Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NTFQ01002772.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115097, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2207
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.35
Found at i:228 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 203--257 Score: 67
Period size: 17 Copynumber: 3.2 Consensus size: 17
193 TAACTAGACT
*
203 TTTTTAATTAATTTAAA
1 TTTTAAATTAATTTAAA
*
220 TTTTAAATTCAAATTAAA
1 TTTTAAATT-AATTTAAA
238 -TTTAAACTTAATTTAAA
1 TTTTAAA-TTAATTTAAA
255 TTT
1 TTT
258 AAACTTAAAC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 5
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
17 21 0.66
18 11 0.34
ACGTcount: A:0.44, C:0.04, G:0.00, T:0.53
Consensus pattern (17 bp):
TTTTAAATTAATTTAAA
Found at i:248 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 208--273 Score: 66
Period size: 23 Copynumber: 2.9 Consensus size: 23
198 AGACTTTTTT
*
208 AATT-AATTTAAATTTTAAATTCA
1 AATTAAATTTAAA-CTTAAATTCA
*
231 AATTAAATTTAAACTT-AATTTA
1 AATTAAATTTAAACTTAAATTCA
*
253 AATTTAAACTTAAAC-TAAATT
1 AA-TTAAATTTAAACTTAAATT
274 TAAACCCAAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 3, Indels: 6
0.80 0.07 0.13
Matches are distributed among these distances:
22 8 0.22
23 21 0.57
24 8 0.22
ACGTcount: A:0.50, C:0.06, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (23 bp):
AATTAAATTTAAACTTAAATTCA
Found at i:250 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 236--278 Score: 50
Period size: 11 Copynumber: 3.8 Consensus size: 11
226 ATTCAAATTA
236 AATTTAAACTT
1 AATTTAAACTT
*
247 AATTTAAATTT
1 AATTTAAACTT
* *
258 AAACTTAAACTA
1 -AATTTAAACTT
270 AATTTAAAC
1 AATTTAAAC
279 CCAAAATGAA
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 5, Indels: 2
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
11 18 0.69
12 8 0.31
ACGTcount: A:0.51, C:0.09, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (11 bp):
AATTTAAACTT
Found at i:258 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 210--278 Score: 86
Period size: 17 Copynumber: 4.0 Consensus size: 17
200 ACTTTTTTAA
*
210 TTAATTTAAATTTTAAA-
1 TTAAATTAAA-TTTAAAC
227 TTCAAATTAAATTTAAAC
1 TT-AAATTAAATTTAAAC
*
245 TTAATTTAAATTTAAAC
1 TTAAATTAAATTTAAAC
*
262 TTAAACTAAATTTAAAC
1 TTAAATTAAATTTAAAC
279 CCAAAATGAA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 4, Indels: 4
0.85 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
17 37 0.80
18 9 0.20
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.00, T:0.43
Consensus pattern (17 bp):
TTAAATTAAATTTAAAC
Found at i:277 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 212--277 Score: 66
Period size: 6 Copynumber: 11.3 Consensus size: 6
202 TTTTTTAATT
* *
212 AATTTA AATTTTA AATTCA AA-TTA AATTTA AACTT- AATTTA AATTTA
1 AATTTA AA-TTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA AATTTA
* *
259 AACTTA AA-CTA AATTTA AA
1 AATTTA AATTTA AATTTA AA
278 CCCAAAATGA
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 7, Indels: 8
0.77 0.11 0.12
Matches are distributed among these distances:
5 12 0.24
6 31 0.63
7 6 0.12
ACGTcount: A:0.52, C:0.06, G:0.00, T:0.42
Consensus pattern (6 bp):
AATTTA
Done.