Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01000255.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_110992, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Found at i:1834 original size:28 final size:28
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Indices: 1792--3464 Score: 733
Period size: 28 Copynumber: 60.5 Consensus size: 28
1782 AGGCAATCAC
1792 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* ** *
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1 TAATTAATTTTAAAA-ACGTCTATTT-TCG
* * ***
1849 TAAATATTTTTAAAAATACCTATTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * *
1877 TAGTTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * * *
1905 TAAAT-ATTTTAAAAAATGCCTATTTTTG
1 TAATTAATTTT-AAAAACGTCTATTTTCG
* *
1933 TAAAT-ATTTTAAAAA-TTCATATTTTC-
1 TAATTAATTTTAAAAACGTC-TATTTTCG
**
1959 TGAATT-ATTTATAAAAACACCTATTTTCG
1 T-AATTAATTT-TAAAAACGTCTATTTTCG
* * * *
1988 -AGAATATTTTTAAAAATGCCT-TTTTCG
1 TA-ATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * *
2015 TAAATATTTTTAAAATAC--CTATTTTTG
1 TAATTAATTTTAAAA-ACGTCTATTTTCG
* *
2042 TAATTAATTTTAAAAAC-TCCTATTTCCC
1 TAATTAATTTTAAAAACGT-CTATTTTCG
* *
2070 TAATTAATTTTAAAAGC-TACTATTTTCA
1 TAATTAATTTTAAAAACGT-CTATTTTCG
* *
2098 TAAATATTTTTTAAAATAC--CTATTTTCG
1 TAATTA-ATTTTAAAA-ACGTCTATTTTCG
* * *
2126 TAAATATTTTTCAAATAC--CTATTTTCG
1 TAATTAATTTT-AAAAACGTCTATTTTCG
* *
2153 TAATTAATTTT-AAAACTGCCTATTTTTG
1 TAATTAATTTTAAAAAC-GTCTATTTTCG
*
2181 TAATTAATTTTAAAAAAC--CTATTTTCT
1 TAATTAATTTT-AAAAACGTCTATTTTCG
* * * * *
2208 TAAAT-ATATTGAAAAATGCCTATTTT-T
1 TAATTAAT-TTTAAAAACGTCTATTTTCG
* *
2235 TAAATATTTTTATAAAA-G-CTTATTTTCG
1 TAATTAATTTTA-AAAACGTC-TATTTTCG
** * *
2263 TAATTTTTTTTAAAAACGTCTGTTTTCA
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * * *
2291 TAATTAATTATAAAAATG-CCATTTTCA
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * * *
2318 TATTTAATTTTAAAAATGCCTATTTAT-T
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTT-TCG
* * *** *
2346 TAAATATTTTTAAAAATACCTATTTTTG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* **
2374 TAGTTAATTTTAAAAACACCTATTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
*
2402 TAAAT-ATATTTAAAAAC-TCCTATTTTCG
1 TAATTAAT-TTTAAAAACGT-CTATTTTCG
*
2430 TAATTATTTTTAAAAA--TACTTATTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGT-C-TATTTTCG
* * * * * *
2458 TAAATATTTTTAAACATGCCTATTTT-T
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* ** *
2485 TAAATTAATTTTGAAAACACCTATTTT-T
1 T-AATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
*
2513 TAATTAATTTTAAAAACG-CTTACTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTC-TATTTTCG
*
2541 GAATTAATTTTAAAAAC-TCTTATTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTC-TATTTTCG
* * * * *
2569 TAAATATTTTTAAAAATGACTATTTTCA
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* *
2597 TAATTATTTTTAAAAA-TTCTTATTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTC-TATTTTCG
* * * *
2625 TATTTTATTTTAAAATCGTCTGTTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * *
2653 TAAATATTTTTAAAAAC-ACATATTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTC-TATTTTCG
* * * *
2681 TAAAT-ATTTT-TAAA---C-A--TGCA
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * ***
2701 TAAATATTTTTAAAAATACCTATTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * ** *
2729 TAAATATTTTTAAAAACAACTATTTTGG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* *
2757 TAATTAATTTTAAAAACTTCTATTTTGG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* *
2785 TAATTTAATTTACAAAAACATCTATTTT-G
1 TAA-TTAATTT-TAAAAACGTCTATTTTCG
*
2814 TAATTAATTTTGAAAAA--TCTTAGTTTCG
1 TAATTAATTTT-AAAAACGTC-TATTTTCG
* * *
2842 AAATTAATTTTAAAAATGTCTATTTTGG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * *
2870 TAATTTAA-TTT-AAAATGCCTATTTT-T
1 TAA-TTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * *
2896 TAATTTATTTTGAAAAA--TCCAATTTTCT
1 TAATTAATTTT-AAAAACGT-CTATTTTCG
* *
2924 TAATTAATTTT-AAAATGCCTATTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * *
2951 TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCT
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * * ** *
2979 TAAATATTTTTTAAAACACCTATTTTCT
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * * * *
3007 TAAATATTTTTTAAAACGCCTATTTTCT
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * * * * *
3035 TAAAT-ATATTGAAAAATGCCAATTTTTG
1 TAATTAAT-TTTAAAAACGTCTATTTTCG
*
3063 TAAAT-ATTGTTATAAAA-G-CTTATTTTCG
1 TAATTAATT-TTA-AAAACGTC-TATTTTCG
* * *
3091 TTAA-TATTTTTAAAAAC-ACTTATTCTCG
1 -TAATTAATTTTAAAAACGTC-TATTTTCG
* * ** *
3119 TAATTATTTTTAAAAATGTCTATAGTCA
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* *
3147 TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
*** *
3175 TAATTAATTTTAAAAATACCTATTTAT-A
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTT-TCG
* * * * *
3203 TAAATATTTTTAAAAATGCCTATTTTTG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* *** *
3231 TAGTTAATTTTAAAATTTTCAATTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * ***
3259 TAAATATTTTTTAAAAATACCTATTTTCG
1 TAATTA-ATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* * *
3288 TAAATATTTTTAAAAAC-T-TATTTTCT
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
** *
3314 TAATTAATTTTAAAAACACCTATTTTCT
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* *
3342 TAATTAATTTTAAAAACGCCTACTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* *
3370 GAATTAATTTTAAAAAC-TCCTATTTTCA
1 TAATTAATTTTAAAAACGT-CTATTTTCG
* * * *
3398 TAAATATTTTTAAAAA-TTGATATTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGT-CTATTTTCG
* * *
3426 T-ATT--TTATAAAAGCGTCTGTTTTCG
1 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
* *
3451 TAAATATTTTTAAA
1 TAATTAATTTTAAA
3465 CACGCATAAA
Statistics
Matches: 1318, Mismatches: 232, Indels: 190
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 7 0.01
21 4 0.00
22 4 0.00
24 1 0.00
25 23 0.02
26 56 0.04
27 235 0.18
28 877 0.67
29 90 0.07
30 21 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (28 bp):
TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCG
Found at i:1910 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 1811--3464 Score: 1077
Period size: 56 Copynumber: 29.9 Consensus size: 56
1801 TTAAAAACGT
* ** *
1811 CTATTTTCGTAATTAATTTAAAAAGATATCTATTTAT-TTAAATATTTTTAAAAATAC
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAA-ATGCCTATTT-TCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * *
1868 CTATTTTCGTAGTTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTAAAAAATGC
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * * * * * *
1924 CTATTTTTGTAAAT-ATTTTAAAAATTCATATTTTC-TGAATTATTTATAAAAACAC
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGT-AAATATTTTTAAAAATAC
* *
1979 CTATTTTCG-AGAATATTTTTAAAAATGCCT-TTTTCGTAAATATTTTT-AAAATAC
1 CTATTTTCGTA-ATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * * * * *
2033 CTATTTTTGTAATTAATTTTAAAAACT-CCTATTTCCCTAATTAATTTTAAAAGCTA-
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAA-TGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAA-ATAC
* * * * * *
2089 CTATTTTCATAAATATTTTTTAAAATACCTATTTTCGTAAATATTTTT-CAAATAC
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * * *
2144 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAACTGCCTATTTTTGTAATTAATTTTAAAAA-AC
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * * * *
2199 CTATTTTCTTAAAT-ATATTGAAAAATGCCTATTTT-TTAAATATTTTTATAAAA-GC
1 CTATTTTCGTAATTAAT-TTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTA-AAAATAC
* ** * * * * * * * *
2254 TTATTTTCGTAATTTTTTTTAAAAACGTCTGTTTTCATAATTAATTATAAAAATGC
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * *
2310 C-ATTTTCATATTTAATTTTAAAAATGCCTATTTAT-TTAAATATTTTTAAAAATAC
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTT-TCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * ** *
2365 CTATTTTTGTAGTTAATTTTAAAAACACCTATTTTCGTAAATATATTTAAAAACT-C
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAA-TAC
* * * * *
2421 CTATTTTCGTAATTATTTTTAAAAATACTTATTTTCGTAAATATTTTTAAACATGC
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * ** * * * **
2477 CTATTTT-TTAAATTAATTTTGAAAACACCTATTTT-TTAATTAATTTTAAAAACGC
1 CTATTTTCGT-AATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * * *
2532 TTACTTTCGGAATTAATTTTAAAAACT-CTTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATGA-
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAA-TGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAAT-AC
* * * * * *
2588 CTATTTTCATAATTATTTTTAAAAATTCTTATTTTCGT--ATTTTATTTTAAAAT-C
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATT-TTTAAAAATAC
* * * ** *
2642 GTCTGTTTTCGTAAATATTTTTAAAAACACATATTTTCGTAAATATTTTT---AA-A-
1 --CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * * * * * *
2695 C-A--TGCATAAATATTTTTAAAAATACCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAACAA
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * * * ** * *
2748 CTATTTTGGTAATTAATTTTAAAAACT-TCTATTTTGGTAATTTAATTTACAAAAACAT
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAA-TGCCTATTTTCGTAA-AT-ATTTTTAAAAATAC
* * * **
2806 CTATTTT-GTAATTAATTTTGAAAAAT-CTTAGTTTCG-AAATTAATTTTAAAAATGT
1 CTATTTTCGTAATTAATTTT-AAAAATGCCTATTTTCGTAAA-TATTTTTAAAAATAC
* * * *
2861 CTATTTTGGTAATTTAA-TTT-AAAATGCCTATTTT-TTAATTTATTTTGAAAAAT-C
1 CTATTTTCGTAA-TTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAA-ATATTTTTAAAAATAC
* * * * *
2915 CAATTTTCTTAATTAATTTT-AAAATGCCTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGC
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * * * ** * * **
2970 CTATTTTCTTAAATATTTTTTAAAACACCTATTTTCTTAAATATTTTTTAAAACGC
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * * * * * *
3026 CTATTTTCTTAAAT-ATATTGAAAAATGCCAATTTTTGTAAATATTGTTATAAAA-GC
1 CTATTTTCGTAATTAAT-TTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTA-AAAATAC
* * ** * * * **
3082 TTATTTTCGTTAA-TATTTTTAAAAACACTTATTCTCGTAATTATTTTTAAAAATGT
1 CTATTTTCG-TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
** * * *
3138 CTATAGTCATAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATAC
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * * * ** * * **
3194 CTATTTAT-ATAAATATTTTTAAAAATGCCTATTTTTGTAGTTAATTTTAAAATTTT
1 CTATTT-TCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * * *
3250 CAATTTTCGTAAATATTTTTTAAAAATACCTATTTTCGTAAATATTTTT-AAAA-AC
1 CTATTTTCGTAATTA-ATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * ** * * * **
3305 TTATTTTCTTAATTAATTTTAAAAACACCTATTTTCTTAATTAATTTTAAAAACGC
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * * **
3361 CTACTTTCGGAATTAATTTTAAAAACT-CCTATTTTCATAAATATTTTTAAAAATTG
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAA-TGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
* * ** * *
3417 ATATTTTCGT-ATT--TTATAAAAGCGTCTGTTTTCGTAAATATTTTTAAA
1 CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAA
3465 CACGCATAAA
Statistics
Matches: 1257, Mismatches: 269, Indels: 146
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
48 39 0.03
51 3 0.00
52 1 0.00
53 33 0.03
54 123 0.10
55 355 0.28
56 586 0.47
57 90 0.07
58 27 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.05, T:0.48
Consensus pattern (56 bp):
CTATTTTCGTAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAATAC
Found at i:2425 original size:84 final size:84
Alignment explanation
Indices: 1792--3413 Score: 940
Period size: 84 Copynumber: 19.5 Consensus size: 84
1782 AGGCAATCAC
* * * * *
1792 TAATTAATTTTAAAAACGTCTATTTTCGTAATTA-ATTTAAAAAGATATCTATTTAT-TTAAATA
1 TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATATTTAAAAA-CT-CCTATTT-TCTTAAATA
1855 TTTTTAAAAATACCTATTTTCG
63 TTTTTAAAAATACCTATTTTCG
* *
1877 TAGTTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATAT-TTTAAAAAATGCCTATTTT-TGTAAATA-
1 TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATATTTAAAAACT-CCTATTTTCT-TAAATAT
* *
1939 TTTTAAAAATTCATATTTTC-
64 TTTTAAAAATACCTATTTTCG
** * *
1959 TGAATT-ATTTATAAAAACACCTATTTTCG-AGAATATTTTTAAAAA-TGCCT-TTTTCGTAAAT
1 T-AATTAATTT-TAAAAATGCCTATTTTCGTA-AATATATTTAAAAACT-CCTATTTTCTTAAAT
*
2020 ATTTTT-AAAATACCTATTTTTG
62 ATTTTTAAAAATACCTATTTTCG
* * * * * *
2042 TAATTAATTTTAAAAACT-CCTATTTCCCTAATTA-ATTTTAAAAGCTACTATTTTCATAAATAT
1 TAATTAATTTTAAAAA-TGCCTATTTTCGTAAATATA-TTTAAAAACTCCTATTTTCTTAAATAT
*
2105 TTTTTAAAATACCTATTTTCG
64 TTTTAAAAATACCTATTTTCG
* ** * * * * *
2126 TAAAT-ATTTTTCAAATACCTATTTTCGTAATTA-ATTTTAAAACTGCCTATTTT-TGTAATTAA
1 TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATATTTAAAAACT-CCTATTTTCT-TAAATAT
*
2188 TTTTAAAAA-ACCTATTTTCT
64 TTTTAAAAATACCTATTTTCG
* * * * * * *
2208 TAAAT-ATATTGAAAAATGCCTATTTT-TTAAATATTTTTATAAAAGCT--TATTTTCGTAATTT
1 TAATTAAT-TTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATATTTA-AAAA-CTCCTATTTTCTTAAATA
*** * *
2269 TTTTTAAAAACGTCTGTTTTCA
63 TTTTTAAAAATACCTATTTTCG
* * **
2291 TAATTAATTATAAAAATGCC-ATTTTCATATTTA-ATTTTAAAAA-TGCCTATTTAT-TTAAATA
1 TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATA-TTTAAAAACT-CCTATTT-TCTTAAATA
*
2352 TTTTTAAAAATACCTATTTTTG
63 TTTTTAAAAATACCTATTTTCG
* ** * *
2374 TAGTTAATTTTAAAAACACCTATTTTCGTAAATATATTTAAAAACTCCTATTTTCGTAATTATTT
1 TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATATTTAAAAACTCCTATTTTCTTAAATATTT
*
2439 TTAAAAATACTTATTTTCG
66 TTAAAAATACCTATTTTCG
* * * * * * * *
2458 TAAATATTTTTAAACATGCCTATTTT-TTAAAT-TAATTTTGAAAACACCTATTTT-TTAATTAA
1 TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATAT-A-TTTAAAAACTCCTATTTTCTTAAATAT
** * *
2520 TTTTAAAAACGCTTACTTTCG
64 TTTTAAAAATACCTATTTTCG
* * * * * *
2541 GAATTAATTTTAAAAACT-CTTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAA-TGACTATTTTCATAATTAT
1 TAATTAATTTTAAAAA-TGCCTATTTTCGTAAATATATTTAAAAACT-CCTATTTTCTTAAATAT
* *
2604 TTTTAAAAATTCTTATTTTCG
64 TTTTAAAAATACCTATTTTCG
* * * * * * * *
2625 TATTTTATTTT-AAAATCGTCTGTTTTCGTAAATATTTTTAAAAACACATATTTTCGTAAATATT
1 TAATTAATTTTAAAAAT-GCCTATTTTCGTAAATATATTTAAAAACTCCTATTTTCTTAAATATT
* *
2689 TTT---AA-A-C-A--TGCA
65 TTTAAAAATACCTATTTTCG
* * * * ** ** * *
2701 TAAATATTTTTAAAAATACCTATTTTCGTAAATATTTTTAAAAACAACTATTTTGGTAATTAATT
1 TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATATTTAAAAACTCCTATTTTCTTAAATATTT
* *
2766 TTAAAAACT-TCTATTTTGG
66 TTAAAAA-TACCTATTTTCG
* *** * * * *
2785 TAATTTAATTTACAAAAACATCTATTTT-GTAATTA-ATTTTGAAAAA-TCTTAGTTTC-GAAAT
1 TAA-TTAATTT-TAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATA-TTT-AAAAACTCCTATTTTCTTAAA-
* ** *
2846 TAATTTTAAAAATGTCTATTTTGG
61 TATTTTTAAAAATACCTATTTTCG
* * * *
2870 TAATTTAA-TTT-AAAATGCCTATTTT--TTAATTTATTTTGAAAAA-TCCAATTTTCTTAATTA
1 TAA-TTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATA-TTT-AAAAACTCCTATTTTCTTAAATA
* *
2930 ATTTT-AAAATGCCTATTTTCG
63 TTTTTAAAAATACCTATTTTCG
* * * *
2951 TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCTTAAATATTTTTTAAAACACCTATTTTCTTAAATATTT
1 TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATATTTAAAAACTCCTATTTTCTTAAATATTT
* ** *
3016 TTTAAAACGCCTATTTTCT
66 TTAAAAATACCTATTTTCG
* * * *
3035 TAAAT-ATATTGAAAAATGCCAATTTTTGTAAATAT-TGTTATAAAAGCT--TATTTTCGTT-AA
1 TAATTAAT-TTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATAT-TTA-AAAA-CTCCTATTTTC-TTAAA
* * *
3095 TATTTTTAAAAACACTTATTCTCG
61 TATTTTTAAAAATACCTATTTTCG
* * ** * * * * *
3119 TAATTATTTTTAAAAATGTCTATAGTCATAATTA-ATTTTAAAAA-TGCCTATTTTCGTAATTAA
1 TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATA-TTTAAAAACT-CCTATTTTCTTAAATAT
*
3182 TTTTAAAAATACCTATTTAT-A
64 TTTTAAAAATACCTATTT-TCG
* * * ** ** * * *
3203 TAAATATTTTTAAAAATGCCTATTTTTGTAGTTA-ATTTTAAAATTTTCAATTTTCGTAAATATT
1 TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATA-TTTAAAAACTCCTATTTTCTTAAATA-T
3267 TTTTAAAAATACCTATTTTCG
64 TTTTAAAAATACCTATTTTCG
* * * * * * * *
3288 TAAATATTTTTAAAAA--CTTATTTTCTTAATTA-ATTTTAAAAACACCTATTTTCTTAATTAAT
1 TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATA-TTTAAAAACTCCTATTTTCTTAAATATT
** *
3350 TTTAAAAACGCCTACTTTCG
65 TTTAAAAATACCTATTTTCG
* * *
3370 GAATTAATTTTAAAAACT-CCTATTTTCATAAATATTTTTAAAAA
1 TAATTAATTTTAAAAA-TGCCTATTTTCGTAAATATATTTAAAAA
3414 TTGATATTTT
Statistics
Matches: 1208, Mismatches: 240, Indels: 179
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
76 51 0.04
77 5 0.00
78 1 0.00
79 2 0.00
80 5 0.00
81 27 0.02
82 206 0.17
83 338 0.28
84 418 0.35
85 136 0.11
86 19 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.05, T:0.47
Consensus pattern (84 bp):
TAATTAATTTTAAAAATGCCTATTTTCGTAAATATATTTAAAAACTCCTATTTTCTTAAATATTT
TTAAAAATACCTATTTTCG
Found at i:2866 original size:85 final size:82
Alignment explanation
Indices: 2758--2976 Score: 255
Period size: 82 Copynumber: 2.6 Consensus size: 82
2748 CTATTTTGGT
2758 AATTAATTTTAAAAACT-TCTATTTTGGTAATTTAATTTACAAAAACATCTATTTTGTAATTAAT
1 AATTAATTTTAAAAA-TGTCTATTTTGGTAATTTAATTTA-AAAAAC--CTATTTTGTAATTAAT
**
2822 TTTGAAAAATCTTAGTTTCGA
62 TTTGAAAAATCCAAGTTTCGA
** * *
2843 AATTAATTTTAAAAATGTCTATTTTGGTAATTTAATTTAAAATGCCTATTTTTTAATTTATTTTG
1 AATTAATTTTAAAAATGTCTATTTTGGTAATTTAATTTAAAAAACCTATTTTGTAATTAATTTTG
* **
2908 AAAAATCCAATTTTCTT
66 AAAAATCCAAGTTTCGA
* * *
2925 AATTAATTTT-AAAATGCCTATTTTCGTAA-TTAATTTTAAAAATGCCTATTTT
1 AATTAATTTTAAAAATGTCTATTTTGGTAATTTAA-TTTAAAAA-ACCTATTTT
2977 CTTAAATATT
Statistics
Matches: 119, Mismatches: 12, Indels: 9
0.85 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
80 4 0.03
81 24 0.20
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84 5 0.04
85 37 0.31
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.06, T:0.48
Consensus pattern (82 bp):
AATTAATTTTAAAAATGTCTATTTTGGTAATTTAATTTAAAAAACCTATTTTGTAATTAATTTTG
AAAAATCCAAGTTTCGA
Found at i:3002 original size:16 final size:17
Alignment explanation
Indices: 2983--3038 Score: 54
Period size: 16 Copynumber: 3.7 Consensus size: 17
2973 TTTTCTTAAA
2983 TATTTT-TTAAAACACC
1 TATTTTCTTAAAACACC
2999 TATTTTCTT--AA-A--
1 TATTTTCTTAAAACACC
*
3011 TATTTT-TTAAAACGCC
1 TATTTTCTTAAAACACC
3027 TATTTTCTTAAA
1 TATTTTCTTAAA
3039 TATATTGAAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 1, Indels: 13
0.70 0.02 0.28
Matches are distributed among these distances:
11 2 0.06
12 6 0.19
13 2 0.06
14 1 0.03
15 2 0.06
16 12 0.38
17 7 0.22
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.02, T:0.50
Consensus pattern (17 bp):
TATTTTCTTAAAACACC
Found at i:3951 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 3928--3962 Score: 54
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
3918 CGACCTGCAG
3928 TACCT-CCGATAAGGCCTC
1 TACCTCCCG-TAAGGCCTC
3946 TACCTCCCGTAAGGCCT
1 TACCTCCCGTAAGGCCT
3963 TCACCTCCTC
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 2
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
18 13 0.81
19 3 0.19
ACGTcount: A:0.20, C:0.40, G:0.17, T:0.23
Consensus pattern (18 bp):
TACCTCCCGTAAGGCCTC
Done.