Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: NTFQ01002861.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_115263, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 6400
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.14, T:0.36


Found at i:3876 original size:376 final size:357

Alignment explanation


    Indices: 3160--3988  Score: 865
    Period size: 376  Copynumber: 2.3  Consensus size: 357

       3150 CAATTGTTAG

                           *                     *                    *      
       3160 ATCTTATCCTAATATGCTATTTGTTTTTAAATTAATTGTAAATGACAAATTAATTAATTAATTAT
          1 ATCTTATCCTAATATACTATTTGTTTTTAAATTAATTCTAAATGACAAATTAATTAATCAATTAT

                                                             *               
       3225 TATAATTAGTTAAATTAAAGCAATTCATGTTAATTCATGCCTATCCCACGCACCATGATTTTGTG
         66 TATAATTAGTTAAATTAAAGCAATTCATGTTAATTCATGCCTATCCCACCCACCATGATTTTGTG

                                 *  *    *                *     *            
       3290 TGTATTATTATTTATTACAAAGTATATTTTATTTTCATTTATTTATTACAAAGTATATATATATA
        131 TGTATTATTATTTATTACAAACTAGATTTGATTTTCATTTATTTATGACAAACTATATATATATA

                            * *                                    *         
       3355 TATATATTATTACAAGGTGTTTTAATAGATATTTGTACTTATTATATTTGGCATTTTAATATTCT
        196 TATATATTATTACAAGATCTTTTAATAGATATTTGTACTTATTATATTTGGCATTCTAATATTCT

                                                                     *       
       3420 TACACGTATCACACAATAAATAACATTTAAATTATTTCCATTTAAAAAAAAATCCAATTTATATA
        261 TACACGTATCACACAATAAATAACATTTAAATTATTTCCATTTAAAAAAAAATCCAACTTATATA

                                            
       3485 TTTACTCCATAAATTTTAAATCTTAACAGTAA
        326 TTTACTCCATAAATTTTAAATCTTAACAGTAA

                 *  *       *     *              *     *                *    
       3517 ATCTTTTCTTAATATATTATTTATTTTTAAATTAATTTTAAATTACAAATTAATTAATCAGTTAT
          1 ATCTTATCCTAATATACTATTTGTTTTTAAATTAATTCTAAATGACAAATTAATTAATCAATTAT

                                                *    *   **     *     *      
       3582 TATAATTA-TGTAAATTAAAGC-ATTCATGTTAATTGATGCGTATTGCACCCGCCATGTTTTTGT
         66 TATAATTAGT-TAAATTAAAGCAATTCATGTTAATTCATGCCTATCCCACCCACCATGATTTTGT

                                                                       *     
       3645 G-GCTATTTATTATTATTATTACAAACTAGATTTGATTTTCATTTATTTTAAATGA-AATCTA-A
        130 GTG-TA-TTATTA-T-TTATTACAAACTAGATTTGATTTTCATTTA-TTT--ATGACAAACTATA

                                                                             
       3707 TAGTATATATATATATTATTACAAGATCTTTTAATAGATATTTGTACTCACATTATAACTTTTAC
        188 TA-TATATATATATATTATTACAAGATCTTTTAATAGATATTTG---T-AC--T-T-A---TTA-

                               *                  *    *  *                  
       3772 TTCATTTGGCATTCTAATGCTT-TTACACGTAT-A-A-TATAATTACCATTTAAATTATTTCCTT
        240 -T-ATTTGGCATTCTAAT-ATTCTTACACGTATCACACAATAAATAACATTTAAATTATTTCC--

              *   *****       *             *                *        * 
       3833 TTTTTTTTCTTAAAATCCTACTTATATATTTATTCCATAAATTTTAAATTTTAACAGTGA
        300 --ATTTAAAAAAAAATCCAACTTATATATTTACTCCATAAATTTTAAATCTTAACAGTAA

                           * *          *             *  *                   
       3893 ATCTTATCCTAATATGCCATTTGTTTTTGAATTAATTCTAAAAGATAAATT-ATT--T-AATTAT
          1 ATCTTATCCTAATATACTATTTGTTTTTAAATTAATTCTAAATGACAAATTAATTAATCAATTAT

              *     **                  *      
       3954 TACAATTACATAAATTAAAGCAATTCATATTAATT
         66 TATAATTAGTTAAATTAAAGCAATTCATGTTAATT

       3989 ATTAAATAAA


Statistics
Matches: 387,  Mismatches: 55, Indels: 44
        0.80            0.11        0.09

Matches are distributed among these distances:
 355    1  0.00
 356   39  0.10
 357   81  0.21
 358    1  0.00
 359   27  0.07
 360    6  0.02
 361   43  0.11
 362    3  0.01
 364    1  0.00
 365    2  0.01
 367    1  0.00
 368    1  0.00
 369    1  0.00
 372   48  0.12
 373   14  0.04
 374    2  0.01
 375   27  0.07
 376   89  0.23

ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.07, T:0.46


Consensus pattern (357 bp):   
ATCTTATCCTAATATACTATTTGTTTTTAAATTAATTCTAAATGACAAATTAATTAATCAATTAT
TATAATTAGTTAAATTAAAGCAATTCATGTTAATTCATGCCTATCCCACCCACCATGATTTTGTG
TGTATTATTATTTATTACAAACTAGATTTGATTTTCATTTATTTATGACAAACTATATATATATA
TATATATTATTACAAGATCTTTTAATAGATATTTGTACTTATTATATTTGGCATTCTAATATTCT
TACACGTATCACACAATAAATAACATTTAAATTATTTCCATTTAAAAAAAAATCCAACTTATATA
TTTACTCCATAAATTTTAAATCTTAACAGTAA
Done.