Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01002587.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_114792, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 886

Length: 1477
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.16, T:0.36


Found at i:554 original size:37 final size:36

Alignment explanation


    Indices: 513--595  Score: 89
    Period size: 37  Copynumber: 2.3  Consensus size: 36

        503 GAATTGGGTT

                                    *              
        513 ATTTGAAATTGAG-CCCAATTGG-GTTGTAATTTTGGAC
          1 ATTTGAAATTG-GTCCCAATTGGACTTGT-A-TTTGGAC

                 *        *                     
        550 ATTTGTAATTGGTCTCAATTGGACTTGTATTTGGAC
          1 ATTTGAAATTGGTCCCAATTGGACTTGTATTTGGAC

                *     
        586 ATTTTAAATT
          1 ATTTGAAATT

        596 TAATTTAATT


Statistics
Matches: 39,  Mismatches: 5, Indels: 5
        0.80            0.10        0.10

Matches are distributed among these distances:
  36   16  0.41
  37   19  0.49
  38    4  0.10

ACGTcount: A:0.27, C:0.10, G:0.20, T:0.43


Consensus pattern (36 bp):   
ATTTGAAATTGGTCCCAATTGGACTTGTATTTGGAC

Found at i:631 original size:6 final size:6

Alignment explanation


    Indices: 622--724  Score: 65
    Period size: 6  Copynumber: 18.0  Consensus size: 6

        612 TTAAAACCAT

                           *                    **                 
        622 TTTAAA TTT-AA -CTAAA TTTAAA TTTAAA -ACAAA TTTAAA TTTAAA
          1 TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA

            **                     *             * *          *     
        667 AATAAA TTTAAA TTTAGAA -ATAAA TTTAAA -ATCAA TTTAAA CTT-AA
          1 TTTAAA TTTAAA TTTA-AA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA TTTAAA

             *           
        713 TATAAA TTTAAA
          1 TTTAAA TTTAAA

        725 ATCAAAAGTT


Statistics
Matches: 70,  Mismatches: 20, Indels: 14
        0.67            0.19        0.13

Matches are distributed among these distances:
   4    1  0.01
   5   15  0.21
   6   52  0.74
   7    2  0.03

ACGTcount: A:0.55, C:0.04, G:0.01, T:0.40


Consensus pattern (6 bp):   
TTTAAA

Found at i:712 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 634--696  Score: 72
    Period size: 18  Copynumber: 3.6  Consensus size: 17

        624 TAAATTTAAC

                      *      
        634 TAAATTTAAATTTAAAA
          1 TAAATTTAAACTTAAAA

            *         *       
        651 CAAATTTAAATTTAAAAA
          1 TAAATTTAAACTT-AAAA

                      *       
        669 TAAATTTAAATTTAGAAA
          1 TAAATTTAAACTTA-AAA

                      
        687 TAAATTTAAA
          1 TAAATTTAAA

        697 ATCAATTTAA


Statistics
Matches: 42,  Mismatches: 2, Indels: 3
        0.89            0.04        0.06

Matches are distributed among these distances:
  17   13  0.31
  18   29  0.69

ACGTcount: A:0.59, C:0.02, G:0.02, T:0.38


Consensus pattern (17 bp):   
TAAATTTAAACTTAAAA

Found at i:724 original size:17 final size:17

Alignment explanation


    Indices: 588--696  Score: 112
    Period size: 17  Copynumber: 6.4  Consensus size: 17

        578 ATTTGGACAT

                       **   *
        588 TTTAAATTTAATTTAAT
          1 TTTAAATTTAAAATAAA

                 *       ** *
        605 TTTAAGTTTAAAACCAT
          1 TTTAAATTTAAAATAAA

                        *    
        622 TTTAAATTT-AACTAAA
          1 TTTAAATTTAAAATAAA

                         *   
        638 TTTAAATTTAAAACAAA
          1 TTTAAATTTAAAATAAA

                              
        655 TTTAAATTTAAAAATAAA
          1 TTTAAATTT-AAAATAAA

                              
        673 TTTAAATTTAGAAATAAA
          1 TTTAAATTTA-AAATAAA

                  
        691 TTTAAA
          1 TTTAAA

        697 ATCAATTTAA


Statistics
Matches: 76,  Mismatches: 13, Indels: 5
        0.81            0.14        0.05

Matches are distributed among these distances:
  16   12  0.16
  17   35  0.46
  18   29  0.38

ACGTcount: A:0.51, C:0.04, G:0.02, T:0.43


Consensus pattern (17 bp):   
TTTAAATTTAAAATAAA
Done.