAAATCAA
*
2732 GATTAATATGCTGCTAATAT
191 GATTAATGTGCTGCTAATAT
2752 TAGTTTAAAA
Statistics
Matches: 1434, Mismatches: 259, Indels: 78
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
297 1 0.00
298 85 0.06
299 175 0.12
300 3 0.00
301 1 0.00
302 1 0.00
303 25 0.02
304 33 0.02
305 437 0.30
306 350 0.24
307 159 0.11
308 158 0.11
309 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (306 bp):
TTTTATTAAAAATAGAAACCATTACCGACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTAATATGCATCTTT
GAGAACTTATAGCTTAACTCGATCAATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGCAATTGGACTTCC
CCTTAATCTCAAATTATTACCTCTTTTATTAAAAATATAAACCATCACTGACAAAATCAAGATTA
ATGTGCTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGCTA
ATAAATATAGCAATTGGACTTCCCGTTAATCTCAAATTATTACCTC
Found at i:2175 original size:604 final size:601
Alignment explanation
Indices: 715--2628 Score: 2030
Period size: 604 Copynumber: 3.1 Consensus size: 601
705 AATTATTCTG
* *** * * * **
715 TTTTATTAAAAATATAAACCATCATCGA-AAAATCAAGATTAACGTGTTGCT-A-ATGCGTCTTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCGTTGCCGACAAAATCAAGATCAATGTGCTGCTAATATGTATCTTT
* * * *
777 GAGAACTTATAACTTAACTTGATCAATTCATGCAACTTGCTACTAAATATAGCAATTGGACTTCC
66 AAGAACTTATAGCTTAACTTGATCAATTCATGCAACTTGCTAATAAATATAGCAGTTGGACTTCC
* * ** * *
842 CCTTAATGAT-AAATTGTTAACTCTTTTATTAAAAATATAAACCATTGTCAACGAAAT-TAGGAT
131 CCTTAAT-CTCAAATTGTTACCTCTTTTATTAAAAATATAAACCATCATCGACAAAATCTA-GAT
* * * * ** **
905 TAATGTGTTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACAAATAGCTTAACTCGATCGATTCTTATAACTAAC
194 TAATGTGTTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACTAATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGC
* * * * *
970 TAATAAATATTGCAATTGAACTTCCCCTTAGTCTCAAATTATTTCCTCTTTTATTAAAAATAGAA
259 TAATAAATATAGCAATTGGACTTCCCCTTAATCTCAAATTGTTACCTCTTTTATTAAAAATAGAA
* ** * * * * * *
1035 GCCATCCCCGACAAAATCAAGATTAATTTGTTGC-ATATATGCGTCTTTAAAAACTAATAGCTTA
324 ACCATTACCGACAAAATTAAGATTAATATGCTGCTA-ATATGCATCTTT-GAAACTTATAGCTTA
* * *
1099 ACTCGATTGATTCTTGTAACTAGCTAAGAAATAT-TTCAATTGAACTTCCCCTTAATCTCAAATT
387 ACTCGATCGATTCTTGTAACTAGCTAATAAATATGTT--ATTGAACTTCCCCTTAATCCCAAATT
* * * * ** * *
1163 ATTACC-ACTTTTATAAAAAATATAAATCATTACCGAAAAAAGGAAGATAAATATGCTGCTAATA
450 ATTACCTA-TTTTATTAAAAATATAAA-CATTGCTGATAAAATCAAGAT--ATA-AC-G-T-GTA
* * *
1227 TGCGTCTTTTAGAACTTATAGCTTAACTCGT-TCAATTCTTGCAACTACCTAATAAATATAGCAT
507 TGCGTCTTTGAGAACTTATAGCTTAACTC-TATCAATTCATGCAACT-TCTAATAAATATAGCA-
* * * * *
1291 TTGAACCACTTCCTTTAATTTCAAATGATTACCTC
569 TTGGA-C-TTTCCGTTAATCTCAAATTATTACCTC
* * * *
1326 TTTTATTAAAAATATAAACCATCGCCAACAAAATCAAGATCAATGTGCTGCTAATATGTGTCTTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCGTTGCCGACAAAATCAAGATCAATGTGCTGCTAATATGTATCTTT
* * * *
1391 AAGAACTAAGT-GGTTAACTCGATCAATTCATGCAACTTGCTAATTAATATAGCAGTTGGACTTC
66 AAGAACTTA-TAGCTTAACTTGATCAATTCATGCAACTTGCTAATAAATATAGCAGTTGGACTTC
* *
1455 CCCTTAATCTCAAATTGTTACCTCTTTTATT-AAAATATTAACCATCA-CTGACAAAATCAAGAT
130 CCCTTAATCTCAAATTGTTACCTCTTTTATTAAAAATATAAACCATCATC-GACAAAATCTAGAT
* ** * *
1518 TAATCTACTGCTAATATGTGTCTTTGAGAACTAATGGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGC
194 TAATGTGTTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACTAATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGC
* * ** *
1583 TAATAAATATAGTAGTTGGACTTCCCCTTAATCTCAAATTGTTACCTCTTTTACGAAAAATGGAA
259 TAATAAATATAGCAATTGGACTTCCCCTTAATCTCAAATTGTTACCTCTTTTATTAAAAATAGAA
* * *
1648 ACCATTATCGACAAAATTAAGTTTAATATGCTGCTAATATGCTTCTTTGGAAACTTATAGCTTAA
324 ACCATTACCGACAAAATTAAGATTAATATGCTGCTAATATGCATCTTT-GAAACTTATAGCTTAA
* * * ** **
1713 CTCGATCGATTCATGCAACTAGCTAATAAATATAGTTGTTGGGCTTCCAGTTAATCCCAAATTAT
388 CTCGATCGATTCTTGTAACTAGCTAATAAATAT-GTTATTGAACTTCCCCTTAATCCCAAATTAT
* * *
1778 TACCTATTTTATTAAAAATATAAACCATCGGTGATAAAATCTAGAT-TAACGTGTATGCGTCTTT
452 TACCTATTTTATTAAAAATATAAA-CATTGCTGATAAAATCAAGATATAACGTGTATGCGTCTTT
*
1842 GAGAACTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGCTAATAAATATAGTAGTTGGACTTTC
516 GAGAACTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTT-CTAATAAATATAGCA-TTGGACTTTC
1907 CGTTAATCTCAAATTATTACCTC
579 CGTTAATCTCAAATTATTACCTC
* * * * *
1930 TTTTATTAAAAATAGAAACCGTTGCCGACAAAATTAAGATTAATTTGCTGCTAAT-TTTCATCTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCGTTGCCGACAAAATCAAGATCAATGTGCTGCTAATATGT-ATCTT
** * * * **
1994 TCGGAACTTATAGCTTAACTTGATCGATTCATG-AGCTAGCTAATAAATATAGTTGTTGGACTTC
65 TAAGAACTTATAGCTTAACTTGATCAATTCATGCAACTTGCTAATAAATATAGCAGTTGGACTTC
** * ** *
2058 CCCTTAATCTCAAATAATTACCTATTTTATTAAAAATATAAATTATCATCGACAAAATCTATATT
130 CCCTTAATCTCAAATTGTTACCTCTTTTATTAAAAATATAAACCATCATCGACAAAATCTAGATT
*
2123 AATGTGTTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGCT
195 AATGTGTTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACTAATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGCT
* * * **
2188 AATAAGTATAGCAATTGGAC-TCCTCGTTAATCTCAAATTGTTACCTATTTTATTAAAGGTAGAA
260 AATAAATATAGCAATTGGACTTCC-CCTTAATCTCAAATTGTTACCTCTTTTATTAAAAATAGAA
* * *
2252 ACCATTACCGACAAAATTAAGATTAATGTGCTGCTATTATGCATCTTTGAGAGCTTATAGCTTAA
324 ACCATTACCGACAAAATTAAGATTAATATGCTGCTAATATGCATCTTTGA-AACTTATAGCTTAA
* **
2317 CTCGATCAATTCTTGTAACTAGCTAATAAATATTGCAATTGAACTTCCCCTTAATCCCAAATTAT
388 CTCGATCGATTCTTGTAACTAGCTAATAAATA-TGTTATTGAACTTCCCCTTAATCCCAAATTAT
* * * *
2382 TACCTCTTTTATTAAAAATATAAACAGTTGCTGATAAAATCAAG-TCTAATGTGCTACTAATATT
452 TACCTATTTTATTAAAAATATAAACA-TTGCTGATAAAATCAAGATATAACGTG-------TATG
* * * ** *
2446 TGTCTTTGAGAACTTATAGGTTAACTCGATTGATTCAAGCAACTATCTAATAAATATAGCCATT-
509 CGTCTTTGAGAACTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACT-TCTAATAAATATAG-CATTG
*
2510 GAATTTCCGTTAATCTCAAATTATTACCTC
572 GACTTTCCGTTAATCTCAAATTATTACCTC
* * * * * * *
2540 TTTTATTAAAACTATAAACCGTTGCCGACATAATCAATATCAATGTGCTGCGAATATTTGTGTTT
1 TTTTATTAAAAATATAAACCGTTGCCGACAAAATCAAGATCAATGTGCTGCTAATATGTATCTTT
* *
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TTTTATTAAAAATATAAACCGTTGCCGACAAAATCAAGATCAATGTGCTGCTAATATGTATCTTT
AAGAACTTATAGCTTAACTTGATCAATTCATGCAACTTGCTAATAAATATAGCAGTTGGACTTCC
CCTTAATCTCAAATTGTTACCTCTTTTATTAAAAATATAAACCATCATCGACAAAATCTAGATTA
ATGTGTTGCTAATATGCGTCTTTGAGAACTAATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTGCTA
ATAAATATAGCAATTGGACTTCCCCTTAATCTCAAATTGTTACCTCTTTTATTAAAAATAGAAAC
CATTACCGACAAAATTAAGATTAATATGCTGCTAATATGCATCTTTGAAACTTATAGCTTAACTC
GATCGATTCTTGTAACTAGCTAATAAATATGTTATTGAACTTCCCCTTAATCCCAAATTATTACC
TATTTTATTAAAAATATAAACATTGCTGATAAAATCAAGATATAACGTGTATGCGTCTTTGAGAA
CTTATAGCTTAACTCTATCAATTCATGCAACTTCTAATAAATATAGCATTGGACTTTCCGTTAAT
CTCAAATTATTACCTC
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3978 AGGATGATGA
*
3988 TGAGGACGACGGTGCTGCTGCCGCAGCTGC
1 TGAGGACGACGGTGCTGCTGCTGCAGCTGC
* *
4018 TGTGGACGACGGTGCTGCTGCTGCAGCTTC
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* *
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1 TGAGGACGACGGTGCTGCTGCTGCAGCTG
4077 ATCAGGAGGA
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TGAGGACGACGGTGCTGCTGCTGCAGCTGC
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4934 TGTGAGGAAC
*
4944 GATTAGCACCCTCACATGCCCAAAAATTGGTACTTAGAAG
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1 GATTAGCACCCTCACATGCCCAAAAATTAGTACTTAG
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GATTAGCACCCTCACATGCCCAAAAATTAGTACTTAGAAG
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6701 TTTACATTTC
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* *
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*
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TTGTCTTCTTCTAT
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7536 ATACCTTAAA
7546 TTCTTAACATTTTTATCGTTTATACCTTAATTTCTAATAACATTTACAAGCGATCTTTTTAT
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TTCTTAACATTTTTATCGTTTATACCTTAATTTCTAATAACATTTACAAGCGATCTTTTTAT
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7514 ATCGAAACCT
* * *
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** *
7588 TTTACAAGCGATCTT-T---TT-ATTTCT-TAACA
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7650 TTT
1 TTT
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TTTTTATCGTTTATACCTTAATTTCTATAACA
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7818 TTTTTTTTAT
** * ** * * *
7828 CTAAATATCTTTACTTTGTTTATTCATAGCTCGGCTCGATTATTCCATCGCACCTCTTAATTTTT
1 CTAAATATCTTTACTTTGTGCATTCAAAGCTCAACGCGATTACTCCATCACACCTCTTAATTTTT
* * * * *
7893 ATTGAATTCATTAAGTCCAATAAATAATCTGAATACTTTTGT-T-GTTTATACCTTCATTTGTTA
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7956 TAACACTGACATGTGATCTTTTGC
129 TAACACTGACATGTGATCTTTTGC
** *
7980 CTAAATATCTTTACTTTGTGCATTCAAATTTCAACGCGATTACTCTATCACACCTCTT-ATTTGT
1 CTAAATATCTTTACTTTGTGCATTCAAAGCTCAACGCGATTACTCCATCACACCTCTTAATTT-T
* * *
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* * *
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CTAAATATCTTTACTTTGTGCATTCAAAGCTCAACGCGATTACTCCATCACACCTCTTAATTTTT
AATGAATTCATTAAGTCAAATAAATAATCAGATAATTTTTATCGTTTATACCTTCATTTATTATA
ACACTGACATGTGATCTTTTGC
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8069 TAATCAGATA
* * * *
8079 ATTTTTATCGTTTATATCTTCATTTATTATAACACTTACTTGTGATTTTTTTATTTGAAC
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* * * *
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1 ATTTTTATCGTTTATACCTTAATTTATTATAACACTTACATGTGATCTTTTTA
8192 CTTAAATATC
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ATTTTTATCGTTTATACCTTAATTTATTATAACACTTACATGTGATCTTTTTATTTGAAC
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13180 ATATAATCAA
*
13190 TCACATGGCATGAAGCACATACCCACATATTCTCTG
1 TCACATGGCATGAAGAACATACCCACATATTCTCTG
* * * *
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* * * *
13262 TCACAGGGCATGAAAAACATACCCACATATTCACTT
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13298 TCACA
1 TCACA
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TCACATGGCATGAAGAACATACCCACATATTCTCTG
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13347 TGTTCACATT
* *
13357 ATCACATTAATATTTGAGCATAG
1 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
* *
13380 ACCATATTAATATTTAAGCATAA
1 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
* *
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1 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
*
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1 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
* *
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1 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
13472 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
1 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
*
13495 ATCACATTAATATTTAAGCACAA
1 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
* *
13518 ATCATATTAATATTTAAGCACAA
1 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
* * *
13541 ATCACATCAATATTTGAGCACAA
1 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
*
13564 ATCATATTAATATTTAAGCATAA
1 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
* * *
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1 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
** *
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1 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
* * * *
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1 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
*
13656 ATCAAATTAATATTTAAGCATAA
1 ATCACATTAATATTTAAGCATAA
** *
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* * *
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* *
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*
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*
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*
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* *
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ATCACATTAATATTTAAGCATAA
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*
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TCATCTGACAAACATTTA
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16810 AATATAATCA
*
16820 GTCACATGGCATGAAGAACATACCCATATATTCTCT
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* * * *
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* *
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*
16928 TTCACA
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GTCACATGGCATGAAGAACATACCCACATATTCTCT
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17855 ACAAAATATA
*
17865 TTTTTTAT
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1 TTTTTTCT
*
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1 TTTTTTCT
*
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1 TTTTTTCT
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1 TTTTTTCT
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1 TTT
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TTTTTTCT
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17855 ACAAAATATA
*
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*
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1 TTTTTTTTTTT
17907 ACACTTTTTC
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TTTTTTTTTTTTTTC
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17855 ACAAAATATA
17865 TTTTTTATTTTT-TTCTT
1 TTTTTTATTTTTCTT-TT
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1 TTTTTT
17906 TACACTTTTT
Statistics
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TTTTTTATTTTTCTTTT
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18025 TTCGAAAAAA
18035 ATCTAGGTATAAAAGCTTATAGGCTGTTTGCAATGGAAATCAGTTTAGAAAGTAACTATGAACAG
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18111 ATCTAGGTATAAAAGCTTATAGGCTGTTTGCAATGGAAATCAGTTTAGAAAGTAACTATGAACAG
1 ATCTAGGTATAAAAGCTTATAGGCTGTTTGCAATGGAAATCAGTTTAGAAAGTAACTATGAACAG
18176 CCAAAACGCCC
66 CCAAAACGCCC
18187 A
1 A
18188 AGCTTTGATA
Statistics
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CCAAAACGCCC
Found at i:20967 original size:15 final size:15
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20937 CATGCCTCAC
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1 TCACTGTGTTATCAA
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Statistics
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TCACTGTGTTATCAA
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Indices: 25350--25388 Score: 53
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25340 ACCAATAGAA
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*
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*
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Matches are distributed among these distances:
15 10 0.48
16 11 0.52
ACGTcount: A:0.15, C:0.05, G:0.00, T:0.79
Consensus pattern (16 bp):
TATTTTTTAATATTTT
Found at i:29424 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 29392--29440 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
29382 CATGAGAAAT
29392 ATTAGAAGTAAAAAAG-GATTA
1 ATTA-AAGTAAAAAAGTGATTA
*
29413 ATTAAAGTTAAACAAGTGATTA
1 ATTAAAG-TAAAAAAGTGATTA
*
29435 ACTAAA
1 ATTAAA
29441 CTATTTATGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 3
0.83 0.07 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 3 0.12
21 11 0.46
22 10 0.42
ACGTcount: A:0.55, C:0.04, G:0.14, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
ATTAAAGTAAAAAAGTGATTA
Found at i:29440 original size:22 final size:21
Alignment explanation
Indices: 29400--29440 Score: 55
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 21
29390 ATATTAGAAG
*
29400 TAAAAAAGGATTAATTAAAGT
1 TAAAAAAGGATTAACTAAAGT
*
29421 TAAACAAGTGATTAACTAAA
1 TAAAAAAG-GATTAACTAAA
29441 CTATTTATGA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 1
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
21 7 0.41
22 10 0.59
ACGTcount: A:0.56, C:0.05, G:0.12, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
TAAAAAAGGATTAACTAAAGT
Done.