Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01002351.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_114414, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 627
Length: 1046
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.23, T:0.31
Found at i:83 original size:30 final size:29
Alignment explanation
Indices: 57--545 Score: 437
Period size: 30 Copynumber: 16.5 Consensus size: 29
47 GCAAAATGAC
* *
57 AATTTTTGAAAGTTTTGGGGTCAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGGGGTAAAAATGG
* * * *
86 AAATTTTAGAGGTTTGGGGGTAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGGGGTAAAAATGG
*** * *
115 AATTTTAAAAAGTTTTGGGATCAAAAATAG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGGGGT-AAAAATGG
* *
145 AATTTTTGGAAGTTTGGGGGTGAAAAATTG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGGGGT-AAAAATGG
* *
175 AATTTTTGGAAGTTTGGGGGCAAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGGGG-TAAAAATGG
* **
205 ATTTTTTGGAAGTTAGGGGGTAAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGGGGT-AAAAATGG
*
235 AATTTTTGGAAG-TTCGAGGGTAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTG-GGGTAAAAATGG
* * *
264 AATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAAAAGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGGGGT--AAAAATGG
* *
295 AATTTTTGGAAG-TTCGAGGGTAAAAATAG
1 AATTTTTGGAAGTTTTG-GGGTAAAAATGG
* * *
324 AATTTTTGGAAGTTTCGAGGTTAAAAATAG
1 AATTTTTGGAAGTTTTG-GGGTAAAAATGG
** *
354 AATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAATATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGGGGTAAAAATGG
* * * *
383 ATTTTTTAGAAGTTTTGTGGTCAAAAATAG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGGGGT-AAAAATGG
**
413 AATTTTTGGAAGTTTAAGGGTAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGGGGTAAAAATGG
* *
442 AATATTTGGAAGTTTTGGGGTCAAACATGG
1 AATTTTTGGAAGTTTTGGGGT-AAAAATGG
* *
472 AATTTTTGGAAG-TTTGAGGGTAAAACTAG
1 AATTTTTGGAAGTTTTG-GGGTAAAAATGG
* * *
501 AATTTTTGGAAG-CTCGAGGGTAAAAATGT
1 AATTTTTGGAAGTTTTG-GGGTAAAAATGG
530 AATTTTTGGATAGTTT
1 AATTTTTGGA-AGTTT
546 AGGGACCTCC
Statistics
Matches: 380, Mismatches: 66, Indels: 26
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
29 174 0.46
30 183 0.48
31 23 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.28, T:0.35
Consensus pattern (29 bp):
AATTTTTGGAAGTTTTGGGGTAAAAATGG
Found at i:163 original size:59 final size:58
Alignment explanation
Indices: 57--545 Score: 469
Period size: 59 Copynumber: 8.3 Consensus size: 58
47 GCAAAATGAC
* * * * *
57 AATTTTTGAAAGTTTTGGGGTCAAAATGGAAATTTTAGAGGTTTGGGGGT-AAAAATGG
1 AATTTTTGGAAG-TTTGGGGTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTCAAAAATGG
*** * * * *
115 AATTTTAAAAAGTTTTGGGATCAAAAATAGAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTGAAAAATTG
1 AATTTTTGGAAG-TTTGGGGT-AAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTCAAAAATGG
* * * *
175 AATTTTTGGAAGTTTGGGGGCAAAAAATGGATTTTTTGGAAGTTAGGGGGTAAAAAATGG
1 AATTTTTGGAAGTTT-GGGG-TAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTCAAAAATGG
* * * *
235 AATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTCAAAAAAAGG
1 AATTTTTGGAAGTTTG-GGGTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTC-AAAAATGG
* * * * * *
295 AATTTTTGGAAGTTCGAGGGTAAAAATAGAATTTTTGGAAGTTTCGAGGTTAAAAATAG
1 AATTTTTGGAAGTTTG-GGGTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTCAAAAATGG
* * * * * * *
354 AATTTTTGGAAGTTCGGGGGTAAATATGGATTTTTTAGAAGTTTTGTGGTCAAAAATAG
1 AATTTTTGGAAGTT-TGGGGTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTCAAAAATGG
* * * *
413 AATTTTTGGAAGTTTAAGGGTAAAAATGGAATATTTGGAAGTTTTGGGGTCAAACATGG
1 AATTTTTGGAAGTTT-GGGGTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTCAAAAATGG
* * * * * *
472 AATTTTTGGAAGTTTGAGGGTAAAACTAGAATTTTTGGAAGCTCGAGGGT-AAAAATGT
1 AATTTTTGGAAGTTTG-GGGTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTCAAAAATGG
530 AATTTTTGGATAGTTT
1 AATTTTTGGA-AGTTT
546 AGGGACCTCC
Statistics
Matches: 363, Mismatches: 58, Indels: 19
0.82 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
58 34 0.09
59 203 0.56
60 126 0.35
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.28, T:0.35
Consensus pattern (58 bp):
AATTTTTGGAAGTTTGGGGTAAAAATGGAATTTTTGGAAGTTTGGGGGTCAAAAATGG
Found at i:798 original size:100 final size:100
Alignment explanation
Indices: 641--840 Score: 375
Period size: 100 Copynumber: 2.0 Consensus size: 100
631 CCATGAAAAA
*
641 TTTTTGGGTCAATTTTGTAATTAAACAAACTTTATTTAAGTATTAAATTAAAACATATCAGAAAT
1 TTTTTGGGTCAATTTTGTAATTAAACAAACTTGATTTAAGTATTAAATTAAAACATATCAGAAAT
706 AAGAGGGACCATTTG-ATAAATAAACCTAAATAAT
66 AAGAGGGACCATTTGCATAAATAAACCTAAATAAT
740 TTTTTGGGTCAATTTTGTAATTAAACGAAACTTGATTTAAGTATTAAATTAAAACATATCAGAAA
1 TTTTTGGGTCAATTTTGTAATTAAAC-AAACTTGATTTAAGTATTAAATTAAAACATATCAGAAA
805 TAAGAGGGACCATTTGCATAAATAAACCTAAATAAT
65 TAAGAGGGACCATTTGCATAAATAAACCTAAATAAT
841 GACAAGTGGT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 1, Indels: 2
0.97 0.01 0.02
Matches are distributed among these distances:
99 26 0.27
100 53 0.54
101 19 0.19
ACGTcount: A:0.44, C:0.10, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (100 bp):
TTTTTGGGTCAATTTTGTAATTAAACAAACTTGATTTAAGTATTAAATTAAAACATATCAGAAAT
AAGAGGGACCATTTGCATAAATAAACCTAAATAAT
Done.